Non-Destructive Optical Monitoring of Grape Maturation by Proximal Sensing

A new, commercial, fluorescence-based optical sensor for plant constituent assessment was recently introduced. This sensor, called the Multiplex® (FORCE-A, Orsay, France), was used to monitor grape maturation by specifically monitoring anthocyanin accumulation. We derived the empirical anthocyanin content calibration curves for Champagne red grape cultivars, and we also propose a general model for the influence of the proportion of red berries, skin anthocyanin content and berry size on Multiplex® indices. The Multiplex® was used on both berry samples in the laboratory and on intact clusters in the vineyard. We found that the inverted and log-transformed far-red fluorescence signal called the FERARI index, although sensitive to sample size and distance, is potentially the most widely applicable. The more robust indices, based on chlorophyll fluorescence excitation ratios, showed three ranges of dependence on anthocyanin content. We found that up to 0.16 mg cm−2, equivalent to approximately 0.6 mg g−1, all indices increase with accumulation of skin anthocyanin content. Excitation ratio-based indices decrease with anthocyanin accumulation beyond 0.27 mg cm−2. We showed that the Multiplex® can be advantageously used in vineyards on intact clusters for the non-destructive assessment of anthocyanin content of vine blocks and can now be tested on other fruits and vegetables based on the same model

A Solve-RD ClinVar-based reanalysis of 1522 index cases from ERN-ITHACA reveals common pitfalls and misinterpretations in exome sequencing

Purpose Within the Solve-RD project (https://solve-rd.eu/), the European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies aimed to investigate whether a reanalysis of exomes from unsolved cases based on ClinVar annotations could establish additional diagnoses. We present the results of the “ClinVar low-hanging fruit” reanalysis, reasons for the failure of previous analyses, and lessons learned. Methods Data from the first 3576 exomes (1522 probands and 2054 relatives) collected from European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies was reanalyzed by the Solve-RD consortium by evaluating for the presence of single-nucleotide variant, and small insertions and deletions already reported as (likely) pathogenic in ClinVar. Variants were filtered according to frequency, genotype, and mode of inheritance and reinterpreted. Results We identified causal variants in 59 cases (3.9%), 50 of them also raised by other approaches and 9 leading to new diagnoses, highlighting interpretation challenges: variants in genes not known to be involved in human disease at the time of the first analysis, misleading genotypes, or variants undetected by local pipelines (variants in off-target regions, low quality filters, low allelic balance, or high frequency). Conclusion The “ClinVar low-hanging fruit” analysis represents an effective, fast, and easy approach to recover causal variants from exome sequencing data, herewith contributing to the reduction of the diagnostic deadlock

L'éducation entrepreneuriale 4.0 : Opportunités et challenges à l'ère des Big Data et de l'IA

International audienc

L'éducation entrepreneuriale 4.0 : Opportunités et challenges à l'ère des Big Data et de l'IA

International audienc

L'éducation entrepreneuriale 4.0 : Opportunités et challenges à l'ère des Big Data et de l'IA

International audienc

La réhabilitation des animaux de laboratoire

La réhabilitation des animaux de laboratoire consiste à épargner la vie des animaux dont l état de santé le permet en fin de protocole, en les faisant adopter par des particuliers (pour les animaux domestiques) ou en les plaçant dans des structures d accueil spécialisées (pour les animaux de rente ou les animaux sauvages). Ce concept, déjà prévu dans la réglementation, sera plus clairement formulé dans la révision de la directive n 86-609. Les animaux sélectionnés par le laboratoire seront remis au GRAAL (ou à une autre association) sur la base d un contrat de session. Ils passeront par une période de transition pour les socialiser et les éduquer avant d être soumis à l adoption.La première partie de cette étude expose une synthèse bibliographique de l utilisation de l animal et de la réglementation relative à l expérimentation animale. Une seconde partie présente les résultats d une étude menée auprès des laboratoires d expérimentation animale au sujet de la réhabilitation de leurs animaux. Une troisième partie précise la mise en œuvre et la réalisation de la réhabilitation de ces animaux par le GRAAL. Et enfin, les résultats d une étude menée auprès de familles ayant adopté un animal de laboratoire seront présentés.TOULOUSE-EN Vétérinaire (315552301) / SudocTOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

