The Dilemma of Influenza Vaccine Recommendations when Applied to the Tropics: The Brazilian Case Examined Under Alternative Scenarios

Since 1999 the World Health Organization issues annually an additional influenza vaccine composition recommendation. This initiative aimed to extend to the Southern Hemisphere (SH) the benefits—previously enjoyed only by the Northern Hemisphere (NH)—of a vaccine recommendation issued as close as possible to the moment just before the onset of the influenza epidemic season. A short time between the issue of the recommendation and vaccine delivery is needed to maximize the chances of correct matching between putative circulating strains and one of the three strains present in the vaccine composition. Here we compare the effectiveness of the SH influenza vaccination adopted in Brazil with hypothetical alternative scenarios defined by different timings of vaccine delivery and/or composition. Scores were based on the temporal overlap between vaccine-induced protection and circulating strains. Viral data were obtained between 1999 and 2007 from constant surveillance and strain characterization in two Brazilian cities: Belém, located at the Equatorial region, and São Paulo, at the limit between the tropical and subtropical regions. Our results show that, among currently feasible options, the best strategy for Brazil would be to adopt the NH composition and timing, as in such case protection would increase from 30% to 65% (p<.01) if past data can be used as a prediction of the future. The influenza season starts in Brazil (and in the equator virtually ends) well before the SH winter, making the current delivery of the SH vaccination in April too late to be effective. Since Brazil encompasses a large area of the Southern Hemisphere, our results point to the possibility of these conclusions being similarly valid for other tropical regions

Caracterização molecular de cepas do vírus respiratório sincicial isoladas de casos de infecção respiratória aguda na cidade de Belém, Pará, Brasil nos anos de 2000 a 2006

The diseases of respiratory tract are the main complaints in the services of medical consultations, acute respiratory infections (ARI) are the most common manifestations, mainly in children under five years old. In developing countries ARI represent a serious problem of public health. Every year, ARI are responsible by about 2 million deaths all over the world. Among the infectious agents the Respiratory Syncytial virus (RSV) is the most important pathogen in infants and young children because of severe bronchiolitis and pneumonia that it may cause. With the objective to generate data on the molecular epidemiology of this virus, patients' clinical samples with ARI were analyzed during the period 2000 - 2006 in the city of Belém, Pará. Test of Indirect immunofluorescence (TIF) was used for antigenic characterization of isolated viruses and the RT-PCR for the genes encoders of the proteins G and F, that were partially sequenced. In the total period, 153 positive samples of RSV were analyzed. The age group 0-4 years showed the larger number of cases (90,19%). In relation to the seasonal profile, the pick of activity of RSV happened in the first six months of the year, being associated mainly to the period of change of the rainy season to a less rainy period. There was a co-circulation of the subgroups A and B in the years of 2001 and 2003. In 2000, 2005 and 2006 just the subgroup A was detected. However in the year of 2004 was only registered the occurrence of subgroup B. Inside the studied period, were detected different genotypes from the protein G of the subgroup A (GA2 and GA5) and of the subgroup B (SAB1 and SAB3) , indicating the first report about circulation of the genotype SAB1 in South America. In 2004, was found a differentiated cluster of the other circulating genotypes, being denominated BRB1. The analysis from gene encoder of the protein F allowed identification of mutations in the nucleotidic sequence that resulted in changes in the aminoacídica chain. This study represents the first report about the molecular epidemiology of the Respiratory Syncytial Virus in the North region of Brazil.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorAs doenças do trato respiratório são as principais queixas nos serviços de atendimento médico, sendo as infecções respiratórias agudas (IRA) as manifestações mais comuns, principalmente em crianças menores de cinco anos de idade. Em países em desenvolvimento as IRA constituem um sério problema de saúde pública. Em todo mundo estima-se que ocorram cerca de dois milhões de mortes devido as IRA a cada ano. Dentre os agentes causais das mesmas, destaca-se o Vírus Respiratório Sincicial (VRS), especialmente por causar doença grave em crianças menores de dois anos. Com o objetivo de gerar dados sobre a epidemiologia molecular deste vírus, foram analisadas amostras colhidas de pacientes com IRA no período de 2000 a 2006 na cidade de Belém, Pará. Foram utilizados testes de imunofluorescência indireta (IFI) para caracterização antigênica dos vírus isolados e RT-PCR para os genes codificadores das proteínas G e F, que foram em seguida parcialmente seqüenciados. Dentro do período estudado, 153 amostras positivas para VRS foram detectadas. A faixa etária de 0-4 anos foi a que concentrou maior número de casos (n=138; 90,19%). Em relação ao perfil sazonal, o pico de atividade do VRS ocorreu nos primeiros seis meses do ano, estando associado principalmente ao período de troca da estação chuvosa para um período de menor pluviosidade. Houve co-circulação dos subgrupos A e B nos anos de 2001 e 2003. Em 2000, 2005 e 2006 somente o subgrupo A circulou. Entretanto no ano de 2004 foi registrada a ocorrência somente do subgrupo B. Dentro do período estudado, genótipos distintos da proteína G do subgrupo A (GA2 e GA5) e do subgrupo B (SAB1 e SAB3) foram detectados, indicando o primeiro relato da circulação do genótipo SAB1 na América do Sul. Em 2004, um cluster diferenciado dos demais genótipos circulantes foi encontrado, sendo este denominado BRB1. A análise do gene codificador da proteína F permitiu a identificação de mutações na sequência nucleotídica resultando em trocas na cadeia aminoacídica da mesma. Este estudo representa o primeiro relato sobre dados da epidemiologia molecular do Vírus Respiratório Sincicial na região Norte do Brasil

