Dynamic relocalization of hOGG1 during the cell cycle is disrupted in cells harbouring the hOGG1-Cys(326) polymorphic variant

Numerous lines of evidence support the role of oxidative stress in different types of cancer. A major DNA lesion, 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoG), is formed by reactive oxygen species in the genome under physiological conditions. 8-OxoG is strongly mutagenic, generating G·C→T·A transversions, a frequent somatic mutation in cancers. hOGG1 was cloned as a gene encoding a DNA glycosylase that specifically recognizes and removes 8-oxoG from 8-oxoG:C base pairs and suppresses G·C→T·A transversions. In this study, we investigated the subcellular localization and expression of hOGG1 during the cell cycle. Northern blots showed cell-cycle-dependent mRNA expression of the two major hOGG1 isoforms. By using a cell line constitutively expressing hOGG1 fused to enhanced green fluorescence protein (EGFP), we observed a dynamic relocalization of EGFP-hOGG1 to the nucleoli during the S-phase of the cell cycle, and this localization was shown to be linked to transcription. A C/G change that results in an amino acid substitution from serine to cysteine in codon 326 has been reported as a genetic polymorphism and a risk allele for a variety of cancers. We investigated the cellular localization of the corresponding protein, hOGG1-Cys(326), fused to EGFP and observed a dramatic effect on its localization that is explained by a change in the phosphorylation status of hOGG1

Hippocampal Adult Neurogenesis Is Maintained by Neil3-Dependent Repair of Oxidative DNA Lesions in Neural Progenitor Cells

SummaryAccumulation of oxidative DNA damage has been proposed as a potential cause of age-related cognitive decline. The major pathway for removal of oxidative DNA base lesions is base excision repair, which is initiated by DNA glycosylases. In mice, Neil3 is the main DNA glycosylase for repair of hydantoin lesions in single-stranded DNA of neural stem/progenitor cells, promoting neurogenesis. Adult neurogenesis is crucial for maintenance of hippocampus-dependent functions involved in behavior. Herein, behavioral studies reveal learning and memory deficits and reduced anxiety-like behavior in Neil3−/− mice. Neural stem/progenitor cells from aged Neil3−/− mice show impaired proliferative capacity and reduced DNA repair activity. Furthermore, hippocampal neurons in Neil3−/− mice display synaptic irregularities. It appears that Neil3-dependent repair of oxidative DNA damage in neural stem/progenitor cells is required for maintenance of adult neurogenesis to counteract the age-associated deterioration of cognitive performance

A new blood based epigenetic age predictor for adolescents and young adults

Children have special rights for protection compared to adults in our society. However, more than 1/4 of children globally have no documentation of their date of birth. Hence, there is a pressing need to develop biological methods for chronological age prediction, robust to differences in genetics, psychosocial events and physical living conditions. At present, DNA methylation is the most promising biological biomarker applied for age assessment. The human genome contains around 28 million DNA methylation sites, many of which change with age. Several epigenetic clocks accurately predict chronological age using methylation levels at age associated GpG-sites. However, variation in DNA methylation increases with age, and there is no epigenetic clock specifically designed for adolescents and young adults. Here we present a novel age Predictor for Adolescents and Young Adults (PAYA), using 267 CpG methylation sites to assess the chronological age of adolescents and young adults. We compared different preprocessing approaches and investigated the effect on prediction performance of the epigenetic clock. We evaluated performance using an independent validation data set consisting of 18-year-old individuals, where we obtained a median absolute deviation of just below 0.7 years. This tool may be helpful in age assessment of adolescents and young adults. However, there is a need to investigate the robustness of the age predictor across geographical and disease populations as well as environmental effects.publishedVersionPeer reviewe

Age estimation by ossification stages of the medial clavicular epiphysis: a systematic review

