Criptococosis meníngea de 1990 a 1995: hallazgos de laboratorio

Cryptococcus neoformans, the causative organism of cryptococcosis, has been diagnosed, had its isolates confirmed and its varieties and serotypes determined by the National Health Institute's Microbiology Laboratory during the past 15 years. From 1990 to 1995, 1,761 cerebral spinal fluid (CSF) samples and 1,068 sera have been received for study; additionally, 66 isolates have been received for confirmation. Two hundred and fotty cases of cryptococcosis have been determined from these samples over a six year period. Patients have been classified into three groups according to HIV serological test results, 151 (62.9%) were HIV positive, 43 (17.9%) HIV negative and in 46 cases (19.2%) the data could not be obtained. The oercentaae of HIV oositive oatients with ciyptoco~cosisin creased from the 26.7% obsehed in 1& O to 80.4% in 1995. The entity was presented with greater frequency in men (80.4%) than in women (19.6%) and in the 21 to 40 age group (55%), this being most in evidence in the HIV positive group (67.5%). Sera sensitivity and negative predictive values (NPV) from direct examination and latex agglutination in CSF presented higher values in HIV positive patients. The great increase in cryptococcosis cases is a reflection of the increase of AlDS cases in Colombia, an epidemic which has clearly shown this mycosis oppottunist character.El Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud ha prestado, durante los últimos 15 años, los servicios de diagnóstico, confirmación de aislamientos y determinación de las variedades y serotipos de Cryptocococcus neoformans, agente de la criptococosis. Entre 1990 y 1995, se recibieron 1.761 muestras de líquido cefalorraquídeo (LCR) y 1 .O68 sueros para el estudio de esta micosis; adicionalmente, se recibieron 66 aislamientos para confirmación. A partir de estas muestras, se diagnosticaron 240 casos de criptococosis en el período de seis anos. Los pacientes se clasificaron en tres grupos según los resultados de la prueba serológica para VIH: 151 (62,9%) VIH positivos, 43 (17,9%) VIH negativos y 46 (19,2%) sin el dato. El porcentaje de pacientes VIH positivos con criptococosis se incrementó de 26,7%, n 1990, a 80,4% en 1995. La entidad se presentó con mayor frecuencia en hombres (80,4%) que en mujeres (19,6%) y en el grupo de 21 a 40 años (55%), lo que fue más evidente en el grupo VIH positivos (67,5%). La sensibilidad y el valor predictivo negativo (VPN) del examen directo y de la aglutinación de látex en LCR y en suero presentaron valores más altos en los pacientes VIH positivos. El gran aumento en el número de casos de criptococosis es un reflejo del incremento de casos de SlDA en Colombia, epidemia que ha puesto de manifiesto el carácter oportunista de esta micosis

Paracoccidioidomicocis: definición de las áreas endémicas de Colombia

An endemic disease is one that is constantly present within a geographical area or population group; the definition of endemia also encompasses the usual prevalence of a disease within a defined area or a determined group. The aim of this work was to establish the endemicity of paracoccidioidomycosis in the 32 Colombian departments (political divisions) and to associate it with certain geographical characteristics such as altitude. A retrospective study was carried out from 1949 to 1999. The data collected referred to the year of diagnosis and patients' residence locality, while the information was derived from four different mycology laboratories, two pathology services and the Colombian publications on the disease. The incidence rate for department was obtained from three individual censuses. 1973, 1985 and 1993. as well as from projections for 1990 and 1995. Definition of endemic areas was based on the distribution of case frequencies by place and time. Statistical rneasurements used were the median and the quartiles. In the 50-year period 1,191 cases had been recorded and were analyzed here. Based on the total number of cases diagnosed for department, 9 were classified as endemic, having reported more than 32 cases per year; 8 of them belonged to the Andean region and 1 to the Sierra Nevada of Santa Marta. Eighteen departments were catalogued as low endemic regions, as they had reported only 2-27 cases, while the remaining 5 reported 1 or no cases and were considered non-endemic. In the period from 1980 to 1998, 8 departments diagnosed the disease regularly for 13-19 years, and they were classified as endernic. Fifteen departments were considered of low endemicity as they informed the rnycosisfor only 2-12 years. while 10 were regarded as non-endemic because they informed cases for less than 1 year Both analyses agreed in cataloguing 8 departments as endemic. The higher national incidence was obtained in 1980 with 2.4 patients/1'000.000 inhabitants. The incidence rate of the disease was found to be an inadequate pararneter to define endemicity. The findings corroborate that the distribution of paracoccidioidomycosis in Colombia is heterogeneous, and, additionally, offer an alternative way to study the habitat of the etiological agent.Una enfermedad endémica es aquélla que se presenta constantemente en un área geográfica o en un grupo de población; la definición de endemia abarca, también, la prevalencia usual de una enfermedad en un área o grupo determinado. El objetivo de este estudio fue el establecer la endemicidad de la paracoccidioidomicosis en los 32 departamentos colombianos y asociarla con algunas de las caracteristicas geográficas correspondientes a estas áreas. Se realizó un estudio retrospectivo de 1949 a 1999, para el cual sirvieron como fuentes de información cuatro laboratorios de micología, dos servicios de patologia y, además, la literatura colombiana. Las principales variables consignadas fueron el año de diagnóstico y la procedencia de los pacientes. Se calcularon las tasas de incidencia por departamento con base en los censos de 1973, 1985, 1993 y en sus proyecciones para 1990 y 1995. La definición de áreas endémicas estuvo basada en la distribución de los casos por lugar y tiempo, usando como medidas estadísticas la media y los cuartiles. Estas medidas se aplicaron al total de casos diagnosticados por departamento y a su diagnóstico anual. Se analizaron 1.191 casos en un periodo de 50 años. Con base en el número total de casos diagnosticados por departamento, 9 de ellos se clasificaron como endémicos ya que informaron más de 32 casos por año; 8 correspondieron a la región andina y 1 a la Sierra Nevada de Santa Marta. Dieciocho departamentos se catalogaron como regiones de baja endemicidad (2-27 casos) y los 5 restantes, como no endémicos (1 caso). Entre 1980-1998 y con base en el diagnóstico anual de casos, se encontraron 8 departamentos que habían diagnosticado la enfermedad por periodos de 13 a 19 años, lo que permitió clasificarlos como endémicos; adicionalmente. 15 fueron considerados de baja endemicidad, con base en un período de diagnóstico de 2 a 12 años: los restantes 10 fueron clasificados como no endémicos por haber informado la entidad solamente en un 1 año. Ambos análisis coincidieron en catalogar 8 de los departamentos como endémicos. La incidencia nacional más alta se obtuvo en 1980 con 2,4 pacientes/1'000.000 habitantes. La tasa de incidencia de la enfermedad no constituyó un parámetro adecuado para la definición de endemicidad. Estos hallazgos corroboran que la distribución de la paracoccidioidomicosis en Colombia es heterogénea y, además. ofrecen una alternativa para determinar el hábitat del agente etiológico por medio de estudios de campo

Valor de las pruebas inmunológicas en el diagnóstico de las enfermedades micóticas: experiencia de un centro de referencia

lmmunological tests have been widely used as indirect evidence of mycotic infection and have diagnostic value. Some of these tests can be easily adapted to be used in laboratories having a lower level of complexity. The National lnstitute of Health's Microbiology Group's Micology Laboratory is a reference centre for the diagnosis of systemic mycoses in Colombia. Thus, and having the intention of establishing a national network, four regional laboratories were selected and their personnel trained in immunological techniques so that they could carry out histoplasmosis and paracoccidioidomycosis diagnoses. The techniques employed were immunodifusion (ID), for histoplasmosis, paracoccidioidomycosis and aspergillosis, complement fixation (CF) for histoplasmosi and paracoccidioidomycosis and latex agglutination tests for antigenaemia in cryptococosis. In a period of 7 years (1990-19976), the laboratories processed 6,841 sera samples, corresponding to 6,411 patients having diagnoses compatible with systemic mycosis. The four regional laboratories analysed 1,918 (28%) samples and the reference centre 4,923 (72%). Total reactivity was 13.5% (923/6,841), broken down as follows: histoplasmosis 42.5%, paracoccidioidomycosis 33% cryptococosis 21 2% and aspergillosis 3.3%. The total number of diagnosed cases was 441: 155 histoplasmosis, 120 paracoccidioidomycosis, 138 cryptococcosis and 28 aspergillosis. The use of the ID technique in the regional centres allowed the diagnosis of 31% of patients as having histoplasmosis, 41.6% having paracoccidoidomycosis and 53.6% as having aspergillosis, which indicates that early diagnosis can be carried at regional level. The ID test sensitivity and simplicity constitute an excellent resource for those laboratories having less complexity, at regional level, which operate in endemic areas.Las pruebas inmunológicas han sido ampliamente utilizadas como evidencia indirecta de infección micótica y tienen valor diagnóstico; algunas de estas pruebas pueden ser fácilmente adaptadas en los laboratorios con un bajo nivel de complejidad. El Laboratorio de Mitología del Grupo de Microbiología del lnstituto Nacional de Salud es centro de referencia para el diagnóstico de las micosis sistémicas en el país; por tal motivo y con el fin de establecer una red nacional, se seleccionaron cuatro laboratorios regionales y se entrenó personal en técnicas inmunológicas para realizar el diagnóstico de la histoplasmosis y de la paracoccidioidomicosis. Las técnicas empleadas fueron: inmunodifusión (ID) para histoplasmosis, paracoccidioidomicosis y aspergilosis; fijación de complemento (FC) para histoplasmosis y paracoccidioidomicosis y, aglutinación con partículas de látex para la antigenemia en la criptococosis. En un período de 7 años (1990 -1996), los laboratorios procesaron 6.841 muestras de suero correspondientes a 6.411 pacientes con diagnósticos compatibles con micosis sistémicas. Los cuatro laboratorios regionales analizaron 1.918 muestras (28%) y el centro de referencia, 4.923 (72%). La reactividad total fue de 13,5% (923/6.841), discriminada así: histoplasmosis, 42,5%; paracoccidioidomicosis, 33%; criptococosis, 21,2%, y aspergilosis, 3,3%. El número total de casos diagnosticados fue de 441: 155 histoplasmosis, 120 paracoccidioidomicosis, 138 criptococosis y 28 aspergilosis. El empleo de la ID en los centros regionales permitió el diagnóstico de 31% de los pacientes con histoplasmosis, de 41,6% de los pacientes con paracoccidioidomicosis y 53,6% de los pacientes con aspergilosis, lo cual indica que el diagnóstico precoz se puede realizar a nivel regional. La sensibilidad y la simplicidad de la prueba de ID constituye un excelente recurso para los laboratorios de baja complejidad, a nivel regional, que operan en áreas endémicas

