Recessive cancer genes engage in negative genetic interactions with their functional paralogs

Cancer genetic heterogeneity offers a wide repertoire of molecular determinants to be screened as therapeutic targets. Here, we identify potential anticancer targets by exploiting negative genetic interactions between genes with driver loss-of-function mutations (recessive cancer genes) and their functionally redundant paralogs. We identify recessive genes with additional copies and experimentally test our predictions on three paralogous pairs. We confirm digenic negative interactions between two cancer genes (SMARCA4 and CDH1) and their corresponding paralogs (SMARCA2 and CDH3). Furthermore, we identify a trigenic negative interaction between the cancer gene DNMT3A, its functional paralog DNMT3B, and a third gene, DNMT1, which encodes the only other human DNA-methylase domain. Although our study does not exclude other causes of synthetic lethality, it suggests that functionally redundant paralogs of cancer genes could be targets in anticancer therapy

Identification of pathways directly regulated by SHORT VEGETATIVE PHASE during vegetative and reproductive development in Arabidopsis

Background MADS-domain transcription factors play important roles during plant development. The Arabidopsis MADS-box gene SHORT VEGETATIVE PHASE (SVP) is a key regulator of two developmental phases. It functions as a repressor of the floral transition during the vegetative phase and later it contributes to the specification of floral meristems. How these distinct activities are conferred by a single transcription factor is unclear, but interactions with other MADS domain proteins which specify binding to different genomic regions is likely one mechanism. Results To compare the genome-wide DNA binding profile of SVP during vegetative and reproductive development we performed ChIP-seq analyses. These ChIP-seq data were combined with tiling array expression analysis, induction experiments and qRT-PCR to identify biologically relevant binding sites. In addition, we compared genome-wide target genes of SVP with those published for the MADS domain transcription factors FLC and AP1, which interact with SVP during the vegetative and reproductive phases, respectively. Conclusions Our analyses resulted in the identification of pathways that are regulated by SVP including those controlling meristem development during vegetative growth and flower development whereas floral transition pathways and hormonal signaling were regulated predominantly during the vegetative phase. Thus, SVP regulates many developmental pathways, some of which are common to both of its developmental roles whereas others are specific to only one of them

DNA Compaction by the Nuclear Factor-Y

The nuclear factor-Y (NF-Y), a trimeric, CCAAT-binding transcriptional activator with histone-like subunits, was until recently considered a prototypical promoter transcription factor. However, recent in vivo chromatin immunoprecipitation assays associated with microarray methodologies (chromatin immunoprecipitation on chip experiments) have indicated that a large portion of target sites (40%–50%) are located outside of core promoters. We applied the tethered particle motion technique to the major histocompatibility complex class II enhancer-promoter region to characterize i), the progressive compaction of DNA due to increasing concentrations of NF-Y, ii), the role of specific subunits and domains of NF-Y in the process, and iii), the interplay between NF-Y and the regulatory factor-X, which cooperatively binds to the X-box adjacent to the CCAAT box. Our study shows that NF-Y has histone-like activity, since it binds DNA nonspecifically with high affinity to compact it. This activity, which depends on the presence of all trimer subunits and of their glutamine-rich domains, seems to be attenuated by the transcriptional cofactor regulatory factor-X. Most importantly NF-Y-induced DNA compaction may facilitate promoter-enhancer interactions, which are known to be critical for expression regulation

Primer consenso interinstitucional de neoplasias mieloproliferativas crónicas

Objetivo: El objetivo del consenso es poner a disposición de los profesionales de las diferentes instituciones de salud pública en nuestro país, quienes se encuentran a cargo de estas enfermedades, la información más relevante y actualizada acerca de su diagnóstico y tratamiento en la práctica clínica. Con este consenso interinstitucional esperamos contribuir a mejorar la calidad de la atención de los pacientes con neoplasias mieloproliferativas crónicas a todo lo ancho y largo de la República Mexicana, con el fin de unificar criterios tanto en diagnóstico como en tratamiento de las diferentes enfermedades mieloproliferativas

