Visualization of proteomics data using R and bioconductor.

Data visualization plays a key role in high-throughput biology. It is an essential tool for data exploration allowing to shed light on data structure and patterns of interest. Visualization is also of paramount importance as a form of communicating data to a broad audience. Here, we provided a short overview of the application of the R software to the visualization of proteomics data. We present a summary of R's plotting systems and how they are used to visualize and understand raw and processed MS-based proteomics data.LG was supported by the European Union 7th Framework Program (PRIME-XS project, grant agreement number 262067) and a BBSRC Strategic Longer and Larger grant (Award BB/L002817/1). LMB was supported by a BBSRC Tools and Resources Development Fund (Award BB/K00137X/1). TN was supported by a ERASMUS Placement scholarship.This is the final published version of the article. It was originally published in Proteomics (PROTEOMICS Special Issue: Proteomics Data Visualisation Volume 15, Issue 8, pages 1375–1389, April 2015. DOI: 10.1002/pmic.201400392). The final version is available at http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.201400392/abstract

Multi-ancestry transcriptome-wide association analyses yield insights into tobacco use biology and drug repurposing

Most transcriptome-wide association studies (TWASs) so far focus on European ancestry and lack diversity. To overcome this limitation, we aggregated genome-wide association study (GWAS) summary statistics, whole-genome sequences and expression quantitative trait locus (eQTL) data from diverse ancestries. We developed a new approach, TESLA (multi-ancestry integrative study using an optimal linear combination of association statistics), to integrate an eQTL dataset with a multi-ancestry GWAS. By exploiting shared phenotypic effects between ancestries and accommodating potential effect heterogeneities, TESLA improves power over other TWAS methods. When applied to tobacco use phenotypes, TESLA identified 273 new genes, up to 55% more compared with alternative TWAS methods. These hits and subsequent fine mapping using TESLA point to target genes with biological relevance. In silico drug-repurposing analyses highlight several drugs with known efficacy, including dextromethorphan and galantamine, and new drugs such as muscle relaxants that may be repurposed for treating nicotine addiction

Histaminose

L’histaminose ou intolérance à l’histamine est une maladie toxico-allergologique de découverte récente, dont la prévalence est estimée à environ 1% de la population. Il s’agit d’une dyshistaminémie pathologique multifactorielle présentant un sous-diagnostic majeur lié à la méconnaissance de cette maladie. L’objet de cette thèse est ainsi de sensibiliser à l’histaminose, mais également de permettre au clinicien de pouvoir l’aborder dans son ensemble. Pour cela, la première partie sera dédiée aux rappels fondamentaux d’immuno-allergologie en s’axant sur les mécanismes de dégranulation mastocytaire. Les interactions cellulaires gravitant autour de la voie dégranulation mastocytaire FcεR1 seront ainsi étudiées. L’étude des voies de dégranulation mastocytaire conduira à rappeler la voie FcεR1 et visera à mettre en lumière d’autres types de récepteurs, les MRGPR, de découverte plus récente. Une revue complète de l’histamine et des molécules intéressant l’histaminose sera également proposée. La seconde partie de ce travail porte sur les maladies connexes à l’histaminose au travers de l’étude du syndrome d’activation mastocytaire, de l’urticaire et enfin de la maladie coeliaque et de la sensibilité au gluten non coeliaque. Enfin, la troisième partie de ce document traite directement de l’histaminose en apportant une nomenclature innovante axée sur les mécanismes physiopathologiques de l’histaminose, en la classant en 4 types : l’intoxication à l’histamine (Type I) avec l’exemple du scombrotoxisme, l’histaminolibération pathologique (Type II), le déficit en matériel enzymatique (Type III) et enfin une forme mixte (Type IV) sous la forme d’une discussion. Cette dernière partie évoquera également les solutions diagnostiques liées à l’histaminose ainsi que les traitements de celle-ci, en apportant des solutions innovantes et spécifiques à cette pathologie (supplémentation en DAO)

Le recouvrement des aliments à l'étranger (Application des conventions de New- York La Haye Bruxelles)

Sauteraud-Marcenac M. Le recouvrement des aliments à l'étranger (Application des conventions de New- York La Haye Bruxelles). In: Droit international privé : travaux du Comité français de droit international privé, 5e année, 1982-1984. 1985. pp. 63-89