Analysis of effectors of the Salmonella Typhimurium SPI‐2 type three secretion system

Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium), an intracellular pathogen, causes gastroenteritis in humans and a systemic disease in mice. The ability of Salmonella to replicate inside host cells requires translocation of effector proteins across the vacuolar membrane, mediated by the Salmonella pathogenicity island‐2 (SPI‐2) type three secretion system (T3SS). However, the repertoire of effectors involved in this process has not been defined. The first part of this PhD work focused on SrfJ, a putative effector of the SPI‐2 T3SS with similarity to human lysosomal glucosylceramidase. Expression of its gene was dependent on SsrA/B, a two‐component regulatory system required for expression of most SPI‐2 effector genes. Expression of srfJ was also shown to occur under SPI‐2 T3SS activation conditions. However, there was no detectable secretion or translocation of the protein, although a srfJ mutant strain had an intracellular replication defect in primary bone marrow‐derived macrophages. Using a dual‐fluorescence reporter system that allows direct measurement of intracellular replication, the contribution to replication of individual SPI‐2 T3SS effectors was investigated. The replication kinetics of S. Typhimurium deletion mutants for all known SPI‐2 effectors were measured and compared in mouse bone marrow‐derived macrophages. Several mutant strains with replication defects were identified, thereby revealing that intracellular replication is the result of the contribution of numerous effectors. Two S. Typhimurium polymutant strains were generated whose replication defects closely resemble that of a SPI‐2 T3SS null mutant and are severely attenuated in virulence in vivo. These strains retained an intact T3SS and delivered a CD8+ T cell epitope via the SPI‐2 T3SS into the cytoplasm of infected cells. Since an S. Typhi mutant strain lacking the SPI‐2 T3SS has been shown to be safe and immunogenic in humans, these polymutant strains could have applications in vaccine design, as carrier strains for the delivery of heterologous antigens

Hybrid sol–gel coatings for corrosion mitigation: a critical review

The corrosion process is a major source of metallic material degradation, particularly in aggressive environments, such as marine ones. Corrosion progression affects the service life of a given metallic structure, which may end in structural failure, leakage, product loss and environmental pollution linked to large financial costs. According to NACE, the annual cost of corrosion worldwide was estimated, in 2016, to be around 3%–4% of the world’s gross domestic product. Therefore, the use of methodologies for corrosion mitigation are extremely important. The approaches used can be passive or active. A passive approach is preventive and may be achieved by emplacing a barrier layer, such as a coating that hinders the contact of the metallic substrate with the aggressive environment. An active approach is generally employed when the corrosion is set in. That seeks to reduce the corrosion rate when the protective barrier is already damaged and the aggressive species (i.e., corrosive agents) are in contact with the metallic substrate. In this case, this is more a remediation methodology than a preventive action, such as the use of coatings. The sol-gel synthesis process, over the past few decades, gained remarkable importance in diverse areas of application. Sol–gel allows the combination of inorganic and organic materials in a single-phase and has led to the development of organic–inorganic hybrid (OIH) coatings for several applications, including for corrosion mitigation. This manuscript succinctly reviews the fundamentals of sol–gel concepts and the parameters that influence the processing techniques. The state-of-the-art of the OIH sol–gel coatings reported in the last few years for corrosion protection, are also assessed. Lastly, a brief perspective on the limitations, standing challenges and future perspectives of the field are critically discussed.Program Budget COMPETE—Operational Program Competitiveness and Internationalization—COMPETE 2020, and the Lisbon Regional Operational Program (its FEDER component), and by the budget of FCT Foundation for Science and Technology, I.P, grant number POCI-01-0145-FEDER-031220.The author acknowledges the financial support provided by the project “SolSensors—Development of Advanced Fiber Optic Sensors for Monitoring the Durability of Concrete Structures”, with reference POCI-01-0145-FEDER-031220 and the support of Centro de Química, CQUM, which is financed by national funds through the FCT Foundation for Science and Technology, I.P. under the project UID/QUI/00686/2019