Gripe

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil

La aparición de Bocavirus Humano asociado con las infecciones respiratorias agudas en niños de 0 a 2 años de edad en Belém (Estado de Pará, Brasil)

Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.INTRODUÇÃO: As Infecções Respiratórias Agudas (IRA) permanecem como um dos principais problemas de saúde pública em todo o mundo. Essas infecções são associadas a diversos patógenos sendo os vírus os prevalentes. Recentemente, foi descrito na literatura um novo parvovírus denominado Bocavírus Humano (HBoV). Investigações ainda são escassas na associação deste novo agente a casos de IRA na população em geral. Neste contexto, o presente artigo relata a pesquisa do HBoV em um segmento populacional da Amazônia. MATERIAIS E MÉTODOS: Neste estudo, foram analisadas amostras de aspirado nasofaríngeo de pacientes com diagnóstico de IRA atendidos ambulatorialmente na Cidade de Belém, Pará, Brasil. A pesquisa, com a identificação laboratorial do vírus, foi realizada mediante o emprego da técnica de reação em cadeia mediada pela polimerase, utilizando pares de oligonucleotídeos específicos, seguida da análise filogenética das sequências nucleotídicas encontradas. RESULTADOS: Das 397 amostras clínicas analisadas, encontrou-se positividade em amostras de três pacientes, sendo um destes em coinfecção com o vírus respiratório sincicial. DISCUSSÃO: O percentual de positividade obtido na investigação se revelou inferior ao descrito na literatura. Entretanto, vale ressaltar que os estudos já publicados envolveram pacientes hospitalizados, diferentemente do grupo populacional presentemente abordado. As análises filogenéticas realizadas evidenciaram expressiva similaridade dos vírus encontrados com as cepas virais já descritas. CONCLUSÃO: A presente pesquisa se caracteriza como o primeiro relato associando o HBoV à IRA na Região Amazônica.INTRODUCTION: Acute Respiratory Infections (ARI) are one of the main public health problems in the world. Most of these infections are associated with several pathogens, and viruses are the most prevalent agents. Recently, a new parvovirus named Human Bocavirus (HBoV) has been described. Investigations on the relationship between this new agent and cases of ARI in individuals are still scarce. Herein, we review a study of HBoV in a population segment in the Amazon. MATERIALS AND METHODS: In this study, samples of nasopharyngeal aspirates from patients with ARI treated in Health Care Units in Belém, Brazil, were analyzed. Identification of the virus was carried out by polymerase chain reaction using pairs of specific oligonucleotides, followed by phylogenetic analysis of the nucleotide sequences obtained. RESULTS: Of the 397 samples studied, three specimens were HBoV-positive, and one presented as a co-infection with the respiratory syncytial virus. DISCUSSION: The positivity rate obtained in this investigation was lower than that described in other studies; however, previous studies involved hospitalized patients, which constitute a different population group. The phylogenetic analyses revealed a significant similarity between the virus strains found and those previously described. CONCLUSION: This is the first report associating HBoV with ARI in the Amazon

