Reactivation of Clostridium tertium bone infection 30 years after the Iran-Iraq war

Clostridium tertium could be responsible forlate metal fragment bone and joint infection.LateC. tertium metal fragment bone and joint infections requires a multidisciplinary management. Late C. tertium metal fragment bone and joint infections requires metal extraction and prolonged antimicrobial therapy for healin

Categorizing chlordecone potential degradation products to explore their environmental fate

EA BIOmE SUPDAT INRAInternational audienceChlordecone (C10Cl10O; CAS number 143-50-0) has been used extensively as an organochlorine insecticide but is nowadays banned and listed on annex A in The Stockholm Convention on Persistent Organic Pollutants (POPs). Although experimental evidences of biodegradation of this compound are scarce, several dechlorination products have been proposed by Dolfing et al. (2012) using Gibbs free energy calculations to explore different potential transformation routes. We here present the results of an in silico classification (TyPol - Typology of Pollutants) of chlordecone transformation products (TPs) based on statistical analyses combining several environmental endpoints and structural molecular descriptors. Starting from the list of putative chlordecone TPs and considering available data on degradation routes of other organochlorine compounds, we used different clustering strategies to explore the potential environmental behaviour of putative chlordecone TPs from the knowledge on their molecular descriptors. The method offers the possibility to focus on TPs present in different classes and to infer their environmental fate. Thus, we have deduced some hypothetical trends for the environmental behaviour of TPs of chlordecone assuming that TPs, which were clustered away from chlordecone, would have different environmental fate and ecotoxicological impact compared to chlordecone. Our findings suggest that mono- and di-hydrochlordecone, which are TPs of chlordecone often found in contaminated soils, may have similar environmental behaviour in terms of persistence

Identification and characterization of tebuconazole transformation products in soil by combining suspect screening and molecular typology

International audienceOnce released into the environment, pesticides generate transformation products (TPs) which may be of (eco-)toxicological importance. Past studies have demonstrated the difficulty to predict pesticide TP occurrence and their environmental risk by monitoring-driven approaches mostly used in current regulatory frameworks targeting only known toxicologically relevant TPs. We present a novel combined approach which identifies and categorizes known and unknown pesticide TPs in soil by combining suspect screening time-of-flight mass spectrometry with in silico molecular typology. This approach applies an empirical and theoretical pesticide TP library for compound identification by both non-target and target time-of-flight (tandem) mass spectrometry and structural elucidation through a molecular structure correlation program. In silico molecular typology was then used to group the detected TPs according to common molecular descriptors and to indirectly elucidate their environmental properties by analogy to known pesticide compounds having similar molecular descriptors. This approach was evaluated via the identification of TPs of the triazole fungicide tebuconazole occurring in a field dissipation study. Overall, 22 empirical and 12 yet unknown TPs were detected and categorized into three groups with defined environmental properties. This approach combining suspect screening time-of-flight mass spectrometry with molecular typology could be extended to other organic pollutants and used to rationalize the choice of TPs to be intensively studied towards a more comprehensive environmental risk assessment scheme

The \u3cem\u3eX\u3c/em\u3e-Alter Algorithm: A Parameter-Free Method of Unsupervised Clustering

Using quantization techniques, Laloë (2010) defined a new clustering algorithm called Alter. This L1-based algorithm is shown to be convergent but suffers two major flaws. The number of clusters, K, must be supplied by the user and the computational cost is high. This article adapts the X-means algorithm (Pelleg & Moore, 2000) to solve both problems

Estimation de la fonction de répartition : revue bibliographique

National audienc

Machine learning models based on molecular descriptors to predict human and environmental toxicological factors in continental freshwater

It is a real challenge for life cycle assessment practitioners to identify all relevant substances contributing to the ecotoxicity. Once this identification has been made, the lack of corresponding ecotoxicity factors can make the results partial and difficult to interpret. So, it is a real and important challenge to provide ecotoxicity factors for a wide range of compounds. Nevertheless, obtaining such factors using experiments is tedious, time-consuming, and made at a high cost. A modeling method that could predict these factors from easy-to-obtain information on each chemical would be of great value. Here, we present such a method, based on machine learning algorithms, that used molecular descriptors to predict two specific endpoints in continental freshwater for ecotoxicological and human impacts. The method shows good performances on a learning database. Then, predictions were derived from the validated model for compounds with missing toxicity/ecotoxicity factors