Achilles and Ajax: the board game as Μίμησις Ἐρωτική

Οὐ ξυνιᾶσιν ὅκως διαφερόμενον ἑωυτῷ ὁμολογέει·παλίντροπος ἁρμονίη ὅκωσπερ τόξου καὶ λύρης, Time is a child at play, moving pieces in a board game; the kingly power is a child's (Heraclitus, DK 52). This fragment will be at the backdrop of my presentation, which centres on Greek vase’s depictions of Achilles playing a board game with Ajax. My aim is to show the emerging configurations of alterity and of τύχη in these depictions. For this end, I will demonstrate how history, literature and ancient philosophy combine in the pictorial compositions to display an autonomous discourse which is significant, especially when it is articulated with Heraclitus DK 52. Many depictions of the game between Achilles and Ajax exhibit the words τεσαρα and τρι[α] at the side of each hero’s mouth, respectively. The Iliad does not mention this heroic encounter. However, in Aristophanes comic play performed in 405 BC, at the Lenaia, one of the festivals in honour of Dionysus, the character playing the god says βέβληκ΄ Ἀχιλλεὺς δύο κύβω καὶ τέτταρα, “Achilles threw snake eyes and a four” (The Frogs, 1400). Additionally, a scholiast (fr. 342 apud Edmonds 1957:429) says that Achilles is “lost, ruined by two aces and a four.” In the figurations we will be examining, Dionysus and the god’s κόσμος are key to understanding them as an exercise, ἃσκησις, on time, on being and on being on time. Several elements in the compositions indicate this. The shields provide a powerful metaphor for alterity —as change during the process of being and as alteration from life to death— not only because they clothe and virtually protect the warrior, but also because they were useful to carry the fallen warrior off the battlefield. Not surprisingly, the shields are depicted with ctonic elements such as snakes, leopards and panthers. Gorgon’s figurations are also featured and play a central role in our subject as they reference death, the unthinkable, the unspoken, the sterility and the repulse. More significantly, they are positioned at the back of Ajax. All these achieves significant impact at the light of the vases in the National Museum of Denmark which depicts Ἒρωτες playing a board game like Achilles and Ajax but draws them between the handles of the cup and adds wide observing eyes that transmit the illusion of looking at the observer. More importantly, the Ἒρωτες gesticulate in a manner that evokes the verb ἀπαγοπεύω, which includes the meaning of renunciation. The pot in the British Museum (E10) complexifies this set of data, depicting the heroes in the same position as the Ἒρωτες. This is particularly significant because it is a vase painting convention to reserve the area under the handles to depict the dead or a battle scene for the retrieval of a body for burial proposes.The theme of Achilles and Ajax playing a dice game has been at the center of influential scholarly analysis in the past, remaining prolific today. Notwithstanding, this theme still has much to unfold, principally at an interdisciplinary level. For instance, although most scholars agree that such configuration pertains to the conjuncture of tyche, the sayings and the questions asked by pre-socratic thinkers are seldom considered in vase-painting discussions. Furthermore, the articulation between all the figured sides of a vase is rarely under scrutiny. In this paper, I offer a combinatory analysis encompassing Heraclitus fr. B 51 and 52 DK; Exekias’s amphora (Vatican 344) representing the heroes playing a tables game; and the Copenhagen National Museum’s kylix (AS-8353) depicting two daimones similarly occupied, between prophilactic eyes. I argue that these materials surface uniformity between them by emerging enigmas that pertain to sameness as alterity. I further claim that while the intertwinement between mankind and the cosmo seems evident as change,loss and inheritage under the action of eros, and tyche, solely the human (imperfect) feelings lead to responsibility.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Thai cultural standards from a Portuguese perspective