Detección y caracterización de adenovirus humano proveniente de casos de parálisis fláccida aguda, en la Región Norte de Brasil

Esta pesquisa teve o suporte financeiro do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica do Instituto Evandro Chagas e pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Os adenovírus humanos (HAdV) causam uma variedade de infecções, tais como as respiratórias agudas, gastrointestinais, oculares, do trato urinário e ainda síndromes neurológicas graves. O presente estudo teve como objetivo identificar e caracterizar HAdV em amostras de fezes provenientes de pacientes oriundos da Região Norte do Brasil, no período de 1998 a 2012, com quadro de paralisia flácida aguda, negativas para poliovírus e enterovírus não pólio. No estudo, 19 amostras apresentaram efeito citopático característico de HAdV quando inoculadas nas linhagens HEp2-C e L20B. Essas amostras foram submetidas à reação em cadeia mediada pela polimerase (PCR) em tempo real (qPCR) e sequenciamento nucleotídico parcial do gene que codifica a proteína héxon. Do total de amostras, 13 foram confirmadas por qPCR, PCR e sequenciamento nucleotídico. A análise genética demonstrou a seguinte caracterização viral: uma amostra como HAdV-F41; três como HAdV-A31 e nove da espécie C, sendo três HAdV-C5 e seis HAdV-C6. As amostras positivas foram provenientes dos Estados do Pará (6/19 – 31,6%), Amazonas (6/19 – 31,6%) e Acre (1/19 – 5,2%). Quanto à faixa etária, dos 13 casos positivos, 12 eram de crianças menores de 5 anos de idade, representando 92,3% dos casos. Os resultados encontrados sugerem uma possível participação dos HAdV na etiologia dos casos de paralisia flácida aguda ocorridos na Região Norte do Brasil.The human adenovirus (HAdV) cause a variety of infections such as acute respiratory, gastrointestinal, ocular, urinary tract and also serious neurological syndromes. The present study aimed to identify and characterize HAdV in stool samples of patients from the Northern region of Brazil in the period of 1998 to 2012, with acute flaccid paralysis, negative for poliovirus and enterovirus nonpolio. In this study, 19 samples showed a characteristic cytopathic effect of HAdV when inoculated in HEp2-C and L20B lineages. These samples were subjected by the polymerase chain reaction (PCR) in real-time (qPCR) and partial nucleotide sequencing of the hexon gene. Of the total samples, 13 were confirmed by qPCR, PCR and nucleotide sequencing. Genetic analysis showed the following viral characterization: one sample of HAdV-F41; three samples of HAdV-A31 and nine species C, three of HAdV-C5-C6 and six of HAdV. The positive samples were from the States of Pará (6/19 – 31.6%), Amazonas (6/19 –31.6%) and Acre (1/19 – 5.2%). In relation to the age group, from 13 positive cases, 12 were children under 5 years old, representing 92.3% of cases. The results suggest a possible HAdV participation in the etiology of acute flaccid paralysis occurred in Northern Brazil

Caracterización molecular de norovirus, sapovirus y astrovirus en niños con gastroenteritis aguda en Belém (Pará, Brasil)

