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25 research outputs found

Diseño de un modelo bioinformática para la detección, identificación y clasificación de genes codificantes de b-lactamasas, como herramienta para el cruce de datos moleculares con datos clínicos

Author: Barreto Hernandez Emiliano
Reguero Reza María Teresa
Publication venue: Revista Colombiana de Ciencias Químico Farmacéuticas
Publication date: 01/01/2007
Field of study

El seguimiento epidemiológico y farmacológico de la resistencia a antibióticos b-lactámicos mediada por la presencia de b-lactamasas requiere identificación precisa, lo cual es posible mediante la secuencia del gen, que es identificado con herramientas bioinformáticas que se incorporan a sistemas de información. Para implementar un prototipo de sistema de información que permite clasificar secuencias de genes de b-lactamasas producidas por microorganismos resistentes aislados en hospitales y realizar su cruce con los datos clínicos, se obtuvieron las secuencias de b-lactamasas reportadas a escala mundial en la base de datos Uniprot utilizando el sistema de recuperación de secuencias (SRS) del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), se diseñó un sistema de datos moleculares y clínicos usando â€œUnified Modeling Languageâ€� (UML), y se generó un modelo implementado en un servidor con sistema operativo UNIX, gestor de bases de datos MySQL para realizar la creación de la base de datos y lenguajes de programación Perl y PHP para implementar programas y cruzar datos. El sistema de información BLA_ID_CLINIC permite hacer el cruce de datos moleculares y clínicos, de tal forma que se puedan identificar las b-lactamasas de microorganismos resistentes en hospitales y hacer un seguimiento del manejo de los antibióticos y el comportamiento epidemiológico, modelo bioinformático permanentemente actualizado, disponible a través de Internet en http://bioinf.ibun.unal.edu.oc/BLA_ID_CLINIC.The epidemiology and pharmacology of the b-lactamic antibiotics resistance at hospital level mediate by the presence of b-lactamasas requires of their precise identification, possible through the gene sequence that can be identified using bioinformatics tools and incorporated into the information systems. Prototype of information system BAL_ID_CLINIC was implemented for allowing genes sequences classification of b-lactamases produced by isolated resistant microorganisms in hospitals and their crossing with the clinical data. The information system was development using Unified Modeling Language UML and the prototype was implemented in an Unix server, using MySQL management system for data base building and Perl and PHP as a programming languages for writing scripts that obtain cross relationship between the different kind of data inside the system and the result report presentation. BLA_ID_CLINIC allows crossing of molecular and clinical data. It can identify b-lactamasas produced by resistant microorganisms isolated in hospital patients and can give information related with the antibiotics management and the epidemiologic behavior. The bioinformatics prototype BLA_ID_CLINIC is permanently updated and available through Internet in http://bioinf.ibun.unal.edu.oc/BLA_ID_CLINIC

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Antibióticos: ¿balas mágicas que ya no dan en el blanco?

Author: Celis Bustos Yamile Adriana
Mantilla Anaya José Ramón
Pulido Manrique Ingrid Yamile
Reguero Reza María Teresa
Valenzuela de Silva Emilia María
Publication venue: 'Universidad Nacional de Colombia'
Publication date: 01/01/2009
Field of study

Lejano parece el día, a inicios del siglo XX, en que Paul Ehrlich propuso el término de "balas mágicas" como compuestos con toxicidad selectiva capaces de actuar contra microorganismos responsables de infecciones, pero no contra las células eucarióticas del hospedero. Sin lugar a dudas, el hallazgo de la penicilina, la bala mágica por excelencia, es un hito que dio un giro en esencia, los microorganismos tienen mecanismos para hacerse "invisibles" a las balas mágicas o a la terapia utilizada para combatir las enfermedades infecciosas. Para muchos era evidente que el fin de las infecciones bacterianas estaba próximo, sin considerar otros elementos que también tienen un papel importante en la evolución y el desarrollo de la resistencia: la plasticidad de los microorganismos causantes de la infección, y la selección de cepas resistentes por el uso irracional de antibióticos

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Ambiente genético del gen blactx-m-12 en aislamientos hospitalarios de klebsiella pneumoniae

Author: Celis Bustos Yamile Adriana
Mantilla Anaya José Ramón
Pulido Manrique Ingrid Yamile
Reguero Reza María Teresa
Valenzuela de Silva Emilia María
Publication venue: 'Universidad Nacional de Colombia'
Publication date: 01/01/2009
Field of study