Hoje em dia, há cada vez mais indivíduos que abraçam oportunidades de trabalho no estrangeiro, o que significa que, a quantidade de interações entre pessoas de diferentes origens culturais continua a aumentar. A fim de alcançar o sucesso nestas relações, é crucial compreender os padrões culturais envolvidos para evitar erros de interpretação desnecessários. Como os povos português e tailandês não são exceções, o objetivo deste estudo é identificar as diferenças culturais que afetam o trabalho de portugueses na Tailândia. Para atingir esse fim, a metodologia utilizada, foi o Método dos Standards Culturais. Esta ferramenta baseia-se na pesquisa de informação qualitativa recolhida através de entrevistas narrativas com trabalhadores emigrados. Ao analisar situações descritas, pelos entrevistados, originadas por diferenças culturais, a identificação dos padrões culturais é feita a um nível subtil e permite a comparação com os resultados pré existentes. As conclusões deste estudo deverão ajudar a uma maior compreensão da cultura e antecipação dos comportamentos tailandeses num contexto de negócios, a fim de atingir uma colaboração mais eficaz entre as duas populações. Os padrões culturais obtidos também são essenciais na preparação de programas de formação para gestores e funcionários internacionais.As the globalization phenomenon transforms the meaning of culture, it simultaneously brings up the remaining differences. Nowadays, there are more and more individuals embracing job opportunities abroad. This means that, the amount of interactions among people from different cultural backgrounds continues to increase. However, in order to achieve success in these relationships, it is crucial to understand the cultural standards involved to avoid unnecessary misinterpretations. As Portuguese and Thai people are not an exception, the aim of this study is to identify the cultural differences that affect Portuguese people working in Thailand. To achieve this goal the method used was the Cultural Standards Method. This tool is based on qualitative research gathering information from narrative interviews with expatriate workers. By analyzing reported critical incidents, based on the same cultural differences the identification of the cultural standard is done on a subtle level and allows the comparison with the preexisting findings. The conclusions of this study should help to anticipate and better understand the Portuguese and Thai behaviors in a business context in order to achieve a more effective collaboration among the two populations. The obtained cultural standards are key in the preparation of training programs for international managers and staff

