Flow cytometric analysis of bacteria- and virus-like particles in lake sediments

Flow cytometry (FCM) was successfully used to analyze freshwater bacteria and viruses in lake sediments after relatively simple sample treatment and optimization of dilution/fixation/staining procedures. Biological particles from Lakes Geneva and Bourget were first separated from the sediments by using both Sodium Pyrophosphate (0.01 M final concentration) and Polyoxyethylene-Sorbitan Monooleate (10% final concentration) and sonicating for 3 min in a water bath. The best results (based on FCM signature and the highest virus and bacterial yields from the sediments) were obtained by formaldehyde fixation carried out within less than one hour (2% final concentration, vs. no fixation or using glutaraldehyde at different concentrations), SYBR-Green II staining (×1 / 20,000 stock solution concentration, vs. use of SYBR-Gold and SYBR-Green I dyes at different concentrations). There was a considerable loss of particles after only a few days of storage at either 4 or − 22 °C. For FCM analysis, the samples were diluted in Tris–EDTA buffer (pH 8) and heated for 10 min at 75 °C after incubating for 5 min in the dark. The bacterial and viral counts paralleled those obtained using epifluorescence microscopy (EFM), but EFM always gave lower counts than FCM. Analysis of the distribution of the viruses in the water column and in the sediments of Lakes Bourget revealed a marked gradient, with larger quantities in the top layer of the sediment than in the water above it. These results are discussed, as well as the possible novel application of flow cytometry in the study of aquatic viral ecology

Using multitable techniques for assessing Phytoplankton Structure and Succession in the Reservoir Marne (Seine Catchment Area, France)

4 pagesInternational audienceMicro-organisms, especially phytoplankton species, may be considered as potential indicators of local and more global changes in aquatic ecosystems and may thus constitute an excellent biomarker of water quality. Multitable analyses, such as partial triadic analysis and multiple coinertia analysis, are a well suited statistical tool to get a clear representation of the spatial and temporal organization of the assemblages of these different species and hence assess for the existence of changes in water quality. Handling of the few missing data was done using the NIPALS algorithm

First description of a cyanophage infecting the cyanobacterium Arthrospira platensis (Spirulina)

International audienceCyanobacteria constitute a versatile group of photosynthetic bacteria of immense commercial and ecological importance. Some species of this group are cultivated and sold as food because of their high nutritional value. This is typically the case for Arthrospira platensis. We describe for the first time a virus infecting this economically important filamentous cyanobacterium isolated from culture pools located in the South of France. This virus could be observed and discriminated easily from other particles with flow cytometry. Based on morphology and molecular investigation, it was proposed that the virus belongs to the cyanopodovirus group with a capsid and short tail of about 120 and 20 nm, respectively. Finally, the virus appeared to be highly specific (very narrow host range) to A. platensis

Importance des virus en milieu lacustre

L’écologie virale aquatique est une science relativement jeune, 15 ans, et jusqu’à très récem- ment, l’impact des virus n’était pas pris en compte dans la régulation des peuplements micro- biens pour laquelle seuls la disponibilité des ressources nutritives et les processus d’origine biotique, comme la prédation et la compétition, étaient considérés comme prépondérants

Virus, bactéries et protistes pathogènes du phytoplancton, le rôle insoupçonné des parasites dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques

International audienceMicroscopiques, les parasites sont la plupart du temps invisibles, mais présents partout. Ils infectent tous les organismes du monde vivant. La dernière décennie a révélé une incroyable diversité chez les parasites viraux, bactériens et eucaryotes. Ceux infectant le phytoplancton pourraient avoir une importance capitale dans la dynamique des populations algales et dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, mais leur rôle est encore très largement méconnu à ce jour (Brussaard, 2004). Sur ces questions, la recherche ne fait que commencer

Scientists’ Warning to Humanity: Rapid degradation of the world\u27s large lakes

Large lakes of the world are habitats for diverse species, including endemic taxa, and are valuable resources that provide humanity with many ecosystem services. They are also sentinels of global and local change, and recent studies in limnology and paleolimnology have demonstrated disturbing evidence of their collective degradation in terms of depletion of resources (water and food), rapid warming and loss of ice, destruction of habitats and ecosystems, loss of species, and accelerating pollution. Large lakes are particularly exposed to anthropogenic and climatic stressors. The Second Warning to Humanity provides a framework to assess the dangers now threatening the world\u27s large lake ecosystems and to evaluate pathways of sustainable development that are more respectful of their ongoing provision of services. Here we review current and emerging threats to the large lakes of the world, including iconic examples of lake management failures and successes, from which we identify priorities and approaches for future conservation efforts. The review underscores the extent of lake resource degradation, which is a result of cumulative perturbation through time by long-term human impacts combined with other emerging stressors. Decades of degradation of large lakes have resulted in major challenges for restoration and management and a legacy of ecological and economic costs for future generations. Large lakes will require more intense conservation efforts in a warmer, increasingly populated world to achieve sustainable, high-quality waters. This Warning to Humanity is also an opportunity to highlight the value of a long-term lake observatory network to monitor and report on environmental changes in large lake ecosystems

