On the divergence of Psocidae (Psocodea, Psocomorpha) : fossils or biogeography.

Con más de 900 especies validas, Psocidae es la familia más diversa de psocodeos. A pesar de la que la información molecular disponible ha permitido hipotetizar sobre las relaciones filogenéticas entre los diferentes linajes, el contexto temporal ha sido hasta ahora poco discutido, y la influencia de factores intrínsecos y extrínsecos en su diversificación es aún desconocido. En este artículo probamos la congruencia de tres evidencias de divergencia (i.e. dos fósiles y una biogeográfica), y discutimos la correlación entre la edad de los clados y otros mayores eventos (e.g. geológicos, ecológicos). Encontramos que la familia Psocidae probablemente divergió durante la transición Mesozoico-Paleozoico. Además, las subsecuentes ramificaciones se los sub-linajes mayores ocurrió en un corto tiempo entre 68 y 77 My. Estas fechas también corresponden con los cambios de diversificación en múltiples linajes de angiospermas y el incremento en la temperatura global

Lista anotada de la herpetofauna del departamento del Quindío, Colombia

The increasing uncertainty about the conservation status of the different biological groups emphasizes the importance of concentrating efforts on gathering diversity records. In Colombia, biological explorations have revealed priority areas for conservation, but the lack of information about topics as species distribution, restricts both the emphasis and efficiency of conservation efforts. In particular, Quindío department represents an important area of faunal interest due to its geographical position and climatic conditions. However, still lacks of basic information for an comprehensive discussion of local diversity. This works aims to summarize the information on richness, geographic distribution and diversity of the herpetofauna in the department. Published information from different bibliographic resources indicates that about 108 species of amphibians and reptiles (48 and 57 spp. respectively) coexist within the political boundaries. Among these, the genus Anolis and Pristimantis recorded the highest species diversity. Despite the reduced department’s size, the species that have been recorded exhibit remarkable ecological importance and also act as a reservoir of diversity regarding surrounding areas.La creciente incertidumbre sobre el estado de conservación de los diferentes grupos biológicos resalta laimportancia de trabajos enfocados en la recopilación de registros de diversidad. Para Colombia, la exploraciónbiológica ha implicado el descubrimiento de zonas prioritarias de conservación, pero la falta de informaciónsobre aspectos como la distribución de las especies, limita tanto el énfasis como la efectividad en los esfuerzosde conservación. En particular, el departamento del Quindío representa un área de interés faunístico importantepor su posición geográfica y características climáticas. Sin embargo, carece de información base para unadiscusión inclusiva de la diversidad local. El presente trabajo recopila información bibliográfica sobre lariqueza, distribución y diversidad de anfibios en el departamento. La información publicada en diferentesfuentes bibliográficas indica que cerca de 105 especies de anfibios y reptiles (48 y 57 respectivamente) coexistendentro de los límites políticos del departamento. Entre estas, los géneros Anolis y Pristimantis representan lamayor diversidad de especies. A pesar de su extensión política, las especies que allí han sido registradaspresentan una importancia ecológica y actúan, además, como un reservorio de diversidad en relación a otraszonas

Use of microhabit by anurans in an intervened dry forest fragment of the Magdalena medio area in Guarinocito, Caldas

Se compararon los ensamblajes de anuros de tres hábitats (bosque, lago y cantera) con diferente grado de perturbación antrópica presentes en un fragmento de bosque seco en la hacienda La Española, corregimiento de Guarinocito, Caldas. Se realizaron muestreos de recorridos extensivos usando el método de registro por relevamiento por encuentros visuales (REV), a partir de los cuales se registró la abundancia y uso del microhábitat para cada una de las especies dentro de los diferentes hábitats, y se realizó el registro de variables ambientales descriptoras del sitio de muestreo, tales como temperatura, humedad relativa y perímetro de espejos de agua. Se encontraron 13 especies de anuros, entre las cuales Engystomops pustulosus registró la mayor abundancia relativa, con una tasa de captura de 5,16 individuos por hora. Se registraron diferencias significativas en la diversidad entre los hábitats de estudio, siendo menor en el bosque, en donde hubo menor riqueza, pero mayor dominancia. La tasa de recambio de especies entre hábitats fue del 71%, exhibiendo Lago y Cantera la mayor similitud en composición de la anurofauna. El uso de sustrato por parte de cada especie en los diferentes hábitats registró diferencias significativas (X², p<0,05) y solo dos especies (Leptodactylus fragilis y L. colombiensis) presentaron alta variabilidad en los sustratos usados.The anuran assemblages in three habitats (forest, lake and quarry) with different degrees of human disturbance present in a dry forest fragment in the Farm La Española, Guarinocito, Caldas, were compared. Extensive routes samplings were conducted using visual encounter surveys (VES), from which abundance and microhabitat use were recorded for each one of the species within the different habitats, and the record of environmental variables describing the sampling area such as temperature, relative humidity, and water ponds perimeter, was carried out. A total of 13 anurans species were found, among which Engystomops pustulosus recorded the most relative abundance with a catch rate of 5.16 individuals per hour. Significant differences were found in diversity between the studied habitats being lower in the forest where there were lower richness but better dominance. The rate of replacement of species between habitats was 71%, showing pond and quarry the greater similarity in anurofauna composition. The use of substrate by each species was different between habitats (X², p<0.05) and only two species (Leptodactylus fragilis and L. colombiensis) showed high variability in the modified habitats

