Predicting Gene-Disease Associations with Knowledge Graph Embeddings over Multiple Ontologies

Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2021There are still more than 1,400 Mendelian conditions whose molecular cause is un known. In addition, almost all medical conditions are somehow influenced by human genetic variation. This challenge also presents itself as an opportunity to understand the mechanisms of diseases, thus allowing the development of better mitigation strategies, finding diagnostic markers and therapeutic targets. Deciphering the link between genes and diseases is one of the most demanding tasks in biomedical research. Computational approaches for gene-disease associations prediction can greatly accelerate this process, and recent developments that explore the scientific knowledge described in ontologies have achieved good results. State-of-the-art approaches that take advantage of ontologies or knowledge graphs for these predictions are typically based on semantic similarity measures that only take into consideration hierarchical relations. New developments in the area of knowledge graphs embeddings support more powerful representations but are usually limited to a single ontology, which may be insufficient in multi-domain applications such as the prediction of gene-disease associations. This dissertation proposes a novel approach of gene-disease associations prediction by exploring both the Human Phenotype Ontology and the Gene Ontology, using knowledge graph embeddings to represent gene and disease features in a shared semantic space that covers both gene function and phenotypes. Our approach integrates different methods for building the shared semantic space, as well as multiple knowledge graph embeddings algorithms and machine learning methods. The prediction performance was evaluated on curated gene-disease associations from DisGeNET and compared to classical semantic similarity measures. Our experiments demonstrate the value of employing knowledge graph embeddings based on random walks and highlight the need for closer integration of different ontologies

Discrepância entre a intimidade e a pornografia e a sua associação com a qualidade da relação e desejo de comportamentos extradiádicos

Dissertação de Mestrado apresentada no Ispa – Instituto Universitário para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Psicologia ClínicaA investigação tem mostrado que a visualização de pornografia se associa à qualidade da relação e à propensão para comportamentos extradiádicos. Contudo, não se analisou ainda se estas associações podem advir da discrepância entre os conteúdos pornográficos que as pessoas visualizam e as suas atividades sexuais na relação. Como tal, pretendemos analisar em que medida a visualização mais frequente de conteúdos e atividades que não são postas em prática na relação sexual (i.e., discrepância no sentido da pornografia) se associa à qualidade da relação e ao desejo por comportamentos extradiádicos. Pretendemos igualmente perceber se estas associações são explicadas pela necessidade de novidade sexual e pela satisfação sexual, bem como se diferem consoante o género. Num estudo correlacional com pessoas numa relação amorosa (N = 733), verificámos que a maior discrepância no sentido da pornografia se associou a menor novidade sexual e menor satisfação sexual. Contudo, apenas a satisfação sexual se associou a menor qualidade da relação e a maior desejo de comportamentos extradiádicos, tanto sexuais como emocionais. Ainda que mulheres reportassem maior satisfação sexual relacional e homens reportassem maior desejo de comportamentos extradiádicos, o género não emergiu como moderador dos resultados. Os resultados deste estudo sugerem que a pornografia pode servir como forma de combate às necessidades sexuais através das fantasias sexuais, mas também aumentando as frustrações sexuais não atendidas.ABSTRACT: Research has shown that viewing pornography is associated with relationship quality and propensity for extradyadic behavior. However, it has not yet been examined whether these associations may stem from the discrepancy between the pornographic content people view and their sexual activities in the relationship. As such, we want to examine to what extent more frequent viewing of content and activities that are not put into practice in the sexual relationship (i.e., pornography discrepancy) is associated with relationship quality and desire for extradadic behavior. We also want to understand whether these associations are explained by the need for sexual novelty and sexual satisfaction, and whether they differ by gender. In a correlational study of people in a romantic relationship (N = 733), we found that greater discrepancy in the direction of pornography was associated with less sexual novelty and less sexual satisfaction. However, only sexual satisfaction was associated with lower relationship quality and greater desire for extradyadic behaviors, both sexual and emotional. Even though women reported higher relational sexual satisfaction and men reported higher desire for extradyadic behaviors, gender did not emerge as a moderator of the results. The results of this study suggest that pornography may serve as a way to combat sexual needs through sexual fantasies, but also by increasing unmet sexual frustrations

A influência do computador na integridade da visão binocular

Computer Vision Syndrome (CSV): 1) Conjunto de complicações desencadeadas com o acto de fixação para perto, que são experimentadas durante ou após o uso do computador; 2) Distúrbio caracterizado pelo esforço repetitivo de perto traduzindo-se em sintomas oculares e não oculares. Pertinência do estudo: os trabalhadores de telecomunicações desempenham actividades prolongadas de fixação para perto, o que pode originar queixas de fadiga visual devido ao stress exercido sob a convergência acomodativa. Objectivos do estudo: 1) Identificar quais os parâmetros da visão binocular que são mais influenciados pelo uso prolongado do computador; 2) Comparar a visão binocular em dois grupos de indivíduos com e sem sintomatologia ocular

Índice de Calidad del Empleo en el Sector Hotelero: estimación para Nuevo Vallarta, Los Cabos y Cancún

Partiendo de la segmentación del mercado de trabajo, este documento evalúa la calidad del empleo que ofrecen los hoteles localizados en Nuevo Vallarta, Cancún y Los Cabos, para lo cual se construyó el Índice de Calidad del Empleo en el Sector Hotelero (ICESH). Se levantaron 714 cuestionarios bajo un muestreo estratificado (95% confianza y 5% error) y orientado a las personas que laboran en el sector hotelero. Se utilizó el método de rangos sumados. Los hallazgos muestran que Los Cabos presentan el valor puntual más alto en calidad del empleo, no así en cuanto a las dimensiones, con evidencia de la segmentación laboral presente en los destinos turísticos seleccionados

Controlo da progressão da miopia com lentes de contacto MiSight: uma série de casos

Objetivo do estudo: Avaliar a progressão da miopia em crianças que usaram lentes de contacto MiSight® 1 day.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Myopia control with MiSight® 1-day contact lenses: a case series

Introdução – A miopia é um erro refrativo cujos raios paralelos provenientes do infinito focam antes do plano da retina. Globalmente a prevalência da miopia está a aumentar, sendo a sua progressão controlada através de diversos métodos, nomeadamente lentes de desfocagem periférica, como é o exemplo das lentes de contacto MