Second Workshop on Estimation with the RDBES data model (WKRDB-EST2; outputs from 2020 meeting)

This report shows how the new RDBES that is currently in development will be better able to support the recast EU Data Collection Framework (Regulation (EU) 2017/1004) than the existing RDB. The RDBES is an essential platform for MS and RCGs to fulfil their obligations towards documenting and improving data quality and designing and implementing regional sampling designs. The evaluation of data precision was performed using two complementary techniques. For relatively simple sampling designs it is possible to use analytical functions to calculate the precision (or a related statistical measure such as variance) of a statistical estimate. These calculations and implementations of them in R code are presented in this report. For more complicated sampling designs, the use of analytical functions is usually not feasible. In these cases, it is necessary to evaluate precision using numerical techniques, the main one of which is bootstrapping. This report discussed when bootstrapping is appropriate and gives several worked examples describing how bootstrapping can be applied in different cases. The evaluation of bias is a difficult subject and is hard to quantify. The approach followed in this report was to build on the previous work available in the ICES literature and identify and enumerate the main common sources of bias in catch sampling programs they describe. The information was collated and an evaluation performed as to whether data stored using the RDBES data format and reports issues from them can inform about the potential for bias in catch estimates. A set of example reports was coded that demonstrates the utility of the RDBES in relation to bias issues and can already help member states to identify how deviations in their sampling programmes and sampling variability may potentially lead to bias in their catch estimates

Working Group on Governance of the Regional Database & Estimation System (WGRDBES-GOV; Outputs from 2020 meeting)

The Working Group on Governance of the Regional Database & Estimation System (WGRDBESGOV) provides the governance function for both the existing Regional Database (RDB) and the new Regional Database & Estimation System (RDBES) that is currently in development. It is composed of representatives from ICES member countries and EU Regional Coordination Groups (RCGs). In this report, the WGRDBESGOV reviews the RDBES developments performed during 2020 and plans for the work required in 2021 and beyond. It also considers how RDB data has been used and proposes changes required to the current Data Policy. The RDBES is currently planned to replace both the existing ICES InterCatch and RDB database systems and has an important part to play in increasing transparency and improving the quality of stock assessment within ICES. To this end, two workshops have been planned for 2021 which will help data submitters with the transition to the new system. A new working group is also proposed to enable the ICES community to move forward with estimation using the RDBES data model. Following on from the data call issued in 2020, another test data call is also planned for 2021 which will give further motivation for people to become involved and provide a robust test of the process. The RDB and RDBES must ensure that data can be used by the RCGs and authorised groups in ICES whilst ensuring that only permitted users have access to the confidential data – the rules relating to this have previously been defined in the RDB Data Policy. In line with discussions at the ICES Data and Information Group (DIG), it is proposed to split the current Data Policy into two new documents: a Data License, and a Data Governance document. It is important to remember that the ultimate success of the RDBES will rely on the effort and contributions from a large number of people in the wider ICES/EU data collection community and not just the relatively small groups who attend the WGRDBESGOV or Core Group meetings. The WGRDBESGOV continues to encourage these contributions

Colonization of decomposing Sphagnum moss litter by mycorrhizal roots in two types of peatland ecosystems

