Computational Prediction of MicroRNAs Encoded in Viral and Other Genomes

We present an overview of selected computational methods for microRNA prediction. It is especially aimed at viral miRNA detection. As the number of microRNAs increases and the range of genomes encoding miRNAs expands, it seems that these small regulators have a more important role than has been previously thought. Most microRNAs have been detected by cloning and Northern blotting, but experimental methods are biased towards abundant microRNAs as well as being time-consuming. Computational detection methods must therefore be refined to serve as a faster, better, and more affordable method for microRNA detection. We also present data from a small study investigating the problems of computational miRNA prediction. Our findings suggest that the prediction of microRNA precursor candidates is fairly easy, while excluding false positives as well as exact prediction of the mature microRNA is hard. Finally, we discuss possible improvements to computational microRNA detection

Expression of a novel factor in human breast cancer cells with metastatic potential

SCOPUS: ar.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

Skogregistreringer på utvalgte eiendommer i 12 fylker under ordningen med "frivillig vern" i 2006 og 2007

Blindheim, T. (red.), Abel, K., Bendiksen, E., Brandrud, T.E., Gaarder, G., Heggland, A., Hofton, T.H., Klepsland, J.T., Larsen, B. H., Reiso, S. & Røsok, Ø. 2008. Skogregistreringer på utvalgte eiendommer i 12 fylker under ordningen med "frivillig vern" i 2006 og 2007. – NINA Rapport 354. 333 s. Norsk institutt for naturforskning (NINA), stiftelsen BioFokus og Asplan Viak har i 2006 og 2007 undersøkt 46 lokaliteter, på ca. 200 000 daa, i 12 fylker fra Nordland i nord til Vest-Agder i sør tilbudt for vern under ordningen ”Frivillig vern”. Metodikken bygger på en vurdering av områdenes verneverdi på bakgrunn av et sett med kriterier der skogstruktur, vegetasjon, nøkkelelementer og interessante arter, herunder rødlistearter, står sentralt. Metoden følger mal beskrevet av DN. Hvert enkelt kriterium er verdisatt etter en femdelt skala (fra ingen relevans til kriteriet godt oppfylt/meget godt utviklet/av stor verdi), mens den samlede verdien er vurdert etter en femdelt skala fra uten spesiell verneverdi til nasjonalt verdifullt og svært viktig. Bortsett fra Leiråa vest i Hedmark ble alle de undersøkte lokalitetene funnet å være verneverdige. De verneverdige lokalitetene dekker et areal på i underkant av 154 000 daa og fordeler seg på fylkene Østfold (5), Akershus (6), Hedmark (3), Oppland (6), Buskerud (6), Vestfold (1), Telemark (2), Aust-Agder (8), Vest-Agder (3), Sør-Trøndelag (1), Nord-Trøndelag (3) og Nordland (2). 13 av lokalitetene ligger i tilknytning til eksisterende verneområder. En av de verneverdige lokalitetene er karakterisert som nasjonalt verdifullt, svært viktig (****) (351 daa), seks som nasjonalt verdifulle (***) (15 186 daa), 30 som regionalt verdifulle (**) (116 956 daa) og 8 som lokalt verdifulle (*) (21 442 daa). Samlet areal er 153 935 daa. Det stor forskjell innen de 45 lokalitetene når det gjelder fordelingen av verdi innen de kriterier lokalitetene er vurdert etter. Kun kriteriene urørthet/påvirkning og arrondering får mer enn 2 stjerner i snitt. Variasjon og treslagsfordelingen får rett i underkant av to stjerner i snitt, mens lokalitetene generelt skorer lavere på kritierier knyttet til gammelskogselementer. Kriteriene rikhet og artsmangfold skorer i snitt 1,7 stjerner av tre mulige. Flere av de verneverdige lokalitetene inneholder areal som dekker generelle eller spesielle anbefalinger og prioriteringer. Mange områder dekker inn mangelen lavereliggende skog i boreonemoral og sørboreal sone. Og mange av de sørlige områdene har lokaliteter som dekker inn rike skogtyper (edellauvskog, rik sumpskog, høgstaudeskog, lågurtskog). Boreal naturskog og bekkekløfter er representert blant lokalitetene. skogvern, registreringer, verneverdier, frivillig vern, forest protection, inventories, conservation values, voluntary conservatio

Naturfaglige registreringer i forbindelse med vern av skog på Statskog SFs eiendommer. Del 4 : Årsrapport for registreringer i Troms og Nordland nord for Saltfjellet 2006

