Identificación y caracterización de begomovirus en cultivos de poroto (Phaseolus Vulgaris l.), ajuste de marcadores moleculares para la búsqueda de resistencia y evaluación fenotípica

Tesis para obtener el grado de Doctor en Ciencias Biológicas, presentada en la Universidad Nacional de Córdoba, en 2022Dentro del conjunto de legumbres secas, el poroto (Phaseolus vulgaris L.) constituye un cultivo relevante que es producido en áreas tropicales y subtropicales del mundo. En Argentina, bajo condiciones de secano y en forma extensiva, es cultivado en la región noroeste. Existen diversos factores que afectan la estabilidad de su producción, entre ellos se destacan las enfermedades virales ocasionadas por begomovirus. Los objetivos del presente trabajo fueron: (i) Detectar la presencia de begomovirus en lotes de producción de poroto y en malezas aledañas en Argentina, (ii) Identificar y caracterizar nuevas especies, (iii) Determinar su probabilidad de incidencia a través de variables biometeorológicas, (iv) Evaluar el comportamiento de cultivares de poroto frente a sus infecciones y (v) Analizar una selección de germoplasma a través del ajuste de marcadores moleculares ligados a genes de resistencia a estos patógenos.Within the dry legumes, the common bean (Phaseolus vulgaris L.) constitutes a relevant crop which is produced in tropical and subtropical áreas of the world. In Argentina, is cultivated under dry and extensive conditions in the northwestern region. There are several factors that affect the stability of its production, among them are viral diseases caused by begomoviruses. The objectives of this work were: (i) To detect the presence of begomoviruses in bean production fields and neighboring weeds in Argentina, (ii) To identify and characterize new begomovirus species, (iii) To determine their probability of incidence through biometeorological variables, (iv) To evaluate the behavior of common bean cultivars against begomovirus infections and (v) To evaluate a selection of germplasm through the adjustment of molecular markers linked to resistance genes to these pathogens.Instituto de Patología VegetalFil: Reyna, Pablo Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentin

Incidencia de begomovirus en relación al clima en cultivos de soja y poroto del norte argentino

En los últimos 20 años, los begomovirus surgieron como factor limitante para la producción de diversos cultivos a nivel mundial. Las pérdidas de rendimiento causadas por las 9 especies detectadas en cultivos de poroto y soja de Argentina oscilan entre 40 y 100% dependiendo del cultivo y de la incidencia de virus. En este trabajo, evaluamos la relación entre la incidencia de begomovirus en soja y poroto con el clima. Durante 14 años se monitorearon lotes ubicados entre los 65º63’ y 60º44’Long.O y 31º34’ y 22º49’Lat.S., los cuales se clasificaron según dos niveles de incidencia: moderada (=50%). Se construyeron 200 variables biometeorológicas desde datos decádicos para el periodo junio a marzo, de temperaturas, precipitaciones (pp), humedades (Hr), vientos (velocidad y dirección), presión, nubosidad y visibilidad. Para poroto, las variables correlacionadas con incidencia fueron temperaturas máximas invernales, Hr de septiembre y pp 10 días antes de la siembra. En soja: temperaturas de finales de invierno y previas a la siembra y pp de final de septiembre. En ambos cultivos, mayores pp y Hr pre-siembra explicaron menores incidencias de begomovirus. Estas variables permiten predecir incidencia [eficiencia predictiva: 75% (soja) y 82% (poroto)]. Estos modelos predictivos podrían componer sistemas de alerta temprana para la toma de decisiones de manejo del cultivo y consiguiente disminución de riesgos de infección.Fil: Reyna, Pablo Gastón. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Suarez, Franco Marcelo. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Desarrollo Rural. Area de Estadística y Biometría; ArgentinaFil: Balzarini, Monica Graciela. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Desarrollo Rural. Area de Estadística y Biometría; Argentina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; ArgentinaFil: Rodríguez-Pardina, Patricia Elsa. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; Argentina5º Congreso Argentino de Fitopatología y 59º Reunión de la APS División CaribeArgentinaAsociación Argentina de Fitopatólogo