Reinforcement learning across development in humans

Tese de mestrado, Neurociências, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2015Hoje em dia, o tratamento de muitas doenças neuropsiquiátricas foca-se na atenuação dos sintomas exibidos pelos doentes, não havendo, na maioria dos casos, um conhecimento profundo sobre as disfunções neurológicas que se encontram na origem das mesmas, nem sobre os mecanismos de ação pelos quais a medicação exerce os seus efeitos. Como tal, nos últimos anos tem-se verificado um esforço colectivo, nomeadamente no campo das neurociências computacionais, para a construção de novas ferramentas que permitam avaliar quantitivamente determinadas funções cognitivas e assim obter informação importante sobre a patofisiologia das doenças acima referidas. Espera-se que estas novas ferramentas tenham particular impacto ao nível das patologias do neurodesenvolvimento, devido à elevada comorbilidade existente entre estas, bem como às semelhanças entre as manifestações sintomáticas exibidas pelos diferentes doentes. Devido ao foco nestas doenças, um dos circuitos mais estudados é o circuito cortico-estriado-talamo-cortical, visto que este se encontra frequentemente significativamente comprometido nos doentes que sofrem destas patologias, tendo este circuito um papel fulcral no processo de tomadas de decisão e na motivação. Sabe-se também que a dopamina tem um papel modelador fundamental para o normal funcionamento deste circuito, nomeadamente devido à sua actividade neuromoduladora durante a aprendizagem por reforços. No estriado, os níveis de dopamina modulam a actividade das vias directa (ou Go) e indirecta (ou NoGo) envolvidas no processo de aprendizagem por reforços. Estas vias são antagónicas, sendo que (de um modo simplista) quando uma via se encontra activa a outra está inibida. Assim, a presença de dopamina no estriado leva à activação e inibição das vias directa e indirecta, respectivamente, sendo que a sua ausência provoca um efeito contrário. No processo de aprendizagem por reforços, as acções executadas pelo agente são reforçadas ou inibidas, de acordo com o valor atribuído não só ao reforço recebido, mas também ao valor das previsões feitas. Neste sentido, a actividade dopaminérgica no estriado codifica os erros de previsão obtidos durante o processo de aprendizagem por reforços. Quando os erros de previsão são positivos, ou seja, o valor do reforço (neste caso, da recompensa) é maior do que o esperado a priori, existe um aumento da actividade dopaminérgica basal no estriado, levando à posterior activação da via directa (e inibição da via indirecta). Pelo contrário, quando os erros são negativos, o valor do reforço (neste caso, da punição) é inferior ao esperado, o que diminui a actividade basal dopaminérgica e leva à activação da via indirecta (e inibição da via directa. Desta forma, ao longo dos últimos anos têm sido desenvolvidas várias tarefas cognitivas computorizadas para o estudo do processo de aprendizagem por reforços, tanto em pessoas saudáveis como em doentes. Estes estudos têm contribuído, por um lado, para uma maior compreensão do processo de aprendizagem por reforços e, por outro, ajudado a melhor compreender a fisiopatologia de determinadas doenças neuropsiquiátricas. Neste contexto, o presente estudo teve como principal objectivo determinar a influência da idade no processo de aprendizagem por reforços em humanos. Para tal, entre Novembro de 2014 e Fevereiro de 2015, foram recrutados participantes saudáveis com idades compreendidas entre os 6 e os 80 anos. Para serem admitidos no estudo, todos os participantes cumpriram a série de critérios seguidamente apresentada: gestação não inferior a 36 semanas; sem historial de 1) doenças neurológicas e psiquiátricas, 2) traumatismos cranianos com perda de consciência, e 3) ataques epiléticos; ausência de medicação psiquiátrica e/ou neurológica nos últimos 4 meses. Além disso, todos os participantes tinham o português como língua materna. Posto isto, para avaliar a influência da idade na aprendizagem por reforços e nas tendências motoras, foi aplicada uma nova tarefa probabilística de aprendizagem por reforços, bem como um questionário final a todos os participantes. A tarefa aplicada é semelhante a um jogo de computador simples. Nesta, são apresentadas aleatoriamente 5 imagens (30 ensaios para cada uma) e o participante, dependendo da acção executada (carregar ou não na barra de espaços do teclado) pode receber pontos (+1), perder pontos (-1) ou nem ganhar nem perder pontos (0). Desta forma, o objectivo dos participantes é tentar obter o maior número de pontos possíveis sendo que, para tal, estes têm de aprender qual a melhor acção a desempenhar para cada imagem. Cada jogo tem 5 condições aleatoriamente atribuídas para cada imagem: Go to win (carregar para ganhar pontos), NoGo to win (não carregar para ganhar pontos), Go to avoid losing (carregar para evitar perder pontos), NoGo to avoid losing (não carregar para evitar perder pontos), e Neutra (na qual, carregar ou não dá sempre zero pontos). Exceptuando na condição Neutra, o ganho ou perda de pontos tem uma probabilidade associada. Na condição Neutra, o resultado associado a uma das acções é fixo (100% hipótese de receber zero pontos), e nas restantes segue uma relação de 80% (+1 ou -1) / 10% (-1 ou +1) / 10% (0). Por sua vez, o questionário final foi dividido em duas partes com o objectivo de, na primeira, recolher informações demográficas acerca dos participantes (por exemplo: idade, sexo, ano de escolaridade), e, na segunda, recolher informações que permitam avaliar o nível de consciência dos participantes em relação ao seu próprio desempenho durante a execução da tarefa. Neste estudo, tanto a tarefa como o questionário foram aplicados a 419 pessoas saudáveis (cuja média de idades é de 17.36 ± 10.78 anos, e dos quais 51.6% são sexo masculino), distribuídos por 18 faixas