The Bryophyte Flora of Aladağlar National Park (Turkey)

In this study, the bryophyte flora of Aladağlar National Park was investigated. Based on the result of identifications of 3672 bryophyte specimens collected from the national park, total of 249 taxa were found (13 liverworts, 236 mosses). Among them, Marchantia polymorpha L. subsp. ruderalis Bischl. & Boisselier, Preissia quadrata (Scop.) Nees, Physcomitrium eurystomum Sendtn, Schistidium sordidum I.Hagen, Brachythecium capillaceum (F.Weber & D.Mohr) Giacom, and Hypnum bambergeri Schimp. are recorded for the second time from Turkey. Also, a total of 57 taxa were reported for the first time from C13, according to the grid-square in the system of Turkey adopted by Henderson.

Preživljavanje bakterije Listeria monocytogenes u Ayranu, tradicionalnom turskom fermentiranom napitku

Ayran is a traditional fermented dairy product produced by mixing milk or yoghurt, water and salt. In this study, survival of Listeria monocytogenes 1/2b was investigated in Ayran samples. For that purpose, Ayran samples produced from yoghurt (Group A and B) or directly form milk (Group C and D) were contaminated with 1 % concentration of 7 (A1, B1, C1 and D1 samples) or 5 (A2, B2, C2 and D2 samples) log cfu/mL of L. monocytogenes. So, eight different samples of Ayran were produced and stored at 4 ºC (Group A and C) or 20 ºC (Group B and D) for 21 days. According to the obtained results, there was no significant change in the number of viable cells of L. monocytogenes 1/2b in samples A1, A2, C1 and C2 after 21 days of the storage period. However, L. monocytogenes 1/2b cells of B1 and B2 samples were completely inhibited after 5 days of storage at 20 ºC. Similarly to that, L. monocytogenes 1/2b cells in samples D1 and D2 were also completely inhibited after 3 days of the storage. Streptococcus thermophilus and Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus viable cell counts were between 103-107 cfu/mL in all of the samples. Consequently, Ayran contaminated with L. monocytogenes may contribute to a risk for public health. But, due to low pH of approximately ≤3.90, Ayran is relatively safe from the risk of L. monocytogenes.Ayran je tradicionalni fermentirani mliječni proizvod koji se dobiva miješanjem mlijeka ili jogurta, te vode i soli. U ovom je istraživanju ispitivano preživljavanje soja Listeria monocytogenes 1/2b u uzorcima Ayrana. U tu su svrhu proizvedeni uzorci Ayrana iz jogurta (skupina A i B) ili izravno iz mlijeka (skupina C i D) te kontaminirani dodatkom 1 % kulture soja L. monocytogenes 1/2b u koncentraciji 7 (uzorci A1, B1, C1 i D1) ili 5 (uzorci A2, B2, C2 i D2) log cfu/mL. Time je proizvedeno ukupno 8 različitih uzoraka Ayrana koji su čuvani 21 dan na 4 °C (skupina A i C) odnosno na 20 °C (skupina B i D). Dobiveni rezultati pokazali su da u uzorcima A1, A2, C1 i C2 broj živih stanica soja L. monocytogenes 1/2b nije bio promijenjen na završetku skladištenja. Međutim, stanice L. monocytogenes u uzorcima B1 i B2 bile su potpuno inhibirane na kraju petog dana skladištenja na 20 °C. Slično tomu, u uzorcima D1 i D2 su stanice dodane kulture soja L. monocytogenes 1/2b također bile inhibirane nakon tri dana skladištenja. Pritom je broj živih stanica jogurtne kulture sastavljene od vrsta Streptococcus thermophilus i Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus u svim uzorcima bio između 103-107 cfu/mL. Prema tome, Ayran kontaminiran bakterijom L. monocytogenes može uzrokovati rizik za zdravlje potrošača. Međutim, zbog relativno niskog pH koji se kreće ispod 3,90, Ayran je relativno siguran proizvod kad se radi o prisustvu bakterijske vrste L. monocytogenes

Scapania gracilis Lindb. (Hepaticae, Scapaniaceae), new to bryophyte flora of Turkey

Scapania gracilis Lindb. is a hygro- to mesophytic liverwort species which is reported for the first time from Turkey. The species is described from material collected from the north-west Anatolia (Sakarya) which has very warm summers and mild winters with high annual rainfall (800–1000 mm) in Marmara region and very humid conditions. Turkish plants are described and illustrated.