During a 35-month study on the decomposition of Sphagnum moss litter in poor fen and pine bog forest, an intensive colonization of litter-bags by mycorrhizal roots was observed during the decomposition process. Content of mycorrhizal roots in litter-bags, expressed as % mass of roots, was generally increasing during the decomposition in pine bog forest, and fluctuating during decomposition on poor fen, although in both cases the results were statistically insignificant. Two morphotypes of ericoid roots and two morphotypes of ectomycorrhizal roots were recorded from litter-bags on poor fen during the decomposition experiment, while in pine bog forest one morphotype of ericoid and nine morphotypes of ectomycorrhizal roots were recorded. Molecular identification of mycorrhizal roots succeeded only in the case of one ericoid and six putatively ectomycorrhizal morphotypes. Most morphotypes were recorded only once during the whole 35-month decomposition period, and only one ericoid and one ectomycorrhizal morphotypes were shared between the poor fen and pine bog forest communitiesPodczas blisko trzyletnich badań nad rozkładem mchu torfowca na torfowisku przejściowym oraz w borze bagiennym w północno-wschodniej Polsce zaobserwowano kolonizację materiału roślinnego w woreczkach ściółkowych przez silnie zmykoryzowane korzenie. Procentowa zawartość tych korzeni, wyrażona jako stosunek ich suchej masy do suchej masy rozkładających się szczątków roślinnych, generalnie zwiększała się wraz z upływem czasu w borze bagiennym, natomiast w przypadku torfowiska przejściowego nie wykazała wyraźnych tendencji; z racji niewielkiej liczby powtórzeń zaobserwowane różnice nie były jednak istotne statystycznie. W materiale roślinnym rozkładającym się na torfowisku przejściowym odnotowano obecność dwóch morfotypów korzeni wrzosowatych oraz dwóch morfotypów korzeni ektomykoryzowych, natomiast w borze bagiennym odnotowano jeden morfotyp korzeni wrzosowatych i 9 morfotypów korzeni ektomykoryzowych. Tylko jeden morfotyp wrzosowatych i jeden ektomykoryzowy były odnotowane w obu typach siedlisk; różnice wynikały z zasadniczych różnic w składzie zbiorowisk roślinnych pomiędzy badanymi powierzchniami. Większość (7 z 10) morfotypów ektomykoryz pojawiła się tylko raz podczas całego okresu trwania eksperymentu. Badania molekularne uzyskanych morfotypów powiodły się jedynie w siedmiu przypadkach: zidentyfikowano jeden gatunek tworzący mykoryzę erikoidalną, trzy gatunki tworzące ektomykoryzy (w tym jeden tworzący dwa morfotypy) oraz dwa gatunki grzybów wielkoowocnikowych znanych jako saprotrofy, prawdopodobnie wtórnie infekujących korzenie. Sekwencje uzyskane z pozostałych badanych morfotypów należały do grzybów mikroskopijnych najprawdopodobniej kolonizujących korzenie jako saprotrofy lub endofity. Pomimo że badania niniejsze stanowią jedynie szkicowe studium, to jednoznacznie wskazują na możliwość udziału grzybów mykoryzowych w procesach rozkładu materii roślinnej w ekosystemach torfowiskowych

Colonization of decomposing Sphagnum moss litter by mycorrhizal roots in two types of peatland ecosystems

