Análisis del autocorte ribozimático y la expresión de los retroelementos tipo Penélope en la especie Selaginella moellendorffii

[ES] A principio de los años 80 se descubrieron unas moléculas catalíticas cuyo centro activo estaba compuesto completamente por RNA y que se denominaron RNAs catalíticos o ribozimas. Desde su descubrimiento hasta ahora se han producido muchos avances en este campo que han permitido descubrir diferentes tipos de ribozimas. Entre las ribozimas naturales conocidas, el grupo más numeroso es el de las pequeñas ribozimas de autocorte. Dentro de este grupo, destacan las ribozimas cabeza de martillo o hammerhead (HHR), las primeras en describirse y probablemente las mejor estudiadas. Datos previos a este trabajo indican que las HHR se encuentran distribuidas en multitud de genomas a lo largo de toda la escala biológica. Además, muchos de estos motivos catalíticos se han encontrado con frecuencia en elementos genéticos móviles como son los retrotransposones. En este proyecto se ha trabajado con una primitiva planta vascular, Selaginella moellendorffii, cuyo genoma contiene retrotransposones de la familia de elementos similares a Penélope (PLEs), que se caracterizan por contener en su secuencia ribozimas de cabeza de martillo. Para poder conocer el funcionamiento y las características de los transposones PLE y sus ribozimas en S. moellendorffii, se comprobó inicialmente el poder de autoescisión de dichas ribozimas. Para ello, primero se clonaron en plásmidos varios fragmentos del retrotransposón incluyendo la secuencia de la ribozima HHR. A continuación, se realizaron diversos ensayos de autocorte bajo diferentes condiciones (co-transcripcionales, post-transcripcionales, diversos tiempos de incubación¿) para comprobar la eficiencia catalítica de la ribozima. Los resultados obtenidos in vitro mostraron muy bajas tasas de autocorte de la HHR. Estudios previos apuntaban que las ribozimas de los elementos PLE se disponen como dímeros en tándem. Esta disposición concreta y los resultados obtenidos de baja escisión de manera individual refuerzan la idea de que las ribozimas de los elementos Penélope de S. moellendorffii funcionarían más eficientemente como dímeros. Por tanto, futuros pasos en la investigación de las ribozimas en elementos PLE de S. moellendorffii consistirán en la realización de construcciones diméricas, de las cuales se esperan mayores tasas de escisión. Por otro lado, en este estudio también se comprobó si los elementos Penélope se estaban expresando en planta. Para ello, se extrajo RNA total de plantas de S. moellendorffii y se realizaron ensayos de hibridación Northern usando sondas marcadas con digoxigenina. Mediante estos estudios se comprobó la existencia de una banda de RNA del tamaño esperado para el elemento PLE de S. moellendorffii (~5 kb), lo que sugiere que este elemento transponible realmente se podría estar expresando en la planta. Para completar esta línea de trabajo, será necesario comprobar la amplificación por RT-PCR del RNA detectado por análisis Northern. La elucidación de las tasas de escisión y del funcionamiento de ribozimas que se encuentran en organismos como S. moellendorffii proporciona las bases necesarias para poder comprender el funcionamiento de estos motivos en los genomas de multitud de especies. Con este conocimiento se podrá utilizar con mayor precisión ribozimas artificiales capaces de escindir secuencias específicas. Tanto las ribozimas naturales como las nuevas ribozimas creadas son cada vez más utilizadas en terapia génica para tener un control de la expresión genética.[EN] At the beginning of the 80s, catalytic molecules whose active centre was composed entirely of RNA were discovered and were called catalytic RNAs or ribozymes. Since their discovery until now, many advances have been made in this field that have led to the discovery of different types of ribozymes. Among the known natural ribozymes, the most numerous group is the small self-cleaving ribozymes. Within this group, hammerhead ribozymes (HHR) stand out, the first to be described and probably the best studied. Previous data indicate that hammerhead ribozymes are distributed in multitude of genomes throughout the biological scale. Furthermore, many of these catalytic motifs have been frequently found in mobile genetic elements such as retrotransposons. In this project we have worked with a primitive plant, Selaginella moellendorffii, whose genome contains retrotransposons of the Penelope-like elements family (PLEs), which are characterized by containing hammerhead ribozymes in its sequence. In order to find out how PLE transposon and their ribozymes in S. moellendorffii work and which characteristics they have, the self-cleaving capabilities of these ribozymes were initially tested. For this purpose, several fragments of the retrotransposon including the HHR ribozyme sequence were first cloned into plasmids. Then, several transcription tests were performed under different conditions (co-transcriptionally, post-transcriptionally, different incubation times¿) to check the self-cleaving efficiency of the ribozyme. The results obtained showed very low rates of self-cleaving of this HHR. Previous studies pointed out that ribozymes of PLE elements are arranged as tandem dimers. This particular arrangement and the expected low excision results individually reinforce the idea that ribozymes from S. moellendorffii PLEs would function more efficiently as dimers. Therefore, the next step in the investigation of ribozymes from S. moellendorffii would be to get dimeric constructs, from which higher cleavage rates are expected. On the other hand, in this study we also checked whether the Penelope elements were being expressed in plants. For this purpose, total RNA was extracted from S. moellendorffii plants and Northern hybridization test were performed using probes marked with digoxigenin. These studies proved the existence of an RNA band of the expected size for the PLE of S. moellendorffii (~5kb), suggesting that this transposable element is being expressed in the plant. To complete this work line, it will be necessary to amplify by RT-PCR and to sequence the RNA detected by Northern analysis. The elucidation of the cleavage rates and functioning of ribozymes found in organisms such as Selaginella moellendorffii provides the necessary basis for understanding the functioning of these motifs in the genomes of many other species. With this knowledge, artificial ribozymes capable of cleaving specific sequences could be used more precisely. Both natural and newly created ribozymes are increasingly used in gene therapy to control gene expression.Seguí Pérez, A. (2020). Análisis del autocorte ribozimático y la expresión de los retroelementos tipo Penélope en la especie Selaginella moellendorffii. http://hdl.handle.net/10251/149776TFG

Glucocorticoid receptor intestinal epithelial knockout mice show attenuated colonic inflammatory response but unaffected permeability in early experimental sepsis

Introduction: Sepsis is defined as an organic dysfunction that threatens the life of patients due to an abnormally regulated response to infection [1]. The initial phase of sepsis is dominated by an increased production of proinflammatory cytokines, which leads to augmented capillary permeability, extravasation, hypercoagulability and myelopoiesis. One of the main sources of infection in sepsis is believed to be the intestinal microbiota via traslocation through the mucosa to the bloodstream. Systemic inflammation weakens intestinal barrier function (IBF) in animal models, resulting in increased bacterial traslocation [2]. Even if the management of sepsis has advanced in the last decades, mortality is still high and there are blanks in terms of pathological systems and long-term consequences. Thus, the search for effective treatments is clearly justified. Glucocorticoids (GC) are part of the drugs used in sepsis, but they have only shown a moderate therapeutic effect. This fact may be caused by harmful effects of GCs on IBF, whose compromise may limit GC clinical benefit by facilitating luminal translocation of microorganisms. Besides, GC treatment impairs epithelial healing in experimental colitis in mice [3]. Previous results of our research group have shown that mice with induced deletion of the GC receptor (GR) in intestinal epithelial cells (i.e. NR3C1ΔIEC mice) are protected against dextran sulphate sodium (DSS)-induced colitis [4]. In turn, gene deletion results in a short lived inflammatory response in the colon [5]. Objective: Understanding the role of the intestinal epithelial GR and its involvement in IBF regulation in experimental sepsis, with the ultimate goal of improving the management of sepsis with GCs. Matherial and methods: The cecal ligation and puncture (CLP) model of sepsis was applied to WT C57BL/6J and NR3C1ΔIEC mice. Ceacum-exposed mice were used as control (Sham). Mice were sacrificed 24 hours after surgery. Four hours before sacrifice, mice were administered 4 kD FITC-dextran, a fluorescent marker of permeability. Colon, jejunum, adrenes, kidney and liver RT-qPCRs were performed as well as determination of plasma FITC-dextran and corticosterone plasma levels. Results: After 24 h, CLP mice exhibited elevated corticosterone plasma levels with hypoglycemia and splenomegaly. Intestinal barrier function was weakened, as indicated by increased FITC-dextran plasma levels. A modest increase in inflammatory markers (S100a8, Cxcl1) was noted in the colon and jejunum. The expression of Tjp1, involved in barrier function, was downregulated in CLP mice. Similarly, the colonic expression of Cyp11a1 and Lrh1, involved in local steroidogenesis, was lower in CLP mice, regardless of genotype. Markers of inflammation were also augmented in the lung and kidney. CLP mice exhibited hypercorticosteronemia, which was associated to increased Cyp11a1 in the adrenes. Of note, both parameters were less pronounced in KO mice. The latter also exhibited dampened inflammatory response in the colon but not the jejunum. FITC-dextran plasma levels were similarly increased in WT and KO mice. Conclusions: In the early stages of the CLP model of sepsis the colon and jejunum are inflamed, and epithelial deletion of the glucocorticoid receptor appears to modulate inflammation in the former, with no change in barrier function. Further studies will characterize the microbiota composition and phenotype in later stages and in the response to glucocorticoid treatment

