The JDownloader Immune System for Continuous Deployment

Continuous deployment can reduce the time from a source code change to a newly deployed application significantly. Increased innovation speed can make all the difference in a competitive market situation. However, deploying at high frequency requires high speeds of discovering bugs in the deployed software. Using the JDownloader file download manager as our example, we present a fitness model to evaluate a continuously deployed software during operation for expected behavior, present the design and implementation of a monitoring component, and evaluate the model and its implementation using data from JDownloader’s multi-million member strong user base. Our evaluation finds that there had been thousands of undetected bugs, and that newly created bugs can be detected and reported 16 times faster than before

lʾ and ʾyn in nominal clauses

lō(ʾ) and ʾēn both operate as negators in Biblical Hebrew nominal clauses. Their distribution has not been thoroughly investigated yet. In this article the author shows that the question of when l¯(») and when »÷n are used can be answered by differentiating the nominal clause types according to the morphological quality of the predicate and the determination degree of the subject

O papel das ureases de soja (Glycine max (L.)Merr.) no desenvolvimento da planta e na proteção contra nematoide causador de galha

Ureases são tradicionalmente conhecidas por catalisar a hidrólise da ureia em amônia e dióxido de carbono. Em soja, três isoformas de urease foram descritas: 1) urease ubíqua, codificada pelo gene Eu4; 2) urease embrião específica, codificada pelo gene Eu1; 3) urease SBU-III, codificada por Eu5. O nitrogênio (N) é o nutriente mais limitante para o crescimento e desenvolvimento da planta. Portanto, mecanismos eficientes para capturar o N nas suas diversas formas, e realocá-lo, são necessários para otimizar o uso do nutriente pela planta. O produto N da atividade da urease - a amônia é incorporada em compostos orgânicos, principalmente, pela atividade da glutamina sintetase. Assim, a urease está envolvida na remobilização do N, bem como na assimilação do N primário. Um estudo anterior foi realizado por nossa equipe com o objetivo de superexpressar o gene Eu4 em plantas de soja. Inesperadamente, as plantas transgênicas exibiram cosupressão do transgene Eu4 e de todos os genes endógenos que codificam as isoformas de urease. Foi verificada também, uma diminuição da atividade ureolítica. Visando determinar o papel das ureases no desenvolvimento da soja, foram comparadas plantas transgênicas co-suprimidas, plantas mutantes e seus respectivos controles. O desenvolvimento das plantas foi avaliado 7, 14, 21 e 30 dias após a semeadura. As plantas co-suprimidas apresentaram um atraso no desenvolvimento durante o primeiro mês após a germinação. Um desenvolvimento mais lento foi observado para o duplo mutante eu1- a/eu4- e o mutante simples eu3-a (este gene codifica uma proteína acessória inativa). A absorção de N nas plantas transgênicas foi significativamente menor do que a das plantas não transgênicas. Entre os mutantes, eu3-a apresentou o menor e eu1-a o maior conteúdo de N. Um número significativamente menor de sementes foi obtido para as plantas transgênicas. Em conjunto estes resultados indicam que o aconteúdo da urease ou da atividade ureolítica desempenham um papel importante no desenvolvimento da planta. A soja (Glycine max) é afetada por vários estresses bióticos e abióticos, que limitam a distribuição geográfica das culturas e levam a reduções significativas de crescimento e produtividade. No Brasil, as doenças causadas por nematoides são um dos estresses bióticos mais prejudiciais para a soja. As principais espécies encontradas no Brasil são Meloidogyne spp. (formadores de galhas), Heterodera glycines (cisto), Pratylenchus brachyurus (lesões radiculares) e Rotylenchulus reniformis (reniforme). Nematoides formadores de galhas e de cisto (nematóides sedentários), os patógenos mais prejudiciais à soja, são muito difíceis de controlar. Neste estudo, foi identificado um peptídeo derivado da urease de soja (nomeado Soyuretox), que exerce efeito tóxico contra fitonematoides formadores de galhas (M. javanica). Soyuretox foi expresso em raízes de plantas compostas plantas transgênicas estáveis de soja. Raízes de plantas compostas e plantas transgênicas estáveis superexpressando Soyuretox exibiram uma redução significativa (50% e 37.5%, respectivamente) no número médio de nematoides e ovos, quando comparado com raízes não transformadas, 45 dias após a inoculação. Este é o primeiro relato de resistência a nematóides causada por um peptideo derivado de uma urease. Soyuretox pode representar uma ferramenta útil bem como uma nova e eficiente alternativa para o controle de pragas e doenças em culturas economicamente importantes.Ureases are traditionally known for catalyzing the hydrolysis of urea to ammonia and carbon dioxide. In soybean, three urease isoforms have been described: 1) ubiquitous urease, encoded by the Eu4 gene; 2) embryo-specific urease, encoded by Eu1gene; 3) SBU-III urease, encoded by Eu5. Nitrogen (N) is the most limiting nutrient for plant growth and development. Therefore efficient mechanisms both to take up N in its various forms, and to reallocate it, are necessary for optimal N use efficiency. The N product of urease activity- ammonia- is incorporated into organic compounds mainly by glutamine synthase activity. Thus, urease is involved in N remobilization, as well as in primary N assimilation. A previous study was performed by our team aiming to overexpress Eu4 gene in soybean plants. Unexpectedly, the transgenic plants exhibited endogenous (for all three genes) and introduced Eu4 transgene co-suppression and decreased ureolytic activity. Here, we sought to determine urease roles in soybean development by silencing all urease isoforms. Analyses were performed using transgenic co-suppressed and mutant plants. Plant development was evaluated 7, 14, 21 and 30 days after sowing. The cosuppressed plants presented a developmental delay during the first month after germination when compared with control. A slower development was observed for the double eu1-a/eu4-a mutant and the eu3-a (this gene codify an inactive accessory protein) single mutant. The N uptake in transgenic plants was significantly lower than that captured by non-transgenic plants. Among mutants, eu3-a presented the lowest and eu1- a the highest N content. A significantly lower number of seeds was obtained for transgenic plants. Altogether, these results indicate that the urease content and/or ureolytic activity play an important role in plant development. Soybeans (Glycine max) are affected by several abiotic and biotic stresses that limit the geographical distribution of cultures and lead to significant reductions in growth and productivity. In Brazil, the diseases caused by nematodes are one of the most damaging biotic stresses for soybeans.. The main species found in Brazil are Meloidogyne spp. (root-knot), Heterodera glycines (cyst), Pratylenchus brachyurus (root lesion) and Rotylenchulus reniformis (reniform). Root-knot and cyst nematodes (sedentary nematodes), the most damaging soybean pathogens, are very difficult to control. In this study, we identified a soybean urease-derived peptide (named Soyuretox) that exerts toxic effects against the root-knot phytonematode (M. javanica). Soyuretox was expressed in soybean roots of composite plants and complete stable transgenic plants. Roots of composite plants and stable transgenic plants overexpressing Soyuretox exhibited a significant reduction (50% and 37.5%, respectively) in the average number of nematodes and eggs when compared with non-transformed roots, 45 days after inoculation. This is the first report of nematode resistance caused by a urease-derived peptide. Soyuretox may represent a useful tool as a new and efficient alternative to control pests and diseases in economically important crops

Efeito das ureases de soja (Glycine max (L.) Merr.) na germinação de sementes e desenvolvimento das plantas

