MapRepeat: an approach for effective assembly of repetitive regions in prokaryotic genomes

The newest technologies for DNA sequencing have led to the determination of the primary structure of the genomes of organisms, mainly prokaryotes, with high efficiency and at lower costs. However, the presence of regions with repetitive sequences, in addition to the short reads produced by the Next-Generation Sequencing (NGS) platforms, created a lot of difficulty in reconstructing the original genome in silico. Thus, even today, genome assembly continues to be one of the major challenges in bioinformatics specifically when repetitive sequences are considered. In this paper, we present an approach to assemble repetitive regions in prokaryotic genomes. Our methodology enables (i) the identification of these regions through visual tools, (ii) the characterization of sequences on the extremities of gaps and (iii) the extraction of consensus sequences based on mapping of raw data to a reference genome. We also present a case study on the assembly of regions that encode ribosomal RNAs (rRNA) in the genome of Corynebacterium ulceransFRC11, in order to show the efficiency of the strategies presented here. The proposed methods and tools will help in finishing genome assemblies, besides reducing the running time and associated costs. Availability All scripts are available at http://github.com/dcbmariano/maprepea

A CONTRIBUIÇÃO DE UM GLOSSÁRIO TRILÍNGUE DE TURISMO DE AVENTURA PARA A FORMAÇÃO E ATUAÇÃO DO PROFISSIONAL DE TURISMO

O profissional do turismo deve ter uma formação multidisciplinar, envolvendo diversas áreas e, ao mesmo tempo, com foco em segmentos especí cos do mercado, além do conhecimento de pelo menos uma língua estrangeira. Este artigo apresenta uma pesquisa que tem como objetivo a elaboração de um Glossário Trilíngue de turismo de aventura (português-inglês- espanhol). A elaboração do glossário é importante para facilitar a comunicação entre os pro ssionais da área. Além disso, seu processo de elaboração pode contribuir para a formação do pro ssional do turismo, constituindo uma ferramenta de ensino- aprendizagem da terminologia usada na área. O glossário é desenvolvido por meio de pesquisas individuais realizadas por alunos de graduação em Turismo, que são responsáveis por um conjunto de termos e pela busca de seus equivalentes em inglês ou espanhol. A metodologia da pesquisa é baseada em Barros (2004) e Krieger & Finatto (2004). O projeto é nanciado pela FAPESP.Palavras-chave: Terminologia. Glossário Trilíngue. Turismo de aventura.

Assessing the burden of family caregivers of cancer patients: a cross-sectional study

