The importance of pseudouridylation: human disorders related to the fifth nucleoside

Pseudouridylation is one of the most abundant RNA modifications in eukaryotes, making pseudouridine known as the “fifth nucleoside.” This highly conserved alteration affects all non-coding and coding RNA types. Its role and importance have been increasingly widely researched, especially considering that its absence or damage leads to serious hereditary diseases. Here, we summarize the human genetic disorders described to date that are related to the participants of the pseudouridylation process

Csontanyagcsere és szív-érrendszeri rizikófaktorok klinikai és genetikai vizsgálata urémiás és transzplantált gyermekekben, valamint állatkísérletes modellen. = Clinical, molecular genetic evaluation and animal model of risk factors influencing the cardiovascular system and bone metabolism in children with uraemia and following renal transplantation.

Nem invazív módszerrel vizsgálatuk a kardiovaszkuláris rizikófaktorokat veseelégtelen (CRF) és transzplantált (Tx) gyermekekben. Az autonóm idegrendszeri diszfunkciót (AID) a szívfrekvencia variabilitással (HRV), az érfalmerevséget a pulzushullám terjedési sebességgel (PWV) jellemeztük. Megállapítottuk, hogy AID már gyermekkorban megfigyelhető és elsősorban a fokozott szimpatikotónussal függ össze. Ez Tx után reverzibilis. A PWV mérésénél megállapítottuk, hogy gyermekkori normálértékek meghatározására van szükség. CRF-ben az érfalmerevség fokozott, ez a kalcium, foszfát, és csontanyagcsere zavarával illetve a dialízisben eltöltött idővel függ össze Génpolymorfizmusok. Vizsgáltuk a hősokk-proteinek (HSP) és a toll-like receptorok (TLR) hatását gyermekkori rekurráló húgyúti fertőzésekre (UTI) illetve Tx utáni grafttúlélésre. Megállapítottuk, hogy HSPA1B 1267G és a TLR4 896G allélek UTI-ra hajlamosítanak, függetlenül az egyéb rizikótényezőktől. Ez a terápiás stratégia (tartós kemoprofilaxis) újragondolására késztet. A TLR4 299G allél kapcsolata a hosszú távú grafttúléléssel arra utal, hogy csökkent a proinflammatorikus válasz, ami akut rejekció elleni védelemhez vezet. A HSP72 1267G jelenléte a citoprotektív funkció és a graft túlélés közötti kapcsolatra utal. Patkénymodellen postischemiás akut veseelégtelenségben vizsgáltuk a Na/K ATP-áz működését és lokalizációját. Jelentős különbség volt kimutatható a nőstények javára, amit a HSP rendszer eltérő működése okoz. | Autonomic nervous dysfunction (AND) and arterial stiffness (AS) are independent cardiovascular risk factors in chronic renal failure (CRF). They were studied in children with CRF and following transplantation (Tx) by means of heart rate variability (HRV) and pulse wave velocity (PWV) respectively. AND was already present in children with CRF, it could be attributed to sympathetic overactivity and proved to be reversible following Tx. We established pediatric normal values for PWV. PWV was increased in CRF in connection with the disturbed calcium-, phosphate-, and bone metabolism and the time spent on dialysis. Gene polymorphisms. We studied the role of the heat shock proteins (HSP) and the toll like receptors (TLR) on recurrent urinary tract infections (UTI) and on long-term graft survival following Tx. The presence of the alleles HSPA1B 1267G and TLR4 896G increase the risk of recurrent UTI independently of other factors, suggesting the need to reconsider the actual therapeutic strategies (chemoprophylaxis). TLR4 299G was coupled with long term graft survival, indicating a decreased proimflammatory response and protection against acute rejection. The presence of HSP72 1267G is cytoprotective and increases graft survival. The function and emplacement of the renal tubular Na/ATP-ase pump was characterized in a rat model. A striking gender difference was found favoring females due to the difference of the HSP system

QMPSF is sensitive and specific in the detection of NPHP1 heterozygous deletions

BACKGROUND: Nephronophthisis, an autosomal recessive nephropathy, is responsible for 10% of childhood chronic renal failure. The deletion of its major gene, NPHP1, with a minor allele frequency of 0.24% in the general population, is the most common mutation leading to a monogenic form of childhood chronic renal failure. It is challenging to detect it in the heterozygous state. We aimed to evaluate the sensitivity and the specificity of the quantitative multiplex PCR of short fluorescent fragments (QMPSF) in its detection. METHODS: After setting up the protocol of QMPSF, we validated it on 39 individuals diagnosed by multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) with normal NPHP1 copy number (n=17), with heterozygous deletion (n=13, seven parents and six patients), or with homozygous deletion (n=9). To assess the rate of the deletions that arise from independent events, deleted alleles were haplotyped. RESULTS: The results of QMPSF and MLPA correlated perfectly in the identification of 76 heterozygously deleted and 56 homozygously deleted exons. The inter-experimental variability of the dosage quotient obtained by QMPSF was low: control, 1.05 (median; range, 0.86-1.33, n = 102 exons); heterozygous deletion, 0.51 (0.42-0.67, n = 76 exons); homozygous deletion, 0 (0-0, n = 56 exons). All patients harboring a heterozygous deletion were found to carry a hemizygous mutation. At least 15 out of 18 deletions appeared on different haplotypes and one deletion appeared de novo. CONCLUSIONS: The cost- and time-effective QMPSF has a 100% sensitivity and specificity in the detection of NPHP1 deletion. The potential de novo appearance of NPHP1 deletions makes its segregation analysis highly recommended in clinical practice