Introduction Every year, young asylum seekers come to Norway without legal documentation of their chronological age. To ensure that children receive their entitled rights and that adults are not treated as children, it is necessary to estimate their chronological age. Assessments of hand-wrist and third molar teeth using radiographs have been used for age estimation in Norway for years. We have previously published systematic reviews assessing age distribution using radiographs based on the Greulich & Pyle atlas for hand-wrist skeleton, the Demirjian’s stages for the third molar teeth, CT and MRI for medial clavicular, knee and ankle ossification. Here we present a systematic review to evaluate the use of psychological tests for age estimation in adolescents and young adults. Method We conducted a search for studies in the Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL), MEDLINE, Embase, Google Scholar, PROSPERO and Epistemonikos in May 2018. All available studies that have assessed the psychological maturity for age estimation in people between 10 and 25 years old could be included, regardless of language and study design. Each reference was screened by two authors independently. Studies that were read in full-text but were excluded are listed in a table with the corresponding reason for exclusion. Results We found 3325 titles and abstracts for screening. We considered seven references as potentially relevant and read them in full-text. However, none of the references met our inclusion criteria. Discussion Several psychological methods have been found to be researched in connection with chronological age, but we did not find any direct measure of using these methods for age estimation. Conclusion We have conducted a systematic review to collect evidence of using psychological tests for chronological age estimation in adolescents and young adults. Our systematic literature search did not find any relevant studies that met the research question and the inclusion criteria. There is a lack of research evidence on the application and validity of using psychological test for chronological age estimation in adolescents and young adults

Samsvar mellom kronologisk alder og skjelettalder basert på Greulich og Pyle-atlaset for aldersestimering: en systematisk oversikt

