Lazy Fault Recovery for Redundant Mpi

Distributed Systems (DS) where multiple computers share a workload across a network, are used everywhere, from data intensive computations to storage and machine learning. DS provide a relatively cheap and efficient solution that allows stability with improved performance for computational intensive applications. In a DS faults and failures are the norm not the exception. At any moment data corruption can occur especially since a DS usually consists of hundred to thousands of units of commodity hardware. The large number and quality of components guarantees, by probability, that at any given time some of the components will not be working and some of them will not recover from failure. DS can experience problems caused by application bugs, operating systems bugs, failures with disks, memory, connectors, networking, power supply, and other components; therefore, constant monitoring and failure detection are fundamental. Automatic recovery must be integral to the system. One of the most commonly used programming languages for DS is Message Passing Interface (MPI). Unfortunately MPI does not support fault detection or recovery. In this thesis, we build a recovery mechanism based on replicas that works on top of the asynchronous fault detection implemented in previous work. Results shows that our recovery implementation is successful and the overhead in execution time is minimal

Impact of the inpatient infectious disease consultations at a tertiary care university hospital

BACKGROUND: The role of the infectious disease specialist continues to evolve. The purpose of this study is to demonstrate the value of infectious disease consultation in the inpatient setting. METHODS: This is a prospective cohort study that took place in a tertiary care university hospital. During the period from April to June 2016, 224 cases of patients receiving antibiotics in the hospital with the request of an infectious diseases’ consultation, were evaluated. The following variables were assessed: the referring department, purpose of the consultation, the antibiotic used before requesting the infectious diseases consultation, the antibiotic modifications after the infectious disease’s visit, whenever the antibiotic usage was switched to a mono or bi-therapy. RESULTS: The most frequent requesting departments were Oncology (23.2%) and Urology (21.4%). The purpose of the consultations was diagnosis (29%), therapy (41%), both diagnosis and therapy (21%), and prophylaxis (9%). An infectious diseases consultation was given at a rate of 4.9 consultations per 100 hospitalized patients. Antibiotic was discontinued in 14.7% of cases. There was no indication for the antibiotic treatment in 11.6% of cases. Modifying the antibiotic therapy was done in 25.4% of cases. Adjusting the antibiotic dosage was done in only one case. Carbapenem antibiotics were discontinued in 31.6 % of cases and Quinolones discontinuation accounted for 22.7% of cases. CONCLUSION: Infectious disease consults contributed to the optimization of the diagnostic and therapeutic approaches for suspected or confirmed infections in hospitalized patients

Alteration of the Oligodendrocyte Lineage Varies According to the Systemic Inflammatory Stimulus in Animal Models That Mimic the Encephalopathy of Prematurity

Preterm birth before the gestational age of 32 weeks is associated with the occurrence of specific white matter damage (WMD) that can compromise the neurological outcome. These white matter abnormalities are embedded in more global brain damage defining the encephalopathy of prematurity (EoP). A global reduction in white matter volume that corresponds to chronic diffuse WMD is the most frequent form in contemporary cohorts of very preterm infants. This WMD partly results from alterations of the oligodendrocyte (OL) lineage during the vulnerability window preceding the beginning of brain myelination. The occurrence of prenatal, perinatal and postnatal events in addition to preterm birth is related to the intensity of WMD. Systemic inflammation is widely recognised as a risk factor of WMD in humans and in animal models. This review reports the OL lineage alterations associated with the WMD observed in infants suffering from EoP and emphasizes the role of systemic inflammation in inducing these alterations. This issue is addressed through data on human tissue and imaging, and through neonatal animal models that use systemic inflammation to induce WMD. Interestingly, the OL lineage damage varies according to the inflammatory stimulus, i.e., the liposaccharide portion of the E.Coli membrane (LPS) or the proinflammatory cytokine Interleukin-1β (IL-1β). This discrepancy reveals multiple cellular pathways inducible by inflammation that result in EoP. Variable long-term consequences on the white matter morphology and functioning may be speculated upon according to the intensity of the inflammatory challenge. This hypothesis emerges from this review and requires further exploration