Trasplante de progenitores hematopoyéticos en la mielofibrosis

El objetivo de este trabajo es generar recomendaciones sobre el manejo del trasplante alogénico de células madre (alo-SCT) en la mielofibrosis primaria (MFP). Se utilizó una revisión sistemática integral de artículos publicados entre 1999 y 2015 (enero) como fuente de evidencia científica. Las recomendaciones se produjeron mediante un proceso Delphi en el que participó un panel de 23 expertos designados por la European LeukemiaNet y el European Blood and Marrow Transplantation Group. Las preguntas clave incluyeron la selección de pacientes, la selección de donantes, el manejo previo al trasplante, el régimen de acondicionamiento, el manejo posterior al trasplante, la prevención y el manejo de la recaída después del trasplante. Los pacientes con enfermedad de riesgo intermedio 2 o alto y edad 2%, o citogenética adversa. La esplenectomía previa al trasplante debe decidirse caso por caso. Los pacientes con enfermedad de riesgo intermedio 2 o alto que carecen de un hermano compatible con el antígeno leucocitario humano (HLA) o de un donante no emparentado deben inscribirse en un protocolo que utilice donantes no idénticos de HLA. PB se consideró la fuente más apropiada de células madre hematopoyéticas para trasplantes de hermanos y donantes no emparentados compatibles con HLA. La intensidad óptima del régimen de acondicionamiento aún debe definirse. Se consideraron adecuadas estrategias como la suspensión de los fármacos inmunosupresores, la infusión de linfocitos del donante o ambas para evitar la recaída clínica. En conclusión, proporcionamos recomendaciones basadas en consenso destinadas a optimizar el alo-SCT en MFP. Se destacaron las necesidades clínicas insatisfechas

Riesgo en los procedimientos invasivos

Los pacientes con neoplasias mieloproliferativas tienen un riesgo incrementado de trombosis y sangrado. Se debe identificar dicho riesgo, así como individualizar la estrategia terapéutica previo a los procedimientos invasivos; una adecuada citorreducción disminuye el riesgo de complicaciones

Policitemia vera

La policitemia vera (PV) se caracteriza principalmente por eritrocitosis, predisposición trombótica y hemorrágica, una variedad de síntomas y riesgos acumulativos de progresión fibrótica y/o evolución leucémica a lo largo del tiempo. El diagnóstico se realiza con base en los criterios de la Organización Mundial de la Salud del 2016. El tratamiento de la PV se centra en reducir rápidamente la masa eritrocitaria, ya sea por medio de flebotomías o con tratamiento citorreductor, y la disminución del riesgo trombótico mediante la corrección de factores de riesgo cardiovascular y el uso de antiagregantes plaquetarios

Control de los síntomas

Además de la sintomatología secundaria a la esplenomegalia, a las alteraciones microvasculares y a las complicaciones trombohemorrágicas, los pacientes con neoplasias mieloproliferativas (NMP) pueden experimentar una importante carga sintomática atribuida a un aumento de citocinas inflamatorias circulantes. Estos síntomas pueden ser severos y limitar la calidad de vida. Por ello, además de la prevención de las complicaciones, uno de los objetivos del tratamiento de las NMP es el control de los síntomas

Mielofibrosis: diagnóstico y tratamiento

La mielofibrosis (MF) es una neoplasia mieloproliferativa negativa para BCR-ABL1 caracterizada por mieloproliferación clonal, señalización de cinasa desregulada y liberación de citocinas anormales. En los últimos años se han realizado importantes avances en el conocimiento de la biología molecular y la valoración pronóstica de la MF. El tratamiento convencional tiene un impacto limitado en la supervivencia de los pacientes; incluye un enfoque de espera para pacientes asintomáticos, agentes estimulantes de la eritropoyesis, andrógenos o agentes inmunomoduladores para la anemia, fármacos citorreductores como la hidroxiurea para la esplenomegalia y los síntomas constitucionales, y esplenectomía o radioterapia en pacientes seleccionados. El descubrimiento de la mutación Janus cinasa (JAK) 2 desencadenó el desarrollo de la terapia dirigida molecular de la MF. Los inhibidores de JAK son efectivos tanto en MF con JAK2 positivo como con JAK2 negativo; uno de ellos, el ruxolitinib, es la mejor terapia disponible actualmente para la esplenomegalia y los síntomas constitucionales de la MF. Sin embargo, aunque el ruxolitinib ha cambiado el escenario terapéutico de la MF, no hay indicios claros de un efecto modificador de la enfermedad. El alotrasplante de células madre sigue siendo la única terapia curativa de la MF, pero debido a su morbilidad y mortalidad asociadas, generalmente se restringe a pacientes elegibles con MF de riesgo alto e intermedio 2. Para mejorar los resultados terapéuticos actuales, actualmente se está probando la combinación de inhibidores de JAK con otros agentes y se están investigando fármacos más nuevos

Trombocitemia esencial

La trombocitemia esencial (TE) es una neoplasia mieloproliferativa crónica Filadelfia negativa que tiene su principal involucro en la línea megacariopoyética, generando trombocitosis sostenida en la sangre periférica y un incremento en el número de megacariocitos maduros en médula ósea. Además de una marcada trombocitosis, se caracteriza por un mayor riesgo trombótico o hemorrágico y la presencia de síntomas constitucionales. Los pacientes con TE tienen un riesgo bajo, pero conocido, de evolución de la enfermedad a mielofibrosis y/o leucemia aguda. El diagnóstico se realiza con base en los criterios de la Organización Mundial de la Salud del 2016. Los tratamientos actualmente disponibles para los pacientes con TE están dirigidos principalmente a minimizar el riesgo de trombosis y/o hemorragia