Population biology of the Ralstonia solanacearum species complex in Madagascar and the southwest Indian Ocean

Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) composé de La Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte. Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée de celle observée dans le SOOI où l'on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches de celui-ci y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représentait la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat étonnant nous a poussé à explorer en particulier l'influence de la bactériocine, une substance antimicrobienne, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar - SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocine des souches du ceRs. Les sequevars I-18 et I-31 produisent de la bactériocine active contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans le SOOI. De plus, les souches du sequevar I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d'expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d'autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l'identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées. Vu l'importance économique des pertes causées par le ceRs qui est considéré comme étant la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines mérite d'être explorée.Bacterial wilt (BW), caused by the bacteria Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), is considered as one of the most devastating diseases on solanaceous crops in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SOOI) composed of La Réunion, Mauritius, Rodrigues, Seychelles, Comoros, and Mayotte. To manage BW, it is essential to analyze the epidemiological situation of RSSC in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SWIO). Firstly, we developed a genotyping scheme specific to phylotype I strains. Then, we analyzed the diversity and genetic structure of the Malagasy strains. The epidemiological pattern of RSSC in Madagascar is contrasted to that observed in the SWIO (high prevalence of phylotype I sequevar 31). Indeed, only two strains of this genetic lineage have been identified while phylotype I sequevar 18 represented the vast majority of the Malagasy samples. This surprising result prompted us to explore the influence of bacteriocin, an antimicrobial substance, in the prevalence of I-18 in Madagascar and I-31 in the SWIO. We also studied the bacteriocin activity of various RSSC strains. Sequevars I-18 and I-31 produce bacteriocins active against a broad spectrum of strains encountered in Madagascar and the SWIO. In addition, I-18 Malagasy strains produce bacteriocins highly active against sequevar I-31. Nevertheless, the results obtained do not fully explain the epidemiology of RSSC in the region and other mechanisms and factors should be explored. Another major result of this thesis was the identification of two strains belonging to IIA-36 that produce bacteriocins highly active against the vast majority of strains tested. In view of the need to control this devastating plant pathogen, which is considered as the second most damaging phytobacteria in the world and due to the lack of effective control methods, a biocontrol strategy based on bacteriocins merits to be explored

Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l'océan indien

Bacterial wilt (BW), caused by the bacteria Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), is considered as one of the most devastating diseases on solanaceous crops in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SOOI) composed of La Réunion, Mauritius, Rodrigues, Seychelles, Comoros, and Mayotte. To manage BW, it is essential to analyze the epidemiological situation of RSSC in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SWIO). Firstly, we developed a genotyping scheme specific to phylotype I strains. Then, we analyzed the diversity and genetic structure of the Malagasy strains. The epidemiological pattern of RSSC in Madagascar is contrasted to that observed in the SWIO (high prevalence of phylotype I sequevar 31). Indeed, only two strains of this genetic lineage have been identified while phylotype I sequevar 18 represented the vast majority of the Malagasy samples. This surprising result prompted us to explore the influence of bacteriocin, an antimicrobial substance, in the prevalence of I-18 in Madagascar and I-31 in the SWIO. We also studied the bacteriocin activity of various RSSC strains. Sequevars I-18 and I-31 produce bacteriocins active against a broad spectrum of strains encountered in Madagascar and the SWIO. In addition, I-18 Malagasy strains produce bacteriocins highly active against sequevar I-31. Nevertheless, the results obtained do not fully explain the epidemiology of RSSC in the region and other mechanisms and factors should be explored. Another major result of this thesis was the identification of two strains belonging to IIA-36 that produce bacteriocins highly active against the vast majority of strains tested. In view of the need to control this devastating plant pathogen, which is considered as the second most damaging phytobacteria in the world and due to the lack of effective control methods, a biocontrol strategy based on bacteriocins merits to be explored.Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) composé de La Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte. Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée de celle observée dans le SOOI où l'on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches de celui-ci y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représentait la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat étonnant nous a poussé à explorer en particulier l'influence de la bactériocine, une substance antimicrobienne, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar - SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocine des souches du ceRs. Les sequevars I-18 et I-31 produisent de la bactériocine active contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans le SOOI. De plus, les souches du sequevar I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d'expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d'autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l'identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées. Vu l'importance économique des pertes causées par le ceRs qui est considéré comme étant la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines mérite d'être explorée

Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l'océan indien

Bacterial wilt (BW), caused by the bacteria Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), is considered as one of the most devastating diseases on solanaceous crops in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SOOI) composed of La Réunion, Mauritius, Rodrigues, Seychelles, Comoros, and Mayotte. To manage BW, it is essential to analyze the epidemiological situation of RSSC in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SWIO). Firstly, we developed a genotyping scheme specific to phylotype I strains. Then, we analyzed the diversity and genetic structure of the Malagasy strains. The epidemiological pattern of RSSC in Madagascar is contrasted to that observed in the SWIO (high prevalence of phylotype I sequevar 31). Indeed, only two strains of this genetic lineage have been identified while phylotype I sequevar 18 represented the vast majority of the Malagasy samples. This surprising result prompted us to explore the influence of bacteriocin, an antimicrobial substance, in the prevalence of I-18 in Madagascar and I-31 in the SWIO. We also studied the bacteriocin activity of various RSSC strains. Sequevars I-18 and I-31 produce bacteriocins active against a broad spectrum of strains encountered in Madagascar and the SWIO. In addition, I-18 Malagasy strains produce bacteriocins highly active against sequevar I-31. Nevertheless, the results obtained do not fully explain the epidemiology of RSSC in the region and other mechanisms and factors should be explored. Another major result of this thesis was the identification of two strains belonging to IIA-36 that produce bacteriocins highly active against the vast majority of strains tested. In view of the need to control this devastating plant pathogen, which is considered as the second most damaging phytobacteria in the world and due to the lack of effective control methods, a biocontrol strategy based on bacteriocins merits to be explored.Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) composé de La Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte. Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée de celle observée dans le SOOI où l'on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches de celui-ci y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représentait la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat étonnant nous a poussé à explorer en particulier l'influence de la bactériocine, une substance antimicrobienne, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar - SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocine des souches du ceRs. Les sequevars I-18 et I-31 produisent de la bactériocine active contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans le SOOI. De plus, les souches du sequevar I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d'expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d'autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l'identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées. Vu l'importance économique des pertes causées par le ceRs qui est considéré comme étant la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines mérite d'être explorée

Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l'océan indien

Bacterial wilt (BW), caused by the bacteria Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), is considered as one of the most devastating diseases on solanaceous crops in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SOOI) composed of La Réunion, Mauritius, Rodrigues, Seychelles, Comoros, and Mayotte. To manage BW, it is essential to analyze the epidemiological situation of RSSC in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SWIO). Firstly, we developed a genotyping scheme specific to phylotype I strains. Then, we analyzed the diversity and genetic structure of the Malagasy strains. The epidemiological pattern of RSSC in Madagascar is contrasted to that observed in the SWIO (high prevalence of phylotype I sequevar 31). Indeed, only two strains of this genetic lineage have been identified while phylotype I sequevar 18 represented the vast majority of the Malagasy samples. This surprising result prompted us to explore the influence of bacteriocin, an antimicrobial substance, in the prevalence of I-18 in Madagascar and I-31 in the SWIO. We also studied the bacteriocin activity of various RSSC strains. Sequevars I-18 and I-31 produce bacteriocins active against a broad spectrum of strains encountered in Madagascar and the SWIO. In addition, I-18 Malagasy strains produce bacteriocins highly active against sequevar I-31. Nevertheless, the results obtained do not fully explain the epidemiology of RSSC in the region and other mechanisms and factors should be explored. Another major result of this thesis was the identification of two strains belonging to IIA-36 that produce bacteriocins highly active against the vast majority of strains tested. In view of the need to control this devastating plant pathogen, which is considered as the second most damaging phytobacteria in the world and due to the lack of effective control methods, a biocontrol strategy based on bacteriocins merits to be explored.Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) composé de La Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte. Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée de celle observée dans le SOOI où l'on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches de celui-ci y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représentait la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat étonnant nous a poussé à explorer en particulier l'influence de la bactériocine, une substance antimicrobienne, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar - SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocine des souches du ceRs. Les sequevars I-18 et I-31 produisent de la bactériocine active contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans le SOOI. De plus, les souches du sequevar I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d'expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d'autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l'identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées. Vu l'importance économique des pertes causées par le ceRs qui est considéré comme étant la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines mérite d'être explorée

Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l'océan indien

Bacterial wilt (BW), caused by the bacteria Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), is considered as one of the most devastating diseases on solanaceous crops in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SOOI) composed of La Réunion, Mauritius, Rodrigues, Seychelles, Comoros, and Mayotte. To manage BW, it is essential to analyze the epidemiological situation of RSSC in Madagascar and the South-West Indian Ocean (SWIO). Firstly, we developed a genotyping scheme specific to phylotype I strains. Then, we analyzed the diversity and genetic structure of the Malagasy strains. The epidemiological pattern of RSSC in Madagascar is contrasted to that observed in the SWIO (high prevalence of phylotype I sequevar 31). Indeed, only two strains of this genetic lineage have been identified while phylotype I sequevar 18 represented the vast majority of the Malagasy samples. This surprising result prompted us to explore the influence of bacteriocin, an antimicrobial substance, in the prevalence of I-18 in Madagascar and I-31 in the SWIO. We also studied the bacteriocin activity of various RSSC strains. Sequevars I-18 and I-31 produce bacteriocins active against a broad spectrum of strains encountered in Madagascar and the SWIO. In addition, I-18 Malagasy strains produce bacteriocins highly active against sequevar I-31. Nevertheless, the results obtained do not fully explain the epidemiology of RSSC in the region and other mechanisms and factors should be explored. Another major result of this thesis was the identification of two strains belonging to IIA-36 that produce bacteriocins highly active against the vast majority of strains tested. In view of the need to control this devastating plant pathogen, which is considered as the second most damaging phytobacteria in the world and due to the lack of effective control methods, a biocontrol strategy based on bacteriocins merits to be explored.Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) composé de La Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte. Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans le Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée de celle observée dans le SOOI où l'on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches de celui-ci y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représentait la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat étonnant nous a poussé à explorer en particulier l'influence de la bactériocine, une substance antimicrobienne, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar - SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocine des souches du ceRs. Les sequevars I-18 et I-31 produisent de la bactériocine active contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans le SOOI. De plus, les souches du sequevar I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d'expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d'autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l'identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées. Vu l'importance économique des pertes causées par le ceRs qui est considéré comme étant la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines mérite d'être explorée

Extraction, caractérisation et purification de bactériocines provenant du complexe d'espèces bactérien Ralstonia solanacearum : vers une stratégie innovante dans la lutte contre le flétrissement bactérien

International audienceExtraction, caractérisation et purification de bactériocines provenant du complexe d'espèces bactérien Ralstonia solanacearum : vers une stratégie innovante dans la lutte contre le flétrissement bactérie

Extraction, caractérisation et purification de bactériocines provenant du complexe d'espèces bactérien Ralstonia solanacearum : vers une stratégie innovante dans la lutte contre le flétrissement bactérien

International audienceExtraction, caractérisation et purification de bactériocines provenant du complexe d'espèces bactérien Ralstonia solanacearum : vers une stratégie innovante dans la lutte contre le flétrissement bactérie

Bacteriocin Production Correlates with Epidemiological Prevalence of Phylotype I Sequevar 18 Ralstonia pseudosolanacearum in Madagascar