CMV reactivation in COVID-19 patients: pouring fuel on the fire

Severe SARS-CoV-2 infection could promote CMV reactivation, that further worsens disease prognosis. This study included admitted patients with recent COVID-19 for one year period in a tertiary hospital, having clinical criteria of CMV reactivation and positive CMV DNAemia. Fifteen of 559 COVID-19 patients were diagnosed with CMV reactivation (2.7%). 86.6% were male, with a mean age of 63.6 years. Immunodepression was significantly higher in the CMV positive group (p=0.008). Lymphopenia was significantly more important in patients who reactivated CMV (p=<0.001), whereas ferritin level (p=0.019) and IL-6 level (p=0.035) on admission appeared to be significantly lower in this group. There was no significant difference for COVID-19 treatments. ICU admission (p<0 .001) and bacterial infections (p<0.001) appeared to be significant for CMV reactivation. Also, the mortality was significantly higher in the CMV positive group (p=0.042). This study raises the possible incrimination of lymphopenia, immunosuppression, critical illness, and bacterial infections in CMV reactivation

A NOVEL TORC1 ACTIVATION PATHWAY STIMULATED BY THE PLASMA MEMBRANE H+-ATPASE UNRAVELED FROM THE STUDY OF SUBSTRATE-INDUCED ENDOCYTOSIS OF AMINO ACID TRANSPORTERS IN YEAST SACCHAROMYCES CEREVISIAE

