SARS-CoV-2 outbreaks in hospitals and long-term care facilities in Germany: a national observational study

Background: Outbreaks of coronavirus disease (COVID-19) in hospitals and long-term care facilities (LTCFs) pose serious public health threats. We analysed how frequency and size of SARS-CoV-2 outbreaks in hospitals and LTCFs have altered since the beginning of the pandemic, in particular since the start of the vaccination campaign. Methods: We used mandatory notification data on SARS-CoV-2 cases in Germany and stratified by outbreak cases in hospitals and LTCFs. German vaccination coverage data were analysed. We studied the association of the occurrence of SARS-CoV-2 outbreaks and outbreak cases with SARS-CoV-2 cases in Germany throughout the four pandemic waves. We built also counterfactual scenarios with the first pandemic wave as the baseline. Findings: By 21 September 2021, there were 4,147,387 SARS-CoV-2 notified cases since March 2020. About 20% of these cases were reported as being related to an outbreak, with 1% of the cases in hospitals and 4% in LTCFs. The median number of outbreak cases in the different phases was smaller (≤5) in hospitals than in LTCFs (>10). In the first and second pandemic waves, we observed strong associations in both facility types between SARS-CoV-2 outbreak cases and total number of notified SARS-CoV-2 cases. However, during the third pandemic wave we observed a decline in outbreak cases in both facility types and only a weak association between outbreak cases and all cases. Interpretation: The vaccination campaign and non-pharmaceutical interventions have been able to protect vulnerable risk groups in hospitals and LTCFs. Funding: No specific fundingPeer Reviewe

Virushepatitis B und D im Jahr 2020

Infektionen mit Hepatitis-B-Viren (HBV) gehören zu den häufigsten Infektionskrankheiten weltweit. Hepatitis D ist ebenfalls weltweit verbreitet, auch wenn Deutschland zu den Niedrigprävalenzländern gehört. Sowohl die WHO als auch das Bundesministerium für Gesundheit haben Strategien zur Eindämmung von Hepatitis B veröffentlicht - die COVID-19-Pandemie stellt jedoch eine große Heraus¬forderung beim Erreichen der Eliminierungsziele bis 2030 dar. In Deutschland wurden im Jahr 2020 24% weniger HBV-Infektionen übermittelt als im Vorjahr. Wie das Epidemiologische Bulletin 29/2021 anlässlich des Welt-Hepatitis-Tages ausführt, sind die Gründe für die Re¬duktion übermittelter Fallzahlen vielfältig. Die COVID-19-Pandemie hat die Gesundheitsversor¬gung, den öffentlichen Gesundheitsdienst aber auch das Kontaktverhalten der Bevölkerung dras¬tisch verändert. Die Reduktion der Fallzahlen könnte aber auch durch die Änderungen im IfSG im Jahr 2017 begründet sein.Peer Reviewe

Virushepatitis B und D im Jahr 2021

Hepatitis B ist eine der häufigsten Infektionskrankheiten weltweit und im Fall eines chronischen Verlaufs eine der bedeutendsten Ursachen von Leberzirrhose und Leberzellkarzinom. Auch Hepatitis D kommt weltweit vor. Deutschland hat sich den Eliminierungszielen viraler Hepatitiden der WHO bis 2030 verschrieben, allerdings stellte die COVID-19-Pandemie eine große Herausforderung beim Erreichen dieser Ziele dar. Im Jahr 2021 wurde eine Zunahme von übermittelten Hepatitis-B-Fällen um 22 % im Vergleich zu 2020 verzeichnet und damit nach einem wohl hauptsächlich pandemiebedingten Rückgang das Niveau von 2019 nahezu wieder erreicht. Anlässlich des Welt-Hepatitis-Tages werden im Epidemiologischen Bulletin 30/2022 die Meldedaten zu Hepatitis B und D des Jahres 2021 nach Infektionsschutzgesetz dargestellt sowie aktuelle Studien zur Hepatitis-B-Virus-Prävalenz und Impfabdeckung in der Allgemeinbevölkerung und in ausgewählten Subpopulationen zusammengefasst

Untersuchung und Eindämmung eines SARS-CoV-2-Alpha-Ausbruchs in einer Pflegeeinrichtung im Landkreis Dithmarschen, Juni 2021

