La moniliose du cacaoyer

La moniliose du cacaoyer due à Moniliophthora roreri cause depuis près d'un siècle de très sérieux dégâts dans plusieurs pays d'Amérique latine. Le champignon attaque les cabosses, et, après une période d'incubation de 40 à 60 jours, des taches brunes apparaissent, rapidement suivies du développement d'un épais feutrage de spores, constituant l'inoculum secondaire. Les méthodes de lutte utilisées mettent en oeuvre l'application de fongicides et de techniques culturales visant à réduire la source d'inoculum et à freiner le développement de la maladie. Ces méthodes sont cependant peu rentables et l'orientation est à la recherche de sources de résistance intrinsèque, par le biais d'inoculations artificielles. (Résumé d'auteurs

Conditions de développement de symptômes de Lasiodiplodia theobromae sur cacao, in vitro

Les champignons des genres Calonectria et Lasiodiplodia sont souvent associés aux blessures occasionnées par les piqures des mirides, et peuvent causer des nécroses importantes sur les parties aériennes du cacaoyer. Ces nécroses peuvent conduire progressivement à la mort de l'arbre. Les travaux menés au CIRAD Montpellier dans le cadre du projet CFC/ICCOlBioversity " Cocoa Productivity and Quality Improvement, a Participatory Approach " visaient à développer un test d'inoculation dans le double objectif de comparer l'agressivité de souches de Lasiodiplodia et/ou Calonectria provenant de plusieurs pays et d'évaluer le niveau de résistance à ces champignons de clones de cacaoyers présents dans la serre de Montpellier. Nous avons reçu et identifié à l'aide des séquences ITS, comme appartenant à Lasiodiplodia theobromae, 2 souches du Cameroun, 2 souches du Nigeria, 1 souche de Côte d'Ivoire et 2 souches de Guyane. Nous avons donc focalisé notre étude sur cette espèce. En raison de la faible quantité de matériel végétal disponible dans notre serre en zone tempérée, nos efforts ont porté sur le développement d'un test d'inoculation sur tronçons de baguettes, in vitro. Les meilleures conditions de conservation des baguettes, de développement et d'évaluation des symptômes ont été les suivantes: utiliser des baguettes semi-aoûtées, de l'ordre de 1 cm de diamètre et 10-12 cm de long; paraffiner les extrémités des baguettes pour éviter l'apparition de nécroses dues à des infections naturelles provoquées par d'autres organismes; inoculer à l'aide d'un disque de culture mycélienne après avoir blessé les tissus avec une aiguille. Les souches sont mises en culture pendant 15 à 20 jours sur milieu V8, à 25°C, et sous régime de lumière alternée 12h!12h; incuber les baguettes dans des bacs, à 25°C, en lumière alternée, sous humidité relative élevée; mesurer la longueur des lésions en surface et en profondeur dans les vaisseaux du xylème après 2 semaines d'incubation. Les témoins blessés non inoculés n'ont pas développé de symptômes. Nous avons pu ré-isoler L. theobromae au niveau des nécroses qui se développent le long des vaisseaux des baguettes inoculées. Au cours d'expérimentations préliminaires, les différences observées entre souches n'étaient pas toujours significatives mais les interactions clone x souche étaient toujours non significatives. Nous avons donc utilisé par la suite les souches les plus agressives du Nigeria et du Cameroun pour les tests du niveau de résistance des clones. Des différences significatives entre clones ont pu être mises en évidence de façon ponctuelle pour la longueur des lésions en surface et en profondeur. Des expérimentations complémentaires sont en cours afm d'assurer la répétabilité du test pour une gamme de clones plus importante. (Texte intégral

Towards Consistency-Based Reliability Assessment

International audienceMOTIVATION : Merging information provided by several sources is an important issue and merging techniques have been extensively studied. When the reliability of the sources is not known, one can apply merging techniques such as majority or arbitration merging or distancebasedmerging for solving conflicts between information. At the opposite, if the reliability of the sources is known, either represented in a quantitative or in a qualitative way, then it can be used to manage contradictions: information provided by a source is generally weakened or ignored if it contradicts information provided by a more reliable source [1, 4, 6]. Assessing the reliability of information sources is thus crucial. The present paper addresses this key question. We adopt a qualitative point of view for reliability representation by assuming that the relative reliability of information sources is represented by a total preorder. This works considers that we have no information about the sources and in particular, we do not know if they are correct (i.e they provide true information) or not. We focus on a preliminary stage of observation and assessment of sources. We claim that during that stage the key issue is a consistency analysis of information provided by sources, whether it is the consistency of single reports or consistency w.r.t trusted knowledge or the consistency of different reports together. We adopt an axiomatic approach: first we give some postulates which characterize what this reliability preorder should be, then we define a generic operator for building this preorder in agreement with the postulates