Podczas blisko trzyletnich badań nad rozkładem mchu torfowca na torfowisku przejściowym oraz w borze bagiennym w północno-wschodniej Polsce zaobserwowano kolonizację materiału roślinnego w woreczkach ściółkowych przez silnie zmykoryzowane korzenie. Procentowa zawartość tych korzeni, wyrażona jako stosunek ich suchej masy do suchej masy rozkładających się szczątków roślinnych, generalnie zwiększała się wraz z upływem czasu w borze bagiennym, natomiast w przypadku torfowiska przejściowego nie wykazała wyraźnych tendencji; z racji niewielkiej liczby powtórzeń zaobserwowane różnice nie były jednak istotne statystycznie. W materiale roślinnym rozkładającym się na torfowisku przejściowym odnotowano obecność dwóch morfotypów korzeni wrzosowatych oraz dwóch morfotypów korzeni ektomykoryzowych, natomiast w borze bagiennym odnotowano jeden morfotyp korzeni wrzosowatych i 9 morfotypów korzeni ektomykoryzowych. Tylko jeden morfotyp wrzosowatych i jeden ektomykoryzowy były odnotowane w obu typach siedlisk; różnice wynikały z zasadniczych różnic w składzie zbiorowisk roślinnych pomiędzy badanymi powierzchniami. Większość (7 z 10) morfotypów ektomykoryz pojawiła się tylko raz podczas całego okresu trwania eksperymentu. Badania molekularne uzyskanych morfotypów powiodły się jedynie w siedmiu przypadkach: zidentyfikowano jeden gatunek tworzący mykoryzę erikoidalną, trzy gatunki tworzące ektomykoryzy (w tym jeden tworzący dwa morfotypy) oraz dwa gatunki grzybów wielkoowocnikowych znanych jako saprotrofy, prawdopodobnie wtórnie infekujących korzenie. Sekwencje uzyskane z pozostałych badanych morfotypów należały do grzybów mikroskopijnych najprawdopodobniej kolonizujących korzenie jako saprotrofy lub endofity. Pomimo że badania niniejsze stanowią jedynie szkicowe studium, to jednoznacznie wskazują na możliwość udziału grzybów mykoryzowych w procesach rozkładu materii roślinnej w ekosystemach torfowiskowych.During a 35-month study on the decomposition of Sphagnum moss litter in poor fen and pine bog forest, an intensive colonization of litter-bags by mycorrhizal roots was observed during the decomposition process. Content of mycorrhizal roots in litter-bags, expressed as % mass of roots, was generally increasing during the decomposition in pine bog forest, and fluctuating during decomposition on poor fen, although in both cases the results were statistically insignificant. Two morphotypes of ericoid roots and two morphotypes of ectomycorrhizal roots were recorded from litter-bags on poor fen during the decomposition experiment, while in pine bog forest one morphotype of ericoid and nine morphotypes of ectomycorrhizal roots were recorded. Molecular identification of mycorrhizal roots succeeded only in the case of one ericoid and six putatively ectomycorrhizal morphotypes. Most morphotypes were recorded only once during the whole 35-month decomposition period, and only one ericoid and one ectomycorrhizal morphotypes were shared between the poor fen and pine bog forest communities

Colonization of decomposing Sphagnum moss litter by mycorrhizal roots in two types of peatland ecosystems

Podczas blisko trzyletnich badań nad rozkładem mchu torfowca na torfowisku przejściowym oraz w borze bagiennym w północno-wschodniej Polsce zaobserwowano kolonizację materiału roślinnego w woreczkach ściółkowych przez silnie zmykoryzowane korzenie. Procentowa zawartość tych korzeni, wyrażona jako stosunek ich suchej masy do suchej masy rozkładających się szczątków roślinnych, generalnie zwiększała się wraz z upływem czasu w borze bagiennym, natomiast w przypadku torfowiska przejściowego nie wykazała wyraźnych tendencji; z racji niewielkiej liczby powtórzeń zaobserwowane różnice nie były jednak istotne statystycznie. W materiale roślinnym rozkładającym się na torfowisku przejściowym odnotowano obecność dwóch morfotypów korzeni wrzosowatych oraz dwóch morfotypów korzeni ektomykoryzowych, natomiast w borze bagiennym odnotowano jeden morfotyp korzeni wrzosowatych i 9 morfotypów korzeni ektomykoryzowych. Tylko jeden morfotyp wrzosowatych i jeden ektomykoryzowy były odnotowane w obu typach siedlisk; różnice wynikały z zasadniczych różnic w składzie zbiorowisk roślinnych pomiędzy badanymi powierzchniami. Większość (7 z 10) morfotypów ektomykoryz pojawiła się tylko raz podczas całego okresu trwania eksperymentu. Badania molekularne uzyskanych morfotypów powiodły się jedynie w siedmiu przypadkach: zidentyfikowano jeden gatunek tworzący mykoryzę erikoidalną, trzy gatunki tworzące ektomykoryzy (w tym jeden tworzący dwa morfotypy) oraz dwa gatunki grzybów wielkoowocnikowych znanych jako saprotrofy, prawdopodobnie wtórnie infekujących korzenie. Sekwencje uzyskane z pozostałych badanych morfotypów należały do grzybów mikroskopijnych najprawdopodobniej kolonizujących korzenie jako saprotrofy lub endofity. Pomimo że badania niniejsze stanowią jedynie szkicowe studium, to jednoznacznie wskazują na możliwość udziału grzybów mykoryzowych w procesach rozkładu materii roślinnej w ekosystemach torfowiskowych.During a 35-month study on the decomposition of Sphagnum moss litter in poor fen and pine bog forest, an intensive colonization of litter-bags by mycorrhizal roots was observed during the decomposition process. Content of mycorrhizal roots in litter-bags, expressed as % mass of roots, was generally increasing during the decomposition in pine bog forest, and fluctuating during decomposition on poor fen, although in both cases the results were statistically insignificant. Two morphotypes of ericoid roots and two morphotypes of ectomycorrhizal roots were recorded from litter-bags on poor fen during the decomposition experiment, while in pine bog forest one morphotype of ericoid and nine morphotypes of ectomycorrhizal roots were recorded. Molecular identification of mycorrhizal roots succeeded only in the case of one ericoid and six putatively ectomycorrhizal morphotypes. Most morphotypes were recorded only once during the whole 35-month decomposition period, and only one ericoid and one ectomycorrhizal morphotypes were shared between the poor fen and pine bog forest communities

