New insights into the impact of Lactobacillus population on host-bacteria metabolic interplay

We aimed at evaluating the association between intestinal Lactobacillus sp. composition and their metabolic activity with the host metabolism in adult and elderly individuals. Faecal and plasma metabolites were measured and correlated to the Lactobacillus species distribution in healthy Estonian cohorts of adult (n=16; 65 y). Total cholesterol, LDL, C-reactive protein and glycated hemoglobin were statistically higher in elderly, while platelets, white blood cells and urinary creatinine were higher in adults. Aging was associated with the presence of L. paracasei and L. plantarum and the absence of L. salivarius and L. helveticus. High levels of intestinal Lactobacillus sp. were positively associated with increased concentrations of faecal short chain fatty acids, lactate and essential amino acids. In adults, high red blood cell distribution width was positively associated with presence of L. helveticus and absence of L. ruminis. L. helveticus was correlated to lactate and butyrate in faecal waters. This indicates a strong relationship between the composition of the gut Lactobacillus sp. and host metabolism. Our results confirm that aging is associated with modulations of blood biomarkers and intestinal Lactobacillus species composition. We identified specific Lactobacillus contributions to gut metabolic environment and related those to blood biomarkers. Such associations may prove useful to decipher the biological mechanisms underlying host-gut microbial metabolic interactions in an ageing population

Molekulaarse kompleksdiagnostika olulisus suguteede infektsioonide diagnoosimisel

Taust. Molekulaarne kompleksdiagnostika võimaldab kliinilisest materjalist määrata palju erinevaid haigust tekitavaid mikroorganisme korraga. Eesmärk. Selgitada senist suguteede infektsioonide diagnoosimise praktikat, kompleksuuringu mõju selle kvaliteedile. Metoodika. Quattromed HTI laborisse ühe kuu jooksul saabunud suguteedest võetud proove (n = 4985) uuriti sõltumata arsti tellimusest Luminexi xMAP-paneeliga suguteede infektsioonide selliste võimalike tekitajate suhtes nagu N. gonorrhoeae, C. trachomatis, C. trachomatis LGV, T. vaginalis, M. genitalium, M. hominis, U. urealyticum, U. parvum. Tulemused. Enamasti tellis arst uuringu ühe (31%), kahe (22%) või kolme (20%) obligaatse või oportunistliku patogeeni suhtes. Enim telliti C. trachomatis’e uuringut (91% proovidest). Uuritud proovidest leiti N. gonorrhoeae 0,2%-l, C. trachomatis 3,5%-l, T. vaginalis 0,5%-l, M. genitalium 1,2%-l, M. hominis 7,9%-l, U. urealyticum 7,7%-l ja U. parvum 32%-l juhtudest. Kasutatud meetodiga tuvastasime uuritud materjalis ka teisi STLI tekitajaid, mille suhtes arst ei olnud uuringut tellinud (sagedamini mitmeid STLI-d tekitavaid mikroorganisme, nt N. gonorrhoeae ja M. genitalium). Analüüsides proove vaid arsti tellimuse järgi, oleks suguhaigusi põhjustavatest patogeenidest jäänud avastamata 40% N. gonorrhoeae, 0,6% C. trachomatis’e, 88% T. vaginalis’e ja 48% M. genitalium’i esinemisest. Järeldused. Kompleksdiagnostika kasutamine võimaldaks mitmete sugulisel teel levivate mikroorganismide (eelkoige N. gonorrhoeae ja T. vaginalis’e) paremat avastamist ning võiks seeläbi parandada suguhaiguste ravi ja diagnoosimise kvaliteeti.Eesti Arst 2014; 93(8):450–45

Anaeroobsete bakterite spekter ja antibiootikumitundlikkus 2016. ja 2020. aastal TÜ Kliinikumi ühendlabori kliinilise mikrobioloogia osakonna andmetel

