The chicken as a model to study microchromosomes in birds: a review

The typical avian karyotype is composed of a few macrochromosomes and around 60 indistinguishable small microchromosomes. Due to its economic importance, the chicken is the avian species for which cytogenetic and genetic maps are the most developed. Based on these genome studies, it has been shown that the chicken microchromosomes are carriers of dense genetic information. Indeed, they probably bear at least 50 % of the genes and exhibit high recombination rates. Because of the presence of microchromosomes, the genetic size of the chicken genome seems higher than first estimated and could reach more than 4 000 cM for 1 200 Mb. Thus, it is worth developing the microchromosome map. From an volutionary point of view, comparative mapping data raise many questions about the origin of microchromosomes. They could be ancestral chromosomes, from which large chromosomes formed by fusions, or conversely they could be the result of the splitting of macrochromosomes.Le caryotype aviaire typique est constitué de quelques macrochromosomes et d’environ soixante microchromosomes punctiformes et indiscernables les uns des autres. Du fait de son importance économique, la Poule est l’espèce d’oiseaux dont les cartes génétique et cytogénétique sont les plus avancées. Ces études ont permis de montrer que les microchromosomes contiennent une information génétique dense. En effet, ils portent probablement au moins 50 % des gènes et ils ont des taux de recombinaison élevés. Du fait de la présence des microchromosomes, la taille génétique attendue pour le génome de la Poule est d’au moins 4 000 cM pour 1200 Mb. Il apparaît donc important de densifier la carte génétique des microchromosomes. Du point de vue évolutif, les données de cartographie comparée soulèvent de nombreuses questions quant à l’origine des microchromosomes. Ils pourraient être des caractères ancestraux ayant permis la formation des grands chromosomes par fusion, ou au contraire être le résultat de plusieurs fissions chromosomiques

Integrated maps in quail (Coturnix japonica) confirm the high degree of synteny conservation with chicken (Gallus gallus) despite 35 million years of divergence

BACKGROUND: By comparing the quail genome with that of chicken, chromosome rearrangements that have occurred in these two galliform species over 35 million years of evolution can be detected. From a more practical point of view, the definition of conserved syntenies helps to predict the position of genes in quail, based on information taken from the chicken sequence, thus enhancing the utility of this species in biological studies through a better knowledge of its genome structure. A microsatellite and an Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) genetic map were previously published for quail, as well as comparative cytogenetic data with chicken for macrochromosomes. Quail genomics will benefit from the extension and the integration of these maps. RESULTS: The integrated linkage map presented here is based on segregation analysis of both anonymous markers and functional gene loci in 1,050 quail from three independent F2 populations. Ninety-two loci are resolved into 14 autosomal linkage groups and a Z chromosome-specific linkage group, aligned with the quail AFLP map. The size of linkage groups ranges from 7.8 cM to 274.8 cM. The total map distance covers 904.3 cM with an average spacing of 9.7 cM between loci. The coverage is not complete, as macrochromosome CJA08, the gonosome CJAW and 23 microchromosomes have no marker assigned yet. Significant sequence identities of quail markers with chicken enabled the alignment of the quail linkage groups on the chicken genome sequence assembly. This, together with interspecific Fluorescence In Situ Hybridization (FISH), revealed very high similarities in marker order between the two species for the eight macrochromosomes and the 14 microchromosomes studied. CONCLUSION: Integrating the two microsatellite and the AFLP quail genetic maps greatly enhances the quality of the resulting information and will thus facilitate the identification of Quantitative Trait Loci (QTL). The alignment with the chicken chromosomes confirms the high conservation of gene order that was expected between the two species for macrochromosomes. By extending the comparative study to the microchromosomes, we suggest that a wealth of information can be mined in chicken, to be used for genome analyses in quail

The Rose-comb Mutation in Chickens Constitutes a Structural Rearrangement Causing Both Altered Comb Morphology and Defective Sperm Motility

Rose-comb, a classical monogenic trait of chickens, is characterized by a drastically altered comb morphology compared to the single-combed wild-type. Here we show that Rose-comb is caused by a 7.4 Mb inversion on chromosome 7 and that a second Rose-comb allele arose by unequal crossing over between a Rose-comb and wild-type chromosome. The comb phenotype is caused by the relocalization of the MNR2 homeodomain protein gene leading to transient ectopic expression of MNR2 during comb development. We also provide a molecular explanation for the first example of epistatic interaction reported by Bateson and Punnett 104 years ago, namely that walnut-comb is caused by the combined effects of the Rose-comb and Pea-comb alleles. Transient ectopic expression of MNR2 and SOX5 (causing the Pea-comb phenotype) occurs in the same population of mesenchymal cells and with at least partially overlapping expression in individual cells in the comb primordium. Rose-comb has pleiotropic effects, as homozygosity in males has been associated with poor sperm motility. We postulate that this is caused by the disruption of the CCDC108 gene located at one of the inversion breakpoints. CCDC108 is a poorly characterized protein, but it contains a MSP (major sperm protein) domain and is expressed in testis. The study illustrates several characteristic features of the genetic diversity present in domestic animals, including the evolution of alleles by two or more consecutive mutations and the fact that structural changes have contributed to fast phenotypic evolution