Plasma Cell Leukemia – Facts and Controversies: More Questions than Answers?

Plasma cell leukemia (PCL) is an aggressive hematological malignancy characterized by an uncontrolled clonal proliferation of plasma cells (PCs) in the bone marrow and peripheral blood. PCL has been defined by an absolute number of circulating PCs exceeding 2.0 × 10(9)/L and/or >20% PCs in the total leucocyte count. It is classified as primary PCL, which develops de novo, and secondary PCL, occurring at the late and advanced stages of multiple myeloma (MM). Primary and secondary PCL are clinically and biologically two distinct entities. After the diagnosis, treatment should be immediate and should include a proteasome inhibitor and immunomodulator-based combination regimens as induction, followed by stem cell transplantation (SCT) in transplant-eligible individuals who have cleared the peripheral blood of circulating PCs. Due to the rarity of the condition, there have been very few clinical trials. Furthermore, virtually all of the myeloma trials exclude patients with active PCL. The evaluation of response has been defined by the International Myeloma Working Group and consists of both acute leukemia and MM criteria. With conventional chemotherapy, the prognosis of primary PCL has been ominous, with reported overall survival (OS) ranging from 6.8 to 12.6 months. The use of novel agents and autologous SCT appears to be associated with deeper response and an improved survival, although it still remains low. The PCL prognostic index provides a simple score to risk-stratify PCL. The prognosis of secondary PCL is extremely poor, with OS of only 1 month

Plasma Cell Leukemia - Facts and Controversies: More Questions than Answers?

Plasma cell leukemia (PCL) is an aggressive hematological malignancy characterized by an uncontrolled clonal proliferation of plasma cells (PCs) in the bone marrow and peripheral blood. PCL has been defined by an absolute number of circulating PCs exceeding 2.0 × 10(9)/L and/or >20% PCs in the total leucocyte count. It is classified as primary PCL, which develops de novo, and secondary PCL, occurring at the late and advanced stages of multiple myeloma (MM). Primary and secondary PCL are clinically and biologically two distinct entities. After the diagnosis, treatment should be immediate and should include a proteasome inhibitor and immunomodulator-based combination regimens as induction, followed by stem cell transplantation (SCT) in transplant-eligible individuals who have cleared the peripheral blood of circulating PCs. Due to the rarity of the condition, there have been very few clinical trials. Furthermore, virtually all of the myeloma trials exclude patients with active PCL. The evaluation of response has been defined by the International Myeloma Working Group and consists of both acute leukemia and MM criteria. With conventional chemotherapy, the prognosis of primary PCL has been ominous, with reported overall survival (OS) ranging from 6.8 to 12.6 months. The use of novel agents and autologous SCT appears to be associated with deeper response and an improved survival, although it still remains low. The PCL prognostic index provides a simple score to risk-stratify PCL. The prognosis of secondary PCL is extremely poor, with OS of only 1 month