Eesmärk. Kirjeldada TÜ Kliinikumi ühendlabori mikrobioloogia osakonnas isoleeritud anaeroobsete bakterite liigilist jaotust ja ravimitundlikkust, et hinnata ajas toimunud muutusi ning vajadust empiirilise ravi ja tundlikkuse suhtes testitavate antibiootikumide valiku korrigeerimiseks.Metoodika. Analüüsiti 2016. ja 2020. aastal ühendlabori mikrobioloogialaboris isoleeritud anaeroobsete bakterite liigilist kooslust ja antibiootikumitundlikkust. Bakterid samastati MALDI-TOF-seadmega. Antibiootikumitundlikkuse määramiseks kasutati gradientteste, tulemusi hinnati mikroobivastase tundlikkuse testimise Euroopa komitee (EUCAST; The European Commitee on Antimcrobial Susceptibility Testing) kriteeriumite alusel.Tulemused. Anaeroobsete külvide tegemine suurenes nelja aasta jooksul 29%, kuid positiivsete külvide protsent oli sarnane, vastavalt 9,1% ja 10,4%. Sagedasemad isoleeritud anaeroobid olid Gram-negatiivsed anaeroobsed pulkbakterid (B. fragilis, Bacteroides spp. ja Prevotella spp.). Gram-positiivsete anaeroobide esinemine oli aastate jooksul ühtlaselt madal, suurenenud oli Clostridium spp. esinemissagedus ja erinevate Gram-positiivsete kokkide liigiline mitmekesisus. Tundlike anaeroobsete bakterite osakaal kahel uuritud aastal oli sarnane, erinevused ilmnesid vaid antibiootikumide minimaalse inhibeeriva kontsentratsiooni (MIK) väärtuste võrdlemisel. Statistiliselt oluline erinevus ilmnes Gram-negatiivsete pulkbakterite ampitsilliini-sulbaktaami, imipeneemi ja klindamütsiini MIKi väärtustes (p < 0,05), mis 2020. aastal olid suuremad kui 2016. aastal.Kokkuvõte ja järeldused. Anaeroobsete infektsioonide diagnostika ja külvide tegemine on aastatega paranenud ja bakterite struktuur rühma tasemel on olnud püsiv, kuid suurenenud on erinevate tuvastatud liikide arv. Anaeroobide tundlikkuse muster on olnud stabiilne, kuid muutused MIKi väärtustes võivad viidata resistentsuse edasisele kasvule. Seega tuleks anaeroobide resistentsuse muutusi jälgida pikemas perspektiivis, sest see võimaldaks korrigeerida empiirilist ravi ja kasutatavaid antibiootikumiridu

The occurrence of antimicrobial resistance and class 1 integrons among commensal Escherichia coli isolates from infants and elderly persons

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The aim of our study was to compare the presence of the <it>intI1 </it>gene and its associations with the antibiotic resistance of commensal <it>Escherichia coli </it>strains in children with/without previous antibiotic treatments and elderly hospitalized/healthy individuals.</p> <p>Methods</p> <p>One-hundred-and-fifteen intestinal <it>E. coli </it>strains were analyzed: 30 strains from 10 antibiotic-naive infants; 27 from 9 antibiotic-treated outpatient infants; 30 from 9 healthy elderly volunteers; and 28 from 9 hospitalized elderly patients. The MIC values of ampicillin, cefuroxime, cefotaxime, gentamicin, ciprofloxacin, and sulfamethoxazole were measured by E-test and <it>IntI1 </it>was detected by PCR.</p> <p>Results</p> <p>Out of the 115 strains, 56 (49%) carried class 1 integron genes. Comparing persons without medical interventions, we found in antibiotic-naive children a significantly higher frequency of integron-bearing strains and MIC values than in healthy elderly persons (53% versus 17%; p < 0.01). Evaluating medical interventions, we found a higher resistance and frequency of integrons in strains from hospitalized elderly persons compared with non-hospitalized ones. Children treated with antibiotics had strains with higher MIC values (when compared with antibiotic-naive ones), but the integron-bearing in strains was similar. In most cases, the differences in resistance between the groups (integron-positive and negative strains separately) were higher than the differences between integron-positive and negative strains within the groups.</p> <p>Conclusion</p> <p>The prevalence of integrons in commensal <it>E. coli </it>strains in persons without previous medical intervention depended on age. The resistance of integron-carrying and non-carrying strains is more dependent on influencing factors (hospitalization and antibiotic administration) in particular groups than merely the presence or absence of integrons.</p

