Analysis of sars-cov-2 nucleocapsid protein in upper respiratory tract, blood and urine as a diagnostic and prognostic marker for covid-19 in hospitalized patients

Signalée pour la première fois en décembre 2019, la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est devenue une préoccupation majeure de santé publique dans le monde entier. Le système de santé a très rapidement été mis à mal. La prise en charge clinique de la COVID-19 a reposé initialement sur la prévention de la transmission par l’identification des cas par les tests viraux, combinés à la vaccination à partir de 2021, et les soins de soutien. Dans la première phase de la pandémie les plateformes de biologie moléculaire ont vite été dépassées. La mise en œuvre de tests de diagnostic rapide (TDR) basés sur la détection de la protéine de nucléocapside ou de la protéine spike du SARS-CoV-2 a amélioré l'efficacité des stratégies de test à grande échelle.De plus, le SARS-CoV-2 a remis en question les connaissances médicales sur les infections respiratoires virales. L'une des principales caractéristiques de l'infection par le SARS-CoV-2 est la diversité de son expression clinique. La présence de composants du SARS-CoV-2 n’est pas limitée aux voies respiratoires et a été détectée dans de nombreux organes extra-pulmonaires et divers liquides biologiques. La présence d’antigènes viraux (notamment la nucléocapside) en extra-pulmonaire est tout particulièrement retrouvée chez les patients immunodéprimés ou présentant une forme grave de COVID-19. A l’inverse, chez les patients avec une forme modérée de COVID-19, la présence d’antigène viral est limitée aux voies respiratoires.Dans ce travail de thèse nous avons : i) analysé les performances diagnostiques du 1er TDR antigénique ciblant la protéine de nucléocapside mis sur le marché en Europe au tout début de la pandémie, ii) Étudier la cinétique de la protéine de la nucléocapside dans les voies respiratoires, le sang et l’urine, comparativement à la détection de l’ARN SARS-CoV-2 et de la réponse sérologique iii) Mis en évidence la dissémination de la protéine de la nucléocapside dans le sang et l’urine et son rôle potentiel de marqueur de sévérité de la COVID-19 chez le patient hospitalisé.La protéine de la nucléocapside est un bon marqueur diagnostique. Dans une première étude nous montrons que le TDR antigénique de première génération Coris Respi-Strip possédait des performances diagnostiques très en retrait par rapport à la PCR. Néanmoins, lorsqu’il était combiné à la détection d’anticorps par TDR ou test ELISA, les performances obtenues faisaient de ce test un outil intéressant. Les progrès des TDR de 2e et 3e génération ont permis de répondre aux exigences de performances de l’OMS définies par une sensibilité ≥ 80% et une spécificité ≥ 97% par rapport aux tests de RT-PCR, rendant inutile le diagnostic sérologique.Des études ont montré que la protéine de nucléocapside était également présente dans le compartiment circulant chez la plupart des sujets infectés, constituant un marqueur diagnostique alternatif et un marqueur de sévérité potentiel. Dans le cadre d’une étude cas contrôle réalisée au CHU de Montpellier (CoroTri, PHRC inter-régional) nous avons recherché la présence de la protéine de nucléocapside du SARS-CoV-2 dans les urines des patients hospitalisés pour Covid-19 et évalué sa valeur comme marqueur de sévérité. Nous observons que la protéine virale est présente en forte concentration dans l’urine et que les personnes nécessitant un recours aux soins intensifs présentaient une antigénurie N supérieure à celle des patients avec une forme modérée de COVID-19. Nos résultats suggèrent que la valeur pronostique de l’antigénurie est supérieure à celle de l’antigénémie. La présence de la protéine N dans le sang et l’urine semble refléter une infection disséminée du SARS-CoV-2 associée à un mauvais pronostic. Le développement d’un score se basant sur différents marqueurs précoces de gravité incluant la protéine N dans les urines pourrait permettre de mieux prédire la sévérité des formes de COVID-19.First reported in December 2019, coronavirus disease 2019 (COVID-19) has become a major public health concern worldwide. The health-care system was very quickly challenged. Clinical management of COVID-19 initially relied on prevention of transmission through case identification by viral testing combined with vaccination starting in 2021, and supportive care. In the first phase of the pandemic, the molecular biology platforms were quickly overwhelmed. The implementation of rapid diagnostic tests (RDTs) based on the detection of the nucleocapsid or spike protein of SARS-CoV-2 has improved the efficiency of large-scale testing strategies.Furthermore, SARS-CoV-2 has challenged the medical understanding of viral respiratory infections. One of the main characteristics of SARS-CoV-2 infection is the diversity of its clinical expression. The presence of SARS-CoV-2 components is not limited to the respiratory tract and has been detected in many extra-pulmonary organs and various biological fluids. The presence of viral antigens (notably the nucleocapsid) in extra-pulmonary organs is particularly found in immunocompromised patients or in patients with a severe form of COVID-19. However, in patients with a moderate form of COVID-19, the presence of viral antigen is limited to the respiratory tract.In this thesis work we have: i) Analyzed the diagnostic performance of the 1st antigenic RDT test targeting the nucleocapsid protein marketed in Europe at the beginning of the pandemic, ii) Studied the kinetics of the nucleocapsid protein in the respiratory tract, blood and urine, (iii) Demonstrated the dissemination of the nucleocapsid protein in blood and urine and its potential role as a marker of the severity of COVID-19 in hospitalized patients.Nucleocapsid protein is a good diagnostic marker. In a first study we show that the first generation antigenic RDT Coris Respi-Strip had a much lower diagnostic performance than the PCR. Nevertheless, when combined with antibody detection by RDT or ELISA, the performances obtained made this test an interesting tool. Advances in 2nd and 3rd generation RDTs have made it possible to have WHO performance requirements defined by a sensitivity ≥ 80% and a specificity ≥ 97% compared to RT-PCR tests, making serological diagnosis unnecessary.Studies have shown that the nucleocapsid protein is also present in the circulating compartment in most infected peoples, constituting an alternative diagnostic marker and a potential severity marker. In a case-control study conducted at the University Hospital of Montpellier (CoroTri, inter-regional PHRC), we investigated the presence of SARS-CoV-2 nucleoprotein in the urine of patients hospitalized for Covid-19 and evaluated its value as a marker of severity. We observe that the viral protein is present in high concentration in urine and that people requiring intensive care had a higher nucleocapsid antigenuria than patients with a moderate form of COVID-19. Our results suggest that the prognostic value of antigenuria is greater than antigenemia. The presence of N protein in blood and urine seems to reflect a disseminated infection of SARS-CoV-2 associated with a worse prognosis. The development of a score based on different early markers of severity including the N protein in urine could better predict the severity of COVID-19