Notes on Rediscovery of Tortula vlassovii (Laz.) Ros & Herrnst in Turkey

Tortula vlassovii dünya biyoçeşitliği açısından korunması gereken önemli karayosunu türlerinden biridir. Bu tür; Türkiye Florasında şimdiye kadar yalnızca bir lokaliteden bilinmekteydi. Bu karayosunu Türkiye briyoflorasında yaklaşık yarım asırdır kayıptı. Bu çalışmada bu tür Türkiye’den ikinci kez toplanmış, mikro dijital fotoğrafları çekilmiş ve tanıtımı yapılmıştır. Bu makalenin amacı, dünyada nesli tehlike altında olan ve taksonomik durumu hala tartışılan Tortula vlassovii’nin Türkiye’deki durumunu ortaya çıkarmaktır.Tortula vlassovii is one of the most important moss species that should be protected in terms of world biodiversity. So far, this species was known from only one locality in the bryophyte flora of Turkey. This moss species has lost nearly half a century in Turkey Bryoflora. In this study, it was collected for the second time and micro digital photographs were taken and introduced. The purpose of this article is endangered in the world and taxonomic status is still debated, Tortula vlassovii reveal the situation in Turkey.TÜBİTAK 119Z205 nolu proj

Detection of prevalence, antibiotic resistance and virulence factors of enterococcus spp. ısolated from ready to eat foods

Bu çalışmada tüketime hazır bazı gıdalarda Enterokok türlerinin prevalansı, antibiyotik dirençliliği ve virülans faktörleri belirlendi. Analize alınan 187 gıda örneğinin 112 (%59,9)’sinde 114 Enterococcus spp. izole edildi. Et ürünlerinden 39 (%34,8), peynirlerden 42 (%37,5), salatalardan 25’i (%22,3) ve helva örneklerinden 8 (%7,1)’inde Enterococcus spp. izolatı elde edildi. Antibiyotik dirençlilik testi sonuçlarına göre, elde edilen Enterokok izolatlarının çalışmada kullanılan antibiyotiklerden en az dördüne dirençlilik gösterdiği tespit edildi. İzolatların hiçbirinde gelatinaz aktivitesi gözlenmezken, 36’sında (%31,6) hemolizin aktivitesi pozitif tespit edildi. Sonuç olarak starter kültür olarak kullanılabileceği ve insanlar için zararsız olduğu düşünülen bazı Enterokok türlerinin, virülens faktörler ve sahip olabilecekleri antimikrobiyal direnç bakımından halk sağlığı ve gıda güvenliği açısından bir risk oluşturabilmektedir. Bu nedenle gıda endüstrisinde starter olarak kullanılabilecek Enterokok türleri, patojenite özelliği bulunmayan ve antibiyotik direnç genlerine sahip olmayanlardan seçilmelidir.In this study, we identified the prevalence of Enterococcus spp., antibiotic resistance and several virulence factors of some ready-to-eat foods. Totally 114 Enterococcus spp. were isolated in 112 (59.90 %) of the 187 food samples analysed. Enterococcus spp. isolates were obtained from 39 samples of meat products (34.80 %), 42 samples of cheese brands (37.50 %), 25 samples of salads (22.30 %) and eight samples of halva (7.10 %). According to the results of the antibiotic resistance test, the Enterococci isolates obtained were determined to show resistance to at least 4 of the antibiotics used in the study. While no gelatinase activity was observed in any of the isolates, haemolysin activity was observed to be positive in 36 of them (31.60 %). As a result, having been regarded for years as harmless and reported likely to be used as a starter culture, some Enterococcus spp. pose a risk to public health and to food safety since they have virulence factors and strong antimicrobial resistance. For this reason, the Enterococcus spp. to be used as a starter in the food industry should be chosen from among those that don’t have pathogenicity and antibiotic resistance genes