Objetivo: Evaluar la carga de los cuidadores familiares de pacientes con cáncer en un hospital oncológico brasileño. Método: Investigación cuantitativa, descriptiva y transversal, realizada en un hospital oncológico brasileño, ubicado en Minas Gerais. La recogida de datos se realizó mediante la aplicación de un cuestionario con preguntas sociodemográficas y se utilizó la escala de Zarit, que evalúa el grado de carga de los cuidadores. Los criterios de inclusión fueron los cuidadores familiares mayores de 18 años, cuyo miembro de la familia había sido diagnosticado de cáncer y estaba involucrado en el cuidado. La asociación entre la carga y las variables explicativas se realizó a partir del modelo de regresión lineal múltiple. Se utilizó el programa SPSS versión 20 para realizar los análisis. Resultados: Entre las 125 personas entrevistadas, la mayoría tenía menos de 38 años, el 66,4% eran mujeres, el 45,6% eran hijos y el 22,4% cónyuges. El tiempo de atención varió de seis meses (39,2%) a dos años (21,6%) y el 80% de los entrevistados actuó directamente en el cuidado del enfermo, el 97,6% no presentó sobrecarga. Conclusiones: Los cuidadores, en general, no presentaron sobrecarga, sin embargo, se verificó una reducción en la calidad de vida de estos cuidadores cuando se analizaron las preguntas de la escala de Zarit referidas a los dominios psicológico y de relaciones sociales, por separado.Objetivo: Avaliar a sobrecarga dos familiares cuidadores de pacientes com câncer num hospital oncológico brasileiro. Método: Pesquisa quantitativa, descritiva e transversal, realizada em um hospital oncológico brasileiro, localizado em Minas Gerais. A coleta de dados ocorreu por meio da aplicação de um questionário contendo perguntas sociodemográficas e foi utilizada a escala de Zarit, que avalia o grau de sobrecarga dos cuidadores. Os critérios de inclusão foram familiares cuidadores acima de 18 anos, cujo membro da família tivesse o diagnóstico de câncer e que estivesse envolvido no cuidado. A associação entre sobrecarga e as variáveis explicativas foi realizada a partir do modelo de regressão linear múltipla. O programa SPSS versão 20 foi utilizado para a realização das análises. Resultados: Dentre os 125 indivíduos entrevistados, a maioria possuía menos de 38 anos, 66,4% eram do sexo feminino, 45,6% eram filhos e 22,4% cônjuges. O tempo de prestação de cuidados variou de seis meses (39,2%) a dois anos (21,6%) e 80% dos entrevistados atuavam diretamente nos cuidados, 80% atuavam diretamente nos cuidados do ente adoecido, 97,6% não apresentaram sobrecarga. Conclusões: Os cuidadores de uma forma geral, não apresentaram sobrecarga, porém, constatou-se uma redução na qualidade de vida destes cuidadores, quando analisadas as questões da escala Zarit referentes aos domínios psicológico e de relações sociais, isoladamente.Objective: To evaluate the burden of family caregivers of cancer patients in a Brazilian oncology hospital. Method: Quantitative, descriptive and cross-sectional research conducted in a Brazilian oncology hospital, located in Minas Gerais. Data collection occurred through the application of a questionnaire containing sociodemographic questions and the Zarit scale, which assesses the degree of burden of caregivers, was used. Inclusion criteria were family caregivers over the age of 18, whose family member had a diagnosis of cancer and who was involved in caregiving. The association between burden and the explanatory variables was performed from the multiple linear regression model. The program SPSS version 20 was used to perform the analyses. Results: Among the 125 individuals interviewed, the majority were under 38 years old, 66.4% were female, 45.6% were children and 22.4% were spouses. The time of care varied from six months (39.2%) to two years (21.6%) and 80% of the interviewed individuals acted directly in the care of the ill person, 97.6% did not present overload. Conclusions: The caregivers in general did not present overload; however, it was verified a reduction in the quality of life of these caregivers when the questions of the Zarit scale referring to the psychological and social relations domains, separately, were analyzed

SIMBA: a web tool for managing bacterial genome assembly generated by Ion PGM sequencing technology

Background The evolution of Next-Generation Sequencing (NGS) has considerably reduced the cost per sequenced-base, allowing a significant rise of sequencing projects, mainly in prokaryotes. However, the range of available NGS platforms requires different strategies and software to correctly assemble genomes. Different strategies are necessary to properly complete an assembly project, in addition to the installation or modification of various software. This requires users to have significant expertise in these software and command line scripting experience on Unix platforms, besides possessing the basic expertise on methodologies and techniques for genome assembly. These difficulties often delay the complete genome assembly projects. Results In order to overcome this, we developed SIMBA (SImple Manager for Bacterial Assemblies), a freely available web tool that integrates several component tools for assembling and finishing bacterial genomes. SIMBA provides a friendly and intuitive user interface so bioinformaticians, even with low computational expertise, can work under a centralized administrative control system of assemblies managed by the assembly center head. SIMBA guides the users to execute assembly process through simple and interactive pages. SIMBA workflow was divided in three modules: (i) projects: allows a general vision of genome sequencing projects, in addition to data quality analysis and data format conversions; (ii) assemblies: allows de novo assemblies with the software Mira, Minia, Newbler and SPAdes, also assembly quality validations using QUAST software; and (iii) curation: presents methods to finishing assemblies through tools for scaffolding contigs and close gaps. We also presented a case study that validated the efficacy of SIMBA to manage bacterial assemblies projects sequenced using Ion Torrent PGM. Conclusion Besides to be a web tool for genome assembly, SIMBA is a complete genome assemblies project management system, which can be useful for managing of several projects in laboratories. SIMBA source code is available to download and install in local webservers at http://ufmg-simba.sourceforge.net

