Characterization of Escherichia coli Carrying mcr-1-Plasmids Recovered From Food Animals From Argentina

In this study, we found mcr-1.1 and mcr-1.5 genes carried by IncI2 plasmids in a subset of Escherichia coli isolates recovered from commercial broiler farms in Argentina. The comparative analysis of the sequences of these plasmids with those described in human clinical isolates suggests that this replicon-type is one of the main mcr-disseminator sources in Argentina

Interspecies DNA acquisition by a naturally competent Acinetobacter baumannii strain

The human pathogen Acinetobacter baumannii possesses high genetic plasticity and frequently acquires antimicrobial resistance genes. Here we investigated the role of natural transformation in these processes. Genomic DNA from different sources, including from carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains, was mixed with A. baumannii A118 cells. Selected transformants were analysed by whole-genome sequencing. In addition, bioinformatics analyses and in silico gene flow prediction were also performed to support the experimental results. Transformant strains included some that became resistant to carbapenems or changed their antimicrobial susceptibility profile. Foreign DNA acquisition was confirmed by whole-genome analysis. The acquired DNA most frequently identified corresponded to mobile genetic elements, antimicrobial resistance genes and operons involved in metabolism. Bioinformatics analyses and in silico gene flow prediction showed continued exchange of genetic material between A. baumannii and K. pneumoniae when they share the same habitat. Natural transformation plays an important role in the plasticity of A. baumannii and concomitantly in the emergence of multidrug-resistant strains.Fil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Place, Kori. California State University; Estados UnidosFil: Dotto, Cristian Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernandez, Jennifer. California State University; Estados UnidosFil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Bahiense, Camila dos Santos. California State University; Estados UnidosFil: Soler Bistue, Alfonso J. C.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Iriarte, Andres. Universidad de la Republica. Facultad de Medicina; UruguayFil: Perez, Federico. Louis Stokes Cleveland Department Of Veterans Affairs; Estados UnidosFil: Tolmasky, Marcelo E.. California State University; Estados UnidosFil: Bonomo, Robert A.. Louis Stokes Cleveland Department Of Veterans Affairs; Estados UnidosFil: Melano, Roberto Gustavo. Public Health Ontario Laboratories; CanadáFil: Ramirez, Maria Soledad. California State University; Estados Unido

Whole-Genome Sequencing Applied to the Molecular Epidemiology of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli O157:H7 in Argentina

Shiga toxin-producing Escherichia coli strains are worldwide associated with sporadic human infections and outbreaks. In this work, we report the availability of high-quality draft whole-genome sequences for 19 O157:H7 strains isolated in Argentina.Fil: Masana, Marcelo Oscar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Tecnología de Alimentos; Argentina.Fil: Carbonari, Claudia Carolina. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS ‘‘Dr. Carlos G. Malbrán’’. Servicio Fisiopatogenia; Argentina.Fil: Fittipaldi, Nahuel. Public Health Ontario. Toronto Laboratories; Canada. University of Toronto. Department of Laboratory Medicine and Pathobiology; Canada.Fil: Teatero, Sarah. Public Health Ontario. Toronto Laboratories; Canada.Fil: Athey, Taryn B. T. Public Health Ontario. Toronto Laboratories; Canada.Fil: Pianciola, Luis. Subsecretaría de Salud de Neuquén. Laboratorio Central; Argentina.Fil: Melano, Roberto G. Public Health Ontario. Toronto Laboratories; Canada. University of Toronto. Department of Laboratory Medicine and Pathobiology; Canada.Fil: Rivas, Marta. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS ‘‘Dr. Carlos G. Malbrán’’. Servicio Fisiopatogenia; Argentina.Fil: Chinen, Isabel. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS ‘‘Dr. Carlos G. Malbrán’’. Servicio Fisiopatogenia; Argentina

Characterization of a multidrug resistant Citrobacter amalonaticus clinical isolate harboring blaNDM-1 and mcr-1.5 genes

A multidrug resistant isolate, identified as Citrobacter amalonaticus using MALDI-TOF MS and confirmed by genomic analysis, was recovered from a pediatric patient in a hospital from Buenos Aires, Argentina. By whole-genome sequencing a total of 16 resistance genes were detected, including blaNDM-1 and mcr-1.5. To the best of our knowledge this is the first description of these two genes together in a clinical isolate of the Citrobacter genus.Fil: Faccone, Diego Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Albornoz, Ezequiel Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Tijet, Nathalie. Public Health Ontario; CanadáFil: Biondi, Estefania. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Gómez, Sonia Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Pasteran, Fernando. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Vazquez, Miryam. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Melano, Roberto Gustavo. University of Toronto; Canadá. Public Health Ontario; CanadáFil: Corso, Alejandra. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; Argentin