Bewohnende und Personal in Pflegeeinrichtungen gehören zu den Personengruppen, die ab dem 27.12.2020 in Deutschland priorisiert die COVID-19-Impfung erhielten. Diese zeigte eine gute Wirksamkeit hinsichtlich des Schutzes vor Infektionen mit der Alpha-Variante und eine sehr hohe Wirksamkeit vor schweren Krankheitsverläufen. In einer Pflegeeinrichtung im Landkreis Dithmarschen kam es zwischen dem 01.04. und 23.06.2021 dennoch zu einem SARS-CoV-2-Ausbruch, bei dem eine hohe Anzahl vollständig geimpfter Personen infiziert wurde und teilweise schwer erkrankte oder verstarb. Beschrieben werden zum einen die Methoden, die bei der Ausbruchsuntersuchung im Pflegeheim angewandt wurden, und zum anderen die Maßnahmen, die schlussendlich zur Ausbruchseindämmung beitrugen.Peer Reviewe

Dissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023

BackgroundThe war in Ukraine led to migration of Ukrainian people. Early 2022, several European national surveillance systems detected multidrug-resistant (MDR) bacteria related to Ukrainian patients.AimTo investigate the genomic epidemiology of New Delhi metallo-β-lactamase (NDM)-producing Providencia stuartii from Ukrainian patients among European countries.MethodsWhole-genome sequencing of 66 isolates sampled in 2022-2023 in 10 European countries enabled whole-genome multilocus sequence typing (wgMLST), identification of resistance genes, replicons, and plasmid reconstructions. Five blaNDM-1-carrying-P. stuartii isolates underwent antimicrobial susceptibility testing (AST). Transferability to Escherichia coli of a blaNDM-1-carrying plasmid from a patient strain was assessed. Epidemiological characteristics of patients with NDM-producing P. stuartii were gathered by questionnaire.ResultswgMLST of the 66 isolates revealed two genetic clusters unrelated to Ukraine and three linked to Ukrainian patients. Of these three, two comprised blaNDM-1-carrying-P. stuartii and the third blaNDM-5-carrying-P. stuartii. The blaNDM-1 clusters (PstCluster-001, n = 22 isolates; PstCluster-002, n = 8 isolates) comprised strains from seven and four countries, respectively. The blaNDM-5 cluster (PstCluster-003) included 13 isolates from six countries. PstCluster-001 and PstCluster-002 isolates carried an MDR plasmid harbouring blaNDM-1,blaOXA-10, blaCMY-16, rmtC and armA, which was transferrable in vitro and, for some Ukrainian patients, shared by other Enterobacterales. AST revealed PstCluster-001 isolates to be extensively drug-resistant (XDR), but susceptible to cefiderocol and aztreonam-avibactam. Patients with data on age (n = 41) were 19-74 years old; of 49 with information on sex, 38 were male.ConclusionXDR P. stuartii were introduced into European countries, requiring increased awareness and precautions when treating patients from conflict-affected areas.</p

Dissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023

BackgroundThe war in Ukraine led to migration of Ukrainian people. Early 2022, several European national surveillance systems detected multidrug-resistant (MDR) bacteria related to Ukrainian patients.AimTo investigate the genomic epidemiology of New Delhi metallo-β-lactamase (NDM)-producing Providencia stuartii from Ukrainian patients among European countries.MethodsWhole-genome sequencing of 66 isolates sampled in 2022-2023 in 10 European countries enabled whole-genome multilocus sequence typing (wgMLST), identification of resistance genes, replicons, and plasmid reconstructions. Five blaNDM-1-carrying-P. stuartii isolates underwent antimicrobial susceptibility testing (AST). Transferability to Escherichia coli of a blaNDM-1-carrying plasmid from a patient strain was assessed. Epidemiological characteristics of patients with NDM-producing P. stuartii were gathered by questionnaire.ResultswgMLST of the 66 isolates revealed two genetic clusters unrelated to Ukraine and three linked to Ukrainian patients. Of these three, two comprised blaNDM-1-carrying-P. stuartii and the third blaNDM-5-carrying-P. stuartii. The blaNDM-1 clusters (PstCluster-001, n = 22 isolates; PstCluster-002, n = 8 isolates) comprised strains from seven and four countries, respectively. The blaNDM-5 cluster (PstCluster-003) included 13 isolates from six countries. PstCluster-001 and PstCluster-002 isolates carried an MDR plasmid harbouring blaNDM-1,blaOXA-10, blaCMY-16, rmtC and armA, which was transferrable in vitro and, for some Ukrainian patients, shared by other Enterobacterales. AST revealed PstCluster-001 isolates to be extensively drug-resistant (XDR), but susceptible to cefiderocol and aztreonam-avibactam. Patients with data on age (n = 41) were 19-74 years old; of 49 with information on sex, 38 were male.ConclusionXDR P. stuartii were introduced into European countries, requiring increased awareness and precautions when treating patients from conflict-affected areas.</p

