A genome-wide association study for morphometric traits in quarter horse

A genome-wide association study for morphometric traits was conducted in 184 Quarter Horses, 120 from a racing population, and 64 from a cutting population, which were genotyped using the Illumina EquineSNP50 chip. Association analysis was performed with 42,058 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) (after quality control) using Qxpak5 software. The following traits were measured: weight (W), rump length (RL), and body length (BL). These morphometric traits are important for the best performance in race and cutting events. For weight, three SNPs associated (P < .0001) were found on chromosomes (Equus caballus autosomes [ECA]) 2 and 3. For rump length, eight SNPs associated (P < .0001) were found on ECA 2, 3, 6, 7, 9, 21, and 26. On ECA 3 and ECA 8, two SNPs were associated (P < .0001) with body length. So, a total of 13 important chromosomal regions were identified with Q values of 0.53 (SNPs for W), 0.40 (SNPs for RL), and 0.99 (SNPs for BL). Positional and functional candidate genes emerging from this study were WWOX and AAVPR1A. Further studies are required to confirm these associations in other populations. (c) 2014 Elsevier Inc. All rights reserved

Estudo genético da precocidade sexual de novilhas em um rebanho Nelore Genetic studies of sexual precocity of heifers in a Nellore herd

Objetivou-se, com este trabalho, estimar a herdabilidade (h²) para prenhez de novilhas e sua correlação genética (rg) com idade ao primeiro parto (IPP), em animais da raça Nelore. A prenhez de novilhas foi definida de três formas: prenhez aos 16 meses (Pr16) - para as novilhas que pariram com menos de 31 meses, atribuiu-se 1 (sucesso) e, para aquelas que pariram após 30,99 meses ou que não pariram, atribuiu-se 0 (fracasso); prenhez aos 24 meses (Pr24) - para as novilhas que pariram até 46 meses (incluindo as Pr16), foi atribuído 1 e, para aquelas que não pariram 0; e prenhez da novilha (PrN) - atribuiu-se classificação 2 para as que pariram com menos de 31 meses, 1 para as que pariram entre 31 e 46 meses e 0 para as que não pariram. Os arquivos, analisados pelo Método R e Inferência Bayesiana, continham registros de 30.802 novilhas desmamadas. As análises forneceram médias de estimativas de h² de 0,52, 0,12 e 0,16 para Pr16, Pr24 e PrN, respectivamente, pelo Método R. O valor médio obtido por Inferência Bayesiana foi de 0,45 para Pr16. A rg estimada entre Pr16 e IPP foi -0,32. Os resultados indicam que, para selecionar para precocidade sexual, é necessário expor todas as fêmeas em idades jovens e que a mensuração da taxa de prenhez por meio da Pr16 é pertinente, uma vez que esta característica apresenta variabilidade genética alta e deve responder eficientemente à seleção com possibilidades de rápido ganho genético. A análise indicou também que Pr16 e IPP são determinadas em grande parte por genes diferentes.<br>The objectives of this research were to estimate heritability (h2) of heifer pregnancy and its genetic correlation (rg) with age at first calving (AFC) in a Nellore herd. Heifer pregnancy evaluated as three different definitions: pregnancy at 16 months (Pr16) - heifers calving before 31 months received 1 (success) and those calving after 30.99 months or that failed received 0 (failure); pregnancy at 24 months (Pr24) - heifers calving until 46 months of age (including Pr16) received 1 and those which fail 0; and heifer pregnancy (PrN) - was attributed the classification 2 for those calving before 31 months, 1 for those calving from 31 to 46 months and 0 for failure. The data-set, including 30,802 weaned heifers, was analyzed by method R and Bayesian Inference. The heritability estimates were 0.52, 0.12 and 0.16 for Pr16, Pr24 and PrN, respectively, by method R. The mean value obtained by Bayesian Inference was of 0.45 for Pr16. The estimate of rg between Pr16 and AFC was -0.32. The results indicate that to select for sexual precocity is necessary to expose all females to breeding at a young age. Moreover, the pregnancy rate evaluated by Pr16 is indicated, since this trait presents high genetic variability and efficient response to selection. The analysis also indicates that Pr16 and AFC are determined by different genes

Análise genética da habilidade de permanência em fêmeas da raça Nelore Genetic analysis of stayability among Nelore females

O objetivo deste estudo foi verificar a possibilidade da característica habilidade de permanência (HP) de matrizes ser utilizada como critério de seleção na raça Nelore. A HP foi definida como a probabilidade de uma vaca parir, no rebanho, na idade de seis anos ou depois desta idade, dado que ela teve uma parição em data anterior. Foram analisadas informações de 55.682 animais. Utilizou-se a amostragem de Gibbs para estimar os componentes de variância e um modelo de limiar de máximo a posteriori para predizer os valores genéticos. A análise forneceu estimativa posterior de herdabilidade e desvio-padrão de 0,21 &plusmn; 0,00 e tendência genética, média por ano, de 0,14% para HP. A facilidade de mensuração da característica, a estimativa de herdabilidade e a tendência indicam que a utilização desta característica como critério de seleção pode contribuir para o aumento da fertilidade do rebanho.<br>The purpose of this study was to analyse of the stayability trait (STAY) of Nelore cows. Stayability was defined as the probability of calving at a specific age, or after that age, given that the cow calved at least one time prior to that age. The study focused specifically on six year old groups, and the information corresponding to 55,682 animals were analysed. The data were analysed based on an a posteriori maximum threshold model to predict the genetic values, while the Gibbs sample was used to estimate the variance components. The analyses provided heritability estimate and standard deviation of 0.21 &plusmn; 0.003 and average genetic tendency a year was of 0.14% for STAY. The estimates indicate that the use of this trait as a criterion for selection may contribute toward increased female fertility