Les chanoines réguliers et leurs paroisses aux XIVe-XVe siècles : collateurs ou curés ? L'exemple des réseaux paroissiaux de Saint-Ruf, Saint-Félix de Valence et Saint-Vallier

International audienc

L'ancrage régional et social d'un monastère de cisterciennes au XIIIe siècle dans le Sud-Est de la France: le cas de Vernaison

International audienc

Une abbaye chef d'ordre face à deux cités : les chanoines réguliers de Saint-Ruf à Avignon et Valence

National audienceMisadventures and Misfortunes of an Abbey at the Head of the Order: Saint-Ruf's Regular Canons from Avignon to Valence. Saint-Ruf Abbey was one of the first canonical foundations to implement the reform of the clergy wanted by Hildebrand/Gregory VII. It represents an extraordinary field of investigations if one wants to assess the place occupied by regular canons in the city's society and economy. The first century of Saint-Ruf in Avignon is characterised by hostile relationships between the head of the order built around an abbatiola situated in the outskirts of the city, and the city itself, particularly the episcopal chapter. The crisis, which started at the end of the 11th century, was put to an end by the transfer in the 1150s of Saint-Ruf Abbey to Valence, another episcopal city. Until the end of the 13th century, the economy of the new head of the order, also located outside the walls of the city, largely followed the Cistercian "model" (barns, vineyards and flocks were established and the driving force of canals was used). Its activities as hospitable institution, its ties with the bishops and obedience within the city walls (Saint-James) linked Saint-Ruf to the city even if the abbey did not take part in the supervision of the congregation. Ties with the local bourgeoisie were progressively strengthened. The shift to a canonical economy wich relied more and more on private income, after a wave of tenures, intensified the involvement of regular canons in the city's economy. The withdrawal of the convent to the urban priory of Saint-James at the end of the 14th century makes it impossible to talk about inurbamento, inasmuch as it was a temporary solution due to unrest. Besides, this solution was adopted by a convent which was usually eager to keep its autonomy from urban powers.L'abbaye de Saint-Ruf, une des premières fondations canoniales à mettre en oeuvre la réforme du clergé voulue par Hildebrand/Grégoire VII, constitue un terrain d'investigations exemplaire pour évaluer la place prise par les chanoines réguliers dans la société et l'économie urbaines. Le premier siècle de Saint-Ruf à Avignon est marqué par des relations d'hostilité entre le chef d'ordre constitué autour d'une abbatiola suburbaine et la cité, en particulier le chapitre cathédral. Cette crise ouverte dès la fin du XIe siècle se conclut par le transfert de l'abbaye de Saint-Ruf vers Valence, une autre cité épiscopale, dans les années 1150. Jusqu'à la fin du XIIIe siècle, l'économie du nouveau chef d'ordre, situé lui aussi hors les murs de la cité, emprunte beaucoup au "modèle" cistercien (granges, vignes, troupeaux, utilisation de la force motrice des canaux). Les activités hospitalières, les liens avec les évêques, la possession d'une obédience intra muros (Saint-James) rattachent Saint-Ruf à la ville, mais l'abbaye ne prend pas part à son encadrement paroissial. Progressivement, les liens avec les bourgeois se renforcent et le passage à une économie canoniale plus "rentière", après une vague d'accensements, accentue la participation des chanoines réguliers à l'économie urbaine. Le repli du couvent dans le prieuré urbain de Saint-James à la fin du XIVe siècle ne permet toutefois pas de parler d'inurbamento dans la mesure où il s'agit d'une solution provisoire motivée par des troubles, adoptée par un couvent généralement jaloux de son autonomie à l'égard des pouvoirs urbains

