Distribution géographique de la variabilité moléculaire du virus swollen shoot du cacaoyer (CSSV) en Afrique de l'ouest

Le virus du swollen shoot du cacaoyer (famille des Caulimoviridae, genre Badnavirus) est un virus transmis par cochenilles et présent dans toute la zone de production cacaoyère de l'Afrique de l'Ouest. Les symptômes caractéristiques de la maladie sont le rougissement des nervures des jeunes feuilles et le gonflement des tiges et des racines. Malgré les nombreuses campagnes d'éradication depuis son émergence dans les années 20, la maladie n'est toujours pas significativement enrayée. De nouveaux foyers continuent à apparaître dans des zones jusque là indemnes, particulièrement dans différentes régions de Côte d'Ivoire, à l'Ouest du Ghana et dans le Litimé, principale région cacaocole du Togo, ce qui pose des questions épidémiologiques sur l'origine de ces émergences. Une meilleure connaissance de la biodiversité du virus et de sa répartition géographique au sein des foyers est un élément indispensable pour mieux comprendre l'historique de l'émergence et le fonctionnement des épidémies. L'étude phylogénétique réalisée à partir de séquences partielles, définies au niveau d'une zone conservée de la première partie de l'ORF3 du génome viral (720pb), provenant de 134 isolats de Côte d'Ivoire, 111 isolats du Togo et une cinquantaine d'isolats du Ghana a déjà permis de différencier une quinzaine de groupes. Parmi ces groupes, en se basant sur la nomenclature virale des Badnavirus, au moins 5 groupes pourraient correspondre à des espèces virales différentes de l'espèce CSSV de référence, Agou 1 du Togo. Trois groupes majeurs (A, B et C) sont présents au Togo dont un seul est spécifique à ce pays jusqu'à présent, tandis que le Ghana et la Côte d'Ivoire comprennent un nombre bien plus important de groupes différents avec plusieurs groupes spécifiques à chacun de ces deux pays. Les groupes mis en évidence séparent les isolats analysés plutôt selon leur origine géographique que selon leur agressivité. L'image globale de la variabilité du virus du Cacao swollen shoot au Togo, en Côte d'Ivoire et au Ghana nous permet maintenant d'émettre des hypothèses sur l'origine des groupes viraux dans les nouveaux foyers. De nombreuses régions du Ghana restent cependant encore à étudier. Le diagnostic PCR précoce mis au point précédemment avec des amorces polyvalentes positionnées dans la première partie de l'ORF3 du génome viral a parallèlement été amélioré et détecte à ce jour plus de 70% des échantillons présentant des symptômes foliaires typiques. (Résumé d'auteur

Compréhension de l'origine des nouveaux foyers de Cacao swollen shoot virus (cssv) au Togo et en Côte d'Ivoire

Le virus du swollen shoot du cacaoyer (famille des Caulimoviridae, genre Badnavirus) est un virus transmis par cochenilles et présent dans toute la zone de production cacaoyère de l'Afrique de l'Ouest. Les symptômes caractéristiques de la maladie sont le rougissement des nervures des jeunes feuilles et le gonflement des tiges et des racines. Ce virus, apparu en Afrique de l'Ouest dans les années 1920 a déjà été l'objet de plusieurs campagnes d'éradication mais la maladie n'est toujours pas significativement enrayée. La maladie n'existant pas dans la zone d'origine du cacaoyer, son apparition après l'introduction des cacaoyers en Afrique, pourrait être la conséquence d'un changement d'hôte à partir de plantes indigènes. De nouveaux foyers continuent à apparaître dans des zones jusque là indemnes, particulièrement dans différentes régions de Côte d'Ivoire, à l'Ouest du Ghana et dans le nord du Togo, ce qui pose des questions épidémiologiques sur l'origine de ces foyers. De manière à mieux comprendre l'origine et le fonctionnement des épidémies, la biodiversité du virus a été étudiée dans une zone conservée du génome viral de la première partie de l'ORF3. L'analyse de la variabilité moléculaire des isolats récoltés de 1998 à 2005 au Togo dans des foyers anciens et plus récents avait permis de mettre en évidence trois groupes majeurs A, B et C répartis de manière bien différenciée entre anciens et nouveaux foyers. Six cents nouveaux isolats, échantillonnés en Côte d'Ivoire en 2009 et 2010 dans des foyers anciens et récents, ont été étudiés dans la même partie du génome viral. De nouveaux groupes ont été mis en évidence par rapport à ceux identifiés au Togo et une image globale de la variabilité du virus du Cacao swollen shoot au Togo et en Côte d'Ivoire est maintenant disponible. Des hypothèses seront présentées pour expliquer la distribution géographique des différents groupes dans les foyers et plus particulièrement l'origine des isolats dans les nouveaux foyers. (Texte intégral

Structuration géographique de la variabilité moléculaire du virus du swollen shoot du cacaoyer (CSSV) en Afrique de l'Ouest

