Draft Genome Sequence of an Escherichia coli Strain Harboring blaCTX-M-115, blaCMY-2, Aminoglycoside, Tetracycline, and Sulfonamide Resistance Genes, Isolated from a Costa Rican Wastewater Treatment Plant

We report the draft genome sequence of the multidrug-resistant Escherichia coli strain PTA A1517-5, isolated from a wastewater treatment plant in Costa Rica. The genome consists of 4,927,375 bp with a GC content of 50.57% and a total of 4,853 genes. This strain harbors blaCTX-M-115, blaCMY-2, aminoglycoside, tetracycline, and sulfonamide resistance genes.Universidad de Costa Rica/[]/UCR/Costa RicaServicio Nacional de Salud Animal/[]/SENASA/Costa RicaMinisterio de Agricultura y Ganadería/[]//Costa RicaCentro Nacional de Alta Tecnología/[]/CeNAT/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias de la Salud::Instituto de Investigaciones en Salud (INISA

Expression of Porcine Fusion Protein IRF7/3(5D) Efficiently Controls Foot-and-Mouth Disease Virus Replication

Several studies have demonstrated that the delivery of type I, II, or III interferons (IFNs) by inoculation of a replication-defective human adenovirus 5 (Ad5) vector expressing IFNs can effectively control foot-and-mouth disease (FMD) in cattle and swine during experimental infections. However, relatively high doses are required to achieve protection. In this study, we identified the functional properties of a porcine fusion protein, poIRF7/3(5D), as a biotherapeutic and enhancer of IFN activity against FMD virus (FMDV). We showed that poIRF7/3(5D) is a potent inducer of type I IFNs, including alpha IFN (IFN-α), IFN-β, and IFN-ω but not type III IFN (interleukin-28B), without inducing cytotoxicity. Expression of poIRF7/3(5D) significantly and steadily reduced FMDV titers by up to 6 log(10) units in swine and bovine cell lines. Treatment with an IFN receptor inhibitor (B18R) combined with an anti-IFN-α antibody neutralized the antiviral activity in the supernatants of cells transduced with an Ad5 vector expressing poIRF7/3(5D) [Ad5-poIRF7/3(5D)]. However, several transcripts with known antiviral function, including type I IFNs, were still highly upregulated (range of increase, 8-fold to over 500-fold) by poIRF7/3(5D) in the presence of B18R. Furthermore, the sera of mice treated with Ad5-poIRF7/3(5D) showed antiviral activity that was associated with the induction of high levels of IFN-α and resulted in complete protection against FMDV challenge at 6, 24, or 48 h posttreatment. This study highlights for the first time the antiviral potential of Ad5-poIRF7/3(5D) in vitro and in vivo against FMDV. IMPORTANCE FMD remains one of the most devastating diseases that affect livestock worldwide. Effective vaccine formulations are available but are serotype specific and require approximately 7 days before they are able to elicit protective immunity. We have shown that vector-delivered IFN is an option to protect animals against many FMDV serotypes as soon as 24 h and for about 4 days postadministration. Here we demonstrate that delivery of a constitutively active transcription factor that induces the production of endogenous IFNs and potentially other antiviral genes is a viable strategy to protect against FMD

Identificación de cepas de Coronavirus y Rotavirus presentes en muestras fecales diarreicas de bovinos y niños en Costa Rica