Perception and vision of the landscape in Italian cinema from Sole to Deserto Rosso (1929-1964) : the accordance and the autonomy on the relationship with literature

Le paysage représente un point de rencontre entre un modèle culturel et une perception. Ils existent deux types de paysages : celui que l’on peut concevoir comme objet d’observation et qui renvoie à un paysage pictural et artistique ; et le paysage vu en tant « qu’espace vécu » et qui appartient au domaine du paysage géographique. La littérature tout comme le cinéma, se sont depuis toujours intéressés à l’importance du paysage. Le regard que le cinéma porte sur le paysage fait référence à de nombreux modèles culturels, artistiques, littéraires et sociaux qui connaissent une évolution constante. Notre travail porte sur la perception et sur les visions du paysage qu’offrent les œuvres littéraires et cinématographiques italiennes entre 1929 et 1964. La thèse se fonde sur les théoriciens du paysage et des critiques cinématographiques et littéraires et tente de mettre en évidence les diverses fonctions (identitaires culturelles, symboliques et esthétiques) du paysage.The landscape represents a meeting point between a cultural model and people’s perception of the world. There are two types of landscape: one, conceived as object of observation which refers to a pictorial and artistic landscape, and other, seen as a lived space, part of the field of geographical landscape. Literature, as well as cinema, is mindful of the importance of the landscape. The regard cinema addresses to the landscape refers to several cultural, artistic, literary and social patterns, all of which are in constant evolution. Our study will focus on the perception and vision of the landscape displayed in Italian literary and cinematographic works between 1929 and 1964. Based on landscape theoreticians and critics of film and literature, we attempted to outline the various functions (cultural identity, symbolic, aesthetic) assumed by the landscape itself

Chanoines et réformes canoniales dans les pays rhodaniens

National audienceCanons and Reforms of Canonical Life in Rhone Valley. The diversity within the " world of canons " is the result of the uneven progress of reforms. In the middle of the 10th century, reformers (aristocrats or bishops) began to support community life for clergymen. In the second part of the 11th century, some canons renounced all personal property, clashing with their own chapters, during the contentious legation of Hugh, bishop of Die. The development of regular canons is a consequence of the creation of new clerical communities. Helped by " Gregorian " bischops and some great laymen, the Saint-Ruf Abbey (near Avignon) constitutes a prime example of this, with a network throughout the Rhone Valley while maintaining important links with the papacy and the reformative hub of Lucca (in Tuscany). As this major centre blossomed beyond reformed canons, the spreading of little congregations of regular canons into the dioceses territories gave bishops opportunities to reinforce their control of parishes. The economic self-suffienciency of cathedral chapters stimulated their intellectual activities, especially legal science.La diversité du " monde des chanoines " est l'effet de la progression différenciée des réformes canoniales. A partir du milieu du Xe siècle, des aristocrates et des évêques réformateurs encouragent la vie commune du clergé. Dans la seconde moitié du XIe siècle, des chanoines renoncent à toute propriété personnelle, se heurtant à leurs chapitres, dans le contexte conflictuel de la légation de l'évêque de Die Hugues. L'essor des chanoines réguliers résulte davantage de la création de nouvelles communautés de clercs. L'abbaye de Saint-Ruf constitue ainsi, avec l'appui des évêques " grégoriens " et de certains grands laïcs, un réseau dont la vallée du Rhône constitue l'axe principal. Elle entretient des liens importants avec le siège pontifical et le pôle canonial de Lucques. Parallèlement à l'épanouissement de ce foyer majeur de la réforme canoniale, le déploiement de micro-congrégations canoniales régulières dans les territoires des évêchés est l'occasion pour les évêques l'occasion d'affirmer leur contrôle sur les paroisses. L'autonomie économique des chapitres cathédraux y stimule certaines activités intellectuelles, notamment la science juridique