A research, development and training network for the sugarcane sector in Reunion

Many innovations have been proposed by research institutes and agricultural development bodies in the French overseas territories [Départements Outre-Mer (Dom)] – Reunion and Mayotte in the Indian Ocean, Guadeloupe and Martinique in the Caribbean, and Guyana in South America. The lack of transfer of these innovations remains a weak point of agricultural development in these territories. In particular, this has applied to the sugarcane sector in Reunion, comprising 3,000 cane growers operating on 24,000 hectares of land. To counter these difficulties, a network for innovation and agricultural technology transfer (Réseau d'Innovation et de Transfert Agricole, RITA) has been established to bring together growers and other participants - from research to training - according to their specialised areas of expertise. In order to meet the growers' requirements, a survey was conducted to identify their specific needs. The results revealed a strong demand for agronomic guidance in terms of fertiliser practices, weed control, choice of varieties, irrigation management, etc. Small-scale trials were subsequently established to identify technical improvements within particular study areas and encourage growers to take advantage of these innovations. The transfer mechanism of trial results is based on a dynamic network of participants who are acquainted with the day-to-day realities of farming, thereby facilitating the adoption of the innovations. Growers, in collaboration with an assigned extension technician, can implement a changed practice (based on research results) in a particular block of cane, by comparing it with their usual techniques. This process provides growers, extension technician, institutional agronomists and researchers with fresh opportunities to interact, share their expertise and identify further needs. The demonstration trials also enable the extension technicians to meet and improve their technical recommendations. They also allow researchers to more fully understand real-life situations in the field, which sometimes, are quite different from those encountered during their experiences in research trials. This network, that allows solutions to be developed through the breaking down of barriers, facilitates the exchange of information and involvement of all participants within the agricultural sectors of the five overseas territories within Dom. It also allows interaction of several agricultural sectors within the same network. Each network, based on a common organisation managed by local governance, a steering committee, and a coordinator, adapts its operations to the specificities of its territory or, where necessary, of its sector. A national coordinating unit facilitates exchange of information between networks, particularly via the implementation of working groups on themes of mutual interest on an inter-Dom and/or inter- sector basis. For example, the sugarcane sector takes part in working groups on fertiliser management, cover crops, etc., the running of an information system (http://coatis.rita- dom.fr), and the organisation of inter-Dom technical days

Consistency-Based Reliability Assessment

International audienceThis paper addresses the question of assessing the relative reliability of unknown information sources. We propose to consider a phase during which the consistency of information they report is analysed, whether it is the consistency of each single report, or the consistency of a report w.r.t. some trusted knowledge or the consistency of different reports together. We adopt an axiomatic approach by first giving postulates which characterize how the resulting reliability preorder should be; then we define a family of operators for building this preorder and demonstrate that it satisfies the proposed postulates

Lutte chimique contre la pourriture du coeur à Phytophthora du cocotier en Indonésie

Quatre essais pour lutter contre la pourriture du coeur à Phytophthora du cocotier ont été implantés en 1991-1992 au nord Sulawesi, Indonésie. Testant deux méthodes de traitement et plusieurs fongicides, ces expérimentations ont mis en évidence l'efficacité d'une application d'acide phosphoreux par injection dans le stipe. La dose de 8 à 10 g de matière active (soit 20 à 25 ml de Foli-r-fos 400AS) par arbre est recommandée en début de saison des pluies. (Résumé d'auteurs

Identification of Theobroma cacao genes differentially expressed during Phytophthora infection

Pod rot, caused by different species belonging to the genus Phytophthora, is the main cause of harvest losses worldwide for cocoa production. Between 15% to 80% of losses could be observed according to the Phytophthora species, P. megakarya being the most aggressive. Varieties¿ improvement with a sustainable resistance has been identified as a priority of research programs of producer countries with about 14 millions of workers getting their income from the cocoa cultivation. Cocoa resistance to Phytophthora is quantitative and polygenic. The objectives of this project is to improve our knowledge of molecular mechanisms involved in the partial cocoa resistance in order to develop efficient tools of breeding to increase the resistance level of cocoa trees. This work aims to develop functional genomic approaches to identify candidate genes involved in this partial resistance. Suppression subtractive hybridisation (SSH) was used to generate cDNA libraries representing genes differentially expressed in response to cocoa/Phytophthora interactions. More than 15,000 ESTs were sequenced (in the frame of a GENOSCOPE project) and used for these studies. ESTs were analyzed by Blastn and/or Blastx search against NCBI data base. A little part of the clones had no homology with sequences and/or function already describe. The other part had significant matches to known genes. Among them, sequence homologies were found with pathogenesis related function knowledge, as PR protein (PR-1, glucanase, chitinase...), kinases, receptors (LRR), and transduction factors. Gene expression was conducted on leaf tissues of a progeny created in Papoua Nouvelle Guinea derived from a cross implied forastero and haut amazonien. Two resistant individuals with the better allele combination and two susceptible individuals with the less allele combination were kept and used for this work. Nylon cDNA macro arrays were used to assess the differentially expressed genes of the resistant and the susceptible cocoa clones infected by Phytophthora megakarya.. Libraries were screened with the inoculated-subtracted probes and non-inoculated reverse-subtracted probes, to reduce the candidate clones. We developed a novel set of macro arrays and obtained expression profiles during the several steps of phytophthora infection kinetic. Several genes differentially regulated between resistant/susceptible individuals revealed in this study are already known as integrated in signal transduction or in plant defence responses of other species. (Texte intégral

