COMICS: Cartoon Visualization of Omics Data in Spatial Context Using Anatomical Ontologies

COMICS is an interactive and open-access web platform for integration and visualization of molecular expression data in anatomograms of zebrafish, carp, and mouse model systems. Anatomical ontologies are used to map omics data across experiments and between an experiment and a particular visualization in a data-dependent manner. COMICS is built on top of several existing resources. Zebrafish and mouse anatomical ontologies with their controlled vocabulary (CV) and defined hierarchy are used with the ontoCAT R package to aggregate data for comparison and visualization. Libraries from the QGIS geographical information system are used with the R packages "maps" and "maptools" to visualize and interact with molecular expression data in anatomical drawings of the model systems. COMICS allows users to upload their own data from omics experiments, using any gene or protein nomenclature they wish, as long as CV terms are used to define anatomical regions or developmental stages. Common nomenclatures such as the ZFIN gene names and UniProt accessions are provided additional support. COMICS can be used to generate publication-quality visualizations of gene and protein expression across experiments. Unlike previous tools that have used anatomical ontologies to interpret imaging data in several animal models, including zebrafish, COMICS is designed to take spatially resolved data generated by dissection or fractionation and display this data in visually clear anatomical representations rather than large data tables. COMICS is optimized for ease-of-use, with a minimalistic web interface and automatic selection of the appropriate visual representation depending on the input data.Animal science

1989 as a mimetic revolution: Russia and the challenge of post-communism

Various terms have been used to describe the momentous events of 1989, including Jürgen Habermas’s ‘rectifying revolution,’ and my own notion of 1989 as a type of ‘anti-revolution’: repudiating not only what had come before, but also denying the political logic of communist power, as well as the emancipatory potential of revolutionary socialism in its entirety. In the event, while the negative agenda of 1989 has been fulfilled, it failed in the end to transcend the political logic of the systems that collapsed at that time. This paper explores the unfulfilled potential of 1989. Finally, 1989 became more of a counter- rather than an anti-revolution, replicating in an inverted form the practices of the mature state socialist regimes. The paucity of institutional and intellectual innovation arising from 1989 is striking. The dominant motif was ‘returnism,’ the attempt to join an established enterprise rather than transforming it. Thus, 1989 can be seen as mimetic revolution, in the sense that it emulated systems that were not organically developed in the societies in which they were implanted. For Eastern Europe ‘returning’ to Europe appeared natural, but for Russia the civilizational challenge of post-communism was of an entirely different order. There could be no return, and instead of a linear transition outlined by the classic transitological literature, Russia’s post-communism demonstrated that the history of others could not be mechanically transplanted from one society to another

МЕСТОРОЖДЕНИЕ ВЛАДИМИРСКОЕ (ВОСТОЧНЫЙ САЯН): ВОЗРАСТ ДАЙКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ И ОСОБЕННОСТИ ЛОКАЛИЗАЦИИ ЗОЛОТОГО ОРУДЕНЕНИЯ

The Vladimirskoe deposit is one of the largest gold ore deposits in the southeastern part of the Eastern Sayan. This work is devoted to the localization of mineralized zones and the determination of the formation time of gold mineralization.The geological and structural analysis has shown that second-order discontinuous disturbances accompanied by zones of beresitization, calcification, sulfidization and dyke bodies are the main ore-controlling structures of gold mineralization. For the first time, the age of rocks of dyke complexes and ore mineralized zones of the deposit has been established by 40Ar/39Ar dating methods.Месторождение Владимирское является одним из крупных золоторудных месторождений в юго-восточной части Восточного Саяна. Данная работа посвящена вопросам структурного контроля жильно-прожилковых золоторудных минерализованных зон и определению времени формирования золотого оруденения.В результате геолого-структурного анализа установлено, что разрывные нарушения второго порядка, сопровождаемые зонами березитизации, окварцевания, сульфидизации, как и дайковые тела, являются основными рудоконтролирующими структурами золотого оруденения. Впервые методом 40Ar/39Ar датирования установлен возраст пород дайковых комплексов и рудных жильно-прожилковых зон месторождения

ВОЗРАСТНЫЕ РУБЕЖИ И МЕТАЛЛОГЕНИЧЕСКОЕ ПРОГНОЗИРОВАНИЕ ЗОЛОТОРУДНЫХ МЕСТОРОЖДЕНИЙ АКЖАЛ-БОКО-АШАЛИНСКОЙ РУДНОЙ ЗОНЫ (АЛТАЙСКАЯ АККРЕЦИОННО-КОЛЛИЗИОННАЯ СИСТЕМА)

We present new age constraints for igneous rocks and ore-metasomatic formations of the gold deposits in the Akzhal-Boko-Ashalin ore zone. In terms of their ore formation, these deposits correspond mainly to the orogenic type, which generally reflects specific metallogeny of the West Kalba gold-bearing belt in East Kazakhstan. Gold-quartz veins and mineralized zones of the gold-sulphide formation are confined to fractures feathering regional NW-striking and sublatitudinal faults. Their common features include the following: gold-bearing veinlet-disseminated pyrite-arsenopyrite ores that are localized in carbonaceous-sandy-schist and turbidite strata of different ages; structural-tectonic control of mineralization, numerous dikes of medium-basic compositions in ore-control zones; and the presence of post-orogenic heterochronous granite-granodiorite rocks, although their relation to gold-ore mineralization is not obvious. Igneous rocks of the study area have similar ages in a narrow range from 309.1±4.1 to 298.7±3.2 Ma, which is generally consistent with the previously determined age of granitoid massifs of gold-ore fields in East Kazakhstan. A younger age (292.9±1.3 to 296.7±1.6 Ma) is estimated for felsic rocks of the dyke complex. For the ore mineralization, the 40Ar/39Ar dating of sericite from near-ore metasomatites yields two age intervals, 300.4±3.4 Ma and 279.8±4.3 Ma. A gap between of the ages of the ore mineralization and the igneous rocks is almost 20 Ma, which may indicate that the processes of ore formation in the ore field continued in an impulse-like pattern for at least 20 Ma. Nevertheless, this confirms a relationship between the hydrothermal activity in the study area and the formation and evolution of silicic igneous rocks of the given age interval, which belong to the Kunush complex, according to previous studies. This interpretation is supported by reconstructed tectonic paleostress fields, showing that directions of the main normal stress axes changed during the ore mineralization stage, which is why the ore bodies significantly differ in their orientations. The above-mentioned data are the first age constraints for the study area. Additional age determinations are needed to further improve understanding of the chronology of ore-forming processes. Actually, all the features characterizing the gold mineralization of the Akzhal, Ashalin and Dauba ore fields, including the data on lithology, stratigraphy, structural tectonics, magmatism, isotope geochronology, mineralogy and geochemistry, can be used as criteria when searching for similar ore fields in East Kazakhstan.Представлены новые данные о возрасте магматических пород и рудно-метасоматических образований на золоторудных месторождениях Акжал-Боко-Ашалинской рудной зоны. Месторождения по своей рудно-формационной принадлежности более всего соответствуют орогенному типу золоторудных месторождений, что в целом отражает металлогеническую специфику Западно-Калбинского золотоносного пояса Восточного Казахстана. Оруденение представлено золотокварцевыми жилами и минерализованными зонами золотосульфидной формации и приурочено к разрывам, оперяющим региональные северо-западные и субширотные разломы. Общим для них является локализация золотосодержащих прожилково-вкрапленных пирит-арсенопиритовых руд в углеродисто-песчаносланцевых и турбидитовых толщах разного возраста, структурно-тектонический контроль оруденения, частое присутствие в рудоконтролирующих зонах даек среднеосновного состава, проявление посторогенных разновозрастных интрузивных гранит-гранодиоритовых пород, связь золотого оруденения с которыми неочевидна. Возраст магматических пород района показал близкие величины в узком интервале значений – от 309.1±4.1 до 298.7±3.2 млн лет, что в целом согласуется с ранее установленным возрастом гранитоидных массивов золоторудных полей Восточного Казахстана. Несколько более молодой возраст получен для кислых пород дайкового комплекса в диапазоне от 292.9±1.3 до 296.7±1.6 млн лет. Возраст формирования рудной минерализации, по данным 40Ar/39Ar исследования серицита из околорудных метасоматитов, показал два уровня: 300.4±3.4 и 279.8±4.3 млн лет. В целом, отрыв возраста минерализации от возраста магматических пород почти на 20 млн лет может свидетельствовать о том, что процессы рудообразования импульсно продолжались в рудном поле на протяжении как минимум 20 млн лет, что, тем не менее, подтверждает связь гидротермальной деятельности в районе со становлением и эволюцией кислых магматических пород данного возрастного уровня, относимых предшественниками к кунушскому комплексу. В пользу такой интерпретации свидетельствуют результаты восстановления полей тектонических палеонапряжений, показывающие, что в течение рудного этапа происходила смена направлений осей главных нормальных напряжений, обусловившая формирование рудных тел существенно различных направлений. Полученные возрастные характеристики являются первыми для района и должны быть в будущем дополнены для более четкого понимания хронологии рудообразующих процессов. Все приведенные характеристические признаки золотого оруденения Акжальского, Ашалинского и Даубайского рудных полей (литологические, стратиграфические, структурно-тектонические, магматические, изотопногеохронологические, минералого-геохимические) являются, по сути, критериями поиска подобного рода оруденения в Восточном Казахстане

ДВА ЭТАПА КАЙНОЗОЙСКОГО ЩЕЛОЧНО-БАЗАЛЬТОВОГО ВУЛКАНИЗМА ДАРХАТСКОЙ ВПАДИНЫ (СЕВЕРНАЯ МОНГОЛИЯ) – ГЕОХРОНОЛОГИЯ, ГЕОХИМИЯ И ГЕОДИНАМИЧЕСКИЕ СЛЕДСТВИЯ

The isotopic data showed that there are two stages distinguished in the Cenozoic history of the Darkhad depression volcanic activity, the Late Oligocene initial stage (~28.0–26.6 Ma) and the final Late Miocene – Early Pliocene stage (~5.8–4.2 Ma). It has been stated that the rocks of the initial stage are only represented by trachybasalts; however, among the final-stage basaltoids there are series of shield-volcano hawaite-basanite-phonotephrite rocks and compex trachybasaltic "valley" lava flows, the formation of which is the last stage in the territorial volcanic evolution. It has been shown that the initial-stage trachybasaltic andesites are characterized by their enrichment of TiO2, P2O5, Sr, Zn, Ga and low concentrations of Al2O3, MnO, CaO, Sc and HREE (La/Yb=27.2–30.2). Basaltoids of the final stage have a similar rare-element distribution and show an increase in the contents of TiO2, Al2O3, P2O5, LILE, HFSE, Th, U and in the degree of fractionation of REE (La/Yb from 12.2 to 20.9) towards the rocks alkalinity enhancement. Modeling of eclogite, pyroxenite and peridotite melting processes in the La/Yb – Sm/Yb system shows that trachybasaltic andesite melts could be formed at ~7–8 % melting of eclogitic matter or at ~10–11 % melting of Grt-containing pyroxenites, with trachybasalt formed at ~3 % melting of Grt-containing peridotites. The composition distribution of rocks in coordinates (Mg# – Fe/Mn) indicates that the parental magmas are the initial-stage trachybasaltic andesite magmas as well as the Early Pliocene trachybasaltic "valley" lava flows. Sr, Nd, Pb isotope characteristics of the Darkhad depression basaltoids show significant shift of isotopic ratios in time towards the relatively enriched mantle as compared with the depleted MORB mantle. The initial formation of trachybasaltic andesite melts occurred in the Late Oligicene at the pre-rift stage of the territory development involving metasomatized mantle matter, with the pyroxenite or eclogite component contained in the magma formation source. The origin of trachybasalt magmas of the final stage is associated with the processes of decompression melting of peridotites in a weakly metasomatized lithospheric mantle at the rift stage of the Darkhad structure development.