Determination of listeria species in water buffalo and cow milk obtained from Afyonkarahisar province

Listeria spp. doğada yaygın olarak bulunmakta ve halk sağlığı açısından önemli derecede risk oluşturabilmektedir. Bu bakteriler mastitisli hayvanlar, hijyenik olmayan sağım ekipmanları, transport veya depolama esnasında çiğ süte bulaşabilmektedir. Yapılan bu çalışmada Afyonkarahisar ilinden toplanan 100 manda ve 100 inek sütü olmak üzere toplam 200 çiğ süt numunesi materyal olarak kullanıldı. Toplanan süt numuneleri ISO 11290-1 yöntemi kullanılarak Listeria spp. varlığı yönünden analiz edildi. Analiz edilen 100 çiğ manda süt örneğinin 1’inde (%1) ve 100 çiğ inek süt örneğinin 4’ünde (%4) Listeria spp. klasik kültür metodu ile izole edildikten sonra Microbact 12L test kiti kullanılarak identifiye edildi. Ayrıca izole ve identifiye edilen Listeria türleri PCR ile onaylandı. Sonuç olarak manda sütünden izole edilen ve onaylanan Listeria türlerinin L. seeligeri (%1) olduğu, inek sütlerinden izole edilenlerin ise L. seeligeri (%3) ve L. ivanovii (%1) olduğu belirlendi. Yapılan çalışma sonucunda Afyonkarahisar ilinden toplanan çiğ manda ve inek sütlerinde L. monocytogenes saptanmazken, L. seeligeri ve L. ivanovii tespit edilmiş olup bu çalışma sonucunda Afyonkarahisar ilinden toplanan çiğ manda ve inek sütlerinde Listeria türlerinin yaygın olarak bulunmadığı belirlendi. Ancak Listeria türlerinin doğada yaygın olarak bulunması nedeniyle saha tarama çalışmalarının periyodik olarak yapılması, özellikle süt ve süt ürünleri işletmelerinde hijyen ve sanitasyon kurallarına uyulması, bu işletmelerde görev alan personelin bilgilendirilmesi önerilmektedir.Listeria is one of the significant and commonly found bacteria in the environment which presents a high risk to human health. These bacteria can be transmitted to raw milk by mastitis infections, unhygienic milking equipment, transport, or storage. In this work, 200 raw milk samples (100 buffalo milk and 100 cow milk) collected from Afyonkarahisar province, were used as study material and milk samples were evaluated regarding the presence of Listeria spp. Detection of these bacteria was performed according to the method of ISO 11290-1. One Listeria spp. from 100 buffalo milk and four Listeria spp. from 100 cow milk samples were isolated by conventional method. The identification of isolated Listeria spp. was performed by Microbact 12L test kit. Also, isolated bacteria were confirmed by PCR technique. Isolated Listeria spp. from buffalo milk was determined as L. seeligeri (1%), those isolated from cow's milk were determined as L. seeligeri (3%) and L. ivanovii (%1). As a conclusion, this study shows that Listeria species are not widely present in raw buffalo milk and raw cow milk collected from Afyonkarahisar province. However, periodic field surveys are suggested due to the widespread presence of Listeria species in nature. Particularly, it is recommended to obey hygiene and sanitation rules and inform the staff working in milk and milk processing plant

