Characterization of Guaraguaçú River (Paraná, Brazil) based on the distribution of foraminiferal and thecamoebian assemblages and sedimentological analysis

Abstrac

Foraminíferos como bioindicadores em área sob efeito de água de produção, Rio Grande do Norte (Brasil) : teste metodológico do Índice Foram

Orientador : Prof. Dr. Carlos Alberto BorzoneDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservaçao. Defesa: Curitiba, 22/03/2012Bibliografia: fls.74-81Resumo: O presente estudo foi realizado numa área sob influência de água de produção na costa setentrional do Rio Grande do Norte, Brasil. Foram estudados foraminiferos a partir da fauna viva e fauna total. O estudo visa investigar uma modifição metodológica do Índice FORAM (FI), que altera o peso dado à "fauna viva" de foraminíferos, tornando este índice mais adequado para monitoramento ambiental de curta escala temporal. O FI é calculado através dos grupos funcionais: foraminíferos que realizam simbiose (S); oportunistas ou tolerantes ao estresse (OT); e outros foraminíferos heterotróficos (H). Quatro campanhas amostrais realizadas nos períodos chuvoso e seco de 2008 e 2009 foram analisadas. O desenho amostral inclui pontos localizados na área de influência dos efluentes lançados por dois emissários submarinos, além de uma área controle. A análise de espécies indicadoras (ISA) mostrou que espécies do gênero Ammonia e Bolivina além de outros rotalideos e textularídeos, principalmente de hábito incrustante (e.g. Rotaliammina spp., Asterotrochammina spp., Discorbis spp., dentre outros), indicaram a área sob maior influência dos efluentes lançados. Foraminíferos que realizam simbiose e outros miliolídeos indicam a área controle. As análises fatoriais (CAP) mostram que Ammonia e Bolivina apresentam maior correlação positiva com metais no sedimento, enquanto espécies de hábito incrustante estão mais fortemente associadas com os hidrocarbonetos presentes na água. Espécies que realizam simbiose como Archaias angulatus e Laevipeneroplis discoideus além de outros miliolídeos, se correlacionam positivamente com oxigênio dissolvido e zona eufótica. Em razão do maior ou menor potencial de preservação, miliolídeos apresentam maior representatividade na fauna total (FT) enquanto rotalídeos e textularideos são mais representativos na fauna viva (FV). Estas diferenças entre FV e FT se refletiram nos cálculos do FI. A incorporação de maior peso à FV deixa o índice (FI modificado) mais sensível às mudanças da composição das associações de foraminíferos em curto espaço de tempo, permitindo que mais espécies com menor potencial de preservação sejam incorporadas no seu cálculo. Estas espécies mais frágeis são frequentemente perdidas, ou têm importância diminuída na composição da FT, que é originalmente utilizada no cálculo do FI. Os resultados mostram que o FI é uma ferramenta útil para o monitoramento ambiental na área de estudo. Ele indica melhores condições ambientais na área controle e piores na área sob influência dos emissários e variou ao longo do período amostral de forma coerente com as variações dos parâmetros abióticos. O FI modificado apresentou-se melhor ajustado às variações ambientais ocorridas no período amostrado, fornecendo indícios de que é mais sensível às variações de curta escala, portanto é mais adequado ao monitoramento ambiental com intervalos de amostragem curtos.Abstract: The present study was conducted in an area under the influence of oil well produced water in the northern coast of Rio Grande do Norte, Brazil. Foraminiferal living and total fauna were studied to evaluate a methodological change in the FORAM Index (FI). This change alters the weight given to the "living fauna". The FI is performed based on three functional groups: symbiont bearing foraminifera (S); opportunistic or stress tolerant species (OT); and other heterothophic foraminifera (H). Four samplings were accomplished: two during rainy and two during the dry period of 2008 and 2009. The sampling design includes sites located at the oil well produced waters discharging area under the influence of two submarine outfalls, and sites located at the control area, far away from the outfalls. The indicator species analysis (ISA) revealed that species from the genera Ammonia and Bolivina, besides other rotalids and textularids, especially those with incrusting habit (e.g. Rotaliammina spp., Asterotrochammina spp., Discorbis spp., among others) are indicators of areas under a higher influence of produced waters. The factorial analysis (CAP) revealed a high positive correlation of Ammonia and Bolivina with metals in the sediment, while species of incrusting habits are strongly associated with the hydrocarbons present in the water. Symbiont bearing species such as Archaias angulatus and Laevipeneroplis discoideus, besides other miliolids are positively correlated with the dissolved oxygen and deeper euphotic zone, usually present at the control area. Miliolids have a greater representation in the total assemblage (FT) while rotalids and textularids are more representative in the live assemblage (FV) according to their high or low potential of preservation. These differences between FV and FT species composition are reflected in the FI values. The methodological change allows species with a lower potential of preservation to be included in the index calculation incorporating greater weight to the living forams and makes the index more sensitive to short time changes. Originally the FI is calculated with the total fauna; the most fragile species are frequently lost by taphonomic processes and their importance in the total fauna composition is diminished. The results show that FI is a useful tool for environmental monitoring in the study area. The modified FI varies consistently with the variations of abiotic parameters and displayed itself better suited to environmental variations during the sampled period, providing evidences that it is more sensitive to environmental changes. It is consistently more suitable for the short sampling intervals