Caracterización de un brote de infección por Acinetobacter baumannii en una unidad de cuidado crítico en Bogotá, Colombia Characterization of an outbreak infection caused by Acinetobacter baumannii in an intensive care unit, in Bogotá, Colombia

Objetivo:caracterización de un brote de infección por Acinetobacter baumannii y determinación de los factores asociados. Diseño: estudio de casos y controles anidado en una cohorte de pacientes críticos entre octubre de 2003 y marzo de 2004. Criterios de inclusión: haber estado hospitalizado en la unidad de cuidados intensivos en el mismo periodo y ser sometidos a procedimientos invasivos. Se excluyeron los pacientes que fallecieron en las primeras 24 horas de haber ingresado a la unidad de cuidados intensivos o que habían sido remitidos de otras instituciones. Se evaluó edad, sexo, antecedentes de enfermedad crónica, índice de intervención terapéutica (therapeutic index score system, TISS), tiempo de uso de dispositivos invasivos, tipo de nutrición, exposición previa a antibióticos, procedimiento quirúrgico, tiempo de exposición y estancia. La investigación epidemiológica de los aislamientos incluyó la tipificación molecular mediante electroforesis en gel de campo pulsado. Resultados: los aislamientos de A. baumannii provenientes de los pacientes infectados y de los cultivos de vigilancia fueron resistentes a múltiples antibióticos. Los aislamientos se encontraron relacionados genéticamente con un porcentaje de similitud mayor del 97%. Se encontró asociación estadísticamente significativa entre la infección de A. baumannii y un mayor puntaje de intervención terapéutica durante la hospitalización (p=0,030), uso de nutrición parenteral (p=0,030) y tiempo de exposición (p=0,02 super indice 2). Conclusiones: la infección por A. baumannii se asoció a un mayor índice de intervención terapéutica, al uso de nutrición parenteral y al tiempo de exposición. Los aislamientos se encontraron relacionados genéticamente.Objective: Epidemiological and molecular characterization of an outbreak infection caused byAcinetobacter baumannii and the determination of the associated factors. Design: Case-control study nested in a cohort of patients hospitalized in the intensive care unit (ICU) between October 2003 and March 2004. Inclusion criteria: patients that had been hospitalized in the ICU during the same period of time and patients who underwent an invasive procedure. Patients who died during the first 24 hours of admission to the ICU or those submitted or referred from another institution were excluded. Age, gender, past medical history of chronic disease, therapeutic index score system (TISS), time of use of invasive devices, type of nutrition support, previous exposure to antibiotics, surgical procedure, time of exposition and length of stay at the ICU were assessed. The epidemiological research of the isolates included molecular typification through pulse-field gel electrophoresis. Results: The isolates of A. baumannii obtained from infected patients and those from the surveillance cultures were resistant to multiple antibiotics. The isolates were found to be genetically related, with a similarity percentage of more than 97%. A significant statistic relationship was found between infections by A. baumannii, with a higher therapeutic intervention score system during the ICU hospitalization (p=0.030), parenteral nutrition support (p=0.030), and exposure duration (p=0.02). Conclusions: Infection by A. baumannii was associated to a higher therapeutic intervention score system, parenteral nutrition support (p=0.030), and exposition duration (p=0.02). A. baumannii isolates were found to be genetically related