Vers l'élimination du paludisme dans le sud-est de l'Asie : identification et délimitation des poches de transmission résiduelle

After decades of global malaria reduction, some countries are now aiming to eliminate this disease. The countries of the Greater Mekong Subregion committed to elimination by 2030. With intensified elimination efforts, malaria transmission becomes fragmented, and high incidence is restricted to remote areas. Some groups are particularly exposed, e.g. forest goers in Cambodia. Risk patterns must be well understood to tailor interventions to the local context. Missed milestones indicate the need for more efficient elimination programmes. This thesis set out to delineate risk heterogeneity in a remote, high-incidence part of Cambodia. Across villages along a gradient of proximity to the forest, we stratified the risk of PCR-detectable infections by gender, age, forest-going, and residence inside or outside the forest. We applied established tools for spatial cluster detection and introduced the spatial signature method to malaria epidemiology, i.e. determining the prevalence within increasing distance to index infections. This way, we also assessed spatial and spatiotemporal clustering of infections in observational studies from Brazil, Thailand, Solomon Islands, and Senegal. In Cambodia, we demonstrated that pockets of high prevalence of Plasmodium spp. infections persist in the country, predominated by P. vivax and asymptomatic, sub-patent infections. This burden can decrease to near zero within a few kilometres of forested areas. While forest work by male adolescents and adults is the strongest behavioural driver of infection risk, in villages inside the forest the whole population is affected. Particularly in Cambodia, Brazil, and Thailand, infections increasingly clustered closer to other infections in space and time. Clustering tended to intensify at lower overall prevalence in the study area. Given remaining pockets of high transmission, Cambodia has scaled up its village and mobile malaria worker programme. The country has also finally started implementing radical cure against P. vivax relapses. However, rapid diagnostic tests and passive case detection will continue to miss most asymptomatic, sub-patent infections. The more homogeneous risk in forest goers and villages could justify mass drug administration or testing and treatment. The clustering of infections in a few hundred metres argues for reactive approaches that include neighbouring households. In summary, this thesis improved the understanding of persisting malaria and offered new tools that hopefully help to accelerate towards malaria elimination.Après plusieurs décennies marquées par un déclin global du paludisme, les pays de la sous-région du Grand Mékong se sont engagés à l'éliminer d'ici 2030. Avec l'intensification des efforts d'élimination, les zones de forte incidence du paludisme se restreignent aux régions reculées. Certaines populations sont particulièrement exposées, notamment lors de déplacements en zones forestières. Le risque d’infection doit être bien décrit afin d’adapter localement les stratégies d’intervention. Les retards par rapport aux objectifs prévus d’élimination confirment la nécessité d’améliorer les programmes de contrôle. Cette thèse a eu pour but de décrire et comprendre l'hétérogénéité du risque d’infection dans une région reculée du Cambodge. Nous avons stratifié le risque, en exploitant des covariables démographiques et géographiques, et avons appliqué des outils existants pour la détection de clusters. Nous avons introduit la notion de signature spatiale de la transmission pour l’épidémiologie du paludisme. A partir de cas index confirmés par PCR, nous avons décrit l’évolution de la prévalence en fonction de la distance aux cas, et avons étendu cette analyse aux études menées au Cambodge, au Brésil, en Thaïlande, aux Îles Salomon et au Sénégal. Au Cambodge, nous avons démontré que des poches de prévalence élevées d'infections à Plasmodium spp. subsistent, majoritairement causées par des infections de P. vivax, asymptomatiques et difficiles à détecter en routine. La zone d’influence de ces poches ne dépasse pas quelques kilomètres en bordure des zones forestières. Le travail en forêt est le facteur de risque le plus important à l’échelle de la population, et le risque s’étend à l’ensemble des habitants des villages forestiers. Au Cambodge, au Brésil et en Thaïlande, les cas index et secondaires sont très proches, géographiquement et dans le temps. Le Cambodge a intensifié son programme de lutte à l’échelle locale et introduit le traitement « radical » des infections récurrentes à P. vivax. Cependant, la détection passive des cas continuera à manquer la plupart des infections. Le risque homogène dans les villages forestiers pourrait justifier des campagnes de distribution massive d’antipaludéens. Le faible rayonnement géographique des clusters plaide en faveur d'approches réactives restreintes aux foyers avoisinants. En résumé, cette thèse a amélioré la compréhension du paludisme résiduel et propose de nouveaux outils qui aideront à son élimination