New measurement technique for restoration of the trochlear offset after image-based robotic-assisted total knee arthroplasty: a reliability study

Introduction: The new concepts in total knee arthroplasty (TKA) tend to improve the alignment and ligament balancing after TKA. Nevertheless, the assessment of the anterior compartment is difficult. The purpose of this study was to describe a new measurement technique of trochlear offset restoration on CT-scan after primary robotic-assisted TKA and assess its reliability and repeatability. Method: This monocentric study assessed the trochlear offset restoration on a CT scan after 20 robotic-assisted TKA. To evaluate the trochlear offset restoration, we measured the depth difference between the native and the prosthetic trochlea. Four sequential positions were assessed on the trochlea: at full extension, at 30°, 70°, and 90° flexion. For each of these positions, we compared the highest point of the lateral native condyle and the lateral prosthetic condyle, the highest point of the medial native condyle and the medial prosthetic condyle, the deepest point of the native trochlear groove and the prosthetic trochlea. Two independent reviewers performed the measurements to assess their reliability. To determine intraobserver variability, the first observer performed the measurements twice. Results: The mean age was 67.3 years old ± 8.3. Mean values of the trochlear offset restoration for the medial condyle, trochlear groove and lateral condyle were respectively: 1.0 mm ± 1.6, 1.1 mm ± 1.5, −2.7 mm ± 2.3 in full extension; −3.5 mm ± 1.7, −1.5 mm ± 1.7, −3.9 mm ± 3.9 at 30° flexion; −5.1 mm ± 1.8, 2.1 mm ± 2.7, −3.8 mm ± 1.8 at 70° flexion; 2.0 mm ± 1.4 and 3.1 mm ± 1.5 for the medial and lateral condyles at 90° flexion. The radiographic measurements showed very good to excellent intra-observer and inter-observer agreements with mean kappa values of 0.92 and 0.74. Conclusion: We present a novel measurement technique on CT scan for evaluating the restoration of the trochlear offset after TKA, demonstrating excellent inter and intra-observer reliability

Vers un outil d'aide à l'interprétation des mesures RHIZOtest pour évaluer le transfert sol-plante des contaminants

Grâce à une nouvelle réglementation1,2 et à l'accélération, ces dix dernières années, de la production de connaissances nouvelles et de leur transfert vers les bureaux d'études, le métier de la gestion des sites et sols pollués évolue progressivement vers une meilleure protection de la ressource sol. Les objectifs sont de limiter l'excavation aux seules zones sources concentrées et de réduire le recours à des apports de terres végétales arables en favorisant l'utilisation des sols en place. Une des clés pour atteindre ces objectifs est la sécurisation de ces nouvelles pratiques grâce à une meilleure connaissance et prise en compte de la multifonctionnalité des sols3 et notamment la fonction de rétention des contaminants, primordiale pour une évaluation précise des risques sanitaires associés à l'exposition de la population par consommation de végétaux produits sur ces sites. Un outil particulièrement pertinent pour renseigner spécifiquement le transfert sol-plante de contaminants est le test végétal appelé RHIZOtest. Il fait l'objet d'un nombre croissant de travaux scientifiques depuis une vingtaine d'années (e.g.4,5,6,7,8). C'est aussi le seul outil normalisé (NF EN ISO 16198) pour la mesure du transfert sol-plante des éléments traces. C'est un test rapide (3 semaines de culture) relativement à un essai de terrain, qui nécessite peu de sol (10 g sec par dispositif), qui prend en compte les interactions sol-plante dans la rhizosphère ainsi que les facteurs confondants liés à une multi-contamination et qui peut s'adapter à de nombreuses espèces végétales d'intérêt. Pour toutes ces raisons, il commence aujourd'hui à être utilisé dans les projets visant à évaluer le risque de transfert sol-plante en sols agricoles affectés par des contaminations diffuses 9 et en sites et sols pollués affectés par des contaminations locales10. Dans son utilisation actuelle avec la perspective d'une évaluation des risques sanitaires, le RHIZOtest présente cependant comme limite importante de devoir comparer les résultats obtenus sur les échantillons de sols d'intérêt à ceux obtenus sur un échantillon de sol témoin non contaminé issu du même site. Or il n'est pas toujours techniquement ou financièrement possible de disposer d'une telle référence. L'évaluation opérationnelle des risques à l'aide de la mesure RHIZOtest bénéficierait donc de pouvoir être interprétée de façon absolue. Pour parvenir à une telle évaluation absolue, il est envisagé de capitaliser sur les quelques 15 000 mesures unitaires de flux réalisées depuis 2010. Ces mesures ont couvert huit éléments traces, une vingtaine d'espèces végétales cultivées ou d'intérêt pour la gestion des sols contaminés et près d'une centaine d'échantillons de sols montrant des caractéristiques physico-chimiques, ainsi que des origines et des niveaux de concentration contrastés. Une thèse Cifre entre GINGER BURGEAP, le CIRAD et INRAE a démarré en décembre 2023 pour mener à bien ce projet. Son objectif est de développer un outil d'aide à l'interprétation des mesures RHIZOtest de phytodisponibilité des contaminants du sol pour l'évaluation du risque pour la santé humaine. Le coeur du projet portera sur l'exploitation des données historiques à l'aide de techniques statistiques adaptées aux grands jeux de données11,12. La présentation de ce projet pour cette édition d'Intersol portera sur le travail de bibliométrie, réalisé lors des 3 premiers mois. Ce travail a pour objectif de caractériser l'étendue de l'utilisation du RHIZOtest par les différentes équipes de recherche à travers le monde, de contextualiser l'orientation thématique des travaux, de fédérer une communauté autour de bonnes pratiques méthodologiques et enfin de partager les données