Innledning Hvert år kommer det unge asylsøkere til Norge som ikke vet hvor gamle de er eller ikke kan dokumentere dette. For å sikre at barn får de rettigheter de har krav på og at voksne ikke blir behandlet som barn, er det nødvendig å fastsette en kronologisk alder. I Norge har det i flere år vært benyttet evaluering av modning av skjelett i hånd og av tannutvikling for å estimere alder på asylsøkere hvor det foreligger tvil. Disse metodene har i stor grad blitt kritisert for ikke å være presise, men per dags dato er det ikke funnet bedre metoder. I 2016 fikk Folkehelseinstituttet et nasjonalt fagansvar for å evaluere og forbedre metodene (fra 1.1. 2017 overført med Avdeling for Rettsmedisinske fag til Oslo universitetssykehus). Den rettsmedisinske faggruppen har i samarbeid med Kunnskapssenteret for helsetjenesten i Folkehelseinstituttet gjennomført en systematisk kartlegging av det vitenskapelige grunnlaget for flere metoder som benyttes til medisinske aldersvurderinger. Formålet med denne systematiske oversikten er å sammenfatte den forskningsbaserte dokumentasjonen om samsvaret mellom kronologisk alder og skjelettalder basert på modningsstadier fra Greulich og Pyle-atlaset (GP skjelettalder), og eventuelt å belyse variasjoner mellom ulike populasjoner. Siden Greulich og Pyle-atlaset er den mest anvendte metoden for estimering av kronologisk alder basert på håndrøntgen, valgte vi å fokusere analysen på dette systemet. Parallelt har vi også gjennomført en systematisk oversikt på aldersestimering med Demirjians utviklingsstadier av visdomstenner. Metode Vi søkte etter studier i Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL), MEDLINE, Embase og Google Scholar. Søket ble avsluttet mai 2016. Det ble utført ett felles søk for studier som benyttet røntgen av tenner eller hånd, samt CT eller MR av krageben, kne og ankel til aldersvurdering for barn og unge mellom 10 og 25 år. Søket for studier som benyttet Greulich og Pyle-atlaset på håndrøntgen ble oppdatert i januar 2017. To personer leste uavhengig av hverandre tittel og sammendrag for 10640 referanser. Av disse fant vi 658 publikasjoner som kunne være relevante for aldersestimering basert på håndrøntgen. To personer vurderte disse uavhengig av hverandre i fulltekst. Vi inkluderte 17 studier som har estimert alder basert på Greulich og Pyle-atlaset og samtidig har oppgitt data for hvert kronologiske år. Vi har inkludert to ulike måter å fremstille dataene på (i denne rapporten kalt fremstilling A og B). Begge metodene forutsetter en kjent kronologisk alder og en observert skjelettalder: A) tar utgangspunkt i kronologisk alder og fremstiller gjennomsnittlig forskjell mellom kronologisk alder og GP skjelettalder basert på modningsstadier i Greulich og Pyle atlaset for aldersgrupper separat (ikke slått sammen aldre i mer enn årlige intervaller). B) tar utgangspunkt i skjelettalder og fremstiller gjennomsnittlig kronologisk alder fra GP skjelettalder i Greulich og Pyle-atlaset. To personer vurderte uavhengig av hverandre risiko for systematiske skjevheter i de inkluderte studiene ved QUADAS-2 sjekklisten for å vurdere kvaliteten av studier av diagnostisk nøyaktighet. Resultat Vi fant 17 studier som hadde sammenlignet kronologisk alder med GP skjelettalder basert på håndrøntgen og GP-atlaset. Studiene inkluderte fra 68 til 2614 personer med kjent kronologisk alder. Alle unntatt én studie inkluderte både gutter og jenter. Det var tre studier fra Tyrkia, fire studier fra India, og én studie hver fra henholdsvis Canada, Frankrike, Italia, Iran, Kina, Nederland, Spania, Taiwan, Pakistan og USA. Vi vurderte at flertallet av studiene hadde enten lav eller uklar risiko for systematiske skjevheter basert på QUADAS sjekklisten. Ett unntak var studiene med fremstilling B, hvor tre av fire studier hadde resultater med høy risiko for en spesiell form for seleksjonsskjevhet kalt aldersmimikering. Det klare flertall av studiene har oppgitt resultatene som gjennomsnittlig forskjell mellom kronologisk alder og GP skjelettalder for aldersgrupper basert på modningsstadier i Greulich og Pyle-atlaset (fremstilling A). Analysen viser at variasjonen mellom studiene var større enn man kan forvente ved tilfeldighet, men samtidig var det relativt moderate variasjoner mellom studier fra ulike deler av verden. Det var sjelden at differansen mellom GP skjelettalder og kronologisk alder oversteg ett år i gjennomsnitt for en gruppe. Fire studier, inkludert to vi analyserte basert på forfatternes rådata, fremstilte resultatene som gjennomsnittlig kronologisk alder i modningsstadier fra Greulich og Pyle-atlaset (fremstilling B). Vi fant at resultatene fra tre av disse studiene i høy grad var påvirket av alderssammensetningen av testpersonene. Denne skjevheten er tidligere beskrevet som aldersmimikering (engelsk: age mimicry). Aldersmimikering fører til at gjennomsnittsalder for hvert utviklingsstadium preges av alderssammensetningen i den inkluderte studiepopulasjonen. Kun én av de fire studiene med denne fremstillingsmåten hadde en stor inkludert populasjon som var relativt jevnt fordelt på alder: Chaumoitre 2016. Resultatene fra denne, som er en forholdsvis stor studie på en multietnisk populasjon i Marseille (Frankrike), fant at differensen mellom GP skjelettalderen på bildene i atlaset (modningsstadiene) aldri var større enn 0,5 år fra gjennomsnittet i kronologisk alder. Chaumoitre 2016 anga et pålitelig estimat for variasjonen i alder for denne populasjonen dersom man skal bruke atlaset til