BASTIDORES DO CUIDADO DE PESSOAS COM CÂNCER

Este estudo teve como objetivo compreender o autocuidado dos familiares cuidadores durante o tratamento oncológico do seu familiar, por meio de um estudo descritivo-exploratório de abordagem qualitativa. Foram realizadas entrevistas com 14 familiares cuidadores de pessoas com câncer, cujos dados foram analisados pela técnica de Análise de Conteúdo. O estudo respeitou os aspectos éticos. As categorias reveladas foram: Autocuidado prejudicado em decorrência do cuidar do outro, que revela as repercussões do ato de cuidar do ente adoecido na vida do cuidador, e Desafios vivenciados na rotina familiar, que explicita que ocorrem alterações na estrutura familiar, envolvendo mudanças na rotina diária, renúncia das atividades pessoais, sociais e profissionais. O estudo sinaliza para a importância da extensão do cuidado humanizado que evidencie empatia aos familiares cuidadores. Estas ações são importantes para a recuperação do bem-estar dos cuidadores, como forma de reconhecer suas necessidades e valorizá-los como seres human

Experiências de mulheres à espera de resultados de exames diagnósticos de alterações mamárias / Experiences of women waiting for results of diagnostic exams of breast alterations

OBJETIVO: Compreender as experiências vivenciadas por mulheres à espera de resultados de exames diagnósticos de alterações mamárias e as implicações desta espera em sua saúde. MÉTODOS: Estudo qualitativo, realizado em um centro de referência secundário de um município da zona da mata mineira. Participaram da pesquisa 17 mulheres encaminhadas ao serviço após identificação de alterações mamárias, que aguardavam resultado de exames diagnósticos. A coleta de dados foi realizada por entrevista guiada por roteiro com perguntas abertas, e se encerrou no momento em que houve a saturação dos dados. Os dados foram analisados pela técnica de análise de conteúdo. Os preceitos éticos foram respeitados. RESULTADOS: após análise dos dados, emergiram três categorias: “Sentimentos vivenciados pelas mulheres à espera de exames diagnósticos e o impacto em suas vidas”, “Profissionais da saúde, família e Deus: o tripé que fortalece experiência da mulher” e “Buscas e crenças da mulher na espera do resultado”. A primeira categoria revelou sentimentos como medo, angústia, tristeza e ansiedade vivenciados pelas mulheres no período de espera, resultando mudanças comportamentais como a dificuldade para dormir, choro constante, uso de medicamentos para alívio de ansiedade, dificuldade para alimentar, isolamento social e alteração da dinâmica familiar. A segunda apresentou o apoio ofertado por profissionais da saúde, pela família e espiritualidade como decisivo na espera por resultados de exames diagnósticos. A terceira categoria abordou as buscas realizadas pelas mulheres, pelo autocuidado, por informações e pelo sistema de saúde privado, como alternativas para diminuição do estresse do período de espera e também suas crenças e experiências relacionadas ao câncer, e como afetam suas vidas. CONCLUSÃO: O período de espera repercutiu na saúde da mulher gerando comprometimento da qualidade de vida, influenciando a dinâmica familiar, causando instabilidade emocional, mas também promovendo o autocuidado e o reconhecimento das redes de apoio existentes. Depreende-se que a criação de grupos de apoios às mulheres, a qualificação do acolhimento e a promoção do autocuidado são estratégias importantes a serem implementadas pela equipe de saúde no momento da espera por exames diagnósticos de alterações mamárias