Vers l'élimination du paludisme dans le sud-est de l'Asie : identification et délimitation des poches de transmission résiduelle

Après plusieurs décennies marquées par un déclin global du paludisme, les pays de la sous-région du Grand Mékong se sont engagés à l'éliminer d'ici 2030. Avec l'intensification des efforts d'élimination, les zones de forte incidence du paludisme se restreignent aux régions reculées. Certaines populations sont particulièrement exposées, notamment lors de déplacements en zones forestières. Le risque d’infection doit être bien décrit afin d’adapter localement les stratégies d’intervention. Les retards par rapport aux objectifs prévus d’élimination confirment la nécessité d’améliorer les programmes de contrôle. Cette thèse a eu pour but de décrire et comprendre l'hétérogénéité du risque d’infection dans une région reculée du Cambodge. Nous avons stratifié le risque, en exploitant des covariables démographiques et géographiques, et avons appliqué des outils existants pour la détection de clusters. Nous avons introduit la notion de signature spatiale de la transmission pour l’épidémiologie du paludisme. A partir de cas index confirmés par PCR, nous avons décrit l’évolution de la prévalence en fonction de la distance aux cas, et avons étendu cette analyse aux études menées au Cambodge, au Brésil, en Thaïlande, aux Îles Salomon et au Sénégal. Au Cambodge, nous avons démontré que des poches de prévalence élevées d'infections à Plasmodium spp. subsistent, majoritairement causées par des infections de P. vivax, asymptomatiques et difficiles à détecter en routine. La zone d’influence de ces poches ne dépasse pas quelques kilomètres en bordure des zones forestières. Le travail en forêt est le facteur de risque le plus important à l’échelle de la population, et le risque s’étend à l’ensemble des habitants des villages forestiers. Au Cambodge, au Brésil et en Thaïlande, les cas index et secondaires sont très proches, géographiquement et dans le temps. Le Cambodge a intensifié son programme de lutte à l’échelle locale et introduit le traitement « radical » des infections récurrentes à P. vivax. Cependant, la détection passive des cas continuera à manquer la plupart des infections. Le risque homogène dans les villages forestiers pourrait justifier des campagnes de distribution massive d’antipaludéens. Le faible rayonnement géographique des clusters plaide en faveur d'approches réactives restreintes aux foyers avoisinants. En résumé, cette thèse a amélioré la compréhension du paludisme résiduel et propose de nouveaux outils qui aideront à son élimination.After decades of global malaria reduction, some countries are now aiming to eliminate this disease. The countries of the Greater Mekong Subregion committed to elimination by 2030. With intensified elimination efforts, malaria transmission becomes fragmented, and high incidence is restricted to remote areas. Some groups are particularly exposed, e.g. forest goers in Cambodia. Risk patterns must be well understood to tailor interventions to the local context. Missed milestones indicate the need for more efficient elimination programmes. This thesis set out to delineate risk heterogeneity in a remote, high-incidence part of Cambodia. Across villages along a gradient of proximity to the forest, we stratified the risk of PCR-detectable infections by gender, age, forest-going, and residence inside or outside the forest. We applied established tools for spatial cluster detection and introduced the spatial signature method to malaria epidemiology, i.e. determining the prevalence within increasing distance to index infections. This way, we also assessed spatial and spatiotemporal clustering of infections in observational studies from Brazil, Thailand, Solomon Islands, and Senegal. In Cambodia, we demonstrated that pockets of high prevalence of Plasmodium spp. infections persist in the country, predominated by P. vivax and asymptomatic, sub-patent infections. This burden can decrease to near zero within a few kilometres of forested areas. While forest work by male adolescents and adults is the strongest behavioural driver of infection risk, in villages inside the forest the whole population is affected. Particularly in Cambodia, Brazil, and Thailand, infections increasingly clustered closer to other infections in space and time. Clustering tended to intensify at lower overall prevalence in the study area. Given remaining pockets of high transmission, Cambodia has scaled up its village and mobile malaria worker programme. The country has also finally started implementing radical cure against P. vivax relapses. However, rapid diagnostic tests and passive case detection will continue to miss most asymptomatic, sub-patent infections. The more homogeneous risk in forest goers and villages could justify mass drug administration or testing and treatment. The clustering of infections in a few hundred metres argues for reactive approaches that include neighbouring households. In summary, this thesis improved the understanding of persisting malaria and offered new tools that hopefully help to accelerate towards malaria elimination