Haiglaväliste infektsioonitekitajate antibiootikumiresistentsus

Taust ja eesmärk. Antibiootikumiresistentsus (AMR) on tänapäeva tervishoius oluline probleem, mille ohjamise eelduseks on AMRi järelevalve. Uuringu eesmärk oli kirjeldada Eestis haiglaväliseid infektsioone põhjustavate mikroobitüvede resistentsust ning võrrelda seda Venemaa ja Soome vastavate näitajatega ning Eestis haiglatest isoleeritud invasiivsete mikroobitüvede AMRiga. Metoodika. Uuringusse kaasati AMRi andmed erinevatest Eesti laboritest, teaduspublikatsioonidest ja Euroopa antibiootikumiresistentsuse seire võrgustikust. Tulemused. Hingamisteede infektsioone põhjustavate S. pneumoniae mikroobitüvede resistentsus penitsilliini suhtes oli 1,5% ja H. influenzae tüvede resistentsus ampitsilliini suhtes 16,7%. Eesti S. pneumoniae ja H. influenzae AMR oli sarnane Soomega, kuid Venemaa mikroobitüved olid resistentsemad. Uroinfektsioone põhjustava E. coli mikroobitüvedest oli üle 30% resistentsed ampitsilliini ja piperatsilliini suhtes, üle 20% resistentsed trimetoprimi ja trimetoprimisulfametoksasooli suhtes, üle 10% norfloksatsiini ja levofloksatsiini suhtes ning alla 2% nitrofurantoiini suhtes. E. coli antibiootikumiresistentsus oli suurem meestel ja suurenes naistel vanusega. Venemaalt isoleeritud E. coli ja K. pneumoniae mikroobitüved olid resistentsemad kui Eesti ja Soome mikroobitüved. Eesti ambulatoorsetest proovimaterjalidest isoleeritud E. coli mikroobitüved olid tundlikumad ja S. pneumoniae mikroobitüved resistentsemad kui haiglast isoleeritud invasiivsed mikroobitüved. Kokkuvõte. Eesti ambulatoorsetest materjalidest isoleeritud mikroobitüvede AMR on väike, sarnanedes Soomega. Venemaa haiglavälised mikroobitüved on resistentsemad kui Eesti ja Soome tüved. Eesti haiglaväliste tüvede AMR ei korreleeru otseselt haiglas isoleeritud invasiivsete mikroobitüvede AMRiga. &nbsp

Kroonilise parodontiidi diagnostika ja antibiootikumravi Lõuna-Eestis

Ajavahemikul 2001–2006 uuriti Tartu maakonnas parodontiidi diagnostika ja raviga tegeleva arstkonna haaratust, ordineeritud ravimite valikut ning kasutatavate antibiootikumide sobivust parodontiidi ravis ja igemetasku mikrofl oora analüüside tellimist laborist. Leiti, et parodontiiti diagnoosivate ja ravivate arstide arv Tartu maakonnas kasvab. Süsteemsete antibiootikumide väljakirjutamine oli positiivses korrelatsioonis igemetasku mikrofl oora määramisega. Enamik väljakirjutatud antibiootikume toimis kirjanduse andmetel anaeroobsesse mikrofl oorasse. Et Eestis puuduvad siiani kindlad ravi seisukohad ning mitmed maailmas levinud preparaadid pole alati kooskõlas Eesti antibiootikumipoliitikaga, võib arvata, et selle haiguse süstematiseeritud ravi ning profülaktikaga tegelemisel on veel piisavalt arenguruumi. Eesti Arst 2008; 87(11):841−84

Ambulatoorne antibiootikumide kasutus Eestis

Eesmärk. Uuringu eesmärk oli kirjeldada muutusi antibiootikumide ambulatoorses kasutamises Eestis aastatel 2008–2018 ning võrrelda antibiootikumide kasutust Põhjamaadega. Metoodika. Ravimikasutuse andmed põhinevad hulgimüüjate kvartaliaruannetel ja on esitatud defineeritud päevadooside (DPD, inglise keeles defined daily dose, DDD) arvuna 1000 inimese kohta ööpäevas. Antibiootikumide kasutamise kvaliteeti hinnati Euroopa mikroobivastaste ainete tarbimise järelevalve võrgustiku (European Surveillance of Antimicrobial Consumption Network, ESAC-Net ehk ESAC-võrgustik) kvaliteedinäitajate kaudu. Tulemused. Antibiootikumide ambulatoorne kasutus oli Eestis 2018. aastal 10,2 DPDd 1000 inimese kohta ööpäevas, olles sarnane Soome, Rootsi, Taani ja Norra näitajatega (vastavalt 13,2; 10,8; 13,7 ja 14,0). Kogukasutuses ei ole Eestis aastatel 2008–2018 suuri muutusi aset leidnud, kuid muutunud on kasutatavate preparaatide spekter – ilma beetalaktamaasi inhibiitorita penitsilliinide kasutus väheneb ja beetalaktamaasi inhibiitoriga kombineeritud penitsilliinide kasutamine suureneb. Tsefalosporiinide kasutus on 11 aasta jooksul veidi suurenenud, kinoloonide kasutus aga vähenenud. Antibiootikumide kasutamine oli Eestis 2018. aastal ESACi näitajate põhjal enamasti sarnane Põhjamaadega, kuid viimastes kasutatakse rohkem beetalaktamaasi suhtes tundlikke penitsilliine. Laia ja kitsa toimespektriga penitsilliinide, tsefalosporiinide ja makroliidide kasutamise suhe on Eestis võrreldes Põhjamaadega märkimisväärselt kaldu laia toimespektri poole. Talvekuudel kasutatakse antibiootikume Eestis võrreldes Põhjamaadega rohkem. Kokkuvõte ja järeldused. Antibiootikumide üldine kasutus on Eestis väiksem kui Euroopas keskmiselt ning sarnane Põhjamaade kasutusnäitajatega, mis on ka keskmisest väiksemad. Olulist kasutuse suurenemist pole vaadeldud aastatel toimunud. Samas suureneb Eestis laia toimespektriga penitsilliinide kasutamine kitsa toimega antibiootikumide arvelt ning selle põhjus vajab edaspidi täpsemat analüüsi. &nbsp

Ampitsilliini-gentamütsiini ja penitsilliini-gentamütsiini kombinatsioonide võrdlus vastsündinu varase sepsise ravis

Töö eesmärgiks oli võrrelda ampitsilliini-gentamütsiini vs penitsilliinigentamütsiini kombinatsioonide kliinilist efektiivsust vastsündinute varase sepsise (VVS) ravis. Kahekeskuseline prospektiivne klastriga juhuslikustatud uuring hõlmas kõik VVS-kahtlusega alla 72 tunni vanused vastsündinud. Esimesel uuringuperioodil kasutati ühes keskuses ampitsilliini ja teises penitsilliini kombinatsioonis gentamütsiiniga. Beetalaktaamantibiootikumid vahetati, kui pooled haiged olid uuringusse lülitatud. Primaarne tulem oli ravi ebaõnnestumine (vajadus antibakteriaalse ravi muutmiseks 72 tunni jooksul) ja/või surm 7 päeva jooksul. Soole kolonisatsiooni hinnati perineumi kaape alusel. Tõestatud VVSi sagedus oli 4,9%. Ampitsilliini ja penitsilliini skeemide vahel ei olnud erinevust 72 tunni jooksul antibakteriaalse ravi vahetuse, 7 päeva suremuse ega ravi ebaõnnestumise osas. Ampitsilliin ja penitsilliin kombinatsioonis gentamütsiiniga on võrdselt tõhusad vastsündinu varase sepsise empiirilises ravis. Eesti Arst 2009; 88(Lisa4):21−2

The Influence of Different Maternal Microbial Communities on the Development of Infant Gut and Oral Microbiota

Very few studies have analyzed how the composition of mother's microbiota affects the development of infant's gut and oral microbiota during the first months of life. Here, microbiota present in the mothers' gut, vagina, breast milk, oral cavity, and mammary areola were compared with the gut and oral microbiota of their infants over the first six months following birth. Samples were collected from the aforementioned body sites from seven mothers and nine infants at three different time points over a 6-month period. Each sample was analyzed with 16S rRNA gene sequencing. The gut microbiota of the infants harbored distinct microbial communities that had low similarity with the various maternal microbiota communities. In contrast, the oral microbiota of the infants exhibited high similarity with the microbiota of the mothers' breast milk, mammary areola and mouth. These results demonstrate that constant contact between microbial communities increases their similarity. A majority of the operational taxonomic units in infant gut and oral microbiota were also shared with the mothers' gut and oral communities, respectively. The disparity between the similarity and the proportion of the OTUs shared between infants' and mothers' gut microbiota might be related to lower diversity and therefore competition in infants' gut microbiota.Peer reviewe