Loote kromosoomihaiguste sünnieelne diagnostika: kokkuvõte II trimestri vereseerumi sõeltesti tulemustest Eestis

Töös antakse ülevaade II trimestri vereseerumi biokeemiliste markerite sõeltesti (double/triple test ehk kaksik-/kolmiktest) rakendamise tulemustest nooremas vanuserühmas (≤ 35/37) Eestis 8 aasta jooksul (1999–2006). Testiga alustati Tartus ja Tartumaal 1998. a sügisel, alates 2003. a tehakse testi kogu Eestis. 2006. aastal tehti Eestis sõeltesti keskmiselt 91%-le rasedatest (Tar tu- ja Harjumaal ~ 100%, Ida-Virumaal 48%). 1999–2006 on Eestis tehtud ühtekokku 60 970 vereseerumi sõeltesti. Positiivne testi tulemus oli 2904 juhul (4,76%) amniotsenteesi näidustuseks. Loote kromosoomianomaalia leiti 82 juhul (1 : 36), neist 37 (45%) juhul Downi sündroom (DS). Sünnieelse skriiningu tulemusel on DS-laste sünnisagedus Eestis vähenenud. Seega on II trimestri seerumiskriining Eestis olnud tulemuslik, kuid edasiseks edukaks tööks on vajalik senist sõeltestimise taktikat muuta. 2008. aastal on plaanis Eestis laiemalt rakendada I ja II trimestri integreeritud sõeltesti. Eesti Arst 2008; 87(1):31−3

Sünnieelne mitteinvasiivne geneetiline sõeluuring – võidukäik ja puudujäägid

Paljudes Euroopa maades on sünnieelne kromosoomhaiguste sõeluuring riiklikult korraldatud: rasedatele pakutakse vereseerumi markerite määramist ning loote ultraheliuuringuid. Uus alternatiivne meetod kromosoomhaigusega loodet kandva rasedate riskirühma selgitamiseks on NIPT ehk loote mitteinvasiivne sünnieelne geneetiline testimine (Non-Invasive Prenatal genetic Testing), mille on Ameerika Ämmaemandate ja Naistearstide Kolleegium ning mitmed Euroopa riigid heaks kiitnud suure riskiga rasedate sõeltestina. Artiklis on antud ülevaade NIPT olemusest, eelistest, puudustest, eetilistest aspektidest ning erinevatest saadaolevatest testidest.Eesti Arst 2016; 95(9):582–58

Downi sündroom – immuunsüsteemi häiretega kromosoomihaigus

Downi sündroomi (DS) ehk 21. kromosoomi trisoomia korral esineb mitmesuguseid haigusnähte, millest osa on seotud immuunsüsteemi funktsiooni häiretega. Artiklis käsitletud uuringust ilmnes, et 15aastastel ja vanematel DS-haigetel esineb tuumavastaseid ning retikuliinivastaseid antikehi oluliselt sagedamini kui tervetel. Üksikutel haigetel leiti ka pankrease saarekeste, kilpnäärme ja mao parietaalrakkude vastaseid autoantikehi. Perifeerse vere rakkude hulgas oli DS-haigetel märkimisväärselt suurenenud mälufunktsiooni omavate CD45RO+ lümfotsüütide hulk, mis võib olla üheks autoimmuunnähtude sagedasema esinemise põhjuseks neil haigetel. Eesti Arst 2007; 86(8):506-51

Pärilik pika QT sündroom

Pärilik pika QT sündroom on geneetilise etioloogiaga südame elektrofüsioloogiline häire, mida iseloomustab EKGs QT-aja pikenemine, T-saki anomaaliad ning ventrikulaarse tahhükardia torsade de pointes’i tüüpi paroksüsmid koos sünkoobiga. Võimalik on ka vatsakeste fibrillatsiooni teke ja seega kardiaalne äkksurm, mis võib olla haiguse esmaavaldumiseks. Vastavalt haigust põhjustavale geenimutatsioonile jaotatakse pärilik pika QT sündroom 13 alavormi. Haiguse diagnoosimise ja riski prognoosimise puhul on oluline lähtuda nii patsiendi kliinilisest leiust (sh EKG), perekonna anamneesist kui ka näidustuse korral molekulaardiagnostikast. Ravi eesmärgiks on kardiaalsete sünkoopide ja äkksurmade ennetamine, milleks tuleb patsiendil rakendada elustiili muutusi, medikamentoosset ravi beetablokaatoritega ning vajaduse korral paigaldada ka implanteeritav kardioverter-defibrillaator. Eesti Arst 2013; 92(1):28–3