Multicentre surveillance of antimicrobial resistance in enterococci and staphylococci from Colombian hospitals, 2001-2002

Se recolectaron aislamientos invasivos de estafilococos y enterococos de 15 centros de atención terciaria en ciudades colombianas vivas entre 2001 y 2002. Un total de 597 aislamientos estuvieron disponibles para análisis. La identificación se confirmó mediante métodos automatizados y ensayos de PCR multiplex en un laboratorio central. Staphylococcus aureus y estafilococos coagulasa negativos (CoNS) correspondieron al 49,6% y 29,6% de los aislamientos, respectivamente, y el 20,8% se identificaron como enterococos. Las CIM de ampicilina, ciprofloxacina, cloranfenicol, eritromicina, gentamicina, linezolid, oxacilina, rifampicina, teicoplanina, tetraciclina, trimetoprim / sulfametoxazol (SXT) y vancomicina se determinaron utilizando un método de dilución en agar según fuera apropiado. El cribado de S. aureus resistente a la vancomicina también se llevó a cabo en placas de agar con infusión de cerebro-corazón suplementadas con vancomicina. Se investigó la presencia de genes mecA y van en estafilococos resistentes a meticilina y enterococos resistentes a glucopéptidos (GRE), respectivamente. Todos los estafilococos fueron sensibles a vancomicina, teicoplanina y linezolid. No se encontraron aislados VISA. En S. aureus y CoNS, las tasas más bajas de resistencia se encontraron para SXT (7,4%) y cloranfenicol (10,7%), respectivamente. La resistencia a la oxacilina en S. aureus y CoNS fue de 52% y 73%, respectivamente. El gen mecA se detectó en el 97,5% de los aislados de S. aureus resistentes a la meticilina. En enterococos, la resistencia a glicopéptidos fue del 9,7%: se encontraron genes vanA (58,3%) y vanB (41,7%). La electroforesis en gel de campo pulsado indicó que los aislados de GRE estaban estrechamente relacionados. Las tasas de resistencia a ampicilina, ciprofloxacina, cloranfenicol, rifampicina y niveles altos de gentamicina y estreptomicina fueron 9. 7%, 27,4%, 8,9%, 43%, 17% y 28,2%, respectivamente. Todos los enterococos fueron sensibles a linezolid.Invasive isolates of staphylococci and enterococci were collected from 15 tertiary care centres in live Colombian cities from 2001 to 2002. A total of 597 isolates were available for analysis. Identification was confirmed by both automated methods and multiplex PCR assays in a central laboratory. Staphylococcus aureus and coagulase-negative staphylococci (CoNS) corresponded to 49.6% and 29.6% of isolates, respectively, and 20.8% were identified as enterococci. MICs of ampicillin, ciprofloxacin, chloramphenicol, erythromycin, gentamicin, linezolid, oxacillin, rifampicin, teicoplanin, tetracycline, trimethoprim/sulfamethoxazole (SXT) and vancomycin were determined using an agar dilution method as appropriate. Screening for vancomycin-resistant S. aureus was also carried out on brain-heart infusion agar plates supplemented with vancomycin. The presence of mecA and van genes was investigated in methicillin-resistant staphylococci and glycopeptide-resistant enterococci (GRE), respectively. All staphylococci were susceptible to vancomycin, teicoplanin and linezolid. No VISA isolates were found. In S. aureus and CoNS, the lowest rates of resistance were found for SXT (7.4%) and chloramphenicol (10.7%), respectively. Resistance to oxacillin in S. aureus and CoNS was 52% and 73%, respectively. The mecA gene was detected in 97.5% of methicillin-resistant S. aureus isolates. In enterococci, resistance to glycopeptides was 9.7%: vanA (58.3%) and vanB (41.7%) genes were found. Pulsed-field gel electrophoresis indicated that the GRE isolates were closely related. Rates of resistance to ampicillin, ciprofloxacin, chloramphenicol, rifampicin and high levels of gentamicin and streptomycin were 9.7%, 27.4%, 8.9%, 43%, 17% and 28.2%, respectively. All enterococci were susceptible to linezolid