Determination of metal and heavy metal residues in buffalo milk by ICP-MS

Manda sütü, gıda teknolojisinde kullanılan sütler arasında en yüksek yağ oranına sahiptir. Günümüzde egzoz dumanı, atık su ile sulama, endüstriyel ve madencilik faaliyetleri gibi birçok nedenden dolayı toprakta önemli miktarda ağır metaller bulunabilmektedir. Bu metaller hayvan ve insan sağlığını önemli ölçüde etkilemektedir. Bu çalışmanın amacı, Afyonkarahisar ilinden toplanan 50 çiğ manda sütünde Al, Cr, Mn, Fe, Co, Cu, Zn, As, Se, Mo, Ag, Cd, Hg ve Pb gibi metallerin/ağır metallerin varlığını ve seviyesini ICP-MS ile belirlemektir. Süt örneklerinde Al, Cr, Mn, Fe, Co, Cu, Zn, Se ve Mo seviyesi sırasıyla 0.098, 0.001, 0.042, 0.331 0.001 0.076, 4.116, 0.011 ve 0.022 ppm olarak tespit edilmiştir. Ağır metallerin (Pb, As, Ag, Cd ve Hg) ise tespit edilebilir limitin altında olduğu belirlenmiştir. Bu durum, manda yetiştiriciliğinin ve süt üretiminin ağır metal kontaminasyonundan uzak koşullar altında gerçekleştirildiğini göstermektedir. Ayrıca, diğer metal seviyelerindeki farklılıklar hayvanların beslenmesi ve çevresel koşullardan kaynaklanabilir.Buffalo milk has the highest value of fat ratio among milk used in food technology. Today, a significant amount of heavy metal found in the soil due to many reasons such as exhaust fumes, wastewater irrigation, industrial and mining activities. Therefore, the health of animal and human is significantly affected. The aim of this study was to determine the presence and contamination level of metals/heavy metals as Al, Cr, Mn, Fe, Co, Cu, Zn, As, Se, Mo, Ag, Cd, Hg, and Pb in 50 raw buffalo milk samples obtained from Afyonkarahisar by using ICP-MS instrument. Contamination level of milk samples with Al, Cr, Mn, Fe, Co, Cu, Zn, Se, and Mo was detected as 0.098, 0.001, 0.042, 0.331, 0.001, 0.076, 4.116, 0.011, and 0.022 ppm respectively. In addition, contamination level of Pb, As, Ag, Cd, and Hg was determined under LOD. This suggests that buffalo breeding and milk production are performed under suitable conditions preventing from heavy metal contamination. It is also assessed that the quantities and differences in other metal levels detected in the analysis may depend on the feeding of the animals and environmental conditions

An investigation on the presence of Salmonella SPP. in raw water buffalo milks collected from Afyonkarahisar province

Gıda kaynaklı önemli bir patojen ve zoonoz olan Salmonella spp. et, yumurta, peynir ve çiğ süt gibi hayvansal gıdaları kontamine ederek gıda kaynaklı salgınlara neden olabilmektedir. Yapılan bu çalışmada Afyonkarahisar'da çiğ manda sütlerinde Salmonella spp. varlığının ve kontaminasyon düzeyinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, manda sütü üreticilerinden temin edilen 100 adet çiğ manda sütü örneği steril kaplara alınarak soğuk zincir altında laboratuvara ulaştırıldı ve ISO 6579 metoduna göre Salmonella spp. varlığı bakımından analize alındı. Analize alınan çiğ manda sütü örneklerinin 2 tanesinde (%2) Salmonella spp. izole edildi ve PCR tekniği kullanılarak onaylandı. Sonuç olarak, Afyonkarahisar’dan toplanan çiğ manda sütlerinde Salmonella spp.’nin yaygın olarak bulunmadığı tespit edilmiştir. Ancak, Salmonella enfeksiyonlarının hafif seyirli gastroenteritislerden, ciddi septisemilere kadar sağlık problemlerine neden olabileceği göz önünde bulundurulduğundan, Salmonella spp’nin sütlerden eliminasyonunda pastörizasyon işleminin önemli rol oynadığının göz ardı edilmemesi, süt işletmelerinde çalışan personelin bu konuda bilgilendirilmesi ve işletmelerde hijyen ve sanitasyon kurallarına uyulması önerilmektedir.Salmonella spp., important foodborne pathogens and zoonoses, can cause food-borne outbreaks by contaminating food of animal origin such as meat, eggs, cheese, and raw milk. This study aimed to determine the presence and the contamination level of Salmonella spp. in raw buffalo milk samples collected from Afyonkarahisar. For this purpose, 100 milk samples collected from buffalo milk producers were taken aseptically and transferred to the laboratory under cold chain contidions, followingly samples were analyzed according to the method of ISO 6579. Two Salmonella spp. were isolated from the collected buffalo milk samples and they were confirmed by means of the PCR technique. Consequently, it was determined that Salmonella spp. was not widely found in raw buffalo milk collected from Afyonkarahisar. However, considering that Salmonella infections may cause health problems from mild gastroenteritis to severe septicemia, it is recommended that the staff working in dairy companies should be informed about to obey hygiene and sanitation rules and the importance of pasteurization process in elimination of this food pathogens