Chez les eucaryotes, le complexe kinase TORC1 (Target Of Rapamycin Complex 1) joue un rôle central dans le contrôle de la croissance cellulaire. Il intègre de nombreux signaux et agit en modulant l’état de phosphorylation de différents effecteurs, principalement des protéines impliquées dans des processus anaboliques ou cataboliques. Parmi ces signaux, on distingue notamment les acides aminés. Ces derniers agissent sur TORC1 via l’action de protéines de la famille des GTPases Rag, elles-mêmes régulées par des facteurs GEF et GAP. Des études récentes sur des cellules mammifères ont mis en évidence l’existence de senseurs d'acides aminés, capables de moduler l'activité des facteurs GEF et GAP. Chez la levure, ces senseurs restent toutefois inconnus. Chez la levure, TORC1 contrôle la fonction de plusieurs protéines y compris des transporteurs d'acides aminés de la membrane plasmique, comme la perméase générale des acides aminés, Gap1. C’est via sa branche de signalisation Tap2-PP2A/Npr1 que TORC1 contrôle l'ubiquitylation et le trafic intracellulaire de ces transporteurs, et ceci, en modulant l’activité d’adaptateurs de type α-arrestine de l'ubiquitine-ligase Rsp5.Dans ce travail, nous avons combiné des approches de génétique et de biochimie chez la levure afin d’étudier la régulation de TORC1 et son rôle dans l'endocytose en réponse au substrat de Gap1, la perméase générale des acide aminés, et de Can1, la perméase spécifique de l'arginine.Dans la première et la deuxième partie de ce travail, je décris ma contribution à l'étude qui visait à élucider le mécanisme d'ubiquitylation de Gap1 et de Can1 induite par le transport de leurs substrats. Le modèle déduit de ce travail propose que cette régulation négative n'est pas due à l'accumulation intracellulaire des acides aminés transportés, mais à un changement conformationnel des perméases, couplé à la réaction de transport et qui fait apparaitre un état ouvert vers l'intérieur, entraînant ainsi le remodelage de la queue cytoplasmique N-terminale et en conséquence l’exposition d'un site de liaison caché pour des adaptateurs de Rsp5 de type α-arrestine. Dans le cas de Can1, l'α-arrestine principale impliquée est Art1 et doit être stimulée via TORC1. Cependant, les α-arrestines Bul1/2, impliquées dans la régulation négative de Gap1, sont capables de promouvoir son ubiquitylation induite par le transport de substrat, qu'elles aient ou non été stimulées via TORC1. Nous fournissons également des preuves que d'autres perméases d'acides aminés spécifiques (Mup1, Lyp1) sont régulées par leurs propres substrats d'une manière similaire à Can1.Dans la dernière partie de ce travail, nous avons étudié le mécanisme par lequel le transport des acides aminés chez la levure stimule l'activité de TORC1 via les GTPases Rag, Gtr1 et Gtr2. En analysant en Western Blot l’état de phosphorylation de Npr1 et Sch9, deux kinases effectrices de TORC1, nous avons révélé que le signal général qui déclenche l'activation Gtr-dépendante de TORC1 est le flux de H+ couplé au transport des acides aminés généré par des symporteurs H+/acide-aminés. Dans ce contexte, nous avons identifié la pompe à H+ de la membrane plasmique, Pma1, comme étant un régulateur essentiel de l'activité de TORC1. L'activité de transport de Pma1 étant elle-même stimulée par une augmentation des protons cytosoliques, nous suggérons que Pma1 module TORC1 par un effet de signalisation.Collectivement, nos résultats fournissent de nouvelles perspectives sur le rôle central de TORC1 dans le contrôle des transporteurs de nutriments chez la levure.The Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1) plays a pivotal role in controlling cell growth in probably all eukaryotic organisms. It operates by integrating upstream signals like growth factors and nutrients to modulate by phosphorylation multiple downstream effectors, mostly proteins involved in anabolic or catabolic processes. Among the various signals that impinge on TORC1, nitrogen sources, in particular amino acids are primordial input signals modulating TORC1 activity through the conserved Rag family of GTPases. Recent studies in mammals have shed the light on the existence of various sensor systems of internal amino acids that modulate the activity of the GEF and GAP factors acting on the Rag GTPases. Yet, in yeast the amino acid sensing events acting upstream of the Rag GTPase (named Gtr1 and Gtr2) regulators remain poorly known. Yeast TORC1 controls the function of many proteins including several plasma membrane amino acid transporters, e.g. Gap1, the general amino acid permease. It does so via the Tap2-PP2A/Npr1-signaling branch that controls the ubiquitylation and intracellular trafficking of these proteins through regulation of α-arrestin-type adaptors of the ubiquitin-ligase Rsp5. In this work, we combined yeast genetics and biochemical assays to study TORC1 regulation by amino acids and to illustrate the role of TORC1 in substrate-transport mediated endocytosis of Gap1 and of the arginine specific permease, Can1. In the first and second part of this work, I describe my contribution to the study that aimed at elucidating the mechanism of substrate-transport-mediated ubiquitylation and endocytosis of Gap1 and Can1. The model deduced from this work states that this down-regulation is not due to intracellular accumulation of the transported amino acids, but to substrate-transport-induced conformational transition of the transporters to an inward-facing state, resulting in remodeling of their N-terminal cytoplasmic tail and subsequent exposure of a hidden binding site for α-arrestin-like adaptors of Rsp5. In the case of Can1, the main α-arrestin involved is Art1 and needs be stimulated via TORC1. The Bul1/2 α-arrestins involved in Gap1 down-regulation, however, are able to promote its substrate-transport-elicited ubiquitylation regardless of whether they have been stimulated via TORC1 or not. We also provide evidence that other specific amino acid permeases (Mup1, Lyp1) are regulated by their own substrates in a manner similar to Can1. In the last part of this work, we investigated how amino acid uptake by yeast cells triggers Rag/Gtr-dependent activation of TORC1. By assaying the phosphorylation on western blot of two TORC1-downstream effectors, the Npr1 and Sch9 kinases, we showed that uptake by Gap1 of ß-alanine, which cannot be used as a nitrogen source, unexpectedly stimulates TORC1 activity. Further analysis of this response allowed us to show that the general signal triggering Gtr-dependent activation of TORC1 in response to amino acid uptake is the influx of H+ coupled to transport via H+/amino-acid symporters. Furthermore, we identified Pma1, the H+-ATPase establishing the H+ gradient at the plasma membrane, as a central player of this control of TORC1 activity. As the transport activity of Pma1 itself is known to be stimulated by an increase of cytosolic protons, we suggest that Pma1 modulates TORC1 via signaling. Altogether, our results provide new insights on the central role of TORC1 in control of nutrient permeases in yeast.Doctorat en Sciencesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe

Comprendre et gérer la nomenclature zoologique à l'ère du big data et de la science ouverte