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts

Macroforaminíferos com algas endossimbiontes da costa setentrional do Rio Grande do Norte e sua aplicação no monitoramento ambiental regional

Orientadora: Sibelle Trevisan DisaróMonografia (graduação) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Terra, Centro de Estudos do Mar, Curso de OceanografiaO presente estudo foi realizado na costa setentrional do Rio Grande do Norte. A área, de modo geral, é oligotrofica; nela ocorrem espécies de foraminiferos que realizam simbiose, outros de nutrição essencialmente heterotrófica e espécies tolerantes ao estresse, consideradas oportunistas. O estudo visa estudar a distribuição dos macroforaminiferos adaptados às condições oligotróficas e águas quentes onde tem seu pleno desenvolvimento. Isto os torna extremamente sensíveis à qualidade ambiental e, portanto bons indicadores para monitoramento da região estudada. O intervalo batimétrico de ocorrência das 11 espécies de macroforaminiferos registradas vivas foi determinado, assim como suas relações com os parâmetros ambientais. De modo geral elas ocorreram em locais com alto teor de carbonato e sedimento grosso, e suas distribuições batimétricas são condizentes com as determinadas por outros autores. Tanto a distribuição batimétrica quanto o mapeamento de suas áreas de ocorrência mostram-se importantes para avaliações de qualidade ambiental na região, sobretudo das espécies Amphistegina gibbosa, Amphistegina radiata, Heterostegina antillarum e Borelis pulchra. O indice FORAM (FI), desenvolvido para avaliar a qualidade ambiental em áreas recifais, foi aplicado com duas metodologias distintas: uma conforme a descrita originalmente pelos autores e outra que atribui maior peso à fauna viva. O FI representou bem a variabilidade ambiental regional e os resultados das metodologias são comparados, mostram-se úteis ao monitoramento. A metodologia modificada mostrou-se mais adequada e robusta para as variações de curta escala de tempo, enquanto que a metodologia original mostra-se mais adequada ao monitoramento ambiental de longa escala (décadas ou séculos). No início de 2008 tiveram inicio amostragens bianuals que permitirão testar e aprimorar a aplicação do FI. Palavras-chave: Macroforaminiferos. Distribuição espacial. Indice FORAM, Monitoramento ambiental. Rio Grande do Norte.The present study was accomplished in a wide area of the northern coast of Rio Grande do Norte. The area is oligotrofic and different foraminifera groups are distributed within this region: symbiont bearing foraminifers, species of essentially heterotrofic nutrition as well as stress tolerant species (opportunists) occur. The study seeks to study the distribution of the macroforaminifers, which are well adapted to oligotrofic conditions and warm waters, and are extremely to the environmental quality; and to evaluate the possibility to use the sensitive to the FORAM index for environmental monitoring within the area. The batimetric ses The interval of occurrence of the 11 macroforaminiferal species are mapped and their relationships with the environmental ental parameters are analysed. They are distributed at places with high carbonate content and coarses sediment. Their batimetric distribution agrees with data from the literature. With batimetric distribution as well as the contours of distributional area of each species may be used as a tool to evaluate environmental quality. Amphistegina gibbosa, Amphistegina radiata, Heterostegina antillarum and Borelis pulchra seems to demand strict environmental quality. The FORAM Index (FI) was calculated to evaluate the environmental quality, specially on the reefal areas. Two different methodological procedures were performed: one as originally described and another that attributes higher weight to the living fauna. Fl represented the regional environmental variability and the results of both methodologies are compared. The results prove to be useful for environmental monitoring and the modified methodology was more appropriate and robust to detect short scale variations, while the original methodology was more appropriate to large scale monitoring (decades or centuries). At the year 2008 started a biannual sampling program that will allow to test and to improve the FI tool as well as other monitoring procedures. Key-words: Macroforaminifers. Spatial distribution. FORAM Index.Environmental monitoring. Rio Grande do Norte