En el periodo comprendido entre Octubre del 2006 hasta Julio del 2007 se recolectaron 115 muestras de heces diarreicas de ternero y 116 de niño. Utilizando un ensayo inmunocromatográfico comercial 3.5 % de las muestras de bovino fueron positivas a Coronavirus entéricos y 20.6% de las muestras de heces de humano fueron positivas en un DOT-ELISA estandarizado en el laboratorio. Mediante la técnica de (RT)-PCR, 23 muestras de ambas especies fueron probadas y se obtuvieron amplificaciones compatibles con las esperadas para una sección del gen pol de los Coronavirus en 2 (1.7%) muestras de origen humano y 3 (2.6%) de origen bovino. Una de las muestras de origen bovino mostró amplificación con los dos juegos de cebadores utilizados para diferenciar entre los linajes específicos de los Coronavirus, las otras cuatro mostraron amplificación con el juego de iniciadores específicos para el grupo II. Posteriormente se realizó cultivo celular de las muestras positivas el PCR en la línea celular HRT-18. Después del tercer pasaje, se observó un efecto citopático leve en algunas muestras. A continuación, se llevó a cabo un ensayo de inmunofluorescencia utilizando un conjugado anti-BCV-fluoresceína. Dos muestras de humano mostraron fluorescencia específica en algunas de las células de la monocapa probablemente resultante de la reacción antigénica cruzada con el conjugado anti-BCV. Las 5 muestras son buenas candidatas para la secuenciación y futuros estudios filogenéticos. Por otro lado, las mismas muestras de heces de niños (n=116) fueron utilizadas para la caracterización del genotipo de las dos proteínas externas de cápside VP7 y VP4 de Rotavirus A y la determinación del patrón de migración electroforético del genoma viral. En 34.5% de las muestras positivas al SDS-PAGE, se determinó el patrón corto (n= 2) y largo (n=38). Así mismo, el genotipo predominantemente encontrado fue GNTP[8](34.0%) y por primera vez en Costa Rica se determinaron las combinaciones inusuales G3P[4](2.5%) y G10P[8] (10.5%), así como las infecciones mixtas G3+10 P[4] (2.5%), G3+10 P[4+8](2.5%), G1+10 P[8] (2.5%) y G1+10 P[8] (2.5%) lo cual sugiere variaciones en los patrones de genotipos de Rotavirus respecto a los resultados de años recientes. La vigilancia de las cepas de Rotavirus circulantes en una región o país es una herramienta importante para determinar si las cepas prevalentes localmente están cubiertas por los antígenos disponibles en las actuales vacunas. Además, la caracterización molecular de Rotavirus y Coronavirus puede proveer nuevos acercamientos a la comprensión de los procesos de transmisión entre especies y a la incorporación de genes virales de origen humano y animal en nuevos patógenos.Diarrheic stool samples from calves (n= 115) and children (n=116) were recollected during the period between October, 2006 and July, 2007. Using a commercial inmunocromatographic assay, 3.5 % of bovine samples were positive to enteric Coronavirus and 20.6 % of human samples were positive to in-house DOTELISA. Samples from both species (n= 23) were used for molecular characterization through (RT)-PCR. Coronavirus-like PCR amplification was detected in 2 human (1.7%) and 3 bovine (2.6%) samples. One bovine sample showed amplification with two set of primers, each one provides Coronavirus specific-group amplification. The other 4 samples showed amplification only with group II specific primer set. Then, HRT-18 culture isolation was performed for PCR positive samples. After third passage, weak citopatic effect was identified in 2.5% of the samples. After that, direct fluorescent-antibody test was performed using anti-BCV-fluorescein conjugate. Two human samples showed fluorescence in few cells from monolayer; probably result of cross antigenic reaction with anti-BCV conjugate. All 5 samples are good candidates for gene sequencing and future phylogenetic studies. Some children diarrheic stool samples (n=116) were available for Group A Rotavirus characterization by genotype of the two outer capsid proteins, VP7 and VP4. ARN migration pattern (electroferotype) was also determined. Short (n= 2) and long (n=38) e-types were determined in 34.5% samples positive to SDS-PAGE. The predominant genotype was GNTP[8] (34.0%). For the first time in Costa Rica, G3P[4](2.5%) and G10P[8] (10.5%) unusual combination, as well as, G3+10 P[4] (2.5%) and G3+10 P[4+8](2.5%) mixed infection were reported, suggesting recient changing patterns of Rotavirus genotypes. Rotavirus local strains surveillance is an invaluable tool to determinate whether the prevalent strains are covered by the antigens found in current vaccines. Futhermore, molecular characterization of both, Rotavirus and Coronavirus, can provide new approaches to the understanding of interspecies transmission and human-animal viral reassortment process.Escuela de Medicina Veterinari

