Structural features and formation of lower Cretaceous AV[1] layer in the Soviet oil field (Tomsk Oblast)

The analysis of the collected geological and geophysical information on AV[1] layer known as Ryabchik formation is carried out. The facial conditions of this formation which define structural features of "Ryabchik" sandstones formations are considered. Maps characterizing permeability and porosity of reservoir are plotted. Areal tracking technique of sand streaks is given

Changes in the antigenic and genetic structure of influenza viruses: analysis of surveillance data of influenza A and B in Russia in 2006-2013

The goal of this research project was to study the natural variability of human influenza A and B viruses based on the analysis of the population structure of influenza viruses, circulating in Russia in 2006-2013, in order to determine the direction of their genetic and antigenic drift by comparison to the WHO reference strains. Our results proved that during that period significant changes occurred in the genetic structure of influenza viruses, their phylogenetic affiliation, as well as their sensitivity to antiviral drugs. According to the surveillance data, the percentage of influenza A(H1N1) viruses among patients with influenza-like illness or acute respiratory infection gradually decreased from 42% of the total number of influenza viruses in 2006-2007 to 19% in 2008- 2009. Influenza A(H1N1) viruses are characterized by «silent» variability that manifests in the gradual accumulation of amino acid substitutions in the minor undetectable group of viruses.The share of influenza A(H3N2) viruses varied from 10% in the 1st post pandemic year to approx. 60% in 2008-2009 and 2011- 2012 epidemic seasons. All of the influenza A strains isolated during the last years of the period, covered in this study, were found to be susceptible to neuraminidase inhibitors and resistant to adamantane antivirals.Influenza B viruses of both Yamagata and Victoria lineages circulated in Russia in the period from 2006 to 2013. The vast majority of these influenza B viruses belonged to the Victoria lineage. Phylogenetic and antigenic analyses of influenza B viruses have demonstrated a gradual drift of Russian isolates from the reference strains. No changes leading to resistance to oseltamivir or zanamivir were found in influenza B strains isolated until 2013.The goal of this research project was to study the natural variability of human influenza A and B viruses based on the analysis of the population structure of influenza viruses, circulating in Russia in 2006-2013, in order to determine the direction of their genetic and antigenic drift by comparison to the WHO reference strains. Our results proved that during that period significant changes occurred in the genetic structure of influenza viruses, their phylogenetic affiliation, as well as their sensitivity to antiviral drugs. According to the surveillance data, the percentage of influenza A(H1N1) viruses among patients with influenza-like illness or acute respiratory infection gradually decreased from 42% of the total number of influenza viruses in 2006-2007 to 19% in 2008- 2009. Influenza A(H1N1) viruses are characterized by «silent» variability that manifests in the gradual accumulation of amino acid substitutions in the minor undetectable group of viruses. The share of influenza A(H3N2) viruses varied from 10% in the 1st post pandemic year to approx. 60% in 2008-2009 and 2011- 2012 epidemic seasons. All of the influenza A strains isolated during the last years of the period, covered in this study, were found to be susceptible to neuraminidase inhibitors and resistant to adamantane antivirals. Influenza B viruses of both Yamagata and Victoria lineages circulated in Russia in the period from 2006 to 2013. The vast majority of these influenza B viruses belonged to the Victoria lineage. Phylogenetic and antigenic analyses of influenza B viruses have demonstrated a gradual drift of Russian isolates from the reference strains. No changes leading to resistance to oseltamivir or zanamivir were found in influenza B strains isolated until 2013

The mechanisms of antibiotic resistance in major pathogens of purulent-inflammatory complications in cancer patients