Bean yellow mosaic virus infecting broad bean in the green belt of Córdoba, Argentina

Broad bean (Vicia faba L) is the fourth most important pulse crop in the world. In Argentina, broad bean production was of 1,841 hectares and 16,500 tons during the 2017 growing season. Broad bean is commonly used in rotations; especially by farmers located in “green belts” that are peri-urban areas surrounding large cities that include horticultural family farms. Plants showing marked foliar mosaic symptoms, typical of viral infection, were collected during the 2015 growing season in the green belt of Córdoba city, Argentina. Preparations of symptomatic tissues were mechanically inoculated onto healthy broad bean plants in the greenhouse, which developed symptoms similar to those observed in the field. In addition, symptomatic samples were positive when tested by indirect ELISA with the anti-potyvirus group monoclonal antibody. Further, flexuous filamentous particles typical of potyviruses were observed under the electronic microscope on dip preparations. Lastly, total RNA was extracted from a symptomatic leaf and high-throughput sequenced, which allowed the assembly of a single virus sequence corresponding to a new highly divergent strain of Bean yellow mosaic virus (BYMV). Phylogenetic insights clustered this Argentinean broad bean isolate (BYMV-ARGbb) within group IX of BYMV. Given the economical importance of this virus and its associated disease, the results presented here are a pivotal first step oriented to explore the eventual incidence and epidemiological parameters of BYMV in broad bean in Argentina.Instituto de Patología VegetalFil: Rodriguez Pardina, Patricia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Nome Docampo, Claudia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Muñoz, Nacira Belén. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales; ArgentinaFil: Muñoz, Nacira Belén. Universidad Nacional de Córdoba (UNC). Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales (FCEFyN).Cátedra de Fisiología Vegetal; ArgentinaFil: Arguello Caro, Evangelina Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Arguello Caro, Evangelina Beatriz. Universidad Nacional de Córdoba (UNC). Facultad de Ciencias Agropecuarias (FCA). Cátedra de Zoología Agrícola,; ArgentinaFil: Luque, Andres Vicente. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); ArgentinaFil: Luque, Andres Vicente. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentin

Evaluation of the behavior of common bean cultivars and promising lines under natural virus infection = Evaluación del comportamiento de cultivares y líneas experimentales de poroto común frente a infecciones naturales de virus

Las enfermedades virales pueden afectar la estabilidad de la producción de poroto común (Phaseolus vulgaris L.), por lo que es de interés evaluar el comportamiento de diferentes cultivares y líneas avanzadas del programa de mejoramiento de IIACS INTA, frente a infecciones naturales. Se trabajó, durante tres campañas agrícolas con 14 cultivares, evaluándose severidad de síntomas, incidencia y concentración relativa de los virus Cucumber mosaic virus (CMV), Cowpea mild mottle virus (CpMMV), Alfalfa mosaic virus (AMV), Soybean mosaic virus (SMV) y geminivirus. Se encontró muy baja incidencia de SMV y AMV en las tres campañas. Se hallaron diferencias en comportamiento entre los cultivares evaluados: L24 y L15 fueron tolerantes a begomovirus, mientras que CR8, CR5 y L22 (poroto tipo cranberry y blancos) exhibieron susceptibilidad. Los síntomas más severos se observaron en el 2013, cuando hubo una alta incidencia de begomovirus y CpMMV. No existieron diferencias entre cultivares para incidencia de CpMMV, pero se encontró una mayor concentración relativa de virus para CR5, CR8 y L17. L15, aunque tolerante a geminivirus, fue el más susceptible a CMV, hecho a tener en cuenta porque esta virosis se transmite por semilla y puede llegar a afectar significativamente la producción de poroto.Viral diseases can affect the stability of common bean (Phaseolus vulgaris L.) production, therefore it was considered of interest to evaluate the behavior of different cultivars and promising lines obtained by the INTA breeding program against natural virus infection. Symptoms severity, incidence and relative concentration of Cucumber mosaic virus (CMV), Cowpea mild mottle virus (CpMMV), Alfalfa mosaic virus (AMV), Soybean mosaic virus (SMV) and geminiviruses were evaluated for 14 bean cultivars during three growing seasons. SMV and AMV were found in very low incidence during the three years. Differences in cultivar response were observed: L24 and L15 were tolerant to begomoviruses, while CR8, CR5, L22 (cranberry and white bean types) were susceptible. The most severe symptoms were found during the 2013 growing season, when a high incidence of begomovirus and CpMMV were observed. No differences between cultivars were found for CpMMV incidence, but a higher relative concentration of virus was detected in CR5, CR8 and L17. Although L15 was tolerant to geminiviruses, it was the most susceptible to CMV, a fact that must be taken into account because this virus is transmitted by seeds and might become a serious problem in bean production.Instituto de Patología VegetalFil: Rodriguez Pardina, Patricia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Concejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Campos, Ramon Eduardo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Varela, Gonzalo Matías. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Cátedra de Bioquímica y Biología Molecular; ArgentinaFil: Peña Malavera, Andrea Natalia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Geronimo, Luis Marcelo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituuto de Investigación Animal del Chaco Semiárido; Argentin