Evaluation de la résistance à Phytophthora palmivora et P. Capsici des 186 clones de la "core collection" du groupe génétique "Guiana"

La pourriture brune des cabosses, causée par des Straménopyles du genre Phytophthora, provoque d'importantes pertes de production dans toutes les zones cacaoyères. Pour réduire l'impact de ces bio-agresseurs, la lutte génétique utilisant des variétés résistantes est privilégiée; dans ce but, les sélectionneurs recherchent des sources de résistance, particulièrement chez les cacaoyers spontanés. Des prospections ont ainsi été réalisées dans les populations naturelles de cacaoyers du sud-est de la Guyane française entre 1985 et 1995 et ont permis de collecter un abondant matériel végétal appartenant à un groupe génétique particulier, le groupe "Guiana". Une "core collection" a ensuite été établie ex situ par le Cirad à Sinnamary (Guyane). A la suite de nombreux travaux ponctuels ayant montré l'intérêt potentiel de ce groupe génétique comme nouvelle source de résistance aux Phytophthora (megakarya et palmtvora), nous présentons ici les résultats d'une étude globale d'évaluation de la résistance des 186 clones de la "core collection" du groupe "Guiana" vis-à-vis de deux souches guyanaises des espèces P. palmivora (souche GY 27) et P. capsici (souche Reg 2-6). Cette étude, menée en Guyane de 2008 à 2011, utilisant une méthodologie performante (dix séries de tests sur disques de feuilles et un test statistique adapté à la nature ordinale des données élémentaires), confirme que le groupe génétique "Guiana" constitue bien une importante source de résistance à P. palmivora. Cinquante neuf clones se montrent aussi résistants que le témoin de résistance Scavina 6, tandis que certains (9) sont statistiquement plus résistants. Concernant P. capsici, la souche locale Reg 2-6, prélevée vers Régina dans les reliques des vieilles plantations du XVIIIème siècle, se révèle particulièrement virulente: le témoin Scavina 6, pourtant référence internationale en matière de résistance aux Phytophthora, n'y est pas résistant, tout comme les autres témoins de résistance de l'étude, et seuls quelques clones "Guiana" le sont. Néanmoins, vis-à-vis de cette souche, des dizaines de clones "Guiana" se révèlent statistiquement plus résistants que Scavina 6, montrant ainsi l'intérêt du groupe contre des souches "normalement" virulentes de P. capsici . En complément, une vingtaine de clones parmi les plus résistan à P. palmivora (et parfois aussi à P. capsici) ont été transférés au Cirad à Montpellier (France) où 15 ont pu être testés vis-à-vis de deux souches agressives de P. megakarya, NS269, du Cameroun, et NGR20, du Nigeria et en présence de 4 témoins, dont Scavina 6. Les tests montrent que 9 clones sur les 15 ont un niveau de résistance supérieur à Scavina 6, confirmant des résultats antérieurs sur la valeur du groupe génétique Guiana comme source de résistance à P. megakarya. Ainsi, parmi les clones du groupe Guiana plus résistants que Scavina 6, en particulier à P. palmivora et à P. megakarya, certains, présentant par aillems d'autres qualités notables, pourraient être intégrés dans de nombreux programmes d'amélioration génétique du cacaoyer. (Résumé d'auteur

La résistance à la pourriture des cabosses due à Phytophthora spp., recherche des composantes de la résistance

La pourriture des cabosses du cacaoyer, due à des #Phytophthora#, sévit dans toutes les zones de production. Avec plus de 50 % de pertes de cabosses, l'Afrique centrale est la région la plus affectée par cette maladie. Le contrôle de cette maladie représente donc un enjeu majeur pour l'avenir de la cacaoculture mondiale et la sélection de matériel résistant constitue l'un des thèmes de recherche prioritaire pour de nombreux pays producteurs. Un projet international sur ce sujet, recevant un support financier de Caobisco, a débuté en juillet 1995. Ce projet, d'une durée de 5 ans, a pour objectifs : d'identifier les facteurs intervenants dans la résistance à cette maladie, de mettre au point et de valider des tests précoces de résistance, de détecter d'éventuels QTLs associés à la résistance et d'effectuer une première sélection de matériel résistant.Cet article présente les principaux résultats obtenus après 3 ans de fonctionnement. (Résumé d'auteur