The blaCTX-M-12 geneâ€™s genetic environmnt in Klebsiella pneumoniae hospital isolates Resumen: En Colombia se han detectado genes del grupo CTX-M-1 con alta frecuencia en aislamientos de Klebsiella pneumoniae causantes de infección intrahospitalaria. El conocimiento de los factores genéticos que pueden favorecer la diseminación de estos genes entre especies bacterianas es un aspecto importante para el control de la resistencia. En este estudio se identificaron los plásmidos portadores del gen blaCTX-M-12 en 21 aislamientos clínicos de K. pneumoniae. Se evaluó por conjugación la transferencia de resistencia a antibióticos. Integrones, secuencias de inserción y otros elementos genéticos fueron detectados por amplificación del ADN plasmídico con la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Mediante análisis por PCR se determinó la relación entre el gen blaCTX-M-12 y los elementos genéticos detectados. En todos los aislamientos, el gen blaCTX-M-12 se encontró en plásmidos conjugativos de tamaños entre 65 y 106 kpb. La transferencia por conjugación de estos elementos móviles puede explicar la amplia diseminación de este gen entre enterobacterias causantes de infección nosocomial en hospitales de Bogotá, Colombia. El gen blaCTX-M-12 se encontró corriente abajo de ISEcp1, secuencia de inserción que se ha asociado con la movilización de determinantes genéticos de resistencia. Los promotores de ISEcp1, detectados por análisis de secuencia, pueden facilitar la expresión de la cefotaximasa codificada por este gen.Palabras clave: resistencia a antibióticos; elementos genéticos móviles; gen blaCTX-M-12; plásmidos conjugativos; Klebsiella pneumoniae. Abstract: Genes from CTX-M-1 group have been detected with great frequency in Colombia in intrahospital infection-causing Klebsiella pneumoniae isolates. Knowledge regarding the genetic factors favouring such genesâ€™ dissemination amongst bacterial species is an important issue for resistance control blaCTX-M-12 gene-carrying plasmids were identified in this study in 21 clinical K. pneumoniae isolates. Antibiotic resistance transfer was evaluated by mating. Integrons, insertion sequences and other genetic elements were detected by plasmid DNA amplification using polymerase chain reaction (PCR). The relationship between the blaCTX-M-12 gene and other genetic elements was determined by PCR analysis. The blaCTX-M-12 gene was disemifound on 52 to 106 Kpb conjugative plasmids in all isolates. These mobile elementsâ€™ transfer by mating may explain their wide dissemination amongst nosocomial infection-causing enterobacteria in hospitals in Bogota, Colombia. The blaCTX-M-12 gene was found downstream from ISEcp1, this being an insertion sequence which has been associated with resistance genetic determinantsâ€™ mobilisation. ISEcp1 promoters (detected by sequence analysis) may increase the expression of cefotaximase encoded by this gene.Key words: antibiotic resistance; mobile genetic element; the blaCTX-M-12 gene; conjugal plasmid; Klebsiella Pneumoniae

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La secuenciación del DNA: consideraciones históricas y técnicas

Author: María Teresa Reguero Reza
Publication venue: 'Universidad Nacional de Colombia'
Publication date: 01/01/2014
Field of study

La secuenciación del DNA: consideraciones históricas y técnicas Es innegable la importancia que tiene la generación de conocimiento alrededor de una molécula como el DNA en proyectos de investigación, desarrollo e innovación en áreas tan relevantes como la agricultura, la salud o el medio ambiente. Pero este gran avance científico ha sido el resultado de la conjunción de una serie de trabajos, que se inician con la identificación del DNA como una molécula importante, en la que se centra la transmisión de los determinantes genéticos de la herencia. En el jardín de un monasterio, Gregor Mendel realizó sus experimentos de hibridación con plantas de arvejas (Pisum sativum), encontrando que las nuevas características que presentaban las plantas, eran el resultado de la mezcla de los caracteres iniciales que poseían las plantas. Hace 149 años Mendel dictó una conferencia acerca de la importancia de un “factor” de la herencia y ello podría considerarse como el punto de partida para lograr la identificación, aislamiento y caracterización de estos atributos y la forma como podrían ser fijados en una especie. Se le reconoce a Mendel ser el iniciador de las leyes fundamentales de la herencia, que impulsaron el desarrollo de la biología moderna.

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Biotecnología en salud: versiones y dimensiones

Author: María Teresa Reguero Reza
Publication venue: Universidad Nacional de Colombia
Publication date: 01/01/2011
Field of study

Son múltiples las aplicaciones que, desde la biotecnología, se han desarrollado y que actualmente forman parte de la práctica médica: Bioimágenes, diagnóstico molecular, ingeniería tisular, ingeniería celular, fármacos biotecnológicos, vacunas, identificación de determinantes genéticos asociados a diversas enfermedades, terapia génica, medicina regenerativa, lo cual ha generado un entusiasmo creciente sobre la potencialidad de esta disciplina en la concreción de la medicina personalizada.</span

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La secuenciación del DNA: consideraciones históricas y técnicas

Author: Reguero Reza María Teresa
Publication venue
Publication date: 01/01/2014
Field of study

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Investigación en la sede bogotá: palingenesia de saberes

Author: Reguero Reza María Teresa
Publication venue: Facultad de Medicina. Universidad Nacional de Colombia. Sede Bogotá
Publication date: 01/01/2002
Field of study