The problem of microbial antibiotic resistance and investigation of its underlying mechanisms is of paramount importance for all fields of clinical medicine, including oncology. The aim of the study was to examine the mechanisms of antibiotic resistance for major pathogens causing purulent-inflammatory complications in cancer patients. Materials and methods. In 2012—2015 there was conducted a prospective examination of 184 cancer patients, including 67 patients at the Department of Surgery no. 1 and 117 patients at the Intensive Care Unit of the Krasnoyarsk Regional Clinical Oncology Center named after A.I. Kryzhanovsky. For this, we collected bronchoalveolar lavage fluid, wound discharge and investigated the material by using bacteriological method, as well as MALDI-TOF. Antibiotic sensitivity was studied as follows: disco-diffusion, double disc method, carbapenem inactivation method, staphylococcal sensitivity — by screening method, PCR, E-test method, and serial dilutions in Muller-Hinton broth. Genotyping and antibiotic resistance mechanisms study were performed by using PCR, M-PCR, and sequencing. The WHONET program (WHO) was used, with significance level set at p < 0.05. Results. Microbiological examination of bronchoalveolar lavage fluid and wound discharge samples allowed to uncover prevalent associations of multi-resistant (MDR) and extremely resistant pathogens (XDR). The microflora of the lower respiratory tract and in the wound secretion in cancer patients were found to be dominated by non-fermenting Gram-negative bacteria reaching up to 44.5% and 48%, respectively; as well as order Enterobacteriales found in 24% and 34.9%, respectively; Gram-positive bacteria — 24% and 17.1%, respectively. Imipenem- and/or meropenem-resistant P. aeruginosa and A. baumannii, K. pneumoniae strains, were assessed for MBL production phenotypically, as well as the genes of the most common VIM, IMP types, whereas A. baumannii — for OXA-23, OXA-40, and OXA-58; and K. pneumoniae — for OXA-48. 20 strains and 16 strains of P. aeruginosa and A. baumannii, respectively, were studied by PCR. It was found that A. baumannii strains formed no MBL, but 56.3% of A. baumannii isolates (9 strains) produced OXA-23 and OXA-40 carbapenemases. Among P. aeruginosa strains there were three of them which possessed VIM (15.0%), whereas the remaining strains formed no MBL, but were resistant to carbapenems being associated with other resistance mechanisms, e.g. efflux, decreased permeability of cell wall etc. Among 6 isolates of K. pneumoniae, 1 strain produced OXA-48. In cancer patients, the percentage of methicillin-resistant strains among all members of the genus Staphylococcus was 48.9% (4 strains belonged to MRSA). PVL- MRSA strains belonged to the clones ST239/spa3(t037)/SCCmecIIIA/tst,sek,seq+ (75%) and ST8/ spa1(t008)/SCCmecIVc/sea+ (25%). MRSA ST239 showed multiple antibiotic resistance: to aminoglycosides (aacA-aphD, aadD genes were detected), linkcosamides/macrolides (the ermA gene was detected), fluoroquinolones (mutations in the GyrA gene — Ser84Leu; in GrlA- Ser80Phe), rifampicin (MIC more than 128 gg/ml; mutations in the rpoB gene are His481Asn, Ile527Met), sulfamethoxazole, tetracycline (tetM gene), and chloramphenicol (66.7% of isolates, the cat gene encoding chloramphenicol acetyl transferase was detected); but sensitive to vancomycin (MIC 1.0 gg/ ml), linezolid in 100% of cases. MRSA ST8 are resistant to aminoglycosides (aacA-aphD, aadD genes), lincosamides/macrolides (ermC gene), tetracyclines (tetK gene), chloramphenicol (cat gene); and 100% sensitive to fluoroquinolones, rifampicin (MIC 0.006 gg/ml), sulfamethaxazole, vancomycin (MIC 1.0 gg/ml), daptomycin (MIC 0.094 gg/ml), linezolid (MIC 0.75 gg/ml). Conclusion. Thus, it was found that members of the order Enterobacteriales, A. baumannii, P. aeruginosa and MRSA retain high resistance to a large number of antibacterial drugs of almost all classes. These data should be taken into account while choosing proper antibiotic therapy, as well as controlling spread of nosocomial infections caused by multiresistant microorganisms

Антигенное разнообразие вирусов гриппа А и В, выделенных от детей в г. Санкт-Петербурге в период с 2013 по 2015 г.

