Spatial and temporal features of neutrophils in homeostasis from the perspective of computational biology

Tesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular. Fecha de Lectura: 22-07-2022Neutrophils are myeloid cells that originate in the Bone Marrow and enter circulation to patrol for infectious agents. An important part of the “nonspecific” immune system consists on Neutrophils infiltrating challenged tissues, and the established belief was that they stay away from steady-state organs to avoid the risk of exposing them to their cytotoxic content. In the papers presented in this thesis, we show that neutrophils can in fact be found in almost all tissues under homeostasis. We further present proof that they undergo shifts in DNA accessibility, RNA expression and protein content in the infiltrated tissues. Using functional annotation we predict distinct roles depending on the tissue. While in hematopoietic organs the transcriptomic signatures of neutrophils align with canonical functions like immune response and migration, in other tissues such as the skin we find non-canonical functions i.e, epithelial and connective tissue growth or pro-angiogenic roles in the gut and the lung. This predicted pro-angiogenic role was indeed confirmed for the lung. We finally describe that infiltration in tissues follows circadian dynamics, and that once it has occurred, neutrophils experience changes in transcription depending on the time of the day. The analyses of circadian rhythms on mammalian models are often hindered by the inherent difficulty of performing exhaustive sampling (i.e.: every hour for at least 48h). Hence, I implemented CircaN as an R package, which outperforms existing tools in most scenarios. To provide the most complete analysis possible, we provide a full mode analysis option, in which we run CircaN and the two most used algorithms and provide integrated results. We present proof-of-concept results showing that combining various tools yields the best true positive to false positive ratio for most purposesEsta Tesis ha sido financiada por el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MICINN

Exact trajectories of charged particles in the Dirac monopole field

We consider the motion of charged particles in the presence of a Dirac magnetic monopole. We use an extension of Noether's theorem for systems with magnetic forces and integrate explicitly the equations of motion

SINOBAS, a tool for collaborative mapping applied to observation of “singular” weather phenomena

Póster presentado en: 15th Annual Meeting of the European Meteorological Society (EMS) /12th European Conference on Applications of Meteorology (ECAM) celebrado en Sofia, Bulgaria del 7 al 11 de septiembre de 2015SINOBAS stands for the Spanish words for “System for reporting singular atmospheric observations” and is also a tribute to one of the first scientifics involved in studying the atmosphere in Spain, D. Manuel Rico y Sinobas, who lived in the 19th century. The system is aimed to facilitating citizens collaboration in reporting weather events that we have named as “singular”, meaning local (not extended over a wide area), infrequent (not happening frequently), of significant intensity and with a potential to cause high social impact. The tool is a Volunteered Geographic Information (VGI) system, based on Google maps, where citizens help to building a data base of weather phenomena like tornadoes, water spouts, funnel clouds, gustnados, dust devils, downbursts, gust fronts, heat bursts, slope winds, severe hail, flash floods, heavy snowfall, snow avalanches, freezing rain and unusual maritime phenomena like local raisings of sea level. The system is of particular interest for amateur meteorologists, and is a good example of what is called “citizen science”. SINOBAS not only permits to consult the data and to incorporate new reports, but in parallel the system maintains a twitter account that provides a very promt communication channel with the public. This last tool is of particular interest for nowcasting, because it can provide our forecasters a very fresh and enthusiastic input about existing weather conditions, particularly when significant weather phenomena happen

Fortalecimiento de la oferta gastronómica en la ruta del borrego, en las comunas de Zuleta y La Magdalena como área de influencia del Geoparque Imbabura

Fortalecer la oferta gastronómica en la ruta del borrego, en las comunas Zuleta y la Magdalena como área de influencia del Geoparque Imbabura.La parroquia rural de Angochagua abarca en su territorio a las comunas de Zuleta y la Magdalena igual que a otras comunas, ubicadas estratégicamente en un mosaico territorial calificado en su conjunto como el Geoparque Mundial Imbabura. La riqueza integral que cuenta este territorio va más allá de la dinámica geológica, desde donde se puede apreciar varios cerros y volcanes como el Taita Imbabura, la Mama Cotacachi, el Cubilche, al Cunrro que invitan a disfrutar del hermoso paisaje natural. La convivencia de los pueblos kichwas originarios con su tierra y suelos volcánicos contienen un potencial agro productivo fuente de oportunidades de trabajo, fortalecimiento de su cultura y apego a la Pacha mama. Zuleta en su historia nos cuenta paso a paso entre tejidos y bordados conocidos mundialmente su arte, sus saberes ancestrales, sus aromas, sabores y su oferta gastronómica entrelazada con la Magdalena ubicadas ruta del borrego. La presente investigación tiene como objetivo fortalecer su oferta gastronómica en la ruta del borrego como un punto vértice de congruencia social, cultural, ambiental y económica dentro del Geoparque Imbabura. Para el desarrollo de la investigación se aplicó el enfoque cualitativo que ha permitido relacionar la gastronomía y el Geoparque siendo un recurso que genera valor e interacción con las personas y la riqueza del territorio. Las bases teóricas de la investigación fueron sustentadas a través de la revisión bibliográfica de documentación para la obtención de información relevante al tema de estudio. La utilización del instrumento como: encuestas dirigidas a los turistas, permitió cumplir con los objetivos planteados y a la recopilación de datos que han sido analizados e interpretados. Finalmente se llevó a cabo el diseño de la oferta gastronómica el cual se ha implementado nuevas alternativas referentes al plato estrella que es el borrego para dinamizar al Geoparque Imbabura.Licenciatur