Vers l'élimination du paludisme dans le sud-est de l'Asie : identification et délimitation des poches de transmission résiduelle

After decades of global malaria reduction, some countries are now aiming to eliminate this disease. The countries of the Greater Mekong Subregion committed to elimination by 2030. With intensified elimination efforts, malaria transmission becomes fragmented, and high incidence is restricted to remote areas. Some groups are particularly exposed, e.g. forest goers in Cambodia. Risk patterns must be well understood to tailor interventions to the local context. Missed milestones indicate the need for more efficient elimination programmes. This thesis set out to delineate risk heterogeneity in a remote, high-incidence part of Cambodia. Across villages along a gradient of proximity to the forest, we stratified the risk of PCR-detectable infections by gender, age, forest-going, and residence inside or outside the forest. We applied established tools for spatial cluster detection and introduced the spatial signature method to malaria epidemiology, i.e. determining the prevalence within increasing distance to index infections. This way, we also assessed spatial and spatiotemporal clustering of infections in observational studies from Brazil, Thailand, Solomon Islands, and Senegal. In Cambodia, we demonstrated that pockets of high prevalence of Plasmodium spp. infections persist in the country, predominated by P. vivax and asymptomatic, sub-patent infections. This burden can decrease to near zero within a few kilometres of forested areas. While forest work by male adolescents and adults is the strongest behavioural driver of infection risk, in villages inside the forest the whole population is affected. Particularly in Cambodia, Brazil, and Thailand, infections increasingly clustered closer to other infections in space and time. Clustering tended to intensify at lower overall prevalence in the study area. Given remaining pockets of high transmission, Cambodia has scaled up its village and mobile malaria worker programme. The country has also finally started implementing radical cure against P. vivax relapses. However, rapid diagnostic tests and passive case detection will continue to miss most asymptomatic, sub-patent infections. The more homogeneous risk in forest goers and villages could justify mass drug administration or testing and treatment. The clustering of infections in a few hundred metres argues for reactive approaches that include neighbouring households. In summary, this thesis improved the understanding of persisting malaria and offered new tools that hopefully help to accelerate towards malaria elimination.Après plusieurs décennies marquées par un déclin global du paludisme, les pays de la sous-région du Grand Mékong se sont engagés à l'éliminer d'ici 2030. Avec l'intensification des efforts d'élimination, les zones de forte incidence du paludisme se restreignent aux régions reculées. Certaines populations sont particulièrement exposées, notamment lors de déplacements en zones forestières. Le risque d’infection doit être bien décrit afin d’adapter localement les stratégies d’intervention. Les retards par rapport aux objectifs prévus d’élimination confirment la nécessité d’améliorer les programmes de contrôle. Cette thèse a eu pour but de décrire et comprendre l'hétérogénéité du risque d’infection dans une région reculée du Cambodge. Nous avons stratifié le risque, en exploitant des covariables démographiques et géographiques, et avons appliqué des outils existants pour la détection de clusters. Nous avons introduit la notion de signature spatiale de la transmission pour l’épidémiologie du paludisme. A partir de cas index confirmés par PCR, nous avons décrit l’évolution de la prévalence en fonction de la distance aux cas, et avons étendu cette analyse aux études menées au Cambodge, au Brésil, en Thaïlande, aux Îles Salomon et au Sénégal. Au Cambodge, nous avons démontré que des poches de prévalence élevées d'infections à Plasmodium spp. subsistent, majoritairement causées par des infections de P. vivax, asymptomatiques et difficiles à détecter en routine. La zone d’influence de ces poches ne dépasse pas quelques kilomètres en bordure des zones forestières. Le travail en forêt est le facteur de risque le plus important à l’échelle de la population, et le risque s’étend à l’ensemble des habitants des villages forestiers. Au Cambodge, au Brésil et en Thaïlande, les cas index et secondaires sont très proches, géographiquement et dans le temps. Le Cambodge a intensifié son programme de lutte à l’échelle locale et introduit le traitement « radical » des infections récurrentes à P. vivax. Cependant, la détection passive des cas continuera à manquer la plupart des infections. Le risque homogène dans les villages forestiers pourrait justifier des campagnes de distribution massive d’antipaludéens. Le faible rayonnement géographique des clusters plaide en faveur d'approches réactives restreintes aux foyers avoisinants. En résumé, cette thèse a amélioré la compréhension du paludisme résiduel et propose de nouveaux outils qui aideront à son élimination

Low sensitivity of rapid antigen tests to detect sars-cov-2 infections

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