Purpose of the study: study of the circulation, isolation and antigenic analysis of influenza viruses A and B in St.-Petersburg in the children aged 0–18 in the seasons 2013–2015.Materials: nasal swabs from children-inpatients from Saint-Petersburg.Methods: virus isolation in MDCK cell culture and chicken embryos, antigenic analysis with the hemagglutination inhibition (HAI) test with the set of hyper-immune rat antisera to the epidemic and reference strains, antigenic cartography.Results: The epidemic seasons 2013–2015 were characterized by the co-circulation in children in St.-Petersburg of influenza sub-types А(H1N1)pdm09, A(H3N2), and B of Yamagata lineage (B yam). In the season 2014–2015 the low activity of epidemic process was observed with the predominant sub-type A(H3N2) and in the next season – 2014–2015 with the more pronounced epidemic activity – the pre-dominance of B yam viruses. Antigenic analysis of influenza viruses А(H1N1)pdm09 which circulated in children revealed their antigenic homogeneity and full correspondence with vaccine strain A/California/07/09. As for А(H3N2) viruses, two antigenic groups were established: strains similar to A/St.-Petersburg/80/14 (sub-clade 3C.2a) and strains similar to A/Switzerland/9715293/13 (sub-clade 3C.3a). А(Н3N2) strains of the season 2013-2014 were similar to the vaccine strain. However isolates of the season 2014-2015 did not fit to the vaccine strain because in the children were predominant strains similar to the evolution branch A/St.-Petersburg/80/14 while according the WHO recommendations the influenza vaccine contained the strain A/Texas/50/12. Antigenic analysis of influenza viruses B showed their homogeneity and all they were B/Phuket/3073/13-like. Influenza strains B also incompletely corresponded to the vaccine strain – B/Massachusetts/2/12 belonging to the different genetic sub-clade. That might be the reason of enhanced morbidity of children with influenza B in the last season.Conclusion: The obtained results stress the urgency for the wide coverage of human population with the epidemic studies, virus isolation in different time periods and geographic regions and their etiological studies with the modern techniques. Only in these conditions we can assure high efficiency of flu seasonal vaccines.Цель исследования: особенности циркуляции, выделение и антигенный анализ вирусов гриппа А и В в Санкт-Петербурге в 2013–2015 гг. от детей от 0 до 18 лет.Материалы исследования: назальные мазки от детей из стационаров и закрытых детских учреждений Санкт-Петербурга.Методы: выделение вирусов на культуре клеток MDCK и куриных эмбрионах, антигенный анализ методом реакции торможения гемагглютинации (РТГА) с набором гипериммунных крысиных антисывороток к эталонным и эпидемическим штаммам гриппа, антигенная картография.Результаты: в эпидемические сезоны 2013–2015 гг. в г. Санкт-Петербурге среди детей была выявлена совместная циркуляция вирусов гриппа А(H1N1)pdm09, A(H3N2), B Ямагатской линии (B yam), причем в сезоне 2013–2014 гг. при общей невысокой активности эпидемического процесса преобладали вирусы A(H3N2), а в следующем эпидемическом сезоне – 2014–2015 гг. – при более высокой интенсивности эпидемии – вирусы В yam. Антигенный анализ вирусов А(H1N1)pdm09, циркулировавших среди детей, выявил их антигенную однородность и полное соответствие вакцинному штамму А/Калифорния/07/09. Зафиксирован антигенный дрейф вирусов А(H3N2), выявлены 2 антигенные группы: вирусы, подобные А/Санкт-Петербург/80/14 (генетическая подгруппа 3С.2а) и вирусы, подобные А/Швейцария/9715293/13 (подгруппа 3С.3а). Вирусы А(Н3N2) сезона 2013–2014 гг. были подобны вакцинному штамму. В то же время изоляты сезона 2014–2015 гг. не соответствовали вакцинному штамму, поскольку среди детей в основном выявлены штаммы, подобные эволюционной ветви А/Санкт-Петербург/80/14, а в вакцину по рекомендации ВОЗ был включен штамм А/Техас/50/12. Антигенный анализ вирусов гриппа В yam показал их однородность, они были подобны эталонному вирусу В/Пхукет/3073/13. Вирусы В также антигенно не полностью соответствовали вакцинному компоненту, поскольку данные вирусы были подобны штамму В/Пхукет/3073/13, а в состав вакцины входил штамм В/Массачусетс/2/12, принадлежащий к другой генетической подгруппе, что могло привести к повышению заболеваемости детей гриппом типа В в данном сезоне. Заключение: для своевременного правильного выбора штаммов, входящих в состав сезонных противогриппозных вакцин, по-прежнему актуальной остается задача как можно более широкого охвата населения эпидемиологическими исследованиями, выделения вирусов в разные периоды эпидемического сезона и в разных географических регионах, их антигенный и генетический анализ современными методами