Le virus du swollen shoot du cacaoyer ou Cacao swollen shoot virus (CSSV, famille des Caulimoviridae, genre Badnavirus) est un virus transmis par cochenilles, présent dans toute la zone de production cacaoyère de l'Afrique de l'Ouest. Les symptômes caractéristiques de la maladie sont le rougissement des nervures des jeunes feuilles et le gonflement des tiges et des racines. La maladie n'existe pas dans la zone d'origine du cacaoyer et est apparue uniquement en Afrique suite `a l'introduction des cacaoyers, elle pourrait donc être la conséquence d'un changement d'hôte à partir de plantes indigènes, réservoirs du virus. Malgré les nombreuses campagnes d' éradication depuis son émergence dans les années 20 suite `a l'introduction du cacaoyer en Afrique, la maladie n'est toujours pas significativement enrayée. De nouveaux foyers continuent à apparaître dans des zones jusque là indemnes, particulièrement dans différentes régions de Côte d'Ivoire, à l'Ouest du Ghana et dans le Litimé, principale région cacaocole du Togo, ce qui pose des questions épidémiologiques sur l'origine de ces émergences. Une meilleure connaissance de la biodiversité du virus et de sa répartition géographique au sein des foyers est un élément indispensable pour comprendre l'historique de l'émergence et du développement de l'épidémie. La structuration géographique de la variabilité du virus du cacao swollen shoot au Togo, en Côte d'Ivoire et au Ghana a été obtenue sur la base d'une étude phylogénétique à partir de séquences de 720pb correspondant à la première partie de l'ORF3 qui est une zone conservée du génome viral. Cette étude men é sur 300 isolats a permis de différencier une quinzaine de groupes mais a cependant confirmé le caractère monophylétique du CSSV. En se basant sur la nomenclature virale des badnavirus, au moins 5 des 15 groupes pourraient correspondre `a des espèces virales différentes de l'espèce CSSV de référence, Agou 1 du Togo. Ils sont répartis de manière différentielle dans les trois pays. Seul le groupe B est présent dans les trois pays. Les trois groupes A, B et C sont présents au Togo, le groupe C étant spécifique à ce pays jusqu'à présent, tandis que le Ghana et la Côte d'Ivoire comprennent un nombre bien plus important de groupes différents dont plusieurs spécifiques à chacun de ces deux pays. L'analyse montre une structuration des groupes plutôt selon leur origine géographique que selon leur agressivité. Les résultats seront ré-analysés avec le logiciel BEAST pour tester différentes hypothèses évolutives sur l'origine des groupes viraux dans les nouveaux foyers. (Résumé d'auteur

Crystal constructions in Number Theory

Weyl group multiple Dirichlet series and metaplectic Whittaker functions can be described in terms of crystal graphs. We present crystals as parameterized by Littelmann patterns and we give a survey of purely combinatorial constructions of prime power coefficients of Weyl group multiple Dirichlet series and metaplectic Whittaker functions using the language of crystal graphs. We explore how the branching structure of crystals manifests in these constructions, and how it allows access to some intricate objects in number theory and related open questions using tools of algebraic combinatorics

Differential Dynamics of Transposable Elements during Long-Term Diploidization of Nicotiana Section Repandae (Solanaceae) Allopolyploid Genomes

PubMed ID: 23185607This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited

Prognostic implications of coronary calcification in patients with obstructive coronary artery disease treated by percutaneous coronary intervention: A patient-level pooled analysis of 7 contemporary stent trials

Objective To investigate the long- Term prognostic implications of coronary calcification in patients undergoing percutaneous coronary intervention for obstructive coronary artery disease. Methods Patient-level data from 6296 patients enrolled in seven clinical drug-eluting stents trials were analysed to identify in angiographic images the presence of severe coronary calcification by an independent academic research organisation (Cardialysis, Rotterdam, The Netherlands). Clinical outcomes at 3-years follow-up including all-cause mortality, death-myocardial infarction (MI), and the composite end-point of all-cause death-MI- Any revascularisation were compared between patients with and without severe calcification. Results Severe calcification was detected in 20% of the studied population. Patients with severe lesion calcification were less likely to have undergone complete revascularisation (48% vs 55.6%, p<0.001) and had an increased mortality compared with those without severely calcified arteries (10.8% vs 4.4%, p<0.001). The event rate was also high in patients with severely calcified lesions for the combined end-point death-MI (22.9% vs 10.9%; p<0.001) and death-MI- Any revascularisation (31.8% vs 22.4%; p<0.001). On multivariate Cox regression analysis, including the Syntax score, the presence of severe coronary calcification was an independent predictor of poor prognosis (HR: 1.33 95% CI 1.00 to 1.77, p=0.047 for death; 1.23, 95% CI 1.02 to 1.49, p=0.031 for death-MI, and 1.18, 95% CI 1.01 to 1.39, p=0.042 for death-MI- Any revascularisation), but it was not associated with an increased risk of stent thrombosis. Conclusions Patients with severely calcified lesions have worse clinical outcomes compared to those without severe coronary calcification. Severe coronary calcification appears as an independent predictor of worse prognosis, and should be considered as a marker of advanced atherosclerosis

Consensus standards for acquisition, measurement, and reporting of intravascular optical coherence tomography studies

Objectives: The purpose of this document is to make the output of the International Working Group for Intravascular Optical Coherence Tomography (IWG-IVOCT) Standardization and Validation available to medical and scientific communities, through a peer-reviewed publication, in the interest of improving the diagnosis and treatment of patients with atherosclerosis, including coronary artery disease. Background: Intravascular optical coherence tomography (IVOCT) is a catheter-based modality that acquires images at a resolution of ∼10 μm, enabling visualization of blood vessel wall microstructure in vivo at an unprecedented level of detail. IVOCT devices are now commercially available worldwide, there is an active user base, and the interest in using this technology is growing. Incorporation of IVOCT in research and daily clinical practice can be facilitated by the development of uniform terminology and consensus-based standards on use of the technology, interpretation of the images, and reporting of IVOCT results. Methods: The IWG-IVOCT, comprising more than 260 academic and industry members from Asia, Europe, and the United States, formed in 2008 and convened on the topic of IVOCT standardization through a series of 9 national and international meetings. Results: Knowledge and recommendations from this group on key areas within the IVOCT field were assembled to generate this consensus document, authored by the Writing Committee, composed of academicians who have participated in meetings and/or writing of the text. Conclusions: This document may be broadly used as a standard reference regarding the current state of the IVOCT imaging modality, intended for researchers and clinicians who use IVOCT and analyze IVOCT data