Integrative mapping analysis of chicken microchromosome 16 organization

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The chicken karyotype is composed of 39 chromosome pairs, of which 9 still remain totally absent from the current genome sequence assembly, despite international efforts towards complete coverage. Some others are only very partially sequenced, amongst which microchromosome 16 (GGA16), particularly under-represented, with only 433 kb assembled for a full estimated size of 9 to 11 Mb. Besides the obvious need of full genome coverage with genetic markers for QTL (Quantitative Trait Loci) mapping and major genes identification studies, there is a major interest in the detailed study of this chromosome because it carries the two genetically independent <it>MHC </it>complexes <it>B </it>and <it>Y</it>. In addition, GGA16 carries the ribosomal RNA (<it>rRNA</it>) genes cluster, also known as the <it>NOR </it>(nucleolus organizer region). The purpose of the present study is to construct and present high resolution integrated maps of GGA16 to refine its organization and improve its coverage with genetic markers.</p> <p>Results</p> <p>We developed 79 STS (Sequence Tagged Site) markers to build a physical RH (radiation hybrid) map and 34 genetic markers to extend the genetic map of GGA16. We screened a BAC (Bacterial Artificial Chromosome) library with markers for the <it>MHC-B</it>, <it>MHC-Y </it>and <it>rRNA </it>complexes. Selected clones were used to perform high resolution FISH (Fluorescent <it>In Situ </it>Hybridization) mapping on giant meiotic lampbrush chromosomes, allowing meiotic mapping in addition to the confirmation of the order of the three clusters along the chromosome. A region with high recombination rates and containing PO41 repeated elements separates the two <it>MHC </it>complexes.</p> <p>Conclusions</p> <p>The three complementary mapping strategies used refine greatly our knowledge of chicken microchromosome 16 organisation. The characterisation of the recombination hotspots separating the two <it>MHC </it>complexes demonstrates the presence of PO41 repetitive sequences both in tandem and inverted orientation. However, this region still needs to be studied in more detail.</p

Le replacement de lapins

3rd cycl

Les Unités Expérimentales confrontées à la nouvelle règlementation expérimentation animale

International audienc

The Dragon-Heathen Allegory in Occitan Hagiography. : Colloque "Nouvelle recherche en domaine occitan : approches interdisciplinaires" (organisateur: Institut d'Etudes Occitanes, Université d'Albi).

Fonds audiovisuel du programme "ESCoM-AAR" (Equipe Sémiotique Cognitive et nouveaux Médias - Archives Audiovisuelles de la Recherche; 2000 - 2016).Few would deny that hagiography has been a neglected genre in studies of medieval vernacular literature. But as saints’ Lives in French and Anglo-Norman attract more and more attention, Occitan Lives continue to be almost entirely neglected, marginalized within a marginalized discipline. And yet the extant corpus contains a number of literary gems, in addition to the expected slavish translations of Latin Lives.Considering the number of Occitan saints’ Lives that have come down to us, it is remarkable how many contain a central encounter between a saint and a dragon. Vernacular authors translate, rework, and – in many cases – elaborate considerably on the representations of the saint’s monstrous opponent they find in Latin Lives. Unlike his Latin predecessor, for instance, the Occitan author of the early thirteenth-century Life of St Enimia delights in the corporeality of the dragon as its blood is shed by Bishop Yles; the author of the fourteenth-century Florence version of the Occitan Life of St Margaret, meanwhile, takes each attribute of the dragon as described in his Latin source and expands on it. But vernacular authors also have to make crucial decisions about what their dragons symbolize: is the dragon simply a symbol of an age-old, long-forgotten, heathen enemy, or is the monster conflated with more contemporary enemies, Muslims encountered on crusade, Jews or even proto-national groups? In this interdisciplinary paper I shall examine to what extent the visual representations of dragons we find in thirteenth- and fourteenth-century manuscripts – and bestiaries in particular – complement our understanding of dragon symbolism in the Occitan Lives of St Enimia, St George, St Honorat and St Margaret. Hagiography is often considered to be a conservative genre, but the community founded when a saint slew a dragon is in flux and always in need of designating and re-designating its inimical Others.Peu nombreux sont ceux qui nieraient le délaissement du genre hagiographique par les études de littérature vernaculaire médiévale. Mais, alors que les Vies de saints en français et anglo-normand attirent de plus en plus l’attention, les Vies occitanes continuent d’être presque entièrement délaissées, marginalisées à l’intérieur d’une discipline marginalisée. Et pourtant, le corpus existant contient un nombre de merveilles littéraires, en plus des traductions supposées conformes des Vies latines.Considérant le nombre de Vies de saints occitanes qui nous est parvenu, il est remarquable d’observer combien contiennent une rencontre centrale entre un saint et un dragon. Les auteurs de langues vernaculaires traduisent, retravaillent et, bien souvent, s’étendent considérablement sur les représentations de l’adversaire monstrueux du saint qu’ils trouvent dans les Vies latines. Contrairement à son prédécesseur latin, par exemple, l’auteur occitan de la Vie de sainte Enimie, datant du début du XIIIe siècle, prend plaisir à décrire la corporalité du dragon alors que son sang est versé par l’évêque d’Yles; l’auteur de la version florentine du XIVe siècle de la Vie occitane de sainte Marguerite, pendant ce temps, prend chaque attribut du dragon, tel qu’il a été décrit dans la source latine et le développe. Mais les auteurs de langues vernaculaires doivent également prendre des décisions cruciales à propos de la symbolisation de leurs dragons: le dragon est-il simplement un symbole d’un ennemi païen, séculaire et oublié ou le monstre regroupe-t-il des ennemis plus contemporains, des musulmans rencontrés lors des croisades, des juifs ou même des groupes proto-nationaux?Dans cette communication interdisciplinaire, j’examinerai dans quelles mesures les représentations visuelles des dragons trouvées dans les manuscrits des XIIIe et XIVe siècles, et les bestiaires en particulier, complètent notre conception du symbolisme du dragon dans les Vies occitanes de sainte Enimie, de saint Georges, saint Honorat et de sainte Marguerite. L’hagiographie est souvent considérée comme un genre conservateur mais la communauté fondée lorsqu’un saint pourfend un dragon est fluide et a un besoin constant de désigner et de re-désigner ses Autres hostiles