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.A importância dos norovírus (NoVs), sapovírus (SaVs) e astrovírus humanos (HAstVs) como causa de surtos de gastrenterites já está bem definida. Entretanto, poucos estudos têm descrito casos esporádicos de gastrenterite aguda causados por esses agentes. O objetivo deste estudo foi determinar o papel destes vírus na etiologia das gastrenterites agudas em crianças atendidas durante uma vigilância intensiva realizada em hospitais e ambulatórios de Belém, Brasil, de março a setembro de 2003. Um total de 305 espécimes fecais de pacientes com gastrenterite grave foram coletados e testados por reação em cadeia da polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR), utilizando iniciadores específicos Mon 269 e Mon 270 para os HAstVs; p289 e p290 para os calicivírus humanos (HuCVs); e Mon 431/433 e Mon 432/434 para os NoVs. Sequenciamento dos amplicons de HAstV, HuCVs e NoVs, obtidos por RT-PCR, foi realizado usando os mesmos iniciadores. Das 305 amostras testadas, 96 (31,5%) apresentaram resultados positivos, sendo que 51 diagnosticadas como HuCVs, 40 como HAstVs e cinco infecções mistas. Das 56 (18,4%) amostras de HuCVs sequenciadas, 30 foram NoVs (9,8%) pertencentes aos genogrupos GI-4 e GII-4, e 15 (4,9%) SaVs dos grupos GI-1, GI-2 e GII-1. HAstVs foram detectados em 45 (14,7%) das amostras, incluindo os genótipos 1, 8 e 2. Esta pesquisa ressalta a importância destas viroses como causa de gastrenterite aguda e demonstra a circulação de diferentes genótipos durante o período de estudo. Estes resultados reforçam a necessidade de se estabelecer uma vigilância intensiva das gastrenterite causadas por estes vírus, de forma a poder avaliar o impacto da doença e monitorar os genótipos circulantes.The importance of norovirus (NoVs), sapovirus (SaVs) and human astrovirus (HAstVs) as causes of gastroenteritis outbreaks is already well-defined, but a few studies have described sporadic cases of acute gastroenteritis caused by these viral entities. The aim of this study was to determine the role of these viruses in the etiology of acute gastroenteritis in children enrolled to participate in hospital – and emergency department – based intensive surveillance carried out in Belém, Brazil, from March to September 2003. A total of 305 stool specimens from patients with severe gastroenteritis were collected and screened by reverse transcription followed by polymerase chain reaction (RT-PCR), using the specific primers Mon 269 and Mon 270 for HAstVs, p289 and p290 for human calicivirus (HuCVs), and Mon 431/433 and Mon 432/434 for NoVs. Sequencing of RT-PCR HAstV, HuCV and NoV amplicons was carried out using the same primers. Of the 305 samples tested, 96 (31.5%) were positive, with 51 diagnosed as HuCVs, 40 as HAstVs and five as mixed infections. Of the 56 (18.4%) HuCVs sequenced, 30 were NoVs (9.8%) of genogroups GI-4 and GII-4, and 15 (4.9%) were SaVs of types GI-1, GI-2 and GII-1. HAstVs, including genotypes 1, 8 and 2, were detected in 45 (14.7%) samples. This study has highlighted the importance of these viruses as causes of acute gastroenteritis and established the circulation of different genotypes during the study period. These results reinforce the need for establishing an intensive surveillance for gastroenteritis caused by these viruses to assess the burden of disease and to monitor the circulation of genotypes

Primera detección de coronavirus humano asociado a infección respiratoria aguda en la Región Norte de Brasil