Downi sündroom Eestis

Töös vaadeldi Downi sündroomi (DS) kliinilise diagnoosi õigsust Eestis, kirjeldati siin elavate DSiga isikute erinevate karüotüüpide esinemissagedust, fenotüübile iseloomulike mikroanomaaliate, kaasuvate väärarengute ja sagedamini kaasuvate haiguste esinemissagedust ning võrreldi saadud andmeid kirjanduse andmetega. Uuritud patsientidest valdaval osal kinnitati DS diagnoos ka tsütogeneetiliselt, mis näitas, et DS on Eestis kliiniliselt hästi diagnoositud. Erinevus tuli ilmsiks kaasasündinud väärarengute ja kaasuvate haiguste esinemissageduses, mida kirjanduse andmetel esineb sagedamini. Artikli autorid leiavad, et tõenäoliselt ei ole Eestis elavaid DSiga isikuid nii põhjalikult uuritud kui teistes riikides. Eesti Arst 2006; 85 (2): 78–8

Pärilike haiguste sünnieelne diagnostika: Downi sündroomi sõeluuring Eestis

Eestis on loote kromosoomihaiguste sõeluuringut (rasedate vereseerumi biokeemiliste markerite määramine II trimestril) tehtud vanuseriski tõttu 8 aastat (1995–2002). Selle tulemusel on Downi sündroomiga laste sünnisagedus vähenenud. Riskigrupi selgitamiseks mõeldud skriiningprogrammide laialdasem rakendamine II trimestril ja ultraheliskriiningu juurutamine I trimestril võimaldaks kromosoomihaigustega laste sünnisagedust veelgi vähendada. Eesti Arst 2003; 82 (3): 192–19

Chromosomal scan of single sperm cells by combining fluorescence-activated cell sorting and next-generation sequencing

PurposeThe purpose of this study was to develop a feasible approach for single sperm isolation and chromosome analysis by next-generation sequencing (NGS).MethodsSingle sperm cells were isolated from semen samples of normozoospermic male and an infertile reciprocal translocation (RcT) carrier with the 46,XY,t(7;13)(p12;q12.1) karyotype using the optimized fluorescence-activated cell sorting (FACS) technique. Genome profiling was performed using NGS.ResultsFollowing whole-genome amplification, NGS,and quality control, the final chromosome analysis was performed on 31 and 6 single cell samples derived from the RcT carrier and normozoospermic male, respectively. All sperm cells from normozoospermic male showed a normal haploid 23-chromosome profile. For the RcT carrier, the sequencing data revealed that 64.5% of sperm cells harbored different variants of chromosome aberrations, involving deletion of 7p or 7q, duplication of 7p, and duplication of 13q, which is concordant with the expected chromosome segregation patterns observed in balanced translocation carriers. In one sample, a duplication of 9q was also detected.ConclusionsWe optimized FACS protocol for simple and efficient isolation of single human sperm cells that subsequently enabled a successful genome-wide chromosome profiling and identification of segmental aneuploidies from these individual cells, following NGS analysis. This approach may be useful for analyzing semen samples of infertile men or chromosomal aberration carriers to facilitate the reproductive risk assessment.Peer reviewe

Loote kromosoomhaiguste esimese trimestri sõeluuringu tulemused Eestis kahe aasta jooksul