Local and Landscape Factors Determining Occurrence of Phyllostomid Bats in Tropical Secondary Forests

Neotropical forests are being increasingly replaced by a mosaic of patches of different successional stages, agricultural fields and pasture lands. Consequently, the identification of factors shaping the performance of taxa in anthropogenic landscapes is gaining importance, especially for taxa playing critical roles in ecosystem functioning. As phyllostomid bats provide important ecological services through seed dispersal, pollination and control of animal populations, in this study we assessed the relationships between phyllostomid occurrence and the variation in local and landscape level habitat attributes caused by disturbance. We mist-netted phyllostomids in 12 sites representing 4 successional stages of a tropical dry forest (initial, early, intermediate and late). We also quantitatively characterized the habitat attributes at the local (vegetation structure complexity) and the landscape level (forest cover, area and diversity of patches). Two focal scales were considered for landscape characterization: 500 and 1000 m. During 142 sampling nights, we captured 606 individuals representing 15 species and 4 broad guilds. Variation in phyllostomid assemblages, ensembles and populations was associated with variation in local and landscape habitat attributes, and this association was scale-dependent. Specifically, we found a marked guild-specific response, where the abundance of nectarivores tended to be negatively associated with the mean area of dry forest patches, while the abundance of frugivores was positively associated with the percentage of riparian forest. These results are explained by the prevalence of chiropterophilic species in the dry forest and of chiropterochorous species in the riparian forest. Our results indicate that different vegetation classes, as well as a multi-spatial scale approach must be considered for evaluating bat response to variation in landscape attributes. Moreover, for the long-term conservation of phyllostomids in anthropogenic landscapes, we must realize that the management of the habitat at the landscape level is as important as the conservation of particular forest fragments

Русская этическая мысль: возможность рецепции идеи братства

Anti-normativeness and subject-centeredness as characteristcis of the modern ethic discourse refer to postmodern disclosure of the absoluteness of the “ethical”. However, the ontological nature of ethics is anti-normative because of its personal realization. Russian philosophical thought finds the basis which allows to remove the dichotomy of normativeness and free subjectivity, fixing an individual as a moral being.Антинормативизм и субъектоцентризм как характеристики современного этического дискурса отсылают к постмодернистским разоблачениям безусловности «этического». Однако, по своей онтологической природе этика - антинормативна, в силу ее личностного осуществления. Русская философская мысль находит то основание, которое позволяет снять дихотомию нормативности и свободной субъективности, утверждая человека в качестве нравственного существа

Нафтогазоносність колекторів кори вивітрювання і палеозою південного сходу Західного Сибіру (прогнозування важко видобувних запасів)