La nomenclature est la branche de la taxonomie responsable de la création et de la gestion des noms scientifiques attribués aux catégories d’êtres vivants. Elle assure la continuité de la transmission de toutes sortes de données et de connaissances accumulées sur les taxons. Les zoologistes se réfèrent pour cela au Code International de Nomenclature Zoologique. Le Code contient les règles qui permettent de comprendre et d'appliquer correctement cette discipline. La nomenclature s'est complexifiée au fil des siècles, pour s'adapter aux changements scientifiques et technologiques. Aujourd’hui, la nomenclature joue, par l’intermédiaire des noms scientifiques, un rôle crucial dans les bases de données de biodiversité. Mais ces dernières présentent cependant des limitations en termes de modèles de données et de l’utilisation de celles-ci pour des travaux nomenclaturaux. Cette dimension de la nomenclature est explorée dans la thèse. Si les données nomenclaturales sont présentes en grande partie dans les bases de données en ligne, la discipline elle-même est restée relativement imperméable à l'informatisation. Une analyse approfondie du Code a permis d’établir une liste d’objets formels et des propriétés les accompagnant nécessaires pour modéliser les règles de cette discipline. En effet, la structure des règles du Code se veut logique et non-ambigüe, et est donc idéale pour une traduction de ces dernières en série d’algorithmes. Cette hypothèse a mené à la création d’une application web appelée Lognom, pour ‘logiciel de nomenclature’. Lognom est un logiciel basé sur des algorithmes aidant à la prise de décision en matière de nomenclature zoologique. L’application ne repose pas sur des bases de données préexistantes, mais fournit une réponse en fonction des données entrées par l'utilisateur. Ce logiciel vise à soutenir les taxonomistes dans leur gestion de la nomenclature au quotidien, en déterminant si un nom ou un travail est disponible, si les règles orthographiques ont été correctement appliquées et si toutes les exigences précédant la publication d’un nouveau nom ou d’un nouveau travail ont été respectées. Lognom permet également à l'utilisateur d’établir quel nom est le nom valide parmi plusieurs candidats préenregistrés, et la liste des synonymes qui résulte de cette détermination. Il comprend également quelques outils pour répondre à des questions diverses de nomenclature, telle que la détermination du genre grammatical d’un nom de genre. Toutes les règles du Code de nomenclature zoologique n’ont cependant pas pu être intégrées à l’application. Certaines règles reposent sur une interprétation sémantique qu’il est très complexe d’automatiser. De plus, même s’il contient quelques contrôles, Lognom est très sensible à la qualité des données fournies par ses utilisateurs. Une proposition de classification des règles est fournie, afin de mieux cerner les forces et les faiblesses du Code quant à sa possible informatisation exhaustive, ainsi que des recommandations quant à l’optimisation de son caractère logique et non-ambigu. De même, diverses questions en rapport avec la nomenclature et ses applications informatiques sont explorées, et une brève analyse expliquant les difficultés sociales liées à l’amélioration de ces règles est évoquée. Il y existe une multitude d’applications futures possibles pour les algorithmes développés lors de cette thèse. Ces perspectives incluent la possibilité de travailler collaborativement sur des projets concernant la nomenclature d’un même groupe taxonomique. Ceci pourrait conduire à établir des listes dynamiques de noms. Une modification de ces algorithmes pourraient également simuler l’impact d’une modification des règles du Code sur les noms et les travaux existants. Sur le long terme, un outil tel que Lognom pourrait conduire à la possibilité de modéliser la nomenclature dans sa totalité, et d’ouvrir la porte à une gestion plus efficace et plus coordonnée de cette discipline pluricentenaire.Nomenclature is the discipline of taxonomy responsible for creating and managing the scientific names assigned to categories of living beings. It ensures continuity in the transmission of all kinds of accumulated data and knowledge about taxa. To this end, zoologists refer to the International Code of Zoological Nomenclature. The Code contains the rules for understanding and correctly applying this discipline.Nomenclature has become increasingly complex over the centuries, to keep pace with the evolution of scientific and technological knowledge. It currently plays, through scientific names, a crucial role in biodiversity databases. However, databases have their limitations in terms of structure when it comes to nomenclatural endeavors. The role of nomenclature in databases is explored in the thesis.While nomenclatural data is largely present in online databases, the discipline itself has remained relatively impervious to computerization. An in-depth analysis of the Code enabled the creation of a list of formal objects and their properties, which are needed to model the rules of this discipline. Moreover, the structure of the Code's rules is intended to be logical and unambiguous, which makes it ideal for translating into a series of algorithms. This hypothesis led to the creation of a web application called Lognom. Lognom is an algorithm-based software that supports decision-making in zoological nomenclature. The application does not rely on pre-existing databases, but provides an answer based on data entered by the user. The software aims to support taxonomists in their day-to-day nomenclature management, by determining whether a name or work is available and whether spelling rules have been correctly applied. It can also verify whether all requirements preceding the publication of a new name or work have been met. Additionally, Lognom allows the user to establish which name is the valid name among several candidates, and the list of synonyms that results from this decision. It also includes several tools for answering various nomenclatural questions, such as the determination of the grammatical gender of a genus name. However, it has not been possible to integrate all the rules of the International Code of Zoological Nomenclature into the application. Some rules are based on semantic interpretation, which is very complex to automate. Moreover, Lognom is highly sensitive to the quality of the data supplied by its users, even if it does provide a few controls. A proposed classification of the Code’s rules is included, to better identify the strengths and weaknesses of the Code in terms of its possible complete computerization. Recommendations for the optimization of its logical and unambiguous character are also mentioned. Similarly, various issues relating to nomenclature and its computer applications are explored, as well as a brief analysis of the social difficulties that might impede the improvement of these rules. There are still many possible future applications for the algorithms developed for Lognom. These include the possibility of working collaboratively on projects concerning the nomenclature of q given taxonomic group. This could lead to the creation of dynamic lists of names: Furthermore, the algorithms should be able to simulate the impact of changes in the rules of the Code on existing names and works. In the long term, a tool such as Lognom could enable the possibility of modeling nomenclature in its entirety, opening the door to more efficient and coordinated management of this centuries-old discipline