Vie et mort d'un seigneur en Albigeois au XIIIe siècle, d'après des sources diplomatiques. Sicard Alaman le Jeune au prisme du cartulaire familial. : Colloque "Nouvelle recherche en domaine occitan : approches interdisciplinaires" (organisateur: Institut d'Etudes Occitanes, Université d'Albi).

Fonds audiovisuel du programme "ESCoM-AAR" (Equipe Sémiotique Cognitive et nouveaux Médias - Archives Audiovisuelles de la Recherche; 2000 - 2016).L’intérêt des historiens pour les sources diplomatiques n’est pas nouveau. Mais le recours à ces sources fut longtemps orienté par une visée polémique : on éditait tel ou tel document de façon sélective, parce qu’il étayait commodément une thèse ou une autre. Il est significatif de constater que les plus grandes entreprises d’étude et d’édition de documents diplomatiques se positionnaient jadis dans une perspective militante ; et ce de Papenbrock et Mabillon, jusqu’à Jules Tardif et Karl August Pertz. Or, les courants historiographiques ont évolué. Désormais, les documents diplomatiques sont utilisés moins à titre de preuves qu’en guise de sources. L’avantage majeur de ce matériau historique réside dans sa polyvalence : une charte, un testament, une lettre conservés dans un fonds d’archives éclairent non seulement la vie quotidienne d’une partie de la population à une époque donnée, mais encore une affaire ponctuelle qui constitue son contexte immédiat. Au sens large, l’histoire sociale n’est pas absente, car un document de cette nature contient toujours quelques renseignements sur l’auteur de l’acte, son statut, ses prérogatives, et souvent même la nature de ses rapports avec son entourage dans l’exercice de ses fonctions.Le cartulaire des seigneurs méridionaux Alaman (Albi, AD81, J(054) 0239) comporte des textes en latin, en roman, en « provençal » et en français, d’une langue parfois mâtinée d’influences variées. Parmi la grande masse de documents qui s’offraient à nous pour notre étude, notre choix s’est porté sur l’inventaire après décès de Sicard le Jeune, daté à Toulouse le 9 mars 1280. Ce type d’acte marque la jonction entre un seigneur défunt et son héritier vivant. La présence de la mort, en filigrane, l’emplit d’une dimension religieuse, tandis que les objets du quotidien forment un répertoire prosaïque.L’interès dels istòrians per las sorgas diplòmaticas es pas nòu. Pr’aquò faguèron longtemps un usatge d’aquelas sorgas amb una visada polemica. Fasián una causida entre los documents a editar segon coma sostenián comòdament una tèsi o una autre. Atal las entrepresas majas d’estudi e d’edicion de documents diplòmatics se placèron dins una tòca militanta, de Papenbock e Mabillon fins a Jules Tardif e Farl August Pertz.Mas las escòlas istoriògraficas an cambiat. Ara utilizan los documents diplòmatics mens coma pròvas que coma sorgas. L’avantatge principal d’aquel material istòric es que s’en pòt far un usatge multiple. Una carta, un testament, una letra explican tant la vida de cada jorn d’una part de la populacion d’un còp èra, qu’un eveniment d’aquel temps. Del punt de l’istòria sociala, un document apòrta totjorn d’entresenhas sus l’autor de l’acte, sa condicion, sas prerogativas e sovent sus la natura de sas relacions amb sos familiars dins l’exercici de sas foncions.Lo cartulari dels senhors miègjornals Alaman conten de tèxtes en latin e en roman (en « provençal », en franciman o dins una lenga mesclada). Entre totes aqueles documents plan nombroses, avèm causit d’estudiar l’inventari aprèp decès de Sicart lo Jove, en data de Tolosa del 9 de mars 1280. Aquel tipe d’acte fa lo ligam entre un senhor mòrt e son eretièr viu. Es comol d’una dimension religiosa, mentre que los objectes de cada jorn forman un repertòri prosaïc