etárias desde os 6 aos 80 anos. É no entanto de salientar que 92.4% dos participantes tinham idade inferior a 30 anos. A análise dos resultados comportamentais permitiu concluir que de facto a idade dos sujeitos condiciona fortemente a aprendizagem por reforços, mas não tem muita influência nas tendências motoras. Através da utilização desta tarefa foi também possível identificar uma ordem temporal específica de aprendizagem das condições analisadas, uma vez que a capacidade de aprender um maior número de condições é influenciada pela idade. De um modo geral, a partir dos 9 anos de idade, os participantes foram capazes de aprender ambas as condições congruentes (Go to win e NoGo to avoid losing), nas quais a acção é “compatível” com o valor intrínseco da condição. Entre os 11-13 anos de idade, observou-se o início da aprendizagem da condição Go to avoid losing, sendo que, só por volta dos 15 anos de idade é que os sujeitos se começaram a mostrar capazes de aprender a condição NoGo to win. Estas últimas são consideradas condições incongruentes, uma vez que a acção favorável é contrária ao valor intrínseco da condição. De forma a entender com maior exactidão qual a relação entre o desempenho da tarefa, dado pelas proporções de respostas correctas dos últimos 20 ensaios de cada condição, e as idades dos participantes, procedeu-se ao desenvolvimento de um modelo matemático. Nesta análise foram incluídos os resultados comportamentais dos participantes com idades compreendidas entre os 6 e os 30 anos, uma vez que não foram recolhidos dados suficientes para crer que os resultados obtidos para os participantes mais velhos possam ser representativos. Desta forma, a partir deste modelo matemático, foi possível determinar a existência de uma relação logarítmica entre o desempenho da tarefa e a idade dos participantes (p-value = 1.18 e-94). O modelo mostrou-se capaz de prever a sequência temporal de aprendizagem das diferentes condições supracitada. Adicionalmente, a utilização de contrastes permitiu comparar os diferentes valores assimptóticos de aprendizagem de cada condição, confirmando uma maior aprendizagem entre as condições congruentes, quando comparadas com as incongruentes (p-value ~ 0), e entre as condições cuja acção favorável era carregar na tecla de espaço, Go to win e Go to avoid losing, e entre aquelas que era melhor não carregar, NoGo to win e NoGo to avoid losing (p-value = 0.008). Não se verificaram diferenças significativamente estatísticas entre as condições maioritariamente associadas a uma aprendizagem por estímulos positivos (condições win), e por estímulos negativos (condições avoid losing). Por fim, o questionário permitiu verificar que os sujeitos demontraram alguma percepção acerca do seu desempenho quando questionados após a execução da tarefa, uma vez que, em média, os sujeitos conseguiram identificar correctamente a melhor acção a executar para cada condição. Em relação a quais os pontos que costumavam aparecer mais vezes no ecrã para cada condição, os sujeitos demonstraram alguma dificuldade o que pode traduzir a falta de confiança nas suas respostas. Por outro lado, quando foi pedido uma classificação quanto ao gosto pela estética de dada imagem, inconscientemente os participantes atribuíram melhor classificação às condições win, e pior classificação às condições avoid losing e Neutra. Apesar de algumas limitações, este estudo oferece um avanço para uma melhor compreensão do processo de aprendizagem por reforços em humanos, em particular sobre a influência da idade no mesmo. Esperamos também que, num futuro próximo, esta informação adquira uma ainda maior importância, ao permitir que os mecanismos específicos associados à etiologia e patofisiologia das doenças neurológicas e psiquiátricas possam ser estudados de uma forma mais controlada e exacta, tanto através desta como através de abordagens neurocomputacionais semelhantes.The etiology of most neuropsychiatric disorders is currently unknown and treatment strategies concerning these disorders are mainly targeted at the amelioration of symptoms. To overcome this, several approaches aiming to study not only distinct cognitive processes but also how these processes can be disrupted in the aforementioned disorders have been developed in recent years. Neurodevelopment disorders, in particular, constitute a significant burden to our society. For this reason, we developed a new probabilistic task to evaluate reinforcement learning (RL) and motor biases in children, adolescents, and young adults, since these aspects are related to basal-ganglia functioning and dopaminergic signalling, two processes which are commonly reported to be impaired in these patients. To this end, we used our task and a final questionnaire. Our sample included 419 healthy subjects, aged from 6 to 80 years old (mean = 17.36 ± 10.78 years; 51.6% males), most of whom (92.4%) were less than 30 years old. We found that RL performance increased with age, and that subjects were mostly unaware of their performance. In fact, our results identified a sequence across age by which the subjects learned the task contingencies. From 9 years old, subjects were capable of learning both to win points and to avoid losing points by, respectively, pressing or withholding from pressing a key, during task solving (congruent learning). Around 11-13 years old, the subjects started to learn to avoid losing points by pressing the key, and only at 15 years old, they started to learn to win points by not pressing the key (incongruent learning). A general linear model of task performance across age also predicted the aforementioned sequence (p-value = 1.18 e-94). Through this model, we found once again that subjects were better in congruent than in incongruent learning (p-value ~ 0), and that their performance was better in conditions where the correct action was to perform a key press (p-value = 0.008)

