Ecological correlates of the distribution of terrestrial and freshwater chelonians in the Niger delta, Nigeria : a biodiversity assessment with conservation implications

Distribution and ecology of freshwater and terrestrial Chelonians were studied in eastern Niger Delta of Nigeria. Fifty-two study areas, sparsely distributed along the hydrographie basins of the main ri vers and in the main environmental types available in the region, were carefully surveyed over more than two years. Seven Chelonian species were found; four of them (Pelomedusa subrufa olivacea, Pelusios c. castaneus, Kinixys belliana nogueyi, Kinixys erosa) were recorded for the lirst time inside the Niger Delta region. P. castaneus, P. niger, and K. homeana appeared to be comrnon, whereas K. belliana was ex tremel y rare. In general, species were recorded mainly from the areas characterized by dominant del taie swamp forest, but the distribution of P. castaneus exceeded by far the distribution of this habitat in the study region. A statistical mode) (based on logistic regression method) was applied to evaluate the effects of the macro-environmental variables on the local distribution of the various species. It resulted that a determinant factor for the presence of the species was : (i) the presence of Primary Dry Forest for P. castaneus and P. niger; (ii) the presence of Secondary Dry Forest for K. homeana, but the presence of both Shrubland and Farmland!Plantation was not determinant for the presence of any species; (iii) the presence of Primary Swamp Forest for P. niger; (iv) the presence of Secondary Swamp Forest for P. subrufa, K. erosa, and K. homeana; (v) the presence of Mangrove Formations for P. niger and K. homeana; (vi) the presence of Permanent Big Water-Bodies (ri vers, creeks) for P. subrufa. The combination of Primary Dry Forest and Secondary Swamp Forest would be determinant for the presence of live of seven species, thus demonstrating to be a crucial combination of habitats from the conservationistic point of view. Principal Component Factor Analysis classilied the seven Chelonian species and the eight macro-environmental parameters into live groups: ( 1 ) a group formed by P. subrufa and K. belliana; (2) a group formed by the macro-environmental parameters "Shrubland" and "Farmland!Plantation"; (3) a group, relatively close to the group (2), formed by the macro-environmental parameters "Secondary Dry Forest" and "Secondary Swamp Forest", and by the species K. erosa and K. homeana; (4) a group formed by the macro-environmental parameters "Primary Dry Forest", "Primary Swamp Forest", and "Permanent big Water Body", and by the species P. castaneus, P. niger, and Trionyx triunguis; (5) a group formed by the macro-environmental parameter "Mangrove" alone. Phenology data suggested that only one of seven, if any, species could aestivate during the dry season: P. subrufa.La distribution et l'écologie des Chéloniens dulçaquicoles et terrestres ont été étudiées dans l'est du delta du Niger au Nigéria. Cinquante deux zones d'étude, distribuées le long des bassins hydrographiques des principales rivières et dans les principaux types d'environnement présents dans la région, ont été soigneusement prospectées durant plus de deux ans. Sept espèces de Chéloniens ont été trouvées : quatre d'entre clles (Pelomedusa subrufa olivacea, Pelusios c. castaneus, Kinixvs belliana noguevi, Kinixys erosa) étaient pour la première fois signalées dans la région du delta du Niger. P. castaneus, P. niger et K. homeana sont apparus communs : en revanche, K. belliana était extrêmement rare. En général, les espèces furent principalement notées dans les zones où dominaient la forêt marécageuse deltaïque, mais la distribution de P. castaneus débordait largement celle de ce type d'habitat dans la région. Un modèle statistique (basé sur la méthode de régression logistique) fut appliqué pour évaluer les effets des variables macro-environnementales sur la distribution locale des especes. Il apparut qu'un facteur déterminant de la présence d'une ou de plusieurs de ces espèces était : (i) la présence de forêt sèche primaire pour P. castaneus et P. niger; (ii) la présence de forêt sèche secondaire pour K. homeana. mais la présence d'un habitat buissonnant ou de plantations et zones cultivévs n'était en aucun cas déterminante de la présence d'une des espèces étudiées ; (iii) la présence de forêt marécageuse primaire pour P. niger ; (iv) la présence de forêt marécageuse secondaire pour P. subrufa, K. erosa et K. homeana ; (iv) la présence de mangroves pour P. niger et K. homeana ; (vi) la présence de grands cours d'eau (rivières, marigots) pour P. subrufa. La combinaison forêt sèche primaire/forêt marécageuse secondaire serait déterminante de la présence de cinq des sept espèces, apparaissant ainsi comme une combinaison d'habitats cruciale du point de vue de la conservation. Une analyse factorielle en composantes principales classe les sept espèces de Chéloniens et les huit paramètres du macro-environnement en cinq groupes : (1) un groupe formé par P. subrufa et K. belliana ; (2) un groupe formé par les paramètres "milieu buissonnant" et "zones cultivées/plantations" (3) un groupe relativement proche du (2), constitue par les paramètres "forêt sèche secondaire" et "forêt marécagcuse secondaire" avec les espèces K. erosa et K. homeana. (4) un groupe associant les paramètres "forêt sèche primaire", « forêt marécageuse primaire" et "grands cours d'eau permanent" aux espèces P. castaneus, P. niger et Trionyx triunguis; (5) un groupe formé par le seul paramètre "mangrove". Les données phénologiques suggèrent qu'une seule espèce (P. subrufa) serait susceptible d'estiver en saison sèche

Quelles variations subit la composition du peuplement d’Amphibiens dans les paysages nigériens subissant une dégradation sur le long terme ? Le cas d’un environnement de montagne.

Les forêts tropicales mondiales subissent une importante altération anthropique. Les données recueillies au cours de diverses études dans les forêts du Nigéria montrent que l'herpétofaune subit ces modifications d'habitat. En particulier, quand les environnements forestiers tropicaux se dégradent et bien que la diversité globale reste stable ou voire même augmente, on remarque que l'on passe d'une dominance d'espèces spécialistes forestières à une dominance d'espèces généralistes capables d'utiliser une large gamme d'habitats. La même modification s'observe quels que soient le type d'habitat (e. g. forêt basse temporairement inondée ou forêt de montagne) ou le taxon (e. g. anoures ou serpents). Un inventaire des amphibiens a été conduit en 2002 sur le plateau d'Obudu au Nigéria, qui est une zone d'intérêt majeur pour la conservation, abritant beaucoup d'espèces endémiques et menacées. L'environnement y a été gravement dégradé et a souffert d'une forte déforestation dans les années récentes ; le tourisme de plaisance, en pleine extension, menace d'avoir un impact encore plus grand. En comparant les résultats de cet inventaire à divers jeux de données des années 1960 et 1980, nous sommes en mesure de décrire les changements dans la composition des peuplements intervenus après de nombreuses années de perturbation anthropique et nous discutons les raisons du succès ou de l'échec d'espèces spécialistes ou généralistes particulières.Tropical forests worldwide undergo severe anthropogenic habitat alteration. We report here on various long-term studies in Nigerian rainforests and show that there appears to be a trend of change in herpetofaunal communities that follows this habitat change. Specifically, as rainforest environments become degraded there is a shift from a predominance of forest specialists to a predominance of generalists that are able to utilize a wide range of habitats (although overall species diversity may remain stable or even locally increase). The same shift is seen regardless of the type of habitat (e.g. seasonally flooded lowland forest or montane forest) or the taxa (e.g. anura or serpentes). An amphibian survey was conducted in 2002 in the Obudu plateau, Nigeria, which is an area of major conservation importance, containing many endemic and threatened species. The environment has been severely degraded and suffered heavy deforestation in recent years, and expanding leisure tourism threatens to have an even greater environmental impact. We compare the results from our current survey to other studies by previous authors conducted in the 1960’s and 1980’s to provide an insight into changes in community species composition after many years of anthropogenic disturbance. We discuss the reasons for the success and failure of particular specialist and generalist species

Seasonal incidence, sex-ratio, and population cohorts of hinge-back tortoises (genus Kinixys) in the wild and in bush-meat markets of the Niger delta, southern Nigeria: Are human predation effects random ?

Three species of hinge-back tortoises (Kinixys belliana nogueyi, Kinixys erosa, and Kinixys homeana) are found in the forest-plantation mosaics of the Niger Delta region, in south-eastern Nigeria, where they are actively hunted by local people communities for subsistence and traditional medicine. In this paper, the numbers of tortoises traded in bush-meat markets is contrasted to the numbers of tortoises found in the wild, to test whether the pressure of human hunters is random, or if it is biased towards a specifie sex, population cohort (adults or juveniles), or monthly period. We concluded that: (1) the relative monthly intensity of above-ground activity of tortoises strongly influenced the relative monthly numbers of traded specimens in the bush-meat markets ; (2) the pressure of local people on free-ranging tortoises is similar to that of a generalist predator, without apparent differences between species or sexes; (3) the juveniles of both K. homeana and K. erosa were the only category of animais which were not preyed upon by humans depending on their local availabilityTrois espèces de tortues (Kinixys belliana nogueyi, Kinixys erosa et Kinixys homeana) se rencontrent dans les mosaïques forêt-plantations du delta du Niger, dans le sud-est du Nigéria où elles sont activement chassées par les populations humaines locales qui les utilisent pour leur subsistance et leur médecine traditionnelle. Dans cet article, nous confrontons les effectifs de tortues vendues sur les marchés de viande de brousse à ceux observés dans la nature, pour voir si la pression de chasse est aléatoire ou orientée vers un sexe ou une cohorte (adultes ou jeunes) particulière ou effectuée durant une période donnée. Il apparaît que (1) l'intensité relative de l'activité mensuelle terrestre des tortues influence fortement le nombre relatif de spécimens mensuellement vendus sur les marchés ; (2) la pression de chasse exercée par les populations humaines locales correspond à celle d'un prédateur généraliste, sans différence apparente entre les espèces et les sexes des tortues capturées ; (3) les juvéniles de K. homeana et de K. erosa sont les seules catégories d'animaux que les humains ne chassent pas en fonction de leur disponibilité locale

Distribution of Exonic Variants in Glycogen Synthesis and Catabolism Genes in Late Onset Pompe Disease (LOPD)

Pompe disease (PD) is a monogenic autosomal recessive disorder caused by biallelic pathogenic variants of the GAA gene encoding lysosomal alpha-glucosidase; its loss causes glycogen storage in lysosomes, mainly in the muscular tissue. The genotype-phenotype correlation has been extensively discussed, and caution is recommended when interpreting the clinical significance of any mutation in a single patient. As there is no evidence that environmental factors can modulate the phenotype, the observed clinical variability in PD suggests that genetic variants other than pathogenic GAA mutations influence the mechanisms of muscle damage/repair and the overall clinical picture. Genes encoding proteins involved in glycogen synthesis and catabolism may represent excellent candidates as phenotypic modifiers of PD. The genes analyzed for glycogen synthesis included UGP2, glycogenin (GYG1-muscle, GYG2, and other tissues), glycogen synthase (GYS1-muscle and GYS2-liver), GBE1, EPM2A, NHLRC1, GSK3A, and GSK3B. The only enzyme involved in glycogen catabolism in lysosomes is alpha-glucosidase, which is encoded by GAA, while two cytoplasmic enzymes, phosphorylase (PYGB-brain, PGL-liver, and PYGM-muscle) and glycogen debranching (AGL) are needed to obtain glucose 1-phosphate or free glucose. Here, we report the potentially relevant variants in genes related to glycogen synthesis and catabolism, identified by whole exome sequencing in a group of 30 patients with late-onset Pompe disease (LOPD). In our exploratory analysis, we observed a reduced number of variants in the genes expressed in muscles versus the genes expressed in other tissues, but we did not find a single variant that strongly affected the phenotype. From our work, it also appears that the current clinical scores used in LOPD do not describe muscle impairment with enough qualitative/quantitative details to correlate it with genes that, even with a slightly reduced function due to genetic variants, impact the phenotype

Disease Rescue and Increased Lifespan in a Model of Cardiomyopathy and Muscular Dystrophy by Combined AAV Treatments

The BIO14.6 hamster is an excellent animal model for inherited cardiomyopathy, because of its lethal and well-documented course, due to a spontaneous deletion of delta-sarcoglycan gene promoter and first exon. The muscle disease is progressive and average lifespan is 11 months, because heart slowly dilates towards heart failure.Based on the ability of adeno-associated viral (AAV) vectors to transduce heart together with skeletal muscle following systemic administration, we delivered human delta-sarcoglycan cDNA into male BIO14.6 hamsters by testing different ages of injection, routes of administration and AAV serotypes. Body-wide restoration of delta-SG expression was associated with functional reconstitution of the sarcoglycan complex and with significant lowering of centralized nuclei and fibrosis in skeletal muscle. Motor ability and cardiac functions were completely rescued. However, BIO14.6 hamsters having less than 70% of fibers recovering sarcoglycan developed cardiomyopathy, even if the total rescued protein was normal. When we used serotype 2/8 in combination with serotype 2/1, lifespan was extended up to 22 months with sustained heart function improvement.Our data support multiple systemic administrations of AAV as a general therapeutic strategy for clinical trials in cardiomyopathies and muscle disorders

Les Bushmen et l’herpétofaune : note sur les amphibiens et les reptiles vendus dans les marchés bushmen de les peuples locaux, dans le delta du Niger (Port Harcourt, Rivers State, Nigéria)

Nous avons étudié les amphibiens et les reptiles vendus dans les marchés du peuples locaux (Delta du Niger, Nigéria du Sud-Est). Globalement, nous avons relevé 18 espèces différentes : 4 d’Amphibiens et 14 de Reptiles. Quelques espèces sont vendues pour la peau ou pour les rites animistes, mais la plupart sont vendues comme nourriture. En effet, les animaux sauvages représentent la source protéique principale pour les populations locales, surtout pour les gens que habitent dans la forêt et dans les petits villages. Quelques espèces vendues sont vulnérables ou même menacées, pas seulement au niveau du delta du Niger, mais dans toute l’Afrique. Parmi ces espèces vulnérables ou menacées nous signalons Conraua goliath, Crocodylus niloticus, C. cataphractus et Osteolaemus tetraspis.Observations are reported on the amphibians and reptiles traded in local bush-meat markets amongst the tribes of the Niger delta, south-eastern Nigeria. In all, eighteen species were recorded, of which four were amphibians and fourteen were reptiles. Some species were traded for their skins or for animistic cult purposes, but in most cases they were traded as food. In fact, wildlife represents the main source of protein for the support of rapid local population growth in fragile and poor environments. Some of the traded species are vulnerable or even threatened, not only at the local level of the Niger delta region but also at a more general, continental level. Among these vulnerable taxa may be noted Conraua goliath, Crocodylus niloticus, C. cataphractus and Osteolaemus tetraspis.</p

Seasonal incidence, sex-ratio, and population cohorts of hinge-back tortoises (genus Kinixys) in the wild and in bush-meat markets of the Niger delta, southern Nigeria : are human predation effects random ?

Three species of hinge-back tortoises (Kinixys belliana nogueyi, Kinixys erosa, and Kinixys homeana) are found in the forest-plantation mosaics of the Niger Delta region, in south-eastern Nigeria, where they are actively hunted by local people communities for subsistence and traditional medicine. In this paper, the numbers of tortoises traded in bush-meat markets is contrasted to the numbers of tortoises found in the wild, to test whether the pressure of human hunters is random, or if it is biased towards a specific sex, population cohort (adults or juveniles), or monthly period. We concluded that : (1) the relative monthly intensity of above-ground activity of tortoises strongly influenced the relative monthly numbers of tra¬ ded specimens in the bush-meat markets ; (2) the pressure of local people on free-ranging tortoises is similar to that of a generalist predator, without apparent differences between species or sexes ; (3) the juveniles of both K. homeana and K. erosa were the only category of animals which were not preyed upon by humans depending on their local availability.Trois espèces de tortues (Kinixys belliana nogueyi, Kinixys erosa et Kinixys homeana) se rencontrent dans les mosaïques forêt-plantations du delta du Niger, dans le sud-est du Nigéria où elles sont activement chassées par les populations humaines locales qui les utilisent pour leur subsistance et leur médecine traditionnelle. Dans cet article, nous confrontons les effectifs de tortues vendues sur les marchés de viande de brousse à ceux observés dans la nature, pour voir si la pression de chasse est aléatoire ou orientée vers un sexe ou une cohorte (adultes ou jeunes) particulière ou effectuée durant une période donnée. Il apparaît que (1) l’intensité relative de l’activité mensuelle terrestre des tortues influence fortement le nombre relatif de spécimens mensuellement vendus sur les marchés ; (2) la pression de chasse exercée par les populations humaines locales correspond à celle d’un prédateur généraliste, sans différence apparente entre les espèces et les sexes des tortues capturées ; (3) les juvéniles de K. homeana et de K. erosa sont les seules catégories d’ animaux que les humains ne chassent pas en fonction de leur disponibilité locale.Luiselli Luca, Politano Edoardo, Akani Godfrey C. Seasonal incidence, sex-ratio, and population cohorts of hinge-back tortoises (genus Kinixys) in the wild and in bush-meat markets of the Niger delta, southern Nigeria : are human predation effects random ?. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 58, n°2, 2003. pp. 243-248

Are there shifts in amphibian faunal composition in Nigerian landscapes undergoing long-term degradation ? A case study from a montane environment

Tropical forests worldwide undergo severe anthropogenic habitat alteration. We report here on various long-term studies in Nigerian rainforests and show that there appears to be a trend of change in herpetofaunal communities that follows this habitat change. Specifically, as rainforest environments become degraded there is a shift from a predominance of forest specialists to a predominance of generalists that are able to utilize a wide range of habitats (although overall species diversity may remain stable or even locally increase). The same shift is seen regardless of the type of habitat (e. g. seasonally flooded lowland forest or montane forest) or the taxa (e. g. anura or serpentes). An amphibian survey was conducted in 2002 in the Obudu plateau, Nigeria, which is an area of major conservation importance, containing many endemic and threatened species. The environment has been severely degraded and suffered heavy deforestation in recent years, and expanding leisure tourism threatens to have an even greater environmental impact. We compare the results from our current survey to other studies by previous authors conducted in the 1960’ s and 1980’ s to provide an insight into changes in community species composition after many years of anthropogenic disturbance. We discuss the reasons for the success and failure of particular specialist and generalist species.Quelles variations subit la composition du peuplement d’Amphibiens dans les paysages nigériens subissant une dégradation sur le long terme ? Le cas d’un environnement de montagne. — Les forêts tropicales mondiales subissent une importante altération anthropique. Les données recueillies au cours de diverses études dans les forêts du Nigéria montrent que l’herpétofaune subit ces modifications d’habitat. En particulier, quand les environnements forestiers tropicaux se dégradent et bien que la diversité globale reste stable ou voire même augmente, on remarque que l’on passe d’une dominance d’espèces spécialistes forestières à une dominance d’espèces généralistes capables d’utiliser une large gamme d’habitats. La même modification s’observe quels que soient le type d’habitat (e. g. forêt basse temporairement inondée ou forêt de montagne) ou le taxon (e. g. anoures ou serpents). Un inventaire des amphibiens a été conduit en 2002 sur le plateau d’Obudu au Nigéria, qui est une zone d’intérêt majeur pour la conservation, abritant beaucoup d’espèces endémiques et menacées. L’environnement y a été gravement dégradé et a souffert d’une forte déforestation dans les années récentes ; le tourisme de plaisance, en pleine extension, menace d’avoir un impact encore plus grand. En comparant les résultats de cet inventaire à divers jeux de données des années 1960 et 1980, nous sommes en mesure de décrire les changements dans la composition des peuplements intervenus après de nombreuses années de perturbation anthropique et nous discutons les raisons du succès ou de l’échec d’espèces spécialistes ou généralistes particulières.Lea Jerry M., Luiselli Luca, Politano Edoardo. Are there shifts in amphibian faunal composition in Nigerian landscapes undergoing long-term degradation ? A case study from a montane environment. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 60, n°1, 2005. pp. 65-76

Effects of habitat alteration caused by petrochemical activities and oil spills on the habitat use and interspecific relationships among four species of Afrotropical freshwater turtles.

Abstract. The large-scale effects of habitat alteration produced by oil-industry related pollution on the habitat use of four species of freshwater turtles (Pelusios castaneus, Pelusios niger, Pelomedusa subrufa, Trionyx triunguis) were studied in the River Niger Delta, southern Nigeria (West Africa) between 1996 and 2004. The numbers of turtle specimens observed during our study declined drastically in polluted sites, despite a nearly identical field effort. The number of specimens of all turtle species declined considerably at all habitat types, but complete disappearance in polluted areas was found only with regard to one habitat type for Trionyx triunguis and two habitat types for Pelomedusa subrufa. The mean values of species dominance and diversity indexes were not statistically significant between pristine and altered areas. Based on the interspecific similarity in proportional frequencies of turtle specimens found in each habitat type, a multivariate set of analyses (UPGMA) showed that the turtles were arranged in three &apos;ecological&apos; clusters: a group formed by Pelomedusa subrufa at both polluted and unpolluted areas and Trionyx triunguis at polluted areas; (ii) a group formed by Pelusios castaneus in polluted areas and Pelusios niger in polluted areas; (iii) a group formed by Pelusios castaneus in unpolluted areas and Pelusios niger in unpolluted areas; however, this latter cluster was not very close, as the linkage distance was close to 80% of Euclidean distance. Habitat use similarity among turtles in both polluted and unpolluted study areas was evaluated by the use of two types of overlap formulas (Pianka and Czechanowski) and the use of Monte Carlo randomisations in order to control for the eventual role of chance in the actual data matrix. These data indicated that, for a pair of species (Pelusios niger vs. Pelusios castaneus), there was a statistically significant increase in the similarity of habitat use in the polluted areas vs. the unpolluted areas, and that this pattern was not dependent on the chance. Considering that these two species are ecologically and morphologically similar, we conclude that the most likely consequence at the community level is an increase in the intensity of interspecific competition for space between Pelusios niger and Pelusios castaneus in the polluted areas. Although the direction of the intensification of this competition process could not be easily predicted, it is likely that the species which is least adapted to life in main rivers and creeks may be disadvantaged over the other competitor. The general implications for habitat preservation are also discussed