The study and development of hard-to-recover reserves in the pre-Jurassic petroleum of Western Siberia is a new focus for development of the resource base and oil production in Russia, identified the necessity of assessing a special strategy, a conceptual scheme for forecasting and exploration.The aim of the study is to identify and assess the primary research areas of hydrocarbon reservoirs in pre-Jurassic basement by the example of underexplored areas of the Ust-Tym mega-depression and structures of the Nurol’ka mega-depression which are located on the well-developed oilfield infrastructure areas of Tomsk region.Object of study is the potential pre-Jurassic reservoirs of Permo-Triassic weathering crust and Paleozoic basement. The accumulations of weathering crust are associated with reservoirs formed on clay and siliceous, carbonate and acid volcanic rocks, and, under certain conditions, by ultrabasites. The reservoirs of bedrock are associated with secondary reservoirs formed by limestones, granites, rhyolites. The main oil source formation is the Lower-Jurassic Togur sediments. The study is carried out based on the concept of mainly vertical hydrocarbon migration. The research area is located in boundaries of the oil source formation. Thermal history reconstruction of oil source formation, cumulatively taking into account the temperatures of the localized source kitchen, is carried out by solving the direct and inverse problems of geothermy.The studies are based on a special technology that includes an integrated analysis of mapping results of the Togur oil source kitchen by the geotemperature criterion and predicting mapping of the weathering crust and the Paleozoic basement reservoirs according to the data of deep drilling, oil geological zoning and perspective areas ranking. In the territory of the Ust-Tym megadepression as the primary research area for the weathering crust reservoir the zone of the northeastern side of the megadepression has been selected. As the priority area for exploration of Paleozoic basement reservoirs the zone uniting the north-eastern slope of North-Parabel megamonocline and the adjacent southern part of Pyzhinsk mesodepression has been selected. As the perspective research area for the weathering crust reservoir the land of the south beads of Kulan-Igay and Tamrad basins and its adjacent areas for the territory of Nurol’ka megadepression have been identified. As the priority areas for research and development of Paleozoic basement reservoirs the south beads of Kulan-Igay basin and adjacent zone of Tamrad basin have been identified, as well as the lands of the south-eastern beads of Nurol’ka megadepression and the adjacent lands of Chuzik-Chizhap mesosaddle. The reliability of the forecast for perspective areas of the pre-Jurassic petroleum play is identified by comparison with the results of well testing and is about 70—80 %. It argues the previously formulated resource-efficient strategy and technology of exploration for oil deposits in the pre-Jurassic basement of Western Siberia.Изучение и освоение трудноизвлекаемых запасов доюрського нефтегазоносного комплекса Западной Сибири - нового объекта развития сырьевой базы и добычи нефти в России, определили необходимость апробации специальной стратегии, концептуальной схемы прогнозирования и поисков. Цель исследований - критериальное выделения и оценки достоверности первоочередных районов для поисков залежей углеводородов в отложениях доюрського фундамента на примере слабовивчених земель Усть-Тимськои мегазападины и структур Нюрольськои мегазападины - на примере земель развитой промышленной инфраструктуры Томской области. Объект исследований - возможные доюрськи резервуары - коллекторы пермотриасовои коры выветривания и коллекторы в палеозойских породах фундамента. Положи в коре выветривания связаны с коллекторами, образованными по глинисто-кремнистыми, карбонатными породами, вулканитами кислого состава, а также при определенных условиях, по ультрабазитами. В коренном фундаменте резервуары соотносятся с вторичными коллекторами, образованными из известняка, гранита, риолиты. Основная нафтогенерувальна толще - нижньоюрськи тогурськи отложения.