Relaciones filogenéticas de un virus de la rabia aislado en Costa Rica

Introduction: The sylvatic cycle of rabies is a significant sanitary burden in Central America. The Costa Rican government monitors cases since 1985 and infections from bats are still reported for wild animals, livestock, and humans, generating a need of further pathogen characterization in the region. Objective: To compare rabies phylogenetic analyses from complete genomes with nucleoprotein gene studies. Methods: For the phylogenetic analyses we used four rabies tissue samples collected in 2018, and generated complete genomes by Next-Generation sequencing (NGS). We also extracted RNA from tissues of confirmed cases and generated ssDNA using several primers. Double-stranded DNA was generated and used to generate genomic libraries. Results: We describe, for the first-time, the complete genome of four sequences of the rabies virus isolated in Costa Rica in 2018. Complete genome trees resembled the topology of nucleoprotein gene trees. All isolates were related to Desmodus rotundus. One sample group into Lineage (L)2, and the remaining samples group in L1, matched previous reports from regional rabies viruses. Conclusion: Our method produces valid viral assemblies from clinical specimens without target enrichment or viral isolation.Introducción: En Centroamérica, el ciclo selvático de la rabia es una carga sanitaria importante. El gobierno de Costa Rica monitorea los casos desde 1985 y aún se reportan infecciones por murciélagos en animales silvestres, ganado y humanos, lo que genera la necesidad de una mayor caracterización de estos patógenos en la región. Objetivo: Comparar análisis filogenéticos de rabia de genomas completos con estudios de genes de nucleoproteínas. Métodos: Para los análisis filogenéticos, utilizamos cuatro muestras de tejido antirrábico recolectadas en 2018 y generamos genomas completos mediante secuenciación de próxima generación (NGS). También extrajimos ARN de tejidos de casos confirmados y generamos ADNss utilizando varios cebadores. Se generó ADN de doble hebra y se utilizó para generar bibliotecas genómicas. Resultados: Describimos, por primera vez, el genoma completo de cuatro secuencias del virus de la rabia aisladas en Costa Rica en 2018. Los árboles del genoma completo se asemejaban a la topología de los árboles de genes de nucleoproteínas. Todos los aislamientos estaban relacionados con Desmodus rotundus. Un grupo de muestra en Lineage (L) 2, y el grupo de muestras restante en L1, coincidió con informes anteriores de virus de rabia regionales. Conclusión: Nuestro método produce “ensamblajes” virales válidos a partir de muestras clínicas sin enriquecimiento previo y sin aislamiento viral

First complete coding sequence of a Venezuelan Equine Encephalitis Virus Strain Isolated from an Equine Encephalitis case in Costa Rica

This work was supported by Servicio Nacional de Salud Animal (SENASA), the Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG), Universidad Nacional (UNA), and the Ministerio de Planificación through OPES-60-2017-d-Consejo Nacional de Reactores (CONARE)-Costa Rica funding.The first complete coding sequence of the Venezuelan equine encepha- litis virus IE, isolated from a Costa Rican mare with severe encephalitis, was con- firmed by histological and viral whole-genome analyses. The isolated virus grouped in the Pacific cluster.La primera secuencia de codificación completa del virus de la encefalitis equina venezolana IE litis, aislada de una yegua costarricense con encefalitis grave, fue con- firmada mediante análisis histológicos y del genoma completo del virus de la encefalitis severa en Costa Rica, se ha descubierto por medio de análisis histológicos y del genoma completo del virus. El virus aislado se agrupó en el grupo del Pacífico.Escuela de Medicina Veterinari

Molecular characterization of an avian GA13-like infectious bronchitis virus full-length genome from Costa Rica

We describe the first whole-genome sequence of a GA13-like isolate of avian infectious bronchitis virus CK/CR/1160/16 (MN757859), obtained in 2016 in the province of Alajuela, Costa Rica. This virus caused an outbreak with great economic impact to the local poultry industry. The genome sequence is 27 696 bp in length, with the following genome organization 5′-UTR-Pol-S-3a-3b-E-4b-4c-M-5a-5b-N-6b-3′-UTR. The complete genome sequence has the highest sequence identity (94.03%) with DMV/1639/GA9977/2019 (MK878536) from Georgia, USA, and the lowest identity (86.03%) with ck/CH/LHLJ/08-6 (KX252788), from China. Analysis of the S1 subunit indicates that the Costa Rican isolate belongs to genotype I, lineage 17 (GI-17) and displays 96.89% identity with the S1 subunit of Ga-13/14255/14 (KM087780) (USA). Possible recombination events in genes S, E, M, 4b y 4c were detected, with Massachusetts, Connecticut, Arkansas and MA5 as potential parental types. This study highlights the importance of the epidemiological and molecular surveillance of avian infectious bronchitis.Fundación para el Fomento y Promoción de la Investigación y Transferencia de Tecnología Agropecuaria/[3-006-115123]/FITACORI/Costa RicaUniversidad de Costa Rica//UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Agroalimentarias::Centro de Investigación en Nutrición Animal (CINA

Memorias IX Congreso Geológico Venezolano (2)

IX Congreso Geológico Venezolano (2