Foraminíferos como bioindicadores em área sob efeito de água de produção, Rio Grande do Norte (Brasil) : teste metodológico do Índice Foram

Orientador : Prof. Dr. Carlos Alberto BorzoneDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservaçao. Defesa: Curitiba, 22/03/2012Bibliografia: fls.74-81Resumo: O presente estudo foi realizado numa área sob influência de água de produção na costa setentrional do Rio Grande do Norte, Brasil. Foram estudados foraminiferos a partir da fauna viva e fauna total. O estudo visa investigar uma modifição metodológica do Índice FORAM (FI), que altera o peso dado à &quot;fauna viva" de foraminíferos, tornando este índice mais adequado para monitoramento ambiental de curta escala temporal. O FI é calculado através dos grupos funcionais: foraminíferos que realizam simbiose (S); oportunistas ou tolerantes ao estresse (OT); e outros foraminíferos heterotróficos (H). Quatro campanhas amostrais realizadas nos períodos chuvoso e seco de 2008 e 2009 foram analisadas. O desenho amostral inclui pontos localizados na área de influência dos efluentes lançados por dois emissários submarinos, além de uma área controle. A análise de espécies indicadoras (ISA) mostrou que espécies do gênero Ammonia e Bolivina além de outros rotalideos e textularídeos, principalmente de hábito incrustante (e.g. Rotaliammina spp., Asterotrochammina spp., Discorbis spp., dentre outros), indicaram a área sob maior influência dos efluentes lançados. Foraminíferos que realizam simbiose e outros miliolídeos indicam a área controle. As análises fatoriais (CAP) mostram que Ammonia e Bolivina apresentam maior correlação positiva com metais no sedimento, enquanto espécies de hábito incrustante estão mais fortemente associadas com os hidrocarbonetos presentes na água. Espécies que realizam simbiose como Archaias angulatus e Laevipeneroplis discoideus além de outros miliolídeos, se correlacionam positivamente com oxigênio dissolvido e zona eufótica. Em razão do maior ou menor potencial de preservação, miliolídeos apresentam maior representatividade na fauna total (FT) enquanto rotalídeos e textularideos são mais representativos na fauna viva (FV). Estas diferenças entre FV e FT se refletiram nos cálculos do FI. A incorporação de maior peso à FV deixa o índice (FI modificado) mais sensível às mudanças da composição das associações de foraminíferos em curto espaço de tempo, permitindo que mais espécies com menor potencial de preservação sejam incorporadas no seu cálculo. Estas espécies mais frágeis são frequentemente perdidas, ou têm importância diminuída na composição da FT, que é originalmente utilizada no cálculo do FI. Os resultados mostram que o FI é uma ferramenta útil para o monitoramento ambiental na área de estudo. Ele indica melhores condições ambientais na área controle e piores na área sob influência dos emissários e variou ao longo do período amostral de forma coerente com as variações dos parâmetros abióticos. O FI modificado apresentou-se melhor ajustado às variações ambientais ocorridas no período amostrado, fornecendo indícios de que é mais sensível às variações de curta escala, portanto é mais adequado ao monitoramento ambiental com intervalos de amostragem curtos.Abstract: The present study was conducted in an area under the influence of oil well produced water in the northern coast of Rio Grande do Norte, Brazil. Foraminiferal living and total fauna were studied to evaluate a methodological change in the FORAM Index (FI). This change alters the weight given to the &quot;living fauna". The FI is performed based on three functional groups: symbiont bearing foraminifera (S); opportunistic or stress tolerant species (OT); and other heterothophic foraminifera (H). Four samplings were accomplished: two during rainy and two during the dry period of 2008 and 2009. The sampling design includes sites located at the oil well produced waters discharging area under the influence of two submarine outfalls, and sites located at the control area, far away from the outfalls. The indicator species analysis (ISA) revealed that species from the genera Ammonia and Bolivina, besides other rotalids and textularids, especially those with incrusting habit (e.g. Rotaliammina spp., Asterotrochammina spp., Discorbis spp., among others) are indicators of areas under a higher influence of produced waters. The factorial analysis (CAP) revealed a high positive correlation of Ammonia and Bolivina with metals in the sediment, while species of incrusting habits are strongly associated with the hydrocarbons present in the water. Symbiont bearing species such as Archaias angulatus and Laevipeneroplis discoideus, besides other miliolids are positively correlated with the dissolved oxygen and deeper euphotic zone, usually present at the control area. Miliolids have a greater representation in the total assemblage (FT) while rotalids and textularids are more representative in the live assemblage (FV) according to their high or low potential of preservation. These differences between FV and FT species composition are reflected in the FI values. The methodological change allows species with a lower potential of preservation to be included in the index calculation incorporating greater weight to the living forams and makes the index more sensitive to short time changes. Originally the FI is calculated with the total fauna; the most fragile species are frequently lost by taphonomic processes and their importance in the total fauna composition is diminished. The results show that FI is a useful tool for environmental monitoring in the study area. The modified FI varies consistently with the variations of abiotic parameters and displayed itself better suited to environmental variations during the sampled period, providing evidences that it is more sensitive to environmental changes. It is consistently more suitable for the short sampling intervals