Mucosa gástrica heterotópica em vesícula biliar: relato de caso

Introduction: Heterotopy can be defined as the occurrence of well-differentiated tissue in an abnormal location, a synonym used by some authors is "choristoma" (greek Chorists = separated), which denotes a mass of histologically normal tissue located in an unusual place. Heterotopic tissues of various types have been described in the literature, such as gastric mucous and intestinal mucous, comparing with the entire gastrointestinal tract, reports of heterotopic gastric mucous in the gallbladder are extremely rare. Objective: disclose an atypical case of heterotopic gastric mucosa in the gallbladder in a patient of the Hospital Escola de Valença, with its consequent outcome, through the analysis of medical records. Case report: 41-years-old woman treated at the Hospital Escola de Valença presenting recurrent pain in the right hypochondrium and epigastric region, abdominal distension, nausea and jaundice, being diagnosed with gastric mucosa heterotopy in the gallbladder and submitted to laparoscopic cholecystectomy. Conclusion: The diagnosis should always be considered in young patients with aliasic cholecystitis and in any type of morphological alteration of the gallbladder, due to the association between this alteration and the increased risk of cancer.Introdução: A heterotopia pode ser definida como a ocorrência de tecido bem diferenciado em um local anormal, um sinônimo utilizado por alguns autores é “coristoma” (Choristosgregos = separados), o que denota uma massa de tecido histologicamente normal localizado em um local não habitual. Tecidos heterotópicos de vários tipos foram descritos na literatura, tais como mucosa gástrica e mucosa intestinal, comparando com todo o trato gastrointestinal, relatos de mucosa gástrica heterotópica na vesicular biliar são extremamente raros. Objetivo: Divulgar um caso atípico de mucosa gástrica heterotópica em vesicular biliar em paciente do Hospital Escola de Valença, com seu consequente desfecho, através da análise de prontuário.Relato de caso: Mulher de 41 anos atendida no Hospital Escola de Valença apresentando dor recorrente em hipocôndrio direito e região epigástrica,  distensão abdominal, náuseas e icterícia, sendo diagnosticada com heterotopia de mucosa gástrica em vesícula biliar e submetida à colecistectomia videolaparoscópica. Conclusão: O diagnóstico deve sempre ser considerado em pacientes jovens com colecistite alitiásica e em qualquer tipo de alteração morfológica da vesícula, devido à associação existente entre esta alteração e o aumento de risco de câncer

Herbage Intake, Methane Emissions and Animal Performance of Steers Grazing Dwarf Elephant Grass with or without Access to \u3cem\u3eArachis pintoi\u3c/em\u3e Pastures

The inclusion of legumes in diets based on grass has nutritional benefits due to ingestive and digestive interactions (Niderkorn and Baumont 2009). Moreover, it is speculated that tropical legumes can contribute to reducing the emission of greenhouse gases (GHG) compared to diets exclusively composed of grasses (Archimède et al. 2011). However, under grazing conditions, these advantages are not always possible to obtain. This occurs when the spatial distribution of sward grasses impose limitations on access to legumes by grazing animals (Solomon et al. 2011). This can be the case, for example, when legumes are overlapped by the leaves of a tufted tall grass, as dwarf elephant grass (Crestani et al. 2013). Considering that management strategies for increasing legumes in the diet of grazing animals should be better studied and data on enteric methane emitted by ruminants eating tropical forages are scarce, the aim of this work was to evaluate the effect of access to an exclusive area of peanuts (Arachis pintoi cv. Amarillo) for cattle grazing dwarf elephant grass (Pennisetum purpureum cv. BRS Kurumi) on herbage intake, animal performance and enteric methane emission