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Os coronavírus humanos (CoVh) são responsáveis por ocasionar doenças respiratórias e entéricas, sendo associados às infecções agudas e graves do trato respiratório. O objetivo deste trabalho foi identificar a ocorrência dos CoVh em pacientes com infecção respiratória aguda (IRA) na Cidade de Belém, Estado do Pará, Brasil, atendidas pelo programa de vigilância do vírus da influenza do Instituto Evandro Chagas. No período compreendido entre agosto de 2009 a março de 2011, amostras de aspirado da nasofaringe ou swab combinado (nasal e oral) obtidas de 308 pacientes com diagnóstico clínico de IRA, foram laboratorialmente investigadas na busca de evidências de infecção pelo CoVh. A metodologia adotada envolveu quatro etapas principais: a) extração do RNA viral (RNAv) do espécime clínico; b) execução da técnica de reação em cadeia mediada pela polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR); c) eletroforese em gel de agarose dos produtos gerados; e d) sequenciamento genético de nucleotídeos. O processamento laboratorial de todos os espécimes revelou positividade para CoVh em uma amostra clínica dos pacientes investigados. A análise filogenética da amostra positiva permitiu classificá-la como pertencente ao subtipo OC43 de CoVh. O presente achado representa a primeira comprovação laboratorial da circulação deste agente viral na Região Amazônica. Estudos adicionais são necessários para um maior conhecimento da etiologia e epidemiologia deste agente viral em casos de IRA que ocorrem na Região Norte do Brasil.Human coronaviruses (HCoVs) are responsible for causing respiratory and enteric diseases associated with severe acute respiratory tract infections. The aim of this study was to identify the occurrence of HCoVs in patients with acute respiratory infection (ARI) in Belém, Pará State, Brazil, assisted by the surveillance program of influenza viruses of Instituto Evandro Chagas. From August 2009 to March 2011, samples of nasopharyngeal aspirate or nasal and oral swabs obtained from 308 patients with clinical diagnosis of ARI were investigated in the laboratory in order to identify the HCoVs infection. The methodology involved four main steps: a) viral RNA (RNAV) extracted from the clinical specimen; b) application of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR); agarose electrophoresis gel of the generated products; and d) DNA sequencing. The laboratory processing of all specimens were positive for HCoVs in a clinical sample of patients investigated. The positive sample was classified as belonging to the subtype OC43 of HCoVs by using the phylogenetic analysis. This finding represents the first laboratory confirmation of this viral agent circulation in the Amazon Region. Additional studies are needed for a better understanding of the etiology and epidemiology of this viral agent in cases of ARI occurring in Northern Brazil

Human respiratory syncytial virus circulation in five States of the Brazilian Amazon Region: first description of the ON1 genotype in Pará

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e do Instituto Evandro ChagasMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará, Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilOBJETIVO: Realizar a detecção e caracterização das cepas de vírus respiratório sincicial humano (VRSH), nos casos de infecção respiratória aguda (IRA), circulantes nos estados brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Pará e Roraima, no ano de 2015. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram coletadas 1.082 amostras de aspirado de nasofaringe e swab combinado narina e garganta de pacientes de diferentes gêneros e faixas etárias com IRA e submetidas à qRT-PCR para VRSH. As amostras positivas foram inoculadas em cultura celular HEP-2 e as que apresentaram efeito citopático foram submetidas a três etapas: extração do RNA viral, amplificação do gene G pela RT-PCR e sequenciamento genético. RESULTADOS: Das 1.082 amostras, 57 (5,3%) foram positivas para VRSH, sendo 38 (66,7%) de pacientes de 0 a 4 anos de idade. A circulação predominou entre março e julho, período de transição climática na Região. Apenas no Acre, Amazonas e Pará foram detectadas amostras positivas, 15 (26,3%), 23 (40,4%) e 19 (33,3%), respectivamente. O efeito citopático foi avaliado em 45 (78,9%) amostras, nas quais foram identificados os subgrupos: 40 (88,9%) do VRSH-B com genótipo BA e cinco (11,1%) do VRSH-A do genótipo ON1. CONCLUSÃO: Este estudo revelou uma taxa de infecção viral relevante em crianças de 0 a 4 anos de idade. A circulação viral ocorreu no Acre, Amazonas e Pará durante o período de mudança climática. Foi notória a ocorrência dos genótipos BA e ON1, sendo a primeira vez que se comprova a circulação do ON1 no Pará

Molecular epidemiology of rhinovirus strains circulating in Belém, Pará State, Brazil