Reseñas

[ES] Seguí de la Riva , Javier. Sobre dibujar y proyectar (por Javier Seguí de la Riva) pp. 4.-- Dibujar, proyectar LVI y LVII Arte y muerte I y II ( por Javier Seguí de la Riva) pp. 6.-- dibujar, proyectar LVIII El imaginario del dibujar (por Javier Seguí de la Riva) pp. 6 y 7.-- Dibujar, proyectar LVI y LVII Diagrama, diagramar I y II ( por Javier Seguí de la Riva) pp. 7.-- DIBUJAR, proyectar LVIII El imaginario del dibujar ( por Javier Seguí de la Riva) pp. 6 y 7.-- DIBUJAR, PROYECTAR LVI y LVII Diagrama, diagramar I y II (por Javier Seguí de la Riva) pp.7.-- DIBUJAR, PROYECTAR LIX, LX y LXI Escritos críticos I, II y III ( por Javier Seguí de la Riva) pp. 7 .-- Rehabilitacion del Antiguo Hospital San Juan de Dios para Biblioteca y Archivo Historico de Orihuela (por Ana Torres Barchino) pp. 8.-- Arnau Amo, Joaquín. Arquitectura. Ritos y ritmos (por María Elia Gutiérrez Mozo) pp. 8 y 9.—Cardone, Vito. Viaggiatori d’architettura in Italia. Da Brunelleschi a Charles Garnier (por Cesare Cundari) pp. 9 y 10.-- Casado de Amezúa Vázquez, Joaquín. Las casas reales de la Alhambra. Geometría y espacio. Una aproximación al proceso de formación del espacio ( por Pilar Chías Navarro)pp. 10.-- Jaén i Urban, Gaspar; Baldomá Soto, Montserrat y Carrasco Martí, Maria Antonia. One century of photography and preservation in catalonia: the service for local architectural heritage ( por Pilar Chías Navarro) pp. 10 y 11.-- Jaén i Urban, Gaspar. El paisaje urbano de Nueva York en la obra escrita de Federico García Lorca (por Concepción López González y Jorge García valldecabres) pp. 11.—Trachana, Angelique. Urbe Ludens ( por Gonzalo García-Rosales) pp. 12.-- Fernández-Palacios, Victoria; Yanguas, Ana; Jiménez Fdez-Palacios, Luz. Manuel Aires Mateus. Cuaderno de La Alhambra ( por José Mª Gentil Baldrich) pp. 12 y 13.-- Agustín, Luis; Miret, Elena; Vallespín, Aurelio. Representación del espacio arquitectónico. 2011.12 (por Jesús Aparicio Guisado) pp. 14.—Herschdorfer, Nathalie y Lada Umstätter, Thames. Le Corbusier and the Power of Photography (por víctor A. Lafuente Sánchez) pp. 14 y 15.-- Roma en el bolsillo. Cuadernos de dibujo y aprendizaje artístico en el siglo XVIII ( por Fernando Linares García) pp. 15 y 16.-- Vicens y Hualde, Ignacio. Dicho y hecho ( por Fernando Linares García) pp 16.-- Le Corbusier. El arte decorativo de hoy ( por Carlos Montes Serrano )pp. 16 y 17.—Jenkins Birkhäuser, Eric J. Drawn to Design: Analyzing Architecture Through Freehand Drawing ( por víctor A. Lafuente Sánchez) pp. 17 y 18.—Sobrino, Miguel. Monasterios. Las biografías desconocidas de los cenobios de España ( por Javier García-Gutiérrez Mosteiro) pp. 18 y 19.-- Jiménez Martín, Alfonso. Anatomía de la Catedral de Sevilla ( por Francisco Pinto Puerto) pp. 19.-- Raposo Grau, Javier Fco; Butragueño Díaz-Guerra, Belen y Paredes Maldonado, Miguel. Dibujar, analizar, proyectar (2010) Título I. Colección dibujo, proyecto y arquitectura ( por Mariasun Salgado de la Rosa) pp. 19 y 20.