Increasing genetic variability in black oats using gamma irradiation

The black oat (Avena strigosa Schreb) is commonly used for forage, soil cover, and green manure. Despite its importance, little improvement has been made to this species, leading to high levels of genotypic disuniformity within commercial cultivars. The objective of this study was to evaluate the efficiency of different doses of gamma rays [ ^60 Co] applied to black oat seeds on the increase of genetic variability of agronomic traits. We applied doses of 0, 10, 50, 100, and 200 Gy to the genotype ALPHA 94087 through exposure to [ ^60 Co]. Two experiments were conducted in the winter of 2008. The first aimed to test forage trait measurements such as plant height, dry matter yield, number of surviving tillers, and seedling stand. The second test assessed seed traits, such as yield and dormancy levels. Gamma irradiation seems not to increase seed yield in black oats, but it was effective in generating variability for the other traits. Tiller number and plant height are important selection traits to increase dry matter yield. Selection in advanced generations of mutant populations can increase the probability of identifying superior genotypes

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

For a decade, The Cancer Genome Atlas (TCGA) program collected clinicopathologic annotation data along with multi-platform molecular profiles of more than 11,000 human tumors across 33 different cancer types. TCGA clinical data contain key features representing the democratized nature of the data collection process. To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, we developed a standardized dataset named the TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR), which includes four major clinical outcome endpoints. In addition to detailing major challenges and statistical limitations encountered during the effort of integrating the acquired clinical data, we present a summary that includes endpoint usage recommendations for each cancer type. These TCGA-CDR findings appear to be consistent with cancer genomics studies independent of the TCGA effort and provide opportunities for investigating cancer biology using clinical correlates at an unprecedented scale. Analysis of clinicopathologic annotations for over 11,000 cancer patients in the TCGA program leads to the generation of TCGA Clinical Data Resource, which provides recommendations of clinical outcome endpoint usage for 33 cancer types

Avaliação da incidência de antracnose, do desempenho e estado nutricional de variedades de mangueira, para cultivo orgânico, na região centro-norte do Estado de São Paulo.

A mudança do perfil do consumidor, aliada aos riscos da contaminação por agrotóxicos, tem levado à busca de alternativas ecologicamente apropriadas para produção de frutas. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a incidência de antracnose, o desempenho e estado nutricional de variedades de mangueira conduzidas organicamente na região de Pindorama-SP. Foram utilizadas 17 variedades de mangueira. O experimento foi instalado em delineamento experimental em blocos completos ao acaso, com 17 tratamentos (variedades) e seis repetições. Foi avaliada a severidade de antracnose nas folhas, através de uma escala diagramática, atribuindo-se notas aos sintomas. Foram avaliados o crescimento e o desenvolvimento (altura da planta, perímetro do tronco e da copa) e o estado nutricional, mediante análise foliar, das diferentes variedades utilizadas. Através dos resultados obtidos, podem-se considerar como muito suscetíveis à antracnose as variedades Bourbon, Rocha e Rosa; e resistentes, as variedades IAC 111, Alfa, Beta e Parvin; as variedades de manga apresentaram o mesmo padrão de crescimento; as maiores alturas da planta corresponderam aos maiores diâmetros do tronco e da copa; a variedade Parvin apresentou o melhor desempenho dentre as variedades estudadas, com relação à resistência à antracnose, altura e diâmetro do caule e da copa, podendo ser recomendada ao cultivo orgânico. As variedades Omega e Alfa também apresentaram bom crescimento, podendo ser indicadas para esse cultivo, pelo menos nessa fase inicial; as variedades Surpresa e Rosa não apresentaram bom desempenho, no campo, em relação às demais, não devendo ser recomendadas para o cultivo orgânico, principalmente a variedade Rosa, bastante suscetível à antracnose. As concentrações de N, P e K foram elevadas na fase vegetativa das plantas, comparadas à baixa concentração de Ca; houve carência de Boro em todas as variedades estudadas. A manga Rosa, provavelmente, sofreu toxicidade ao excesso de manganês, ocasionando diminuição em seu desenvolvimento