Framstad, E. (red.), Strann, K.B., Gaarder, G., Hofton, T.H., Bjerke, J.W., Klepsland, J.T., Svalastog, D., Tømmervik, H., Røsok, Ø., Abel, K., Sverdrup-Thygeson, A., Bendiksen, E., Reiso, S. & Blindheim, T. 2007. Naturfaglige registreringer i forbindelse med vern av skog på Statskog SFs eiendommer. Del 4 Årsrapport for registreringer i Troms og Nordland nord for Saltfjellet 2006. – NINA Rapport 278. 172 s inkl. vedlegg. I forbindelse med skogvernplaner på Statskog SFs arealer har BioFokus (tidligere Siste Sjanse), Miljøfaglig Utredning (MU) og Norsk institutt for naturforskning (NINA) utført naturfaglige registreringer på opprinnelig 61 områder i Nordland nord for Saltfjellet og i Troms med et samlet undersøkelsesareal på mer enn 600 km2. Områdenes verneverdi er beskrevet, med en metodikk som bygger på vurdering av verneverdi ut fra et sett med kriterier der skogstruktur, vegetasjon, nøkkelelementer og artsmangfold (herunder rødlistearter) står sentralt. Områdene er verdisatt etter en femdelt skala, både mht 12 spesifiserte enkeltkriterier og total verdi fra ikke verneverdig (-) til nasjonalt verneverdig, svært viktig (****). Områdene ble registrert som 62 lokaliteter, der 52 lokaliteter med et samlet areal på ca 585 km2 er vurdert som verneverdige. Disse fordeler seg på 22 lokaliteter (256 km2) lokalt verneverdig (*), 26 lokaliteter (243 km2) regionalt verneverdig (**), 4 lokaliteter (86 km2) nasjonalt verneverdig. Fjorten verneverdige lokaliteter (189 km2) ligger i Nordland og 38 (419 km2) i Troms. Disse 52 lokalitetene spenner over stor variasjon i beliggenhet og skogtyper, fra oseaniske områder på kysten av Nordland og på Senja til kontinentale områder i indre Troms, og fra frodige rike lauvskoger til fattig fjellbjørkeskog. Størsteparten av arealet ligger i høydelaget 300-600 m oh (50%). Fordelt på vegetasjonssoner ligger 11% i mellomboreal, 64% i nordboreal og 25% i alpin sone. Lokalitetenes størrelse varierer fra 88 daa til 85 km2, med en snittstørrelse på ca 11,2 km2. 16 lokaliteter er større enn 10 km2 totalareal, men her inngår også store ikkeskogdekte arealer. Lokalitetene omfatter samlet 350 km2 skog (60% av arealet). Ulike typer ”ordinær” boreal lauvskog dominerer (ca 70% av skogarealet), rikere lauvskogstyper utgjør ca 15% (det meste er høgstaudebjørkeskog), mens barskog utgjør ca 15%. Det ble avgrenset 135 kjerneområder med et samlet areal på ca 51,5 km2, hvorav 118 (med areal på 46,8 km2) var innenfor avgrenset verneverdig areal, mens 17 (4,7 km2) var helt eller delvis utenfor. Innenfor verneverdig areal utgjør kjerneområdene 8% av totalarealet og ca 13% av skogarealet. 54 rødlistearter fordelt på mer enn 1000 funn er registrert (1 CR, 1 EN, 10 VU, 42 NT). De registrerte lokalitetene omfatter relativt store arealer med til dels betydelige verneverdier og kan være et viktig bidrag til å dekke inn mangler ved skogvernet. Lokalitetene kan særlig bidra til økt dekning av rike skogtyper, både i form av mindre spesialområder og som del av større natursystemer. Dessuten vil flere lokaliteter bidra med skog under naturlig dynamikk, både for furuskog og boreal lauvskog, så vel som med viktige leveområder for rødlistearter. Flere av lokalitetene er store med betydelige arealer med skog og kan bidra til å øke arealet av store verneområder. Derimot vil disse lokalitetene bare i liten grad bidra til å dekke Norges internasjonale ansvar for spesielle skogtyper som bekkekløfter og boreal regnskog. skogvern, registreringer, verneverdier, Statskog SF, forest protection, inventories, conservation values, state forest

Laparoscopic resection of exocrine carcinoma in central and distal pancreas results in a high rate of radical resections and long postoperative survival

Background. The role of laparoscopic resection in patients with pancreatic cancer remains to be clarified, because previous reports have not clearly defined oncologic outcomes. The objective of the present study was to investigate this question with the rate of R0 resection and long-term survival as endpoints. Methods. This retrospective observational study included prospectively collected data from 40 patients operated laparoscopically with curative intent for exocrine pancreatic malignancies identified among 250 consecutive patients undergoing laparoscopic pancreatic operations since 1997. All 40 patients had histologically verified exocrine pancreatic carcinoma. Results. Ten patients (25%) with typical ductal adenocarcinoma of the pancreas were deemed nonresectable by laparoscopic staging. Laparoscopic distal pancreatectomy was performed in 29 patients; 8 resections were combined with resections of adjacent organs and 1 removal of a malignant intraductal papillary mucinous neoplasm what appeared to be ectopic pancreatic tissue. In 1 patient, the resection was completed by hand-assisted technique, and 1 procedure was converted to open resection. Postoperative morbidity was 23% (n = 7). The median hospital stay was 5 days (range, 1-30). The rate of R0 resections was 93%. Postoperative 3-year survivals rates were 36% for the entire cohort (n = 30) and 30% in typical ductal adenocarcinoma (n = 21). Conclusion. Laparoscopic distal pancreatectomy for exocrine pancreatic carcinoma is comparable with outcomes after open surgery and supports the concept that laparoscopic distal pancreatectomy is a safe, oncologic procedure. (Surgery 2012;151:717-23.