Taust ja eesmärgid. Loote kromosoomhaiguste avastamiseks on Eestis alates 1995. aastast kasutatud erinevaid sõeluuringuid. 2016. aastast kehtinud sünnieelse diagnostika juhendi kohaselt on esimese trimestri kombineeritud sõeluuring kuni praeguseni olnud esmane sünnieelne kromosoomhaiguste sõeluuring. Käesoleva töö eesmärk oli hinnata esimese trimestri kombineeritud sõeluuringu efektiivsust kromosoomhaiguste avastamisel kaheaastase (2017–2018) uuringu alusel.Metoodika. Uuriti rasedaid, kes pöördusid kromosoomhaiguste sõeluuringuks Ida-Tallinna Keskhaiglasse (ITK) või Tartu Ülikooli (TÜ) Kliinikumi. Sõeluuring tehti Eesti sünnieelse diagnostika juhendi standardiseeritud protokolli alusel.Tulemused. Kombineeritud sõeluuring tehti 14 566 rasedal. Sõeltest oli positiivne 3,54%-l naistest. Trisoomia 21 avastamise määr sünni eel oli 94% (95% usaldusvahemik (uv) 84,09–97,98%), trisoomia 18 (95% uv 74,12–100%) ja trisoomia 13 avastati 100% (95% uv 43,85–100%). Valepositiivsuse määr oli 3,12%. Sõeluuringu tundlikkus oli 95,38% (95% uv 86,24–98,80%), spetsiifilisus 96,86% (95% uv 96,56–97,13%), positiivne ennustatav väärtus 11,99% (95% uv 9,38–15,18%), negatiivne ennustatav väärtus 99,97% (95% uv 99,93–99,99%).Järeldused. Esimese trimestri kombineeritud sõeluuring on efektiivne meetod kromosoomhaiguste sünnieelseks avastamiseks. Trisoomia 21 avastamise määr on suurem võrreldes eelmise Eestis korraldatud uuringu tulemustega. Üleminek esimese trimestri kombineeritud sõeluuringule oli Eestis õigustatud.Uuringuks on andnud loa Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee (protokoll 263/M-19 17.10.2016)

Creating basis for introducing non‐invasive prenatal testing in the Estonian public health setting

Objective The study aimed to validate a whole‐genome sequencing‐based NIPT laboratory method and our recently developed NIPTmer aneuploidy detection software with the potential to integrate the pipeline into prenatal clinical care in Estonia. Method In total, 424 maternal blood samples were included. Analysis pipeline involved cell‐free DNA extraction, library preparation and massively parallel sequencing on Illumina platform. Aneuploidies were determined with NIPTmer software, which is based on counting pre‐defined per‐chromosome sets of unique k‐mers from sequencing raw data. SeqFF was implemented to estimate cell‐free fetal DNA (cffDNA) fraction. Results NIPTmer identified correctly all samples of non‐mosaic trisomy 21 (T21, 15/15), T18 (9/9), T13 (4/4) and monosomy X (4/4) cases, with the 100% sensitivity. However, one mosaic T18 remained undetected. Six false‐positive (FP) results were observed (FP rate of 1.5%, 6/398), including three for T18 (specificity 99.3%) and three for T13 (specificity 99.3%). The level of cffDNA of <4% was estimated in eight samples, including one sample with T13 and T18. Despite low cffDNA level, these two samples were determined as aneuploid. Conclusion We believe that the developed NIPT method can successfully be used as a universal primary screening test in combination with ultrasound scan for the first trimester fetal examination

Kuulmislanguse geneetilised põhjused Eesti lastel ning leitud genotüübi ja fenotüübi omavaheline võrdlus

Eesmärk. Selgitada välja kuulmislanguse (KL) geneetilised põhjused Eesti lastel ja kirjeldada nende fenotüüpi. Metoodika. Uuringus osales 233 KLiga last, kellele tehti APEX-geenikiibi analüüs 201 erineva mutatsiooni suhtes 8 pärilikku KLi põhjustavas geenis (GJB2, GJB3, GJB6, GJA1, SLC26A4, SLC26A5, 12S-rRNA ja tRNA (Ser) geenid). Tulemused. Leidsime 115 patsiendil (49%) GJB2 mutatsiooni vähemalt ühes alleelis, neist 100 lapsel esines vähemalt ühes alleelis mutatsioon c.35delG. 5 patsiendi (2%) KL oli tingitud kaasasündinud tsütomegalovi irusinfektsioonist. Sündroomne KL kinnitati 7 uuritaval. Kogu genoomi genotüpiseerimisplatformi analüüs tehti 28 patsiendile, selle tulemusel leidsime 4 erinevat potentsiaalselt patogeenset deleteerunud kromosoomipiirkonda. Järeldused. Kõige sagedasem lapseea KLi põhjustav mutatsioon on c.35delG, mille osakaal KLiga laste hulgas on 75% GJB2 geeni mutatsioonidest. Uuringu tulemusena selgus või täpsustus KLi etioloogias geneetiline faktor 140 patsiendil (60%). Eesti Arst 2010; 89(12):781−78