Comprendre et gérer la nomenclature zoologique à l'ère du big data et de la science ouverte

Nomenclature is the discipline of taxonomy responsible for creating and managing the scientific names assigned to categories of living beings. It ensures continuity in the transmission of all kinds of accumulated data and knowledge about taxa. To this end, zoologists refer to the International Code of Zoological Nomenclature. The Code contains the rules for understanding and correctly applying this discipline.Nomenclature has become increasingly complex over the centuries, to keep pace with the evolution of scientific and technological knowledge. It currently plays, through scientific names, a crucial role in biodiversity databases. However, databases have their limitations in terms of structure when it comes to nomenclatural endeavors. The role of nomenclature in databases is explored in the thesis.While nomenclatural data is largely present in online databases, the discipline itself has remained relatively impervious to computerization. An in-depth analysis of the Code enabled the creation of a list of formal objects and their properties, which are needed to model the rules of this discipline. Moreover, the structure of the Code's rules is intended to be logical and unambiguous, which makes it ideal for translating into a series of algorithms. This hypothesis led to the creation of a web application called Lognom. Lognom is an algorithm-based software that supports decision-making in zoological nomenclature. The application does not rely on pre-existing databases, but provides an answer based on data entered by the user. The software aims to support taxonomists in their day-to-day nomenclature management, by determining whether a name or work is available and whether spelling rules have been correctly applied. It can also verify whether all requirements preceding the publication of a new name or work have been met. Additionally, Lognom allows the user to establish which name is the valid name among several candidates, and the list of synonyms that results from this decision. It also includes several tools for answering various nomenclatural questions, such as the determination of the grammatical gender of a genus name. However, it has not been possible to integrate all the rules of the International Code of Zoological Nomenclature into the application. Some rules are based on semantic interpretation, which is very complex to automate. Moreover, Lognom is highly sensitive to the quality of the data supplied by its users, even if it does provide a few controls. A proposed classification of the Code’s rules is included, to better identify the strengths and weaknesses of the Code in terms of its possible complete computerization. Recommendations for the optimization of its logical and unambiguous character are also mentioned. Similarly, various issues relating to nomenclature and its computer applications are explored, as well as a brief analysis of the social difficulties that might impede the improvement of these rules. There are still many possible future applications for the algorithms developed for Lognom. These include the possibility of working collaboratively on projects concerning the nomenclature of q given taxonomic group. This could lead to the creation of dynamic lists of names: Furthermore, the algorithms should be able to simulate the impact of changes in the rules of the Code on existing names and works. In the long term, a tool such as Lognom could enable the possibility of modeling nomenclature in its entirety, opening the door to more efficient and coordinated management of this centuries-old discipline.La nomenclature est la branche de la taxonomie responsable de la création et de la gestion des noms scientifiques attribués aux catégories d’êtres vivants. Elle assure la continuité de la transmission de toutes sortes de données et de connaissances accumulées sur les taxons. Les zoologistes se réfèrent pour cela au Code International de Nomenclature Zoologique. Le Code contient les règles qui permettent de comprendre et d'appliquer correctement cette discipline. La nomenclature s'est complexifiée au fil des siècles, pour s'adapter aux changements scientifiques et technologiques. Aujourd’hui, la nomenclature joue, par l’intermédiaire des noms scientifiques, un rôle crucial dans les bases de données de biodiversité. Mais ces dernières présentent cependant des limitations en termes de modèles de données et de l’utilisation de celles-ci pour des travaux nomenclaturaux. Cette dimension de la nomenclature est explorée dans la thèse. Si les données nomenclaturales sont présentes en grande partie dans les bases de données en ligne, la discipline elle-même est restée relativement imperméable à l'informatisation. Une analyse approfondie du Code a permis d’établir une liste d’objets formels et des propriétés les accompagnant nécessaires pour modéliser les règles de cette discipline. En effet, la structure des règles du Code se veut logique et non-ambigüe, et est donc idéale pour une traduction de ces dernières en série d’algorithmes. Cette hypothèse a mené à la création d’une application web appelée Lognom, pour ‘logiciel de nomenclature’. Lognom est un logiciel basé sur des algorithmes aidant à la prise de décision en matière de nomenclature zoologique. L’application ne repose pas sur des bases de données préexistantes, mais fournit une réponse en fonction des données entrées par l'utilisateur. Ce logiciel vise à soutenir les taxonomistes dans leur gestion de la nomenclature au quotidien, en déterminant si un nom ou un travail est disponible, si les règles orthographiques ont été correctement appliquées et si toutes les exigences précédant la publication d’un nouveau nom ou d’un nouveau travail ont été respectées. Lognom permet également à l'utilisateur d’établir quel nom est le nom valide parmi plusieurs candidats préenregistrés, et la liste des synonymes qui résulte de cette détermination. Il comprend également quelques outils pour répondre à des questions diverses de nomenclature, telle que la détermination du genre grammatical d’un nom de genre. Toutes les règles du Code de nomenclature zoologique n’ont cependant pas pu être intégrées à l’application. Certaines règles reposent sur une interprétation sémantique qu’il est très complexe d’automatiser. De plus, même s’il contient quelques contrôles, Lognom est très sensible à la qualité des données fournies par ses utilisateurs. Une proposition de classification des règles est fournie, afin de mieux cerner les forces et les faiblesses du Code quant à sa possible informatisation exhaustive, ainsi que des recommandations quant à l’optimisation de son caractère logique et non-ambigu. De même, diverses questions en rapport avec la nomenclature et ses applications informatiques sont explorées, et une brève analyse expliquant les difficultés sociales liées à l’amélioration de ces règles est évoquée. Il y existe une multitude d’applications futures possibles pour les algorithmes développés lors de cette thèse. Ces perspectives incluent la possibilité de travailler collaborativement sur des projets concernant la nomenclature d’un même groupe taxonomique. Ceci pourrait conduire à établir des listes dynamiques de noms. Une modification de ces algorithmes pourraient également simuler l’impact d’une modification des règles du Code sur les noms et les travaux existants. Sur le long terme, un outil tel que Lognom pourrait conduire à la possibilité de modéliser la nomenclature dans sa totalité, et d’ouvrir la porte à une gestion plus efficace et plus coordonnée de cette discipline pluricentenaire

Aberrant Expression of Immunohistochemical Markers in Malignant Melanoma: A Review

Immunohistochemical stains are increasingly used to aid in the diagnosis of malignant melanoma, especially when the differentiation of the tumor is unclear based on examination with hematoxylin and eosin. However, aberrant expression of non-melanocytic markers has been reported in melanomas, which can sometimes be further complicated by the loss of conventional melanocytic markers. This review aims to summarize available data regarding unusual staining patterns in primary and metastatic malignant melanoma. It also raises awareness of the potential pitfalls and highlights the importance of appropriate use and interpretation of broad immunohistochemical markers in the context of clinical and histopathologic findings to facilitate the diagnosis of atypical cases of malignant melanoma