The molecular basis of p21-activated kinase-associated neurodevelopmental disorders: From genotype to phenotype

International audienceAlthough the identification of numerous genes involved in neurodevelopmental disorders (NDDs) has reshaped our understanding of their etiology, there are still major obstacles in the way of developing therapeutic solutions for intellectual disability (ID) and other NDDs. These include extensive clinical and genetic heterogeneity, rarity of recurrent pathogenic variants, and comorbidity with other psychiatric traits. Moreover, a large intragenic mutational landscape is at play in some NDDs, leading to a broad range of clinical symptoms. Such diversity of symptoms is due to the different effects DNA variations have on protein functions and their impacts on downstream biological processes. The type of functional alterations, such as loss or gain of function, and interference with signaling pathways, has yet to be correlated with clinical symptoms for most genes. This review aims at discussing our current understanding of how the molecular changes of group I p21-activated kinases (PAK1, 2 and 3), which are essential actors of brain development and function; contribute to a broad clinical spectrum of NDDs. Identifying differences in PAK structure, regulation and spatio-temporal expression may help understanding the specific functions of each group I PAK. Deciphering how each variation type affects these parameters will help uncover the mechanisms underlying mutation pathogenicity. This is a prerequisite for the development of personalized therapeutic approache

Description clinique et analyse de corrélation phénotype/génotype dans une cohorte de patients atteints d’une déficience intellectuelle liée à des mutations du gène PAK3

International audienceLa prévalence de la déficience intellectuelle (DI) est estimée entre 2 à 3% de la population générale. Chez les individus de sexe masculin 5 à 10% des DI seraient liées à l’X. On connait actuellement 146 gènes de DI sur le chromosome X. Le premier variant pathogène retrouvé dans le gène PAK3 (P21-Activated Kinase 3) est un variant faux-sens identifié par Allen et al. en 1998 dans une famille de patients atteints d’une DI liée à l’X. Les patients, décrits comme peu dysmorphiques, avaient une microcéphalie et des troubles du comportement, hyperactivité dans l’enfance et hétéroagressivité à l’âge adulte. Notre étude multicentrique rétrospective avait pour objectif de décrire les caractéristiques cliniques des patients ayant une mutation dans le gène PAK3 puis de faire une analyse de corrélation phénotype/génotype. Elle a porté sur dix patients recrutés en France et quarante-cinq patients de la littérature. Nous avons retrouvé une DI non spécifique associée à une hypotonie dans 92% des cas, un retard de langage dans 91%, une microcéphalie dans 46% et des réflexes vifs dans 32% des cas. Les troubles du comportement présents chez 97% des patients sont au-devant du tableau clinique avec une auto- ou une hétéroagressivité dans 58% des cas et une psychose dans 26% des cas. Sur le plan morphologique, il n’existe pas de caractères spécifiques, mais des oreilles longues sont retrouvées chez 60% des patients et un palais creux chez 71%. Enfin, une agénésie du corps calleux est retrouvée dans 42% des cas mais peu de patients ont eu une IRM cérébrale. Au total, 14 patients issus de 4 familles ont une mutation nulle et 40 patients issus de 12 familles ont une mutation faux-sens. Nous n’avons pas mis en évidence de corrélation génotype-phénotype significative, notamment les patients ayant une mutation nulle n’ont pas une atteinte clinique plus sévère que les autres. Une nouvelle étude avec un plus grand nombre de patients et davantage de données d’imagerie cérébrale serait intéressante pour évaluer la fréquence de l’agénésie du corps calleux et définir si elle est liée à certains types de mutations