Los recursos financieros de la Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá que se asignan a la investigación se otorgan a proyectos a través de mecanismos de competencia por calidad y pertinencia. Esto hace referencia a la necesidad de verificar si los proyectos de investigación, cuya calidad ha sido evaluada por pares académicos, se adecuan a las prioridades establecidas en el Plan Global de Desarrollo 1999-2003 y si presentan un positivo impacto en el desarrollo social, científico, tecnológico o económico para el país. Internamente implicó una construcción y rediseño institucionales que propiciaran y apoyaran este tipo de estrategias y que permitieran una articulación entre investigadores para enfrentar el reto de adelantar los proyectos de investigación por grupos intergeneracionales, inter y transdisiciplinarios; vinculados a problemáticas nacionales y la necesaria relación entre los investigadores y las instituciones, tanto del sector público como del sector privado, que participan en el proceso de generación, difusión y absorción de conocimientos e innovaciones

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Investigación en la Sede Bogotá: palingenesia de saberes

Author: María Teresa Reguero Reza
Publication venue: 'Universidad Nacional de Colombia'
Publication date: 01/04/2002
Field of study

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10 años de la secuenciación del genoma humano: Encuentro entre el imaginario y la realidad

Author: María Teresa Reguero Reza
Publication venue: Universidad Nacional de Colombia
Publication date: 01/01/2013
Field of study

Lejano parece en año de 1953 cuando se publica en Nature un artículo sobre la estructura helicoidal de ADN, propuesta por dos investigadores, el británico Francis Crick y el estadounidense James Watson, lo que constituyó la piedra angular de los procesos de secuenciación.</p

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Evaluación preliminar de toxicidad, genotoxicidad y actividad antimicrobiana de Sida rhombifolia L. Preliminary evaluation of Sida rhombifolia L. toxicity, genotoxicity and antimicrobial activity

Author: Brugés Keile
Reguero Reza María Teresa
Publication venue: Universidad Nacional de Colombia
Publication date: 01/07/2007
Field of study

La actual predisposición a consumir productos naturales y, en muchas regiones, la difícil disponibilidad y accesibilidad a los medicamentos han llevado a las poblaciones del mundo a buscar otras alternativas para aliviar sus dolencias. Una de las más difundidas ha sido el regreso a la medicina ancestral, lo cual ha provocado un aumento en el consumo de fitoterapéuticos. En Colombia, el uso de los fitomedicamentos está muy extendido y, dentro de ellos, en esta investigación se seleccionó la planta Sida rhombifolia L. a la cual se le realizó la evaluación de la toxicidad de extractos y fracciones utilizando como organismos de prueba Daphnia magna, Hydra attenuata y Artemia salina. La actividad biológica fue evaluada mediante la prueba de sensibilidad a antimicrobianos y la genotoxicidad con el ensayo Cometa. Los ensayos de toxicidad aguda con los organismos de prueba muestran que los extractos acuosos son prácticamente no tóxicos (CL50 >1000 ppm), lo cual sugiere que su uso en forma de infusión es seguro. Los extractos etanólicos y las fracciones de acetato de etilo y cloroformo presentaron actividad antimicrobiana frente a Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa que puede ser atribuida a los metabolitos secundarios (terpenoides, flavonoides) que están presentes en esta especie. Los extractos etanólicos presentaron una importante actividad genotóxica sobre los linfocitos en el ensayo Cometa, siendo el extracto etanólico de raíces el que presenta mayor genotoxicidad (CL50 35 ppm). Es importante señalar que el extracto acuoso de hojas presenta una baja genotoxicidad (CL50 900 ppm), lo cual es relevante si se toma en consideración que es la parte de la planta tradicionalmente utilizada por las comunidades indígenas ubicadas en la Sierra Nevada de Santa Marta. The current tendency to consume more natural products and difficult availability of and access to medicines in many regions has led the world’s population to seek other alternatives for relieving their ailments. A return to ancestral medicine has been one of the most widely used alternatives in Colombia, provoking increased phytotherapeutic consumption. The Sida rhombifolia L. plant was selected for this investigation; Daphnia magna, Hydra attenuata and Artemia salina extracts and fractions were used as test organisms for toxicity evaluation. Biological activity was evaluated by sensitivity to antimicrobial test and genotoxicity by Comet assay. Acute toxicity with test organisms showed that aqueous extracts were practically non-toxic (CL50 >1,000 ppm), suggesting that they can be safely used in infusions. Ethanol extracts and ethyl acetate and chloroform fractions revealed antimicrobial activity against Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; this could have been due to secondary metabolites (terpenoids, flavonoids) present in these species. Ethanol extracts presented important genotoxicity (CL50 35 ppm); it is worth pointing out that the leaves’ aqueous extracts displayed low genotoxicity (CL50 900 ppm) which is important when taking into account that they are the part of the plant traditionally used by indigenous communities located in the Sierra Nevada de Santa Marta in Colombia.</p

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