На основе данных изотопного датирования в кайнозойской истории вулканической активности Дархатской впадины Северной Монголии выделены два этапа – инициальный позднеолигоценовый этап (~28.0–26.6 млн лет) и заключительный позднемиоцен-раннеплиоценовый этап (~5.8–4.2 млн лет). Установлено, что породы раннего инициального этапа представлены исключительно трахиандезибазальтами, а среди базальтоидов заключительного этапа выделяется гавайит-базанит-фонотефритовая серия пород щитовых вулканических построек и комплекс трахибазальтов «долинных» лавовых толщ, формирование которых завершает вулканическое развитие территории. Показано, что для трахиандезибазальтов инициального этапа характерными являются их относительное обогащение TiO2, P2O5, Sr, Zn, Ga и низкие концентрации Al2O3, MnO, CaO, Sc и HREE (La/Yb=27.2–30.2). Базальтоиды заключительного этапа демонстрируют рост содержаний TiO2, Al2O3, P2O5, LILE, HFSE, Th, U и увеличение степени фракционирования REE (La/Yb от 12.2 до 20.9) в направлении увеличения щелочности пород. Моделирование процессов плавления эклогитов, пироксенитов и перидотитов в системе La/Yb – Sm/Yb показывает, что трахиандезибазальтовые расплавы могли быть сформированы при ~7–8%-ном плавлении эклогитового вещества или ~10–11%-ном – Grt-содержащих пироксенитов, а трахибазальтовые расплавы образуются при ~2–3%-ном плавлении Grt-содержащих перидотитов. Распределение составов пород в координатах Mg# – Fe/Mn указывает на то, что к исходным магмам относятся трахиандезибазальты инициального этапа и раннеплиоценовые трахибазальты «долинных» лавовых толщ. Изотопные характеристики Sr, Nd и Pb базальтоидов Дархатской впадины демонстрируют значимое смещение значений изотопных отношений во времени в направлении от относительно обогащенной мантии к деплетированной мантии MORB типа. Формирование трахиандезибазальтовых расплавов на инициальном этапе происходило в позднем олигоцене на предрифтовой стадии развития территории с вовлечением в область магмообразования вещества метасоматизированной мантии с участием пироксенитового или эклогитового компонента. Происхождение позднемиоцен-раннеплиоценовых щелочно-базальтовых магм заключительного этапа связано с процессами декомпрессионного плавления перидотитов слабометасоматизированной литосферной мантии на рифтогенной стадии развития Дархатской структуры

第840回千葉医学会整形外科例会 26.

List of the 89 dissected tissues from 19 organs from adult Carps (1 male, 3 female) and their read counts. Total read count was 512.134.436 averaging ~5.754.320 reads per sample. Additionally two 5 dpf embryos were sampled. (XLSX 12 kb

第776回 千葉医学会例会・第12回 千葉大学放射線医学教室例会 17.

Visualisations of carp organ data. Visualisations that can be used with the supplied R-script. (ZIP 2148 kb

Marine Scientific Expeditions during IPY: Opportunities for Upgrading Bathymetric Maps of the Arctic and Southern Oceans

Bathymetric mapping remains incomplete in the Arctic and Southern Oceans. Some proposed International Polar Year activities could help improve the situation by collecting new soundings during vessel transits to and from their operating areas, and by making their observations available for inclusion in existing international databases