Исследование проведено в рамках концепции преимущественно вертикальной миграции углеводородов, территориально - в пределах распространения нафтоматеринських мир. Восстановление термической истории нафтоматеринських мире, которое кумулятивно учитывает температуры локализованных палеоосередкив генерации нефти, выполнено решения прямых и обратных задач геотермии. Исследования основываются на специальной технологии, охватывает интегральный анализ результатов картирования очагов генерации тогурських нефтей по геотемпературним критерием и прогнозного картирования резервуаров коры выветривания и коренного палеозоя по данным глубокого бурения, зональное нефтогеологичне районирования и ранжирования земель по степени перспективности. На территории Усть-Тимськои мегазападины как первоочередной района поисков в резервуаре коры выветривания выделено зону северо-восточного борта мегазападины, для поисков в палеозойском резервуаре - перспективный район, объединяющая земли северо-восточного склона Пивничнопарабельскои мегамоноклинали и прилегающей южной части Пыжинский мезопрогину. Для территории Нюрольськои мегазападины как перспективного района поисков в резервуаре коры выветривания определены земли, охватывающих южных борта Кулан-Игайськои и Тамрадськои впадин и зону их сочленения. Для изучения и освоения резервуара коренного палеозоя определен участок южного борта Кулан-Игайськои мезозападины и зоны ее сочленения с Тамрадською мезозападиною, а также участок юго-восточного борта Нюрольскои мегазападины и прилегающих земель Чузиксько-Чижапськои мезоседловины.Достоверность прогноза перспективных земель доюрського нефтегазоносного комплекса подтверждено сопоставлением с результатами испытаний глубоких скважин - около 70-80%. Это аргументирует ранее сформулированную ресурсоэффективные стратегию и технологию поисков залежей нефти в доюрський основе Западной Сибири.Вивчення і освоєння важковидобувних запасів доюрського нафтогазоносного комплексу Західного Сибіру — нового об’єкта розвитку сировинної бази та видобутку нафти в Росії, визначили необхідність апробації спеціальної стратегії, концептуальної схеми прогнозування та пошуків. Мета досліджень — критеріальне виділення і оцінювання достовірності першочергових районів для пошуків покладів вуглеводнів у відкладах доюрського фундаменту на прикладі слабовивчених земель Усть-Тимської мегазападини і структур Нюрольської мегазападини — на прикладі земель розвиненої промислової інфраструктури Томської області. Об’єкт досліджень — імовірні доюрські резервуари — колектори пермотріасової кори вивітрювання і колектори в палеозойських породах фундаменту. Поклади в корі вивітрювання пов’язані з колекторами, утвореними за глинисто-кременистими, карбонатними породами, вулканітами кислого складу, а також за певних умов, по ультрабазитах. У корінному фундаменті резервуари співвідносяться з вторинними колекторами, утвореними з вапняку, граніту, ріоліту. Основна нафтогенерувальна товща — нижньоюрські тогурські відклади.Дослідження проведено в рамках концепції переважно вертикальної міграції вуглеводнів, територіально — в межах поширення нафтоматеринських світ. Відновлення термічної історії нафтоматеринських світ, яке кумулятивно враховує температури локалізованих палеоосередків генерації нафти, виконано розв’язанням прямої і оберненої задач геотермії. Дослідження ґрунтуються на спеціальній технології, що охоплює інтегральний аналіз результатів картування осередків генерації тогурських нафт за геотемпературним критерієм і прогнозного картування резервуарів кори вивітрювання та корінного палеозою за даними глибокого буріння, зональне нефтогеологічне районування та ранжування земель за ступенем перспективності. На території Усть-Тимської мегазападини як першочерговий району пошуків у резервуарі кори вивітрювання виділено зону північно-східного борту мегазападини, для пошуків у палеозойському резервуарі — перспективний район, що об’єднує землі північно-східного схилу Північнопарабельскої мегамонокліналі і прилеглої південної частини Пижинського мезопрогину. Для території Нюрольської мегазападини як перспективного району пошуків у резервуарі кори вивітрювання визначено землі, що охоплюють південні борти Кулан-Ігайської і Тамрадської западин і зону їх зчленування. Для вивчення і освоєння резервуара корінного палеозою визначено ділянку південного борту Кулан-Ігайської мезозападини і зони її зчленування з Тамрадською мезозападиною, а також ділянку південно-східного борту Нюрольскої мегазападини і прилеглих земель Чузіксько-Чижапської мезоседловини.Достовірність прогнозу перспективних земель доюрського нафтогазоносного комплексу підтверджено зіставленням з результатами випробувань глибоких свердловин — близько 70—80 %. Це аргументує раніше сформульовану ресурсоефективну стратегію і технологію пошуків покладів нафти в доюрській основі Західного Сибіру