Une application web pour automatiser et standardiser le prétraitement des données de phytodisponibilité produites en Rhizotest

L'évaluation quantitative des risques sanitaires et écotoxicologiques en sols contaminés repose notamment sur des mesures robustes du transfert sol-plante (i.e. de la phytodisponibilité) des contaminants. L'obtention d'une telle robustesse nécessite, d'une part, une standardisation du protocole expérimental de mesure et, d'autre part, une homogénéisation de la procédure de prétraitement des données issues de l'analyse chimique. Des bases de données telles que BAPPET et BAPPOP existent en France pour la phytoaccumulation des contaminants du sol et sont issues de la littérature (1, 2). Ces deux critères de robustesse restent cependant très rarement validés par les auteurs des études compilées, et dans tous les cas non renseignés dans ces deux bases de données. Afin d'améliorer cet état de fait, un test végétal, le Rhizotest, a été normalisé pour permettre une mesure standardisée de la phytodisponibilité des éléments traces du sol (3). Il s'agit d'un test comparatif qui nécessite de pouvoir positionner le résultat obtenu par rapport à un référentiel de valeurs pour être interprété. Dans l'optique de constituer ce référentiel d'interprétation, l'objectif est de rassembler dans une base de données l'ensemble des mesures accumulées depuis plus de dix ans, qu'il est indispensable d'homogénéiser au niveau de leur prétraitement. Une application web a donc été développée en R et avec le framework RShiny afin d'automatiser et de standardiser le prétraitement des données analytiques issues de mesures de phytodisponibilité, notamment des éléments traces en Rhizotest. À partir du fichier de données brutes produit à la suite de l'analyse chimique, les concentrations dans les différents organes de la plante et les flux de prélèvements sont ainsi déterminés pour chaque élément trace d'intérêt. Une procédure spécifique de détection et de suppression supervisée des valeurs aberrantes a été développée en s'appuyant sur l'incertitude usuellement rencontrée, estimée à partir des données d'un test interlaboratoire (4). En plus de fournir un fichier de données nettoyées, l'application web génère un rapport faisant le bilan des résultats générés pour chaque étape de la procédure, et la liste des éléments traces pour lesquels le prétraitement est validé. Pour ce faire, l'application web vérifie que le taux de recouvrement des concentrations dans les matériaux de référence est satisfaisant et que les analyses faites sur les échantillons ne sont pas biaisées par une contamination des racines par des particules de sol. L'application sera prochainement mise en libre accès sur le GitLab INRAe et pourra notamment être utilisée pour prétraiter de façon automatisée et homogène les quelques 15 000 mesures de phytodisponibilité réalisées en Rhizotest depuis 2010. Ce travail ouvrira ainsi la porte au développement d'un outil d'interprétation des mesures Rhizotest pour l'évaluation des risques sanitaires et écotoxicologiques des éléments traces en sols contaminés