Spatial environmental variability of natural markers and habitat use of Cathorops spixii in a neotropical estuary from otolith chemistry

The goal of this study was to study the distribution of potential habitat markers (Sr/Ca, Ba/Ca, Mn/Ca and Li/Ca) in water from the Paranaguá Estuarine Complex (Brazil) and to study habitat use patterns of Cathorops spixii through ontogeny employing otolith microchemistry. Fish were caught from three sampling sites while water samples were collected at eight stations covering a salinity range from 4.5-33. Elemental concentrations in otolith and water were determined by LA-ICP-MS and ICP-MS, respectively. When the relationship between salinity and elements or ratios in water was studied, significant positive relationships were found for Sr, Li, Ca, Sr/Ca, and negative for Ba, Mn, Ba/Ca and Mn/Ca (P < 0.05). No relationship was observed between water Li/Ca and salinity. A significant positive correlation was found between otolith edge Sr/Ca and salinity (r = 0.63; P < 0.05), positioning this ratio as the best natural tag for reconstructing environmental histories of C. spixii. Change point analysis (CPA) based on otolith Sr/Ca signature through ontogeny revealed potential migrations between environments with different salinity. According to CPA, the number of displacements among different salinities ranged from 3-9 (6.1 ± 1.9), suggesting high plasticity in the migratory patterns. Ba/Ca, Li/Ca and Mn/Ca peaks were observed on the outer margin of the primordium, and could be influenced by physiological, environmental and maternal factors.Fil: Maichak de Carvalho, Barbara. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Pupo, Daniel Vicente. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Volpedo, Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal; ArgentinaFil: Pisonero, Jorge. Universidad de Oviedo; EspañaFil: Méndez, Ana. Universidad de Oviedo; EspañaFil: Avigliano, Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal; Argentin