Investigation of microbiological quality parameters of packaged and unpackaged ıce cream samples offered for sale in Afyonkarahisar

Dondurma, yaygın olarak tüketilen yüksek besin değerine sahip bir süt ürünüdür. Bu çalışmada Afyonkarahisar'da pazarlanan ambalajlı dondurma (n:40) ve ambalajsız dondurma (n:40) örneklerinin mikrobiyolojik kalitesi değerlendirilmiştir. Çalışmanın sonuçları minimum ve maksimum toplam mezofilik aerobik bakteri, toplam psikrofilik bakteri, Enterobacteriaceae, koliform, koagulaz pozitif stafilokok, maya/küf düzeylerinin ambalajlı dondurma örnekleri için sırasıyla <2,00 ve 4,30; <2,00 ve 2,48 ; <2,00 ve 3,42; <2,00 ve 2,48; <2,00 ve 2,60; <2,00 ve 3,78 log kob/g olduğunu gösterirken bu değerlerin ambalajsız dondurma örnekleri için 3,20 ve 5,96; <2,00 ve 2,82; <2,00 ve 6,20; <2,00 ve 5,68; <2,00 ve 5,53; <2,00 ve 3,60 olduğunu göstermiştir. Ayrıca, E. coli'nin sadece ambalajsız dondurma örneklerinde olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte, dondurma örneklerinin hiçbirinin Salmonella spp. ve Listeria spp. içermediği belirlendi. Sonuç olarak, mikrobiyolojik yönden analiz edilen dondurma örneklerinden özellikle ambalajsız olarak açıkta satılanların değişik düzeylerde E.coli, koliform ve koagulaz pozitif stafilokok içermesi hijyenik kalitenin yetersiz olduğuna işaret etmektedir. Hijyenik kalitenin istenen seviyeye getirilebilmesi için dondurma üretiminin tüm aşamalarında hijyenik tedbirlere uyulması gerekmektedir.Ice cream is a commonly consumed milk product with a high nutritive value. In this study, microbiological properties of packaged ice cream (40) and unpackaged ice cream (40) samples marketed in Afyonkarahisar were investigated. The results of the study showed that minimum and maximum levels of total mesophilic aerobic bacteria, total psychrophilic bacteria, Enterobacteriaceae, coliform, coagulase-positive staphylococci, yeast/mould determined as <2.00 and 4.30; <2.00 and 2.48; <2.00 and 3.42; <2.00 and 2.48; <2.00 and 2.60; <2.00 and 3.78 log cfu/g for packaged ice cream samples; 3.20 and 5.96; <2.00 and 2.82; <2.00 and 6.20; <2.00 and 5.68; <2.00 and 5.53; <2.00 and 3.60 log cfu/g for unpackaged ice cream samples. Also, E. coli was only found in unpackaged ice cream samples. In addition, none of the ice cream samples was contaminated with Salmonella spp. and Listeria spp. In conclusion, microbiological analysis of ice cream samples showed that especially unpackaged ice cream samples contain different levels of E.coli, coliform and coagulase-positive staphylococci, which indicates an insufficient hygienic quality. To bring hygienic quality to the desired level, hygienic measures must be followed at all stages of ice cream production