International audienceBacterial wilt caused by the Ralstonia solanacearum species complex (RSSC) is a major threat to vegetable crops in Madagascar. For more effective disease management, surveys were carried out in the main vegetable production areas of the country, leading to the collection of 401 new RSSC isolates. Phylogenetic assignment of the isolates revealed a high prevalence of phylotype I sequevar 18. This result contrasts sharply with the epidemiological pattern of RSSC in neighboring islands, including Reunion Island, Comoros, Mayotte, Mauritius, Rodrigues, and the Seychelles, where phylotype I sequevar 31 is widespread. Molecular typing characterization of the Malagasy isolates allowed the identification of 96 haplotypes. Some are found in various plots located in different provinces, which suggests that they were probably disseminated via infected plant material. To find out a potential explanation for the observed epidemiological pattern, we examined the capacity of the Malagasy strains to produce bacteriocin. Interestingly, the highly prevalent genetic lineages I-18 produce bacteriocins that are active against all the genetic lineages present in the country. This work sheds light on the potential impact of bacteriocins in the epidemiology of Malagasy RSSC.IMPORTANCE Knowledge of the epidemiology of a plant pathogen is essential to develop effective control strategies. This study focuses on the epidemiological pattern of Ralstonia pseudosolanacearum phylotype I populations responsible for bacterial wilt in Madagascar. We identified, with the newly collected isolates in three provinces, four genetic lineages probably propagated via infected plant material in Madagascar. We revealed that the epidemiological situation in Madagascar contrasts with that of neighboring Indian Ocean islands. Interestingly, our study on the bacteriocin-producing capacity of Malagasy isolates revealed a correlation between the inhibitory activity of the producing strains and the observed epidemiology. These results suggested that the epidemiology of plant pathogens may be impacted by bacteriocin production

Molecular Epidemiology of Ralstonia pseudosolanacearum Phylotype I Strains in the Southwest Indian Ocean Region and Their Relatedness to African Strains

International audienceThe increasing requirement for developing tools enabling fine strain traceability responsible for epidemics is tightly linked with the need to understand factors shaping pathogen populations and their environmental interactions. Bacterial wilt caused by the Ralstonia solanacearum species complex (RSSC) is one of the most important plant diseases in tropical and subtropical regions. Sadly, little, outdated, or no information on its epidemiology is reported in the literature, although alarming outbreaks are regularly reported as disasters. A large set of phylotype I isolates ( n = 2,608) was retrieved from diseased plants in fields across the Southwest Indian Ocean (SWIO) and Africa. This collection enabled further assessment of the epidemiological discriminating power of the previously published RS1-MLVA14 scheme. Thirteen markers were validated and characterized as not equally informative. Most had little infra-sequevar polymorphism, and their performance depended on the sequevar. Strong correlation was found with a previous multilocus sequence typing scheme. However, 2 to 3% of sequevars were not correctly assigned through endoglucanase gene sequence. Discriminant analysis of principal components (DAPC) revealed four groups with strong phylogenetic relatedness to sequevars 31, 33, and 18. Phylotype I-31 isolates were highly prevalent in the SWIO and Africa, but their dissemination pathways remain unclear. Tanzania and Mauritius showed the greatest diversity of RSSC strains, as the four DAPC groups were retrieved. Mauritius was the sole territory harboring a vast phylogenetic diversity and all DAPC groups. More research is still needed to understand the high prevalence of phylotype I-31 at such a large geographic scale

Loop-Mediated Isothermal Amplification assays for rapid detection of Ralstonia solanacearum species complex and Phylotype I in solanaceous crops

The Ralstonia solanacearum species complex (RSSC) causes bacterial wilt diseases, which affect a wide range of plant hosts, including Solanaceae, and is of major economic importance. Point-of-care (POC) techniques like LAMP (loop-mediated isothermal amplification) allow the rapid and sensitive detection of plant pathogens and can be deployed directly in the field. For fast and reliable diagnosis on-site, we optimized a RSSC-LAMP assay and developed a real-time LAMP assay targeting the phylotype I. Both LAMPs were highly specific, yielding negative results for a wide collection of non-target strains and positive results for all target strains, except for two particular mulberry strains for the phylotype I assay. These results were supported by an extensive in silico analysis performed on 6,105 genomes of Burkholderiaceae. The two LAMP assays displayed high sensitivity on pure suspensions with a detection limit at 103 CFU/ml and 104 CFU/ml for phylotype I and RSSC, respectively. These thresholds correspond to theoretical quantities of as low as 5 CFU and 50 CFU per reaction. Two simplified extraction methods were successfully used to detect the pathogen from different Solanaceae samples. We demonstrated that LAMP assays were operable on solanaceous crops during field surveys and varietal evaluation trials as rapid POC diagnostics tools, which can improve the disease management and control of RSSC