Integrating sequence and array data to create an improved 1000 Genomes Project haplotype reference panel

A major use of the 1000 Genomes Project (1000GP) data is genotype imputation in genome-wide association studies (GWAS). Here we develop a method to estimate haplotypes from low-coverage sequencing data that can take advantage of single-nucleotide polymorphism (SNP) microarray genotypes on the same samples. First the SNP array data are phased to build a backbone (or 'scaffold') of haplotypes across each chromosome. We then phase the sequence data 'onto' this haplotype scaffold. This approach can take advantage of relatedness between sequenced and non-sequenced samples to improve accuracy. We use this method to create a new 1000GP haplotype reference set for use by the human genetic community. Using a set of validation genotypes at SNP and bi-allelic indels we show that these haplotypes have lower genotype discordance and improved imputation performance into downstream GWAS samples, especially at low-frequency variants. © 2014 Macmillan Publishers Limited. All rights reserved

Esophageal pythiosis in an ostrich (Struthio camelus). (Communication). [Ptiose Esofágica em avestrus (Struthio camelus). [Comunicação].

RESUMO.Uma avestruz-do-pescoço-vermelho, com dois anos de idade, apresentava um nódulo no terço médio do esôfago e foi submetida a procedimento cirúrgico. Histologicamente, observou-se uma área focalmente extensa de necrose estendendo-se da túnica mucosa à muscular, e, em algumas secções, à túnica adventícia. Circundando a área de necrose, observou-se uma reação inflamatória composta principalmente por granulócitos e macrófagos, associada à fibroplasia e neovascularização. Em meio às áreas de necrose e inflamação, verificavam-se numerosas imagens negativas de hifas em seções longitudinais e transversais, melhor apreciadas pela coloração de metenamina nitrato de prata de Grocott. O diagnóstico definitivo de infecção por Pythium insidiosum foi confirmado por imuno-histoquímica. A avestruz recebia água para consumo de um lago localizado em uma área de pastagem, no qual alguns cavalos haviam desenvolvido pitiose cutânea anteriormente