SIS epidemic propagation on hypergraphs

Mathematical modeling of epidemic propagation on networks is extended to hypergraphs in order to account for both the community structure and the nonlinear dependence of the infection pressure on the number of infected neighbours. The exact master equations of the propagation process are derived for an arbitrary hypergraph given by its incidence matrix. Based on these, moment closure approximation and mean-field models are introduced and compared to individual-based stochastic simulations. The simulation algorithm, developed for networks, is extended to hypergraphs. The effects of hypergraph structure and the model parameters are investigated via individual-based simulation results

A központi idegrendszer validált célfehérjéi: a funkcionálisan aktív konformációk modellezése = Validated target proteins of the CNS: modeling functionally active conformations

A központi idegrendszeri jelátvitelben résztvevő célfehérjék és az MTA KK BKI Neurokémiai Osztályán kísérletesen vizsgált vegyületek között fellépő kötődési kölcsönhatások vizsgálatát számítógépes molekulamodellezéssel és dokkolási eljárással végeztük. A glutaminsav receptorok (GluR) és transzporterek szerepe kulcsfontosságú a serkentő jelátvitelben. Az ioncsatornát formáló (iGluR) valamint a hét transzmembrán szakaszt tartalmazó (7TM) metabotróp (mGluR) receptor altípusok nagyfelbontású kristályos szerkezete ismeretében dokkolással határoztuk meg a ligandumok illeszkedését az iGluR2 valamint az mGluR1 receptorok extracelluláris kötődoménjébe. A 7TM receptorok membránba ágyazott részének nagyfelbontású szerkezete csupán a rodopszin molekula esetén ismert. Ennek alapján a szomatosztatin 1 receptorról homológia modellt készítettünk és a tumorgátló hatású TT-232 ciklopeptid dokkolása után a kötődésben résztvevő aminosavakat vizsgáltuk. A fototranszdukciós kaszkádban résztvevő foszfodiészteráz 6 (PDE6) enzim katalitikus inhibitorai hatására paradox fényválasz növekedést mutattunk ki. Elektrofiziológiai méréseink és dokkolási eredményeink szerint a vizsgált inhibitorok a katalitikus cGMP hidrolízist szabályozó PDE6 gamma alegység gátlóhatását akadályozzák. E célfehérje-ligandum kötődési kölcsönhatások molekuláris meghatározottságának megismerése jelentősen járult hozzá fontos célfehérjék működésének megértéséhez, így a vizsgált drogok hatásmechanizmusának feltárásához. | Binding interactions between target molecules of the central nervous system and their ligands have been studied by molecular modeling and docking methods. These ligands were also tested experimentally at the Neurochemistry Department of CRC HAS. Glutamate receptors and transporters play a key role in excitatory signal transduction. High-resolution crystal structures of the extracellular ligand-binding domains of ionotropic glutamate receptors (iGluR) and seven transmembrane helix (7TM) containing metabotropic glutamate receptor (mGluR) subtypes were recently disclosed, therefore position of ligands could be determined by structure-based molecular docking. The full structure of a 7TM receptor is only available for bovine rhodopsin. Based on this structure a homology model for somatostatin receptor 1 was built and TT-232, a cyclopeptide with antitumor activity was docked and binding crevice residues were delineated. A key element of the phototransduction cascade, phosphodiesterase 6 (PDE6) and its interaction with catalytic site inhibitors was also studied. Electrophysiological measurements revealed a paradoxical increase in light response after inhibitor application. Molecular docking showed that the effect is due to a competition between inhibitors and the regulatory PDE6 gamma subunit residues. Results of these studies contribute to future understanding of protein-drug interactions and help to gain insight into molecular mechanisms of drug action

Visual analytics of academic writing

This paper describes a novel analytics dashboard which visualises the key features of scholarly documents. The Dashboard aggregates the salient sentences of scholarly papers, their rhetorical types and the key concepts mentioned within these sentences. These features are extracted from papers through a Natural Language Processing (NLP) technology, called Xerox Incremental Parser (XIP). The XIP Dashboard is a set of visual analytics modules based on the XIP output. In this paper, we briefly introduce the XIP technology and demonstrate an example visualisation of the XIP Dashboard

Fogyasztói magatartás a hazai utazási szolgáltatások piacán - a hibrid vásárlói magatartás vizsgálata (Consumer behaviour on market of the Hungarian travel services – Examination of hybrid consumption)

A szerzők kutatási projektjükben a hazai lakosság utazással kapcsolatos fogyasztási, vásárlási magatartását vizsgálták, különös tekintettel a hibrid fogyasztói viselkedés alakulására. A kutatás a rendszeresen utazó vagy az utazás iránt érdeklődő csoportra terjedt ki. Az első, kvalitatív fázisban a nyaralás értelmezését, a keresés és döntés kritériumait tárták fel, majd következő lépésben statisztikai elemzésekkel vizsgálták a fogyasztói magatartás jellemzőit. Indexszámítás alapján besorolták a válaszadókat a hibrid fogyasztás kategóriáiba. Besorolásuk szerint a megtakarításorientált olcsón vásárlók és a komfortorientált márkavásárlók jelentik a legnagyobb csoportokat, az előbbi 31,9%-ot, az utóbbi 29,6%-ot képviselve a mintában. A megtakarítás-orientált márkavásárlók 21%-ot, a komfortorientált olcsón vásárlók 17,5%-ot tesznek ki. Elemzésük igazolta, hogy a hibrid vásárlói magatartás elméleti megközelítése jól használható a hazai utazási piac elemzésekor. ________ Recent study examines travelling behaviour in Hungary with special emphasis on hybrid consumption. Using qualitative and quantitative analysis the study explore the decision making process related to hybrid consumption in travel services. Based on indexes the authors classified respondents into categories of hybrid consumption. According to their classification the main groups are savings-oriented budget shoppersand comfort-oriented brand shoppers, representing 31,9% and 29,6% share in the total sample, accordingly. Based on their analysis the approach of hybrid consumption proved to be useful to analyse consumer behaviour in travel services

Identification of Triterpenes and β-sitosterol in the Bark of Plane Tree Extracts

Plane tree is planted as ornamental tree in urban areas. This tree naturally sheds its bark during the spring; however, the shed bark is commonly regarded as a waste material without any significant application.On the other hand, the bark of plane tree may be an important source of industrially relevant compounds, most notably betulinic acid. In our study a Supercritical Fluid Ultra Performance Convergence Chromatography (UPC2) system coupled with Evaporative Light Scattering Detector (ELSD), along with conventional HPLC, GC-MS and NMR were successfully utilized to analyze triterpenes in the extracts from the bark of plane tree. We show that not only betulinic acid, but other important triterpenes: betulin, betulinic aldehyde and β-sitosterol are also present in the extract of the plane tree bark. Among these the main compound is betulinic acid, with up to an order of magnitude larger concentration than the other constituents. The applied extraction method has a significant role on the concentration of the different compounds in the extracts. Most notably, neat scCO2 is not suitable to extract the polar betulinic acid, however betulin and betulinic aldehyde can be extracted selectively