Tuberculosis determined by Mycobacterium bovis in captive waterbucks (Kobus ellipsiprymnus) in São Paulo, Brazil

Two waterbucks from São Paulo Zoo Foundation exhibited respiratory symptoms in July 2004. After euthanasia, granulommas in lungs and mediastinic lymph nodes were observed. Acid-fast bacilli isolated were identified as Mycobacterium bovis spoligotype SB0121 by PRA and spoligotyping. They were born and kept in the same enclosure with the same group, without any contact to other species housed in the zoo. This is the first detailed description of M. bovis infection in Kobus ellipsiprymnus.FAPES

Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis

Group A Rotavirus (RVA) is one of the most common causes of diarrhea in humans and several animal species. A SYBR-Green Real-Time polymerase chain reaction (PCR) was developed to diagnose RVA from porcine fecal samples, targeting amplification of a 137-bp fragment of nonstructural protein 5 (NSP5) gene using mRNA of bovine NADH-desidrogenase-5 as exogenous internal control. Sixty-five samples were tested (25 tested positive for conventional PCR and genetic sequencing). The overall agreement (kappa) was 0.843, indicating 'very good' concordance between tests, presenting 100% of relative sensitivity (25+ Real Time PCR/25+ Conventional PCR) and 87.5% of relative sensitivity (35- Real Time PCR/40- Conventional PCR). The results also demonstrated high intra- and inter-assay reproducibility (coefficient of variation ≤1.42%); thus, this method proved to be a fast and sensitive approach for the diagnosis of RVA in pigs

OTIMIZAÇÃO DO ISOLAMENTO DE ROTAVÍRUS ANIMAIS EM CULTURA DE CÉLULAS DA LINHAGEM MA104 USANDO DIFERENTES CONCENTRAÇÕES DE TRIPSINA

Rotavirus is one of the most important etiological agents in infant gastroenteritis and diarrhea in neonatal animals. The purpose of this study was the optimization of isolation of rotaviruses in MA104 (fetal kidney Rhesus monkey) cells by the comparison of culture, taking into account the number of samples, different treatments with trypsin, number of serial passages, and positivity by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). Twenty diarrheic fecal samples of calves and piglets from São Paulo, State, Brazil, all positive for rotavirus in ELISA and PAGE, were submitted to four isolation protocols: in treatment 1, the inoculum was left on the monolayer and the maintenance medium was trypsin-free; treatment 2 was the same as treatment 1 except that the inoculum was discarded; in treatment 3 the inoculum was left on the monolayer and the maintenance medium had 5 µg/mL of trypsin; treatment 4 was the same as the monolayer treatment 3, except that the maintenance medium had 10 µg/mL of trypsin. Fifteen samples were successfully isolated, representing an efficacy of 75% (15/20). Treatment 3 was the most suitable because the lower number of serial passages and lower cytotoxity to the cells, with statistical significance (p < 0.001) using Freedman's and Wilcoxon's tests.Os rotavírus são importantes agentes virais envolvidos nas gastroenterite infantil e da diarréia dos animais neonatos. O objetivo deste trabalho foi otimizar o isolamento de rotavírus levando-se em conta o número de amostras, diferentes tratamentos com tripsina, número de passagens seriadas e monitoramento das mesmas através de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE). Foram utilizadas 20 amostras fecais diarréicas, positivas para rotavírus por meio de ELISA e PAGE, oriundas de bezerros e leitões, as quais foram submetidas a quatro protocolos usando tripsina. No tratamento 1 o inóculo foi mantido e o meio de manutenção não continha tripsina; no tratamento 2 o inóculo foi dispensado e o meio de manutenção sem tripsina; no tratamento 3 o inóculo foi mantido e o meio de manutenção continha tripsina na concentração de 5 µg/mL; no tratamento 4 o inóculo foi mantido e o meio de manutenção continha tripsina na concentração de 10 µg/mL. Todos os inóculos continham tripsina na concentração de 5 mg/mL. Dentre as amostras estudadas, 15 foram isoladas com sucesso, o que representa uma eficiência de 75% (15/20). Dentre os protocolos, o tratamento 3 foi o que apresentou melhor desempenho, considerando-se o número de passagens seriadas, a ausência de citotoxidade e significância estatística (p < 0,001), quando se aplicou o teste de Freedman e o teste de Wilcoxon.Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina Veterinária e ZootecniaInstituto Pasteur de São PauloUniversidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e VeterináriasUniversidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinária

Avaliação de diferentes protocolos de extração de DNA para detecção de Brucella abortus a partir de abortos ou de bezerros nascidos de vacas experimentalmente infectadas com estirpe 2308

The objective of the present study was to improve the detection of B. abortus by PCR in organs of aborted fetuses from infected cows, an important mechanism to find infected herds on the eradication phase of the program. So, different DNA extraction protocols were compared, focusing the PCR detection of B. abortus in clinical samples collected from aborted fetuses or calves born from cows challenged with the 2308 B. abortus strain. Therefore, two gold standard groups were built based on classical bacteriology, formed from: 32 lungs (17 positives), 26 spleens (11 positives), 23 livers (8 positives) and 22 bronchial lymph nodes (7 positives). All samples were submitted to three DNA extraction protocols, followed by the same amplification process with the primers B4 and B5. From the accumulated results for organ, the proportion of positives for the lungs was higher than the livers (p=0.04) or bronchial lymph nodes (p=0.004) and equal to the spleens (p=0.18). From the accumulated results for DNA extraction protocol, the proportion of positives for the Boom protocol was bigger than the PK (p<0.0001) and GT (p=0.0004). There was no difference between the PK and GT protocols (p=0.5). Some positive samples from the classical bacteriology were negative to the PCR and viceversa. Therefore, the best strategy for B. abortus detection in the organs of aborted fetuses or calves born from infected cows is the use, in parallel, of isolation by classical bacteriology and the PCR, with the DNA extraction performed by the Boom protocol.O objetivo do presente estudo foi aperfeiçoar a detecção de Brucella abortus pela PCR em homogeneizados de órgãos de fetos abortados por vacas infectadas, importante mecanismo para descobrir focos da doença na fase de erradicação. Assim, foram comparados diferentes protocolos de extração de DNA, visando à detecção de B. abortus pela PCR em amostras clínicas colhidas de abortos ou de bezerros oriundos de vacas desafiadas com a estirpe 2308 de B. abortus. Para tanto, foram construídos dois grupos padrão ouro com base na bacteriologia clássica, constituídos por: 32 pulmões (17 positivos), 26 baços (11 positivos), 23 fígados (8 positivos) e 22 linfonodos bronquiais (7 positivos). Todas essas amostras foram submetidas a três protocolos de extração de DNA, seguidos do mesmo processo de amplificação com os primers B4 e B5. Nos resultados acumulados por órgão, a proporção de positivos nos pulmões foi maior que a encontrada nos fígados (p=0,04) e nos linfonodos bronquiais (p=0,004), e igual a verificada nos baços (p=0,18). Nos resultados acumulados por método de extração de DNA, a proporção de positivos para o protocolo de Boom foi maior que a verificada para o PK (p<0,0001) e GT (p=0,0004). Não houve diferença entre os protocolos PK e GT (p=0,5). Algumas amostras positivas ao isolamento foram negativas à PCR e vice-versa. Assim, a melhor estratégia para se pesquisar B. abortus em tecidos de fetos abortados ou de bezerros nascidos de vacas infectadas é a utilização, em paralelo, do isolamento e da PCR, com extração do DNA pelo método do Boom.FAPES