Manejo Multidisciplinario del Adenocarcinoma de Páncreas: Guía de Práctica Clínica AUNA

Introduction: This article provides recommendations for the Multidisciplinary Management of Pancreatic Adenocarcinoma in the RED AUNA. Methods: A systematic search of clinical practice guidelines (CPG) similar to topics of interest was developed, it was assessed with the AGREE II instrument, a list of questions was elaborated under the PICO structure, a de novo search was carried out prioritizing reviews systematic with or without meta-analysis, followed by primary studies, the elaboration of the evidence tables and the evaluation of the global quality for the outcomes of the clinical questions was carried out following the GRADE methodology. Results: 5 PICO questions corresponding to initial management and systemic management were formulated with 18 recommendations regarding the most effective method for pathological diagnosis, biliary drainage and the most effective and safe systemic treatment in the neoadjuvant, adjuvant and metastatic setting. Conclusions: This article summarizes the methodology and evidence-based recommendations of the CPG for the multidisciplinary management of pancreatic adenocarcinoma of the AUNA Clinic Network.Introducción: Este artículo brinda recomendaciones para el Manejo Multidisciplinario del Adenocarcinoma de Páncreas en la RED AUNA. Métodos: Se desarrolló una búsqueda sistemática de guías de práctica clínica (GPC) similares al tópico de interés, se valoró con el instrumento AGREE II, se elaboró un listado de preguntas bajo la estructura PICO, se realizó una búsqueda de novo priorizando revisiones sistemáticas con o sin meta-análisis, seguida de estudios primarios, la elaboración de las tablas de evidencia y la evaluación de la calidad global para los desenlaces de las preguntas clínicas se realizó siguiendo la metodología GRADE. Resultados: Se formularon 5 preguntas PICO correspondientes al manejo inicial y manejo sistémico con 18 recomendaciones respecto al método más efectivo para el diagnóstico patológico, el drenaje biliar y el tratamiento sistémico más efectivo y seguro en el escenario neoadyuvante, adyuvante y metastásico. Conclusiones: El presente artículo resume la metodología y las recomendaciones basadas en evidencia de la GPC para el manejo multidisciplinario del Adenocarcinoma de páncreas de la Red de Clínicas AUNA

Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

The phruta r package: Increasing access, reproducibility and transparency in phylogenetic analyses

Abstract Current practices for assembling phylogenetic trees often recur to sequence data stored in GenBank. However, the molecular and taxonomic make‐up of sequences deposited in GenBank is generally not very clear. phruta, a newly developed r package, is designed to primarily improve access to genetic data stored in GenBank. Functions in phruta further enable users to assemble single‐ and multi‐gene molecular datasets, and run basic phylogenetic tasks, all within r. The structure of the functions implemented in phruta aim to allow users to assemble simple workflows for particular tasks, which are in turn expected to increase reproducibility of relatively simple phylogenies. To support the use of phruta by researchers in different fields with variable levels of coding expertise, this paper presents the first version of salphycon, a shiny web app that aims to increase access to the fundamental functions in the phruta r package

P-valores, α y β : ¿Cuantos nos equivocamos en biología?.

Encontrar un p-valor inferior a 0.05 no solo significa la descripción de un patrón “significativo” o no aleatorio (…y la culminación exitosa de muchos trabajos de investigación), implica en principio aceptar un 5% de falsos positivos, pero más aún, errar al menos un 30% de las veces en las conclusiones que de los análisis derivan. Desde el desarrollo de la teoría tras los valores p por Ronald Fisher y su aplicación en pruebas de hipótesis, a cargo de Jerzy Neyman y Egon Pearson, la popularidad creciente de la utilidad de estos métodos cuantitativos para soportar ó refutar hipótesis, ha hecho poco conspicuos los notables problemas en los cuales se incurre durante uso. El valor p ha sido usualmente definido como “la probabilidad de hallar un efecto tan o más extremos que el observado, asumiendo como verdadera la hipótesis nula (Ho: no efecto)”. Es decir, representa una medida de la intensidad de la evidencia en contra de la hipótesis nula sin dar indicio alguno sobre Ha