-- Raposo Grau, Fco Javier; Butragueño Díaz-Guerra, Belen y Paredes Maldonado, Miguel. Dibujar, analizar, proyectar (2011) Título III. Colección dibujo, proyecto y arquitectura ( por Carlos L. Marcos Alba) pp. 20-22.-- García Doménech, Sergio. Reflexiones urbanas sobre el espacio público de Alicante. Una interpretación de la ciudad y sus escenarios ( por Juan Calduch Cervera) pp. 22 y 23.—Cundari, Casere. Il rilievo architettonico. Ragioni. Fondamenti. Applicazioni ( por Antonio Álvaro Tordesillas) pp. 23 y 24.—Autores varios. Perspectiva-Prospettiva. La práctica de la perspectiva ( por José Mª Gentil Baldrich) pp. 24 y 25.-- Soler Sanz, Felipe. Trazados Reguladores en la Arquitectura ( por Jorge García Valldecabres) pp. 25.-- Jiménez Alcañiz, Cesar. Análisis de las metodologías para la recuperación patrimonial de entornos urbanos protegidos. Propuesta metodológica: desde los valores históricos a los nuevos modelos energéticos. Russafa desde el siglo XIX( Por Pablo Navarro Esteve) pp. 26.-- de Coca Leicher, José. El recinto ferial de la Casa de Campo de Madrid (1950-75)( por Esteban Herrero Cantalapiedra) pp. 27.-- La arquitectura religiosa renacentista en tierras del Maestre: la iglesia de Nuestra Señora de la Asunción de Vistabella del Maestrazgo ( por José Teodoro Garfella Rubio) pp. 27 y 28.-- Arquitectura de los balnearios en Galicia. Cuenca del Miño. 1816-1936 ( por José Antonio Franco Taboada)pp. 28 y 29.-- Barros da Rocha e Costa. Historia de la representación gráfica del Castillo de Peñíscola. Del grafito al láser ( por Pablo Navarro Esteve) pp. 29.-- Rivas López, Esteban José. El Carmen de la fundación Rodríguez-Acosta. Una indagación gráfica ( por Joaquín Casado de Amezúa) pp.30.-- Verdejo Gimeno, Pedro. Estaciones intermedias de ferrocarril. La sección “Non nata” Teruel-Alcañiz (por Jorge Girbés Pérez) pp. 30 y 31.-- Sender Contell, Marina. El Monasterio de Santa María de la Murta. Análisis arquitectónico de un Monasterio Jerónimo ( por Pablo Navarro Esteve) pp. 32.-- Iñarra Abad, Susana. El Render de Arquitectura. Análisis de la Respuesta Emocional del Observador ( por Pablo Navarro Esteve) pp. 32 y 33.-- Fernández Morales, Angélica. De concreto a conceptual. Relaciones entre arte y arquitectura en el contexto helvético contemporáneo ( por Luis Agustín) pp. 33.—EXPOSICIÓN: Intervenciones cromáticas en los comercios del centro histórico ( por Jorge Llopis verdú) pp. 34 y 35.Seguí De La Riva, J.; Torres Barchino, A.; Gutiérrez Mozo, ME.; Cundari, C.; Chías Navarro, P.; López González, C.; García Valldecabres, J.... (2014). Reseñas. EGA. Revista de Expresión Gráfica Arquitectónica. 19(24):4-35. https://doi.org/10.4995/ega.2014.3268SWORD435192

Mitochondrial Zea mays Brittle1-1 Is a Major Determinant of primary metabolism and mitochondrial function in developing maize endosperms

Trabajo presentado en la XIV Reunión de Biología Molecular de Plantas, celebrada en Salamanca (España) del 4 al 6 de julio de 2018Peer reviewe