Diseño de una autoclave para confeccionar modelos de fundición mediante la expansión de poliestireno

Diseñar, construir y automatizar una autoclave para expandir poliestireno.El siguiente trabajo de investigación presenta el diseño y construcción de una autoclave y un molde patrón, para la fabricación de piezas en Poliestireno Expandido (EPS por sus siglas en inglés) de un piñón cónico de concretera; pieza que es utilizada como parte principal del mecanismo piñón-corona de concreteras utilizadas para el sector Industrial. Para el diseño de la autoclave y el molde patrón se utilizó el software Solidworks®, además mediante una metodología de diseño conceptual se evaluó las partes y piezas de la máquina a partir de una matriz morfológica, para posteriormente, mediante el método de evaluación Pugh elegir la opción óptima para su construcción y utilizarlo en el análisis de los parámetros y características finales de la pieza en poliestireno expandido. Con el fin de encontrar los valores ideales que permitan obtener una pieza final con excelente acabado, compactación y cohesión entre perlas de poliestireno; se analizaron los parámetros de tiempo, presión y temperatura. Conjuntamente se realizaron 11 pruebas en el laboratorio de fundición de la Escuela Politécnica Nacional, se utilizó la autoclave y el molde de piñón cónico previamente fabricados junto con un caldero 4 BHP (Potencia de un caldero) y en base a la norma NMX-C-137-ONNCCE-2009 la cuál menciona los métodos y especificaciones del EPS para el uso de este material en la industria; se encontró que los resultados para las mejores condiciones al obtener la pieza final en EPS deseadas del piñón cónico son: un tiempo de 35 segundos, una presión de 14,5 psi y una temperatura de 130 °C.Ingenierí

The genus Thelypteris (Thelypteridaceae, Polypodiopsida) in the state of Mato Grosso, Brazil, II. Subgenera Amauropelta (Kunze) A.R. Sm., Cyclosorus (Link) C.V. Morton and Steiropteris (C. Chr.) K. Iwats.

The family Thelypteridaceae presents considerable species richness throughout the hillside forests and coastal plains of Brazil, as well as in the forests of its southern plateau. This study was based on material collected in 24 trips to various regions within the state of Mato Grosso, as well as material deposited in the principal Brazilian herbaria and in other herbaria. The genus Thelypteris, represented in this study by the subgenera Amauropelta (Kunze) A.R. Sm., Cyclosorus (Link) Morton and Steiropteris (C. Chr.) K. Iwats., comprises 11 species in Mato Grosso and surrounding regions. Keys for identification, descriptions and references to illustrations of diagnostic characters are presented.Fil: Ponce, Marta Monica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Botánica Darwinion (i); Argentina;Fil: Kieling-Rubio, Maria Angélica. Universidade FEEVALE; Brasil;Fil: Windisch, Paulo Günter. Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul. Programa de Pós-Graduação em Botânica; Brasil

Light propagation through optical media using metric contact geometry

In this work, we show that the orthogonality between rays and fronts of light propagation in a medium is expressed in terms of a suitable metric contact structure of the optical medium without boundaries. Moreover, we show that considering interfaces (modeled as boundaries) orthogonality is no longer fulfilled, leading to optical aberrations and in some cases total internal reflection. We present some illustrative examples of this latter point.Comment: 8 pages, 7 figure

Análise do impacto da pandemia de COVID-19 sobre a atenção a mulheres em situação de aborto na América Latina e Caribe