estimering av kronologisk alder. Basert på denne studien varierte bredden på 95 % prediksjonsintervaller for aldrene 10-19 år for gutter fra 4,0 år til 5,9 år. Diskusjon Vi inkluderte studier med to ulike måter å fremstille resultatene på (fremstilling A og B). Flest studier presenterte funnene som gjennomsnittlig forskjell mellom kronologisk alder og GP skjelettalder for separate aldersgrupper basert på årskull (fremstilling A). Denne analysemetoden gir samlede resultater for GP skjelettalderen til en gruppe individer av ett årskull (for eksempel alle gutter som er 14 år). Fremstillingen reflekterer at Greulich og Pyle-atlaset opprinnelig er utviklet for å beskrive barns normale skjelettmodning. Flere av de inkluderte studiene hadde som mål å utvikle nasjonale referansestandarder. Vi har oppsummert disse studiene, og funnet at samsvaret mellom GP skjelettalder og kronologisk alder i snitt er relativt godt, selv om visse aldersgrupper i enkeltstudier kan ha en gjennomsnittsforskjell på over ett år. Disse studiene viser at Greulich og Pyle-atlaset, som er utviklet basert på røntgenbilder av barn tatt på 1930-tallet, fremdeles beskriver normal skjelettutvikling relativt godt i ulike populasjoner som er undersøkt de siste 10-15 årene. Imidlertid kan ikke standardavvikene som viser hvordan GP skjelettalder fordeler seg fra kjent alder legges til grunn for prediksjonsintervall hvis Greulich og Pyle-atlaset skal brukes til å estimere kronologisk alder (det vil si et «omvendt» scenario). Analyser av hvordan kronologisk alder fordeler seg fra GP skjelettalder (fremstilling B) er mest egnet for å anslå usikkerheten når Greulich og Pyle-atlaset benyttes til kronologisk aldersestimering. Disse studiene må imidlertid ha en studiepopulasjon som er jevnt fordelt på alder, og sørge for at nedre og øvre aldersgrense ikke settes henholdsvis for høyt eller for lavt. For at resultatene skal bli så riktige som mulig må den inkluderte populasjonen være tilstrekkelig stor, ha tilstrekkelig mange og omtrent like mange individer i hvert alderstrinn samt dekke hele den forventede aldersspredningen for de stadiene man ønsker å undersøke. Hvis ikke kan studien bli preget av fenomenet aldersmimikering, og resultatene blir upålitelige.Vi vurderte at kun én studie unngikk dette og hadde tilstrekkelig godt studiedesign til å gi en mer korrekt skildring av hvordan kronologisk alder fordeler seg fra skjelettalderen: Chaumoitre 2016. Først når det finnes flere tilsvarende studier er det mulig å vurdere metodens pålitelighet på tvers av studier, regioner og etnisiteter. En alternativ løsning er et prosjekt der man samler inn grunndata der observasjonene av kronologisk alder og modningsstadium er angitt per individ. Tilgangen på slike rådata vil også gi mulighet til å statistisk modellere dataene slik at effekten av aldersmimikering minimeres også i datasett med en ujevn aldersfordeling. Konklusjon Vi har oppsummert studiene som fremstiller GP skjelettalder fra kjent kronologisk alder, og funnet at samsvaret mellom GP skjelettalder og kronologisk alder i snitt er relativt godt, selv om visse aldersgrupper i enkeltstudier kan ha en gjennomsnittsforskjell på over ett år. Disse studiene kan ikke legges til grunn når Greulich og Pyle skal brukes til å estimere kronologisk alder. Studiene som viser hvordan kronologisk alder fordeler seg fra GP skjelettaldrene (modningsstadiene) illustrerer direkte med hvilken usikkerhet Greulich og Pyle-atlaset estimerer kronologisk alder for en populasjon. Vi fant kun én studie med fremstilling B som hadde et pålitelig studiedesign: Chaumoitre 2016. Denne studien viste at for den inkluderte populasjonen vil 95 % prediksjonsintervall være på det minste 4 år bredt og på det meste 5,9 år bredt for gutter mellom 10 og 19 år. Dette gir et inntrykk av hvor stor variasjonen kan være når metoden tas i bruk på en gitt populasjon. For å utforske usikkerheten for Greulich og Pyle-atlaset til å estimere kronologisk alder for andre populasjoner trengs det flere studier med tilsvarende studiedesign som Chaumoitre 2016. En alternativ løsning dersom grunndata hadde vært tilgjengelig, er å anvende andre statistiske metoder for å unngå aldersmimikering av resultatene

No cancer predisposition or increased spontaneous mutation frequencies in NEIL DNA glycosylases-deficient mice

publishedVersio

No cancer predisposition or increased spontaneous mutation frequencies in NEIL DNA glycosylases-deficient mice

Base excision repair (BER) is a major pathway for removal of DNA base lesions and maintenance of genomic stability, which is essential in cancer prevention. DNA glycosylases recognize and remove specific lesions in the first step of BER. The existence of a number of these enzymes with overlapping substrate specificities has been thought to be the reason why single knock-out models of individual DNA glycosylases are not cancer prone. In this work we have characterized DNA glycosylases NEIL1 and NEIL2 (Neil1−/−/Neil2−/−) double and NEIL1, NEIL2 and NEIL3 (Neil1−/−/Neil2−/−/Neil3−/−) triple knock-out mouse models. Unexpectedly, our results show that these mice are not prone to cancer and have no elevated mutation frequencies under normal physiological conditions. Moreover, telomere length is not affected and there was no accumulation of oxidative DNA damage compared to wild-type mice. These results strengthen the hypothesis that the NEIL enzymes are not simply back-up enzymes for each other but enzymes that have distinct functions beyond canonical repair