Foraminíferos bentônicos na plataforma continental da Bacia de Campos

Visando caracterizar a plataforma continental da Bacia Sedimentar de Campos com base em foraminíferos bentônicos no período seco (ressurgências menos frequentes) de 2008 e chuvoso (ressurgências mais frequentes) de 2009, foram estudadas amostras distribuídas em transectos perpendiculares à costa, provenientes de cinco isóbatas (25, 50, 75, 100 e 150 m). Os sedimentos (0 a 2 cm) foram coletados em triplicata, fixados em formol a 4% tamponado com bórax, corados com Rosa Bengala e lavados em peneira de 63 μm. Em laboratório realizou-se a triagem sob lupa para retirar todas as carapaças com célula corada. Análises de agrupamento e de escalonamento multidimensional não métrico (NMDS) permitiram reconhecer diferentes ambientes e com análises fatoriais investigou-se as relações entre biota e dados ambientais. As variáveis-resposta quantitativas foram biomassa e abundância. No total foram identificados 519 táxons de foraminíferos e a estrutura das associações (densidade, diversidade, dominância, equitabilidade). O padrão de distribuição espacial dos foraminíferos está fortemente associado à profundidade, aos sedimentos, à disponibilidade e qualidade de matéria orgânica. Análises integradas dos períodos identificaram três áreas principais; a Análise de Espécies Indicadoras (ISA) permitiu reconhecer as principais espécies de cada área: (i) Plataforma interna – 25 e 50 m, sedimentos predominantemente siliciclásticos, predomínio de espécies epifaunais positivamente correlacionadas com areia, maior temperatura e maior concentração de clorofila a; (ii) Área de ressurgências – predomínio de espécies infaunais positivamente correlacionadas com lama, feofitina a e carbono orgânico total; (iii) Plataforma média-externa – 75 a 150 m, características predominantemente oligotróficas, sedimentos (areia, cascalho e lama) bem selecionados e com alto teor de carbonato; espécies positivamente correlacionadas com o carbono orgânico total. Foraminíferos fitodetritívoros indicaram outras áreas de ressurgência associadas a intrusões da Água Central do Atlântico Sul (ACAS), próximo ao Cabo de São Tomé e ao norte da área estudada, provavelmente influenciada pelo vórtice de Vitória. A biomassa na plataforma interna foi similar à de outras áreas investigadas, mas valores nas plataformas média e externa foram mais altos que o esperado para uma região oligotrófica sazonalmente mesotrófica. Curvas de abundância e biomassa indicaram que as áreas de ressurgência mostram perturbação moderada, assim como a área de plataforma interna que apresenta indícios de perturbação moderada a forte, dependendo do período avaliado.Fil: Trevisan Disaró, Sibelle. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Aluizio, Rodrigo. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Ribas, Elis Regina. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Pupo, Daniel Vicente. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Rodriguez Tellez, Ingrid. Universidade Federal do Paraná; BrasilFil: Watanabe, Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; ArgentinaFil: Totah, Violeta Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; ArgentinaFil: Apostolos Machado Koutsoukos, Eduardo. No especifíca

Fósseis e idade de um setor da barreira pleistocênica paranaense - FOSSILS AND AGE OF A PARANÁ PLEISTOCENIC BARRIER SECTOR

O objetivo deste trabalho é caracterizar o conteúdo fossilífero dos depósitos que constituem a planície com cordões litorâneos pleistocênica para auxiliar na interpretação dos ambientes de deposicionais, na determinação de paleoníveis marinhos. Foram identificadas as seguintes fácies: areia com estratificação cruzada swaley (Ssw), planar (Sp), acanalada (St), sigmóide (Ssg), de baixo ângulo (Sli); areia com ondulações e laminação cruzada (Sr), maciça (Sm), com acamamento flaser (Sf); lama maciça (Fm) e lama com linsen (Fl). Associados a esta fácies foram observados tubos, moldes de conchas e fragmentos e detritos vegetais. As associações de fácies correspondem a um sistema clástico dominado por ondas com influência de maré num contexto de delta de enchente. Foram identificados dois ichnofósseis: Ophiomorpha atribuída a Callichirus sp e moldes de bivalves. Nos areais ocorrem troncos, raízes e outros fragmentos de madeira associados a lama (fácies Fm e Fl), que foram identificadas como Ilex sp (Aquifoliaceae), Inga sp (Leguminosae Mimosoideae), Calyptranthes sp (Myrtaceae) e Laguncularia racemosa (Combretaceae). Nos testemunhos de sondagens o foraminífero Blysmasphaera brasiliensis, espécies características de mangue e estuários. A amostra de madeira proveniente da fácies de lama maciça (Fm), forneceu idade > 40.000 anos A.P. Tubos de Ophiomorpha atribuídos a Callichirus sp, permitem estimar que o paleonível marinho à época de formação da barreira era de oito 8 m superior ao atual. A espécie Blysmasphaera brasiliensis indica fácies depositadas em ambiente estuarino ou marinho raso