Aspectos taxonómicos, sistémicos y macroevolutivos de Psocidae (psocodea: 'psocoptera') [recurso electrónico]

Psocidae es actualmente considerada la familia de psocopteros mas diversificada, agrupando aproximadamente 900 especies en cerca de 80 géneros. Históricamente, la investigación en este linaje ha sido principalmente en el ámbito taxonómico, dejando a un lado discusiones en un contexto sistemático filogenético que impide verificar la pertinencia de los clados propuestos inicialmente. En el marco del presente trabajo (i) se describieron once especies y dos géneros nuevos para la ciencia, (ii) se revisaron características taxonómicas de la familia, (iii) se realizaron reconstrucciones filogenéticas con marco temporal absoluto y (iv) se analizó la diversidad macroevolutiva del linaje en el tiempo. El ancestro com´un m´as reciente de la familia probablemente ocurrió hace ca. 55 Ma y los grupos mayores de Psocidae divergieron subsecuentemente en un intervalo temporal estrecho durante el Paleógeno. La evolución morfólica dentro de la familia no se correlaciona de forma directa con la molecular; aunque existen cambios notables en la forma general (eg. Thyrsophorini y Ptyctini), todos los linajes han permanecido en una única tasa promedio de evolución de acuerdo al esquema molecular (sin implicar constancia evolutiva). Por ´ultimo, aunque hay una complementariedad taxonómica-filogenética existen agrupamientos homoplasicos consecuencia de evolución convergente en linajes de Psocidae. Especial atención debe ser prestada a la sistemática de grupos mayores altamente diversificados y no naturales como Psocinae: Ptyctini, pero también, la discusión de los aspectos taxonómicos en los linajes de Psocidae deben ser realizados con base en comparaciones generales con respecto a los demás taxones de la familia

¿Conservan las áreas protegidas la biodiversidad en Colombia?.

La biodiversidad es importante por constituir el sostén de una gran variedad de servicios ambientales de los cuales han dependido siempre las sociedades humanas (Correa, 2011). Colombia es uno de los países reconocidos por su alta diversidad y nombrado como Megadiverso junto a Argentina, Bolivia, Brasil, China, Costa Rica, Ecuador, India, Indonesia, Kenia, México, Perú, Sudáfrica y Venezuela (Sarukhan and Dirzo, 2001). La mayoría de estos países se indican como potencialmente afectados por gran variedad de efectos antrópicos que ponen en duda la continuidad temporal de muchas de las especies dentro sus límites políticos (Eken et al., 2004). En el país, los estudios enfocados en el análisis de las áreas con prioridades de conservación se han limitado básicamente a esfuerzos de organizaciones internacionales, pero también, a algunos análisis recientes que han sido empleados como una crítica ante la falta de complementariedad entre las distribuciones de especies endémicas y/o amenazadas con respecto a las áreas protegidas (Terborgh and Winter, 1983; Campuzano, 2000; Young et al., 2009; Correa, 2011; Londoño-Murcia and Sánchez-Cordero, 2011)

Geographical context of forgotten amphibians: Colombian "Data Deficient species" sensu IUCN

Whereas more than 10% of global amphibian richness is known to occur in Colombia, almost 16% of these species are currently classified as Data Deficient according to the IUCN. These estimates suggest that the available data for a large portion of amphibians occurring in Colombia is insufficient to assess extinction risk. Here we aim to (1) review the available information on the distribution of the Colombian Data Deficient (DD hereafter) amphibians, (2) analyze their geographic distribution, and (3) evaluate the relationship between anthropogenic impact and their current conservation status. For this, we first compiled geographical records for the DD amphibian species using primary sources. Geographical records were obtained mainly from taxonomic descriptions and non-systematic surveys. We then estimated the geographical range and inferred the potential distribution for each species using letsR and MaxEnt, respectively. We quantified the human footprint for each species and tested the relationship between spatial distribution and anthropogenic change across populations. Analyses are here based on 128 of the 129 DD amphibian species that occur in Colombia. We found that most of these species were recently described and have small geographic ranges. A large proportion of these DD amphibians inhabit the Colombian Andes, and their populations have been strongly affected by human activities. Overall, the spatial clustering suggests that many of these species have faced similar environmental and anthropogenic pressures that have contributed to their rareness. We also suggest that the conservation status for several of the analyzed DD amphibians should be changed to account for the threats they face.University of Arizona; Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)Open access journalThis item from the UA Faculty Publications collection is made available by the University of Arizona with support from the University of Arizona Libraries. If you have questions, please contact us at [email protected]