As ureases produzidas por plantas, fungos e bactérias, são metaloenzimas níquel- dependentes que catalisam a hidrólise da uréia em amônia e dióxido de carbono. Existem três proteínas de urease em soja. A urease ubíqua codificada pelo gene Eu4 é expressa em baixos níveis em todos os tecidos da planta e tem sido considerada responsável pela reciclagem de toda a uréia derivada metabolicamente. A urease embrião-específica codificada pelo gene Eu1 é expressa em níveis elevados em embriões em desenvolvimento e sementes maduras. Um terceiro gene codificando urease foi recentemente identificado. Este gene foi nomeado Eu5, e seu produto SBU-III. Eu5 é expresso nos primeiros estágios de desenvolvimento das raízes, mas o seu nível de expressão é menor se comparado ao de outras isoformas de urease. Plantas transgênicas com a supressão da expressão de Eu4 foram previamente obtidas por nossa equipe. Estas plantas transgênicas representam uma ferramenta poderosa para a genomica funcional, porque mutantes nulos nunca tinham sido obtidos para a urease ubíqua. Os objetivos do presente estudo foram caracterizar em nível molecular as progênies de plantas transgênicas com Eu4 co-suprimido e investigar o papel das ureases na capacidade de germinação de sementes e desenvolvimento das plantas. Sementes T1 e T2 obtidas de plantas transgênicas T0 e T1, respectivamente, foram selecionadas por expressão do gene repórter gfp. A presença de transgenes também foi confirmada por PCR. Níveis de expressão das três isoformas da urease (Eu4, Eu1 e Eu5) foram avaliados por RT-qPCR. Os resultados mostraram que co-supressão de Eu4 foi mantida na progênie transgênica. O silenciamento dos outros dois genes codificando ureases foi também demonstrado nessas plantas. A fim de investigar o papel individual dos genes que codificam urease nos processos de germinação e de desenvolvimento das plantas, mutantes simples eu4, eu1 e duplo eu4/eu1 foram também avaliados. Os resultados sugerem que a ausência de uma ou mais isoformas de urease não afetou a viabilidade das sementes, mesmo depois de armazenadas. Por outro lado, uma grande contribuição de Eu1 e Eu5 no padrão temporal de desenvolvimento das plantas foi demonstrada. A ausência de Eu1 determinou um atraso nos primeiros estágios de desenvolvimento, enquanto que nas plantas com silenciamento de todos os três genes que codificam ureases este fenótipo foi estendido para estágios de desenvolvimento subsequentes. Há sugestão na literatura de que Eu5 não seja funcional uma vez que elevado número de mutações têm sido detectados neste gene. No entanto, de acordo com nossos resultados, o produto deste gene pode estar envolvido no desenvolvimento da planta.Urease, produced by plants, fungi and bacteria, is a nickel-dependent metalloenzyme that catalyzes the hydrolysis of urea to ammonia and carbon dioxide. There are three urease structural proteins in soybean. The ubiquitous urease encoded by Eu4 gene is expressed at low levels in all plant tissues and has been considered to be responsible for recycling all metabolically-derived urea. The embryo-specific urease encoded by Eu1 gene is expressed in high levels in developing embryos and ripe seeds. A third urease encoding gene was recently identified. This gene was named Eu5, and its product SBU-III. Eu5 is expressed in the first stages of root development, but its expression level is lower if compared to that of other urease isoforms. Transgenic plants with suppression of Eu4 expression were previously obtained by our team. These transgenic plants represent a powerful tool for functional genomics, because null mutants have never been obtained for the ubiquitous urease. The goals of the present study were to characterize at molecular level progenies of transgenic Eu4 co-suppressed plants and investigate the role of ureases on seed germination capacity and plant development. T1 and T2 seeds obtained from T0 and T1 transgenic plants, respectively, were screened for gfp-reporter gene expression. Presence of transgenes was also confirmed by PCR. Expression levels of the three urease isoforms (Eu4, Eu1 and Eu5) were evaluated by RT-qPCR. Results showed that Eu4 co-suppression was maintained in the transgenic progeny. Silencing of the other two ureases encoding genes was also demonstrated in those plants. In order to investigate the role of individual urease encoding genes on germination and plant developmental processes, eu4, eu1 single and eu4/eu1 double mutants were also evaluated. Results suggest that lack of one or more ureases isoforms did not affect seed capacity even after stored. On the other hand, a great contribution of Eu1 and Eu5 on temporal plant developmental pattern was demonstrated. The lack of Eu1 determined a delay in the first developmental stages, whereas silencing of all three soybean ureases encoding genes distended this phenotype for further growth stages. Eu5 has been suggested not to be functional as it presents high number of mutations. However, according to our results the product of this gene might be involved on plant development