Strategies to support the caregiver of people with cancer: integrative review

Objetivo: realizar uma revisão integrativa da literatura acerca de quais estratégias de cuidado e apoio são ofertadas ao cuidador de pessoas com câncer, no âmbito hospitalar, ambulatorial e/ou domiciliar. Método: revisão integrativa da literatura nas bases de dados BDENF, LILACS, MEDLINE, Portal CAPES, PubMed e SciELO, por meio dos descritores “Terapia Familiar”, “Enfermagem Familiar”, “Cuidadores”, “Neoplasias”, “Atenção Integral à Saúde” nos idiomas português, inglês e espanhol. Utilizou-se para o cruzamento dos descritores os operadores booleanos “OR” e “AND”. Resultados: após análise criteriosa, 7 artigos atenderam aos critérios de inclusão. Estratégias como a capacitação para cuidados físicos e manejo de sintomas, estímulo ao desenvolvimento de habilidades de auto eficácia, coping e autocuidado por meio do fornecimento de informações e intervenções psicoeducacionais, atividades físicas, uso de práticas integrativas complementares e também o estreitamento dos laços familiares, foram citadas como promotoras da diminuição da sobrecarga e sentimento de incapacidade. Conclusão: os estudos enfatizaram diversas estratégias de apoio como promotoras da diminuição da sobrecarga e sentimento de incapacidade. São necessários mais estudos para validar alguns dos resultados que não obtiveram comprovação de impacto significativo na qualidade de vida dos cuidadores.Objective: conduct an integrative literature review about which care and support strategies are offered to the caregiver of people with cancer, in the hospital, outpatient and or home environment. Method: integrative literature review in the electronic databases BDENF, LILACS, MEDLINE, Portal CAPES, PubMed and SciELO, through the descriptors “Family Therapy”, “Family Nursing”, “Caregivers”, “Neoplasms”, “Integral Health Care” in Portuguese, English and Spanish. The Boolean operators “OR” and “AND” were used to cross the descriptors. Results: after careful review, 7 articles met the inclusion criteria. Strategies such as training for physical care and symptom management, stimulating the development of self-efficacy, coping and self-care skills through the provision of information and psychoeducational interventions, physical activities, use of complementary integrative practices and also the approximation of family ties as promoters of reducing overload and feelings of incapacity. Conclusion: the studies emphasized several support strategies that promote the reduction of overload and feelings of incapacity. Further studies are needed to validate some of the results that have not been proven to have a significant impact on caregivers’ quality of life

Sarcoma retroperitoneal: relato de caso

Introduction: Retroperitoneal sarcoma is a rare malignant tumor, originating in the mesenchymal cell that undergoes changes in its genetic code, thus producing atypical tissue. It is usually an asymptomatic pathology until it reaches a considerable size of mass, in which, its growth is the main factor causing symptoms. Diagnostic confirmation takes place through imaging tests in addition to biopsy and anatomopathological studies. The treatment of choice is surgery, increasing the survival of the affected patient. Objective: disclose a case of retroperitoneal sarcoma in a patient of the Hospital Escola de Valença, with its consequent outcome, through the analysis of medical records and studies in literature. Case report: 65-years-old man treated at the Hospital Escola de Valença presenting low back pain and hematuria, a retroperitoneal mass was identified with consequent resection and histological studies, showing high degree spindle cell sarcoma. Conclusion: Retroperitoneal lesions are rare findings and represent a therapeutic challenge because, in most cases, patients are asymptomatic or with non specific symptoms. Keywords: Mesenchymal tumor, malignancy, retroperitoneum, surgeryIntrodução: O sarcoma retroperitoneal é um tumor maligno, raro, com origem na célula mesenquimal que sofre alteração em seu código genético, produzindo assim um tecido atípico. Normalmente é uma patologia assintomática até atingir um tamanho considerável de massa, na qual, seu crescimento é o principal fator causador de sintomas. A confirmação diagnóstica se dá através de exames de imagem somadas à biopsia e estudos anatomopatológicos. O tratamento de escolha é a cirurgia, aumentando a sobrevida do paciente acometido. Objetivo: divulgar um caso de sarcoma retroperitoneal em um paciente do Hospital Escola de Valença, com seu consequente desfecho, através da análise de prontuário e estudos em literatura. Relato de caso: Homem de 65 anos atendido no Hospital Escola de Valença apresentando dor lombar e hematúria, sendo identificada massa retroperitoneal com consequente ressecção da mesma e realização de estudos histológicos, evidenciando sarcoma de células fusiformes de alto grau. Conclusão: As lesões retroperitoneais são achados raros e representam um desafio terapêutico pois na maioria das vezes os pacientes se apresentam assintomáticos ou com sintomas inespecíficos