Objective: to understand the influence of the COVID-19 pandemic on aspects of quality of care provided to women in abortion situations in sentinel centers of the CLAP MUSA-Network (a multicenter network with international cooperation with the aim of encouraging good practices in Latin America and the Caribbean). Methods: cross-sectional study between January/2017 and December/2021 with women of any age admitted for abortion or miscarriage. We analyzed the total number of cases and the proportion of legal abortions. The dependent variables were complications and use of contraceptives after abortion. The independent variables were COVID-19 pandemic, clinical and sociodemographic data. Statistical analysis was carried out using linear regression, multiple Poisson regression, Cochran-Armitage, chi-square, Mann-Whitney and Cohen tests. Results: we analyzed data from 93689 women assisted in 12 sentinel centers of the CLAP MUSA-Network, 64.55% in the pre-pandemic period (NP) and 35.45% in the pandemic period (PP) (22.73% received post-abortion care and 77.27% legal abortion). We found no differences in the number of cases over the period, regardless of the legal context. We observed a significant increase in the proportion of legal abortions in liberal and moderate contexts. In NP, 46.46% of women underwent medical abortion, while 62.18% of women underwent medical abortion in PP (h-Cohen 0.32). We found no increase in the number of complications during PP. In NP, 79.12% started contraceptives after abortion, while in PP, 70.39% started contraceptives after abortion (h-Cohen 0.20). Conclusion: the COVID-19 pandemic was not associated with a decrease in the number of cases, a decrease in the proportion of legal interruptions, or an increase in complications in sentinel centers of the CLAP MUSA-Network. Submission: 30/04/23|Review: 08/11/23|Approval: 09/11/23Objetivo: comprender la influencia de la pandemia de COVID-19 en aspectos de la calidad de la atención brindada a las mujeres en situación de aborto en los centros centinela de la Red CLAP-MUSA (una red multicéntrica de cooperación internacional con el objetivo de fomentar buenas prácticas en América Latina y el Caribe). Metodología: estudio transversal entre enero/2017 y diciembre/2021 con mujeres de cualquier edad ingresadas para abortos espontáneos o inducidos. Se analizó el número total de casos y la proporción de abortos legales. Las variables dependientes fueron las complicaciones y el uso de anticonceptivos después del aborto. Las variables independientes fueron pandemia de COVID-19, datos clínicos y sociodemográficos. El análisis estadístico se realizó mediante regresión lineal, regresión múltiple de Poisson, pruebas de Cochran-Armitage, chi-cuadrado, Mann-Whitney y Cohen. Resultados: se analizaron datos de 93689 mujeres atendidas en 12 centros centinela de la Red CLAP-MUSA, 64,55% en el período prepandemia (NP) y 35,45% en el período pandemia (PP) (22,73% recibieron atención postaborto y 77,27% aborto legal). No encontramos diferencias en el número de casos durante el período, independientemente del contexto legal. Observamos un aumento significativo en la proporción de abortos legales en contextos liberales y moderados. En NP, el 46,46% de las mujeres se sometieron al aborto con medicamentos, mientras que el 62,18% de las mujeres se sometieron al aborto con medicamentos en PP (h-Cohen 0,32). No encontramos aumento en el número de complicaciones durante el PP. En NP, 79,12% inició anticonceptivos después del aborto, mientras que en PP, 70,39% inició anticonceptivos después del aborto (h-Cohen 0,20). Conclusión: la pandemia de COVID-19 no se asoció con una disminución en el número de casos, una disminución en la proporción de interrupciones legales o un aumento en las complicaciones en los centros centinela de la Red CLAP-MUSA. Acceptación: 30/04/23|Revisión: 08/11/23|Aprobación: 09/11/23Objetivo: compreender a influência da pandemia de COVID-19 nos aspectos da qualidade da assistência prestada às mulheres em situação de abortamento nos centros sentinela da Rede CLAP-MUSA, uma rede multicêntrica com cooperação internacional visando encorajar boas práticas na América Latina e no Caribe. Metodologia: estudo transversal entre janeiro/2017 e dezembro/2021 com mulheres de qualquer idade admitidas por abortamentos espontâneos ou induzidos. Analisamos o número total de casos e a proporção de abortos legais. As variáveis dependentes foram complicações e uso de anticoncepcionais após o aborto. As variáveis independentes foram a pandemia de COVID-19, dados clínicos e sociodemográficos. A análise estatística foi realizada por meio de regressão linear, regressão múltipla de Poisson, testes de Cochran-Armitage, qui-quadrado, Mann-Whitney e Cohen. Resultados: foram analisados dados de 93.689 mulheres, atendidas em 12 centros sentinelas da Rede CLAP-MUSA, 64,55% no período pré-pandêmico (NP) e 35,45% no período pandêmico (PP) (22,73% receberam atendimento pós-aborto e 77,27%, aborto legal). Não encontramos diferenças no número de casos ao longo do período, independentemente do contexto legal. Observamos um aumento significativo na proporção de abortos legais em contextos liberais e moderados. No NP, 46,46% das mulheres realizaram aborto medicamentoso, enquanto 62,18% das mulheres realizaram aborto medicamentoso no PP (h-Cohen 0,32). Não encontramos aumento no número de complicações durante o PP. No NP, 79,12% iniciaram anticoncepcionais após o aborto, enquanto no PP, 70,39% iniciaram anticoncepcionais após o aborto (h-Cohen 0,20). Conclusão: a pandemia de COVID-19 não se associou à diminuição do número de casos, à diminuição da proporção de interrupções legais ou ao aumento de complicações nos centros sentinelas da Rede CLAP-MUSA. Submissão: 30/04/23|Revisão: 08/11/23|Aprovação: 09/11/2