Retórica do silêncio: Aquiles num vaso grego do século V a.C.

O documento depositado é uma revisão de provas. Algumas imagens foram removidas devido aos direitos de autor. Aguarda separata em pdf do capítulo publicado.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Kairos: configurações do tempo ontem e hoje

Resumo da comunicação a apresentar à VI edição do Colóquio Internacional A Literatura Clássica ou os Clássicos na Literatura: Presenças Clássicas nas Literaturas de Língua Portuguesainfo:eu-repo/semantics/updatedVersio

Somatizações de Aquiles: Aisthetikai da fúria nos vasos gregos (séculos VI-V a. C.)

Mediante a análise de um agrupamento de figurações de Aquiles, o presente ensaio discorre acerca da centralidade da noção de fronteira e de um agregado de concepções conexas operativas na diferenciação de expressões da fúria de Aquiles e actuantes na maneira como estas configuram homologias com a dinâmica do cosmo, contribuindo para a formação do sentimento de justiça, dike

Kairos: configurações do tempo ontem e hoje

Texto da comunicação apresentada ao VI Colóquio Internacional A Literatura Clássica ou os Clássicos na Literatura: Presenças Clássicas nas Literaturas de Língua Portuguesa Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa | 31 de Janeiro-2 de Fevereiro de 2022Powerpoint complementar da comunicação apresentada ao VI Colóquio Internacional A Literatura Clássica ou os Clássicos na Literatura: Presenças Clássicas nas Literaturas de Língua Portuguesa Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa | 31 de Janeiro-2 de Fevereiro de 2022A presente comunicação ocupa-se do poema intitulado Sessenta minutos, de Christina Ramalho, visando influir no recorte conceptual do kairos. Este termo, transportado com liberdade poética pela poeta, professora associada de Teoria Literária e Literatura Brasileira da Universidade Federal de Sergipe, habitualmente traduz-se por ‘momento oportuno’. Com uma história insuficientemente esclarecedora, o kairos é relevante na antiguidade em três domínios, concretamente na poesia arcaica, na sofística e na arte, a mais expressiva síntese do alcance semântico desta metáfora, nevrálgica do discurso hipocrático. Nesta “epopeia relâmpago” (p. 6), o pendor épico do texto reflecte-se na estrutura. As designações (H)Oráculo, Coliseu, Combatente 1 – Paimutic, Combatente 2 – Pachamary, Embate – Apófis e Desfecho - Wakan Tanka evocam a organização da epopeia (proposição, invocação, dedicatória, narração, epílogo), sustentando sessenta poemas, cada um com sessenta segundos-métricos votados à batalha entre o deus do Tempo e a deusa da Poesia. Os olhos fechados desta relembram a cegueira de Homero. A hibridez, emergente da intertextualidade e da intermedialidade, pontua o texto com imagens e com códigos QR, chamando impressões sinestésicas, recordativas da descrição do escudo de Aquiles (Ilíada 18, 477-617). Programada para uma hora, a leitura, amplia se exponencialmente através da mediação digital, hoje preponderante, actualizando os clássicos. Ao tempo, tradicional e actual, esta obra inaugura um lugar de privilégio para o humano mediante a criação linguística. O “infinitar” (p. 39) de caminhos reporta o kairos à acção, vinculando-a à interpretação do mundo. Em conformidade com este conteúdo, um discurso bipartido seguido de conclusões dará conta na primeira parte da técnica de absorção da atenção do leitor ouvinte (Fried 1980; Genette 1972; De Jong 2009) para a sua própria interioridade. Na segunda parte interna-se no kairos, merecendo saliência a inversão da “trilha das lógicas” (p. 41) enquanto força propulsora, inalienável das configurações do kairos ontem e hoje.N/

Georgia Sermamoglou-Soulmaidi, Evan Robert Keeling (eds.), Wisdom, Love, and Friendship in Ancient Greek Philosophy: Essays in honor of Daniel Devereux Berlin, Boston, De Gruyter, 2021. 351 pp. ISBN 978-3-11-070121-0

Recensão a Georgia Sermamoglou-Soulmaidi, Evan Robert Keeling (eds.), Wisdom, Love, and Friendship in Ancient Greek Philosophy: Essays in honor of Daniel Devereux Berlin, Boston, De Gruyter, 2021. 351 pp. ISBN 978-3-11-070121-0info:eu-repo/semantics/acceptedVersio