LA BIOLOGIE EST BIEN PRÉSENTE EN HAUTE-SAVOIE

SUBAQUA Novembre-Décembre 2015-N° 263 66 388 km c'est la distance parcourue en 3 heures par les nageurs de la Ronde des Cheires. Comme tous les ans sous un soleil radieux, les compétiteurs se sont retrouvés le 27 septembre au bord du lac d'Ay-dat dans le Parc des volcans d'Auvergne pour cette course de relais unique en son genre. Effectivement le chrono est le même pour tout le monde, le vain-queur est celui qui parcourt la plus grande distance en 3 heures. Quelque douze courageux se sont lancés seuls dans l'aventure, les autres ont uni leurs forces avec 23 équipes de 2 ou 3 nageurs. Les 3 meilleures équipes étaient mixtes et ont comptabilisé chacune plus de 14 km. Les plus rapides ont été les Lyonnais de l'UJSM qui ont gagné en individuel homme avec Thierry Giraud qui a nagé plus de 12 km et par équipe mixte et féminine. La première féminine Fanny Carré a elle aussi fait plus de 12 km, elle venait du club CESO des Sables d'Olonne. Le samedi 26, la commission secourisme du CODEP animait un atelier « secours en eau libre » les na-geurs pouvait se familiariser en situation réelle avec du matériel récemment acquis par la commission, une planche de sauvetage et une corde fl ottante. Un prototype de gilet de sécurité pour la nage en nature conçu par notre sponsor Imersion a aussi été testé par les nageurs du RABA qui ont beaucoup apprécié le concept. Ce weekend s'est achevé par la réunion de rentrée de la commission nage avec palmes du RABA et la présentation par Anne-Édith Cure des championnats du monde junior qui auront lieu à Annemasse en juillet 2016. ■ Catherine Dugne, présidente de la commission nage avec palmes du CODEP 63 INFOS FÉDÉRALE

Pourquoi un vaccin COVID-19 pourrait mettre davantage en péril les requins?

National audienc

Plaidoyer pour les grands lacs alpins

Bio Ils sont grands, ils sont beaux, ils ont inspiré les poètes et auteurs de la littérature française parmi les plus célèbres. Ils ont été le lieu d'incroyables découvertes et des terrains de jeux de tout premier plan pour de nombreux scientifiques. On dit d'eux aujourd'hui qu'ils sont les sentinelles des changements climatiques. Eux, ce sont les grands lacs péri-alpins (Annecy, Bourget, Léman). Et en plus, ils sont propices à la pratique de la plongée sous toutes ses formes. Brefs, les plus grands lacs naturels profonds de France métropolitaine méritaient largement ce petit coup de projecteur. C ertains écrits relatent qu'il y a bien longtemps, trois anges assuraient la protection de la région alpine et de ses alentours. Leur travail était reconnu comme le plus beau du monde : surveiller les montagnes, les vallées, les torrents, les rivières, les bois et les forêts où les habitants d'alors vivaient en harmonie. Mais, contempler la nature à longueur de temps ne pouvait durer et Dieu, un jour, leur confia une nouvelle mission. Si tristes de quitter ce paradis terrestre, les anges pleurèrent tant et tant que leurs larmes atterrirent sur Terre et donnèrent naissance aux trois principaux lacs des pays de Savoie : les lacs Léman, d'Annecy et du Bourget. Pour le Léman, la légende est parfois plus cocasse car on attribue aussi sa création à Gargantua, qui aurait creusé un immense abreuvoir pour étancher sa soif ou se baigner, ou même rempli la vallée en soulageant sa vessie ! La science à la rescousse Si la légende est belle et en dit long sur la beauté du paysage, la réalité géologique est un peu différente mais non moins intéressante à dire vrai. Les lacs péri-alpins sont des lacs dont la partie amont est enchâssée dans les plis de la chaîne de montagnes alpines, qu'ils recoupent en général en cluse, et dont la partie aval s'épanouit sur le piémont. Tantôt c'est la partie amont, profonde, encaissée entre des versants parfois abrupts, qui prend la plus grande place, comme dans le lac d'Annecy, novembre-décembre 2016 Plaidoyer pour les grands lacs alpin