4 research outputs found
RAPD markers associated with salt tolerance in soybean genotypes under salt stress
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2013
- Field of study
Get PDFIn order to investigate the influence of genetic background on salt tolerance in soybean (Glycine max), ten soybean genotypes (Pusa-20, Pusa-40, Pusa-37, Pusa-16, Pusa-24, Pusa-22, BRAGG, PK-416, PK-1042, and DS-9712) released in India, were selected and grown hydroponically. The 10-day-old seedlings were subjected to 0, 25, 50, 75, 100, 125, and 150 mM NaCl for 15 days. Plant growth, leaf osmotic adjustment, and random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis were studied. In comparison to control plants, the plant growth in all genotypes was decreased by salt stress, respectively. Salt stress decreased leaf osmotic potential in all genotypes; however, the maximum reduction was observed in genotype Pusa-24 followed by PK-416 and Pusa-20, while minimum reduction was shown by genotype Pusa-37, followed by BRAGG and PK-1042. Pusa-16, Pusa-22, Pusa-40, and DS-9712 were able to tolerate NaCl treatment up to the level of 75 Mm. The difference in osmotic adjustment between all the genotypes was correlated with the concentrations of ion examined such as Na+ and the leaf proline concentration. These results suggest that the genotypic variation for salt tolerance can be partially accounted by plant physiological measures. Twenty RAPD primers revealed high polymorphism and genetic variation among ten soybean genotypes studied. The closer varieties in the cluster behaved similarly in their response to salinity tolerance. Intra-clustering within the two clusters precisely grouped the ten genotypes in sub-cluster as expected from their physiological findings. Our study shows that RAPD technique is a sensitive, precise, and efficient tool for genomic analysis in soybean genotypes
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M. S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdelrazik M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
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- Abedalthagafi M.
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- Ali A.
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- Birch J.
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- Birchall K.
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- Buckley S.
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- Butler J.
- Butler S.
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- Campbell A.
- Campbell H.
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- Carter D.
- Carter E.
- Carter J.
- Carter S.
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- Elliott K. S.
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- Franke L.
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- Joseph R.
- Joseph S.
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- Joy R.
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- Kallaste A.
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- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
Get PDFCritical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2–4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M.S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdelrazik M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
- Abecasis G.R.
- Abecasis G.R.
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- Birchall K.
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- Fawkes A.
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- Harrison A.
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- Publication venue
- Springer Science and Business Media LLC
- Publication date
- 07/07/2022
- Field of study
Get PDFCritical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
- Author
- Abd Elghafar MS
- Abdel-Aziz M
- Abdelrazik M
- Abdullah MS
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- 21/06/2023
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