9p triszómia és a klinikai sokszínűség

Absztrakt: A 9-es kromoszóma rövid karjának (9p) teljes vagy részleges triszómiáját a gyakoribb, élettel összeegyeztethető kromoszóma-rendellenességek között tartjuk számon. A szindróma valamennyi szervrendszert érintheti, az arc és a koponya fejlődési rendellenességeinek előfordulási gyakorisága a legmagasabb. Jellemző még a típusos arckarakter és az ujjakat, körmöket érintő elváltozások. Betegünk, egy 1 hónapos fiúcsecsemő kamrai sövényhiány (VSD), veleszületett csípőficam, sárgaság, elégtelen súlygyarapodás és diszmorfiás arcvonások miatt került felvételre. Megfigyelése alatt dekompenzációs tüneteket észleltünk. A kardiológiai konzílium jelentős VSD-t, aortaív-hypoplasiát, pulmonalis hypertoniát, dekompenzált keringési elégtelenséget és mérsékelt balkamra-diszfunkciót véleményezett. Rutin citogenetikai vizsgálat során egy szám feletti marker kromoszómát azonosítottunk. Fluoreszcens in situ hibridizációs (FISH-) vizsgálattal kimutattuk, hogy a marker a 9-es kromoszóma rövid karjával azonos. A gyermek karyotypusa: 47,XY,+der(9)dup(9)(p10p24)dn. Fokozódó állapotromlása és a magas műtéti kockázat miatt a beavatkozásra nem került sor; a kisgyermek rövid palliatív ellátást követően elhunyt. A gyermek klinikai képe, állapotának szokatlan súlyossága kiváló példája annak, hogy a genetikai anyag többletét okozó kromoszomális eltérések rendkívüli heterogén fenotípusokat okozhatnak. Ez a heterogenitás nem csupán a diagnosztikát nehezíti meg, hanem a terápia mértékének és jellegének, oki vagy palliatív voltának megítélését is, mely ezért minden esetben egyéni mérlegelést igényel. Orv Hetil. 2018; 159(47): 1994–2000. | Abstract: Whole or partial trisomy of the short arm of chromosome 9 (9p) is considered to be one of the more frequent chromosome abnormalities compatible with life. The duplication may affect various organs, however the most common symptoms are certain specific facial dysmorphisms and abnormalities of the fingers, toes and nails. A one month old boy presented with failure to thrive, jaundice, ventricular septal defect (VSD) and dysmorphic face. He displayed symptoms of heart failure. The cardiologic examination revealed a significant VSD, hypoplasia of the aortic arch, pulmonary hypertension, decompensated circulatory failure and moderate left ventricle dysfunction. Routine cytogenetic analysis revealed a supernumerary marker chromosome. Fluorescence in situ hybridization (FISH) identified this as the short arm of chromosome 9. The child’s karyotype was determined as 47,XY,+der(9)dup(9)(p10p24)dn. Due to his worsening condition and the high risk of the operation, it was decided to forego the procedure. After a short palliative care the child passed away. The child’s clinical presentation and the uncharacteristic severity of his condition show that chromosome abnormalities involving duplicated genetic material are extremely heterogeneous. Thus treatment of each child should be individualized and may also involve difficult ethical considerations. Orv Hetil. 2018; 159(47): 1994–2000

SELECTIVE MEASUREMENT OF α SMOOTH MUSCLE ACTIN: WHY β-ACTIN CAN NOT BE USED AS A HOUSEKEEPING GENE WHEN TISSUE FIBROSIS OCCURS

Abstract Background Prevalence of fibroproliferative diseases, including chronic kidney disease is rapidly increasing and has become a major public health problem worldwide. Fibroproliferative diseases are characterized by increased expression of α smooth muscle actin (α-SMA) that belongs to the family of the six conserved actin isoforms showing high degree homology. The aim of the present study was to develop real-time PCRs that clearly discriminate α-SMA and ß-actin from other actin isoforms. Results Real-time PCRs using self-designed mouse, human and rat specific α-SMA or ß-actin primer pairs resulted in the specific amplification of the artificial DNA templates corresponding to mouse, human or rat α-SMA or ß-actin, however ß-actin showed cross-reaction with the housekeeping γ-cyto-actin. We have shown that the use of improperly designed literary primer pairs significantly affects the results of PCRs measuring mRNA expression of α-SMA or ß-actin in the kidney of mice underwent UUO. Conclusion We developed a set of carefully designed primer pairs and PCR conditions to selectively determine the expression of mouse, human or rat α-SMA and ß-actin isoforms. We demonstrated the importance of primer specificity in experiments where the results are normalized to the expression of ß-actin especially when fibrosis and thus increased expression of α-SMA is occur