Dealing with paralogy in RADseq data: in silico detection and single nucleotide polymorphism validation in Robinia pseudoacacia L.

peer reviewedThe RADseq technology allows researchers to efficiently develop thousands of polymorphic loci across multiple individuals with little or no prior information on the genome. However, many questions remain about the biases inherent to this technology. Notably, sequence misalignments arising from paralogy may affect the development of single nucleotide polymorphism (SNP) markers and the estimation of genetic diversity. We evaluated the impact of putative paralog loci on genetic diversity estimation during the development of SNPs from a RADseq dataset for the nonmodel tree species Robinia pseudoacacia L. We sequenced nine genotypes and analyzed the frequency of putative paralogous RAD loci as a function of both the depth of coverage and the mismatch threshold allowed between loci. Putative paralogy was detected in a very variable number of loci, from 1% to more than 20%, with the depth of coverage having a major influence on the result. Putative paralogy artificially increased the observed degree of polymorphism and resulting estimates of diversity. The choice of the depth of coverage also affected diversity estimation and SNP validation: A low threshold decreased the chances of detecting minor alleles while a high threshold increased allelic dropout. SNP validation was better for the low threshold (4×) than for the high threshold (18×) we tested. Using the strategy developed here, we were able to validate more than 80% of the SNPs tested by means of individual genotyping, resulting in a readily usable set of 330 SNPs, suitable for use in population genetics applications

Simuler la ressource forestière à l'échelle d'un massif : application de SIMMEM et de GYMNOS

National audienceCréation d’outils de simulation multi-échelle pour l'office régional des forêts (DNF, Belgique) • Afin d’analyser différentes problématiques touchant aux grands enjeux de la gestion forestière actuelle : - changements globaux, - mise en place de nouvelles législations, - évolution des demandes de la société, - optimisation de la production et de la qualité du bois, - choix des essences à promouvoir

FauneFAC : Boite à outils méthodologique pour la mise en place d’inventaires par pièges photographiques

Les forêts tropicales d’Afrique centrale constituent l’habitat naturel d’une importante diversité de mammifères, qu’ils soient terrestres, arboricoles ou aquatiques. Du vaste groupe des antilopes forestières aux énigmatiques pangolins, il n’est pas toujours facile d’identifier, d’étudier et de recenser ces espèces au comportement parfois furtif, surtout dans un environnement aussi dense et diversifié. La démocratisation des pièges photographiques ainsi que leurs nombreux avantages par rapport aux techniques d’inventaire plus traditionnelles leur confère aujourd’hui une place centrale dans les techniques d’inventaire et de suivi de la faune. Toutefois, le gestionnaire forestier manque souvent d’expertise et d’informations pratiques pour les utiliser sur le terrain. Cette boite à outils méthodologique a été conçue pour que chaque personne intéressée puisse utiliser de façon efficiente les pièges photographiques afin de recenser la faune terrestre des forêts d’Afrique centrale. Elle a été financée par le Programme de Promotion de l’Exploitation Certifiée des Forêts (PPECF) dans le cadre du Projet « De l’Inventaire au Plan de Gestion de la Faune, développement d’outils pour rencontrer les exigences des référentiels de certification (IPGF) ». L’inventaire n’est qu’une des étapes de l’élaboration d’un plan de gestion de la faune. Le projet IPGF a donc conçu un ouvrage complet détaillant les autres aspects à considérer.Projet « De l’Inventaire au Plan de Gestion de la Faune, développement d’outils pour rencontrer les exigences des référentiels de certification (IPGF) »Les forêts tropicales d’Afrique centrale constituent l’habitat naturel d’une importante diversité de mammifères, qu’ils soient terrestres, arboricoles ou aquatiques. Du vaste groupe des antilopes forestières aux énigmatiques pangolins, il n’est pas toujours facile d’identifier, d’étudier et de recenser ces espèces au comportement parfois furtif, surtout dans un environnement aussi dense et diversifié. La démocratisation des pièges photographiques ainsi que leurs nombreux avantages par rapport aux techniques d’inventaire plus traditionnelles leur confère aujourd’hui une place centrale dans les techniques d’inventaire et de suivi de la faune. Toutefois, le gestionnaire forestier manque souvent d’expertise et d’informations pratiques pour les utiliser sur le terrain. Cette boite à outils méthodologique a été conçue pour que chaque personne intéressée puisse utiliser de façon efficiente les pièges photographiques afin de recenser la faune terrestre des forêts d’Afrique centrale. Elle a été financée par le Programme de Promotion de l’Exploitation Certifiée des Forêts (PPECF) dans le cadre du Projet « De l’Inventaire au Plan de Gestion de la Faune, développement d’outils pour rencontrer les exigences des référentiels de certification (IPGF) ». L’inventaire n’est qu’une des étapes de l’élaboration d’un plan de gestion de la faune. Le projet IPGF a donc conçu un ouvrage complet détaillant les autres aspects à considérer.1.0