Genomic analysis of two Acinetobacter baumannii strains belonging to two different sequence types (ST172 and ST25)

Objectives: Acinetobacter baumannii is an opportunistic nosocomial pathogen that is the main focus of attention in clinical settings owing to its intrinsic ability to persist in the hospital environment and its capacity to acquire determinants of resistance and virulence. Here we present the genomic sequencing, molecular characterisation and genomic comparison of two A. baumannii strains belonging to two different sequence types (STs), one sporadic and one widely distributed in our region. Methods: Whole-genome sequencing (WGS) of Ab42 and Ab376 was performed using Illumina MiSeq-I and the genomes were assembled with SPAdes. ARG-ANNOT, CARD-RGI, ISfinder, PHAST, PlasmidFinder, plasmidSPAdes and IslandViewer were used to analyse both genomes. Results: Genome analysis revealed that Ab42 belongs to ST172, an uncommon ST, whilst Ab376 belongs to ST25, a widely distributed ST. Molecular characterisation showed the presence of two antibiotic resistance genes in Ab42 and nine in Ab376. No insertion sequences were detected in Ab42, however 22 were detected in Ab376. Moreover, two prophages were found in Ab42 and three in Ab376. In addition, a CRISPR-cas type I-Fb and two plasmids, one of which harboured an AbGRI1-like island, were found in Ab376. Conclusions: We present WGS analysis of twoA. baumannii strains belonging to two different STs. These findings allowed us to characterise a previously undescribed ST (ST172) and provide new insights to the widely studied ST25.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernandez, Jennifer. California State University; Estados UnidosFil: Traglia, German Matias. Universidad de la República. Facultad de Medicina; Uruguay. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sucari, Adriana. Laboratorio Stamboulian. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Pennini, Magdalena Ines. Laboratorio Stamboulian. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Iriarte, Andrés. Universidad de la República. Facultad de Medicina; UruguayFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Melano, Roberto Gustavo. Public Health Ontario. Public Health Ontario Laboratories Branch; CanadáFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. California State University; Estados Unido

Caracterización Genética de una Nueva ß-lactamasa Aislada de Vibrio cholerae no-O1, no-O139

Fil: Melano, Roberto. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio AntimicrobianosFil: Petroni, Alejandro. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio AntimicrobianosEsta tesis para alcanzar el grado de magister en microbiología molecular ANLIS; UNSAM tiene como objetivos: Analizar la presencia de ß-lactamasas en los aislamientos de V. cholerae no- O1, no-O139 AMPNS e identificarlas; y caracterizar el mecanismo de resistencia a antibióticos ß-lactámicos de mayor prevalencia entre los aislamientos en estudio

Caracterización Genética de una Nueva ß-lactamasa Aislada de Vibrio cholerae no-O1, no-O139

Fil: Melano, Roberto. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio AntimicrobianosFil: Petroni, Alejandro. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio AntimicrobianosEsta tesis para alcanzar el grado de magister en microbiología molecular ANLIS; UNSAM tiene como objetivos: Analizar la presencia de ß-lactamasas en los aislamientos de V. cholerae no- O1, no-O139 AMPNS e identificarlas; y caracterizar el mecanismo de resistencia a antibióticos ß-lactámicos de mayor prevalencia entre los aislamientos en estudio

Simplified Protocol for Carba NP Test for Enhanced Detection of Carbapenemase Producers Directly from Bacterial Cultures

Fil: Pasteran, Fernando. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Tijet, Nathalie Public Health Ontario Laboratories (PHOL); Canada.Fil: Melano, Roberto. Public Health Ontario Laboratories (PHOL, Canada Department of Laboratory Medicine and Pathobiology, University of Toronto; Canada.Fil: Corso, Alejandra. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.We compared carbapenemase detection among 266 Gram-negative bacilli (161 carbapenemase producers) using the Carba NP tests issued by the CLSI (CNPt-CLSI) and a novel protocol (CNPt-direct) designed for carbapenemase detection direct from bacterial cultures (instead of bacterial extracts required by the CLSI tests). The specificities were comparable (100%), but the CNPt-direct was more sensitive (98% versus 84%). The CNPt-direct was easier to perform due to the direct use of colonies and offered a more robust detection of carbapenemase producers