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.O rinovírus humano (HRV) é o mais comum entre os agentes virais associados a infecções no trato respiratório superior, sendo reconhecido como o principal patógeno causador de resfriado comum. Com o objetivo de detectar e caracterizar cepas de HRV associadas a casos de síndrome respiratória aguda grave (SRAG) na Cidade de Belém, Estado do Pará, Brasil, foram analisadas 224 amostras de pacientes com SRAG atendidos em unidades hospitalares no período de janeiro de 2013 a janeiro de 2014. A análise das amostras foi desenvolvida utilizando-se três etapas principais: a) extração do RNA viral (RNAv); b) amplificação do RNAv pelas técnicas de reação em cadeia mediada pela polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real e RT-PCR convencional; e c) sequenciamento do genoma viral. Entre as 224 amostras analisadas, 59 (26,3%) foram positivas para HRV; dessas, em 22 foi possível realizar a caracterização das espécies de HRV por sequenciamento, sendo 13 (59%) classificadas como HRV-A, oito (36,3%) como HRV-C; uma foi classificada como enterovírus humano D68 (EV-D68). A distribuição por faixa etária evidenciou que os adultos foram os mais acometidos pelo HRV, representando 45,7% (n = 27) dos casos positivos. Notou-se ainda a grande concentração de casos positivos para o vírus no grupo de 0–4 anos de idade durante o período estudado (n = 23, 39%). Quanto à distribuição mensal do HRV em Belém, foi verificada a circulação predominantemente no primeiro semestre do ano, a qual costuma estar associada ao período de maior pluviosidade na região. Os resultados obtidos expressam uma taxa de infecção por HRV relevante, mostrando que esse vírus é um agente importante no que diz respeito às infecções respiratórias em Belém.Human rhinovirus (HRV) is the most common viral agent associated with infections of the upper respiratory tract and is the main causative agent of the common cold. This study aimed to detect and characterize HRV strains associated with severe acute respiratory syndrome (SARS) in Belém, Pará State, Brazil, by analyzing samples from 224 SARS patients admitted to hospitals between January 2013 and January 2014. Sample analysis was performed in three stages: (a) viral RNA isolation (vRNA); (b) amplification of vRNA using conventional and real-time reverse transcription polymerase chain reaction; and (c) viral genome sequencing. Among the 224 analyzed samples, 59 (26.3%) were HRV-positive, of which 22 HRV species could be characterized through sequencing. Thirteen (59%) were classified as HRV-A and eight (36.3%) as HRV-C; one sample was classified as human enterovirus D68 (EV-D68). Distribution by age revealed that adults were the most affected by HRV, accounting for 45.7% (n = 27) of total positive cases. There was an increased number of HRV-positive cases in the 0–4-year-old group (n = 23, 39%) during the study period. Relating to monthly HRV distribution in Belém, circulation was predominant during the first semester, which is typically associated with increased rainfall. The results indicate a high HRV infection rate; thus indicating that the pathogen is an important agent of respiratory infections in Belém

Siaα2-3Galβ1- Receptor Genetic Variants Are Associated with <i>Influenza A(H1N1)pdm09</i> Severity

<div><p>Different host genetic variants may be related to the virulence and transmissibility of pandemic <i>Influenza A(H1N1)pdm09</i>, influencing events such as binding of the virus to the entry receptor on the cell of infected individuals and the host immune response. In the present study, two genetic variants of the <i>ST3GAL1</i> gene, which encodes the Siaα2-3Galβ1- receptor to which <i>influenza A(H1N1)pdm09 virus</i> binds for entry into the host cell, were investigated in an admixed Brazilian population. First, the six exons encoding the <i>ST3GAL1</i> gene were sequenced in 68 patients infected with strain A(H1N1)pdm09. In a second phase of the study, the rs113350588 and rs1048479 polymorphisms identified in this sample were genotyped in a sample of 356 subjects from the northern and northeastern regions of Brazil with a diagnosis of pandemic influenza. Functional analysis of the polymorphisms was performed <i>in silico</i> and the influence of these variants on the severity of infection was evaluated. The results suggest that rs113350588 and rs1048479 may alter the function of ST3GAL1 either directly through splicing regulation alteration and/or indirectly through LD with SNP with regulatory function. In the study the rs113350588 and rs1048479 polymorphisms were in linkage disequilibrium in the population studied (D’ = 0.65). The GC haplotype was associated with an increased risk of death in subjects with influenza (OR = 4.632, 95% CI = 2.10;1.21). The AT haplotype was associated with an increased risk of severe disease and death (OR = 1.993, 95% CI = 1.09;3.61 and OR 4.476, 95% CI = 2.37;8.44, respectively). This study demonstrated for the first time the association of <i>ST3GAL1</i> gene haplotypes on the risk of more severe disease and death in patients infected with <i>Influenza A(H1N1)pdm09 virus</i>.</p></div