Métodos de selección de predictores para la construcción de modelos de riesgo de enfermedad en cultivos a partir de variables climáticas

La alta dimensionalidad y la correlación entre las múltiples variables candidatas a predictoras para la estimación de un modelo estadístico capaz de predecir la enfermedad de un cultivo en función del ambiente determina la necesidad de recurrir a herramientas metodológicas estadísticas que permitan reducir la dimensionalidad. El objetivo de este trabajo fue comparar el desempeño de métodos de selección de variables en su capacidad para detectar variables climáticas relevantes para la construcción de un modelo logístico que será usado para la predicción de probabilidad de presencia de enfermedad en un patosistema. En este trabajo se compararon tres métodos de selección de variables: Método de Filtrado (F), algoritmo genético (AG) y Boruta (B), en tres patosistemas (MRCV en maíz, Begomovirus en poroto y en soja). Las variables seleccionadas por cada método fueron sometidas a un análisis de componentes principales (ACP) para una nueva reducción de dimensión y obtención de variables sintéticas no correlacionadas. El desempeño de los métodos comparados se evaluó mediante la estimación de la precisión, especificidad y sensibilidad para un modelo lineal predictivo. B y F fueron más eficientes en la predicción. La combinación de estos con el ACP aumentó la eficiencia del modelo de predicción.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ

Métodos de selección de predictores para la construcción de modelos de riesgo de enfermedad en cultivos a partir de variables climáticas

La alta dimensionalidad y la correlación entre las múltiples variables candidatas a predictoras para la estimación de un modelo estadístico capaz de predecir la enfermedad de un cultivo en función del ambiente determina la necesidad de recurrir a herramientas metodológicas estadísticas que permitan reducir la dimensionalidad. El objetivo de este trabajo fue comparar el desempeño de métodos de selección de variables en su capacidad para detectar variables climáticas relevantes para la construcción de un modelo logístico que será usado para la predicción de probabilidad de presencia de enfermedad en un patosistema. En este trabajo se compararon tres métodos de selección de variables: Método de Filtrado (F), algoritmo genético (AG) y Boruta (B), en tres patosistemas (MRCV en maíz, Begomovirus en poroto y en soja). Las variables seleccionadas por cada método fueron sometidas a un análisis de componentes principales (ACP) para una nueva reducción de dimensión y obtención de variables sintéticas no correlacionadas. El desempeño de los métodos comparados se evaluó mediante la estimación de la precisión, especificidad y sensibilidad para un modelo lineal predictivo. B y F fueron más eficientes en la predicción. La combinación de estos con el ACP aumentó la eficiencia del modelo de predicciónInstituto de Patología VegetalFil: Suarez, Franco. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Estadística y Biometría; ArgentinaFil: Giannini Kurina, Franca. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Estadística y Biometría; ArgentinaFil: Giannini Kurina, Franca. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Bruno, Cecilia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Estadística y Biometría; ArgentinaFil: Bruno, Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Rodriguez Pardina, Patricia . Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Rodriguez Pardina, Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Gimenez, Maria De La Paz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Gimenez, Maria De La Paz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Torrico Ramallo, Ada Karina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Torrico Ramallo, Ada Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Balzarini, Mónica. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Estadística y Biometría; ArgentinaFil: Balzarini, Mónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentin

Análisis de virus en maíz para exportación

PosterArgentina ocupa el tercer lugar como productor de maíz en el mundo, entre las causas que afectan su rendimiento están los virus. La trasmisión por semilla de virus, reviste importancia ya que permite que las enfermedades virales se dispersen alcanzando grandes distancias. Los virus que afectan al maíz en Argentina y se trasmiten por semilla son: Sugarcane mosaic virus (SCMV), Maize dwarf mosaic virus (MDMV), High Plains wheat mosaic virus (HPWMoV), Maize chlorotic mottle virus (MCMV) y Wheat streak mosaic virus (WSMV). El objetivo del trabajo fue determinar los porcentajes de semilla infectada por los virus mencionados en muestras de maíz destinadas a la exportación e investigación.Instituto de Patología VegetalFil: Torrico Ramallo, Ada Karina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Giolitti, Fabian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Rodriguez Pardina, Patricia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Ferrer Lanfranchi, Mariana. Innovaciones tecnológicas Agropecuarias S.A. (INTEA); ArgentinaFil: Reyna, Pablo Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Trucco, Verónica Milagros. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal (IPAVE); Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Cabrera Mederos, Dariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Barontini, Javier Miguel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Ruiz Posse, Agustina María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Laguna, Irma Graciela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Gimenez, Maria de la Paz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina

Evaluación de la técnica de amplificación por recombinasa y polimerasa (RPA) para la detección de begomovirus presentes en cultivos de soja y poroto en Argentina = Evaluation of the RPA technique for the detection of begomoviruses present in soybean and bean crops in Argentina

Los métodos tradicionales de diagnóstico son inespecíficos para la identificación de begomovirus. Actualmente se usan técnicas moleculares, que requieren equipamientos sofisticados o procedimientos complejos. La técnica de amplificación mediante recombinasa y polimerasa (RPA) es similar a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), sensible, específica, pero opera a temperatura constante. Con el fin de evaluar la utilización de esta técnica para la detección de begomovirus presentes en soja y poroto en Argentina, se diseñaron iniciadores específicos. Se probaron inicialmente por PCR, con clones de virus detectados en el país, y se logró amplificar una banda de 371 pb. La RPA se llevó a cabo con el Twist Amp® Basic kit utilizando muestras de soja y poroto, sanas y enfermas y malezas infectadas. Se probaron dos métodos de conservación de muestras: hojas liofilizadas y hojas mantenidas a -70 ºC; y dos de obtención de ADN: CTAB y molido de la muestra en 0,5M OHNa. La reacción se incubó a 37 ºC durante 30 min, y luego a 65 ºC durante10 min. Se visualizaron bandas del tamaño esperado en plantas infectadas y no en testigos sanos. No hubo diferencias según los métodos de conservación de material ni con los de extracción de ADN utilizados. Se logró ajustar la RPA para la detección de begomovirus en cultivos de soja y poroto de Argentina.Traditional diagnostic methods are non-specific for begomovirus identification. At present molecular techniques are used, which require sophisticated equipment or complex procedures. The Recombinase polymerase amplification technique (RPA) is similar to the Polymerase chain reaction (PCR), sensitive and specific, but operates at constant temperature. In order to evaluate the use of this technique for the detection of begomovirus present in soybeans and beans in Argentina, specific primers were designed. They were initially tested by PCR, using clones of the different begomoviruses detected in our country and a 371pb band was successfully amplified. RPA was carried out using the Twist AMP ® Basic Kitto test soybean, bean and weed infected samples, as well as healthy soybean and bean controls. Two conservation methods were tested: lyophilized leaves and leaves maintained at-70 ºC; and two DNA extraction methods: CTAB and crude extract grounded in OHNa 0.5M. The reaction was incubated at 37 ºC/30 min. and at 65 ºC/10 min. Bands of the expected size were visualized in infected samples, and not in healthy controls. There were no differences in the results due to either method of conservation or DNA extraction. RPA technique was successfully optimized for the detection of begomoviruses infecting soybean and bean crops of Argentina.Instituto de Patología VegetalFil: Reyna, Pablo Gastón. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Concejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Rodriguez Pardina, Patricia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentin

Evaluación de la técnica de amplificación por recombinasa y polimerasa (RPA) para la detección de begomovirus presentes en cultivos de soja y poroto en Argentina

Traditional diagnostic methods are non-specific for begomovirus identification. At present molecular techniques are used, which require sophisticated equipment or complex procedures. The recombinase polymerase amplification technique (RPA) is similar to the polymerase chain reaction (PCR), sensitive and specific, but operates at constant temperature. In order to evaluate the use of this technique for the detection of begomovirus present in soybeans and beans in Argentina, specific primers were designed. They were initially tested by PCR, using clones of the different begomoviruses detected in our country and a 371 pb band was successfully amplified. RPA was carried out using the Twist AMP ® Basic Kitto test soybean, bean and weed infected samples, as well as healthy soybean and bean controls. Two conservation methods were tested: lyophilized leaves and leaves maintained at -70 ºC; and two DNA extraction methods: CTAB and crude extract grounded in OH Na 0.5M. The reaction was incubated at 37 ºC / 30 min. and at 65 ºC / 10 min. Bands of the expected size were visualized in infected samples, and not in healthy controls. There were no differences in the results due to either method of conservation or DNA extraction. RPA technique was successfully optimized for the detection of begomoviruses infecting soybean and bean crops of Argentina.Los métodos tradicionales de diagnóstico son imprecisos para la identificación de begomovirus. Actualmente se usan técnicas moleculares, que requieren equipamientos sofisticados o procedimientos complejos. La técnica de amplificación mediante recombinasa y polimerasa (RPA) es similar a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), sensible, específica, pero opera a temperatura constante. Con el fin de evaluar la utilización de esta técnica para la detección de begomovirus presentes en soja y poroto en Argentina, se diseñaron iniciadores específicos. Se probaron inicialmente por PCR, con clones de virus detectados en el país, y se logró amplificar una banda de 371pb. La RPA se llevó a cabo con el Twist Amp® Basic kit utilizando muestras de soja y poroto, sanas y enfermas y malezas infectadas. Se probaron dos métodos de conservación de muestras: hojas liofilizadas y hojas mantenidas a -70 ºC; y dos de obtención de ADN: CTAB y molido de la muestra en 0,5M OHNa. La reacción se incubó a 37 ºC durante 30 min, y luego a 65 ºC durante 10 min. Se visualizaron bandas del tamaño esperado en plantas infectadas y no en testigos sanos. No hubo diferencias según los métodos de conservación de material ni con los de extracción de ADN utilizados. Se logró ajustar la RPA para la detección de begomovirus en cultivos de soja y poroto de Argentina

Biological and molecular characterization of bean bushy stunt virus, a novel bipartite begomovirus infecting common bean in northwestern Argentina

Common bean plants (Phaseolus vulgaris L.) showing different virus-like symptoms were collected in northwestern Argentina. Dot-blot hybridization tests showed that the begomoviruses bean golden mosaic virus and tomato yellow vein streak virus were the most prevalent, but they also revealed the presence of unknown begomoviruses. The complete genome sequence of one of these unknown begomoviruses was determined. Sequence analysis showed that the virus is a typical New World begomovirus, for which the name "bean bushy stunt virus" (BBSV) is proposed. Biological assays based on biolistic inoculations showed that BBSV induced leaf roll and stunting symptoms similar to those observed in the field-collected common bean sample.Instituto de Patología VegetalFil: Reyna, Pablo Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Bejerman, Nicolas Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Bejerman, Nicolas Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnica. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Laguna, Irma Graciela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina.Fil: Laguna, Irma Graciela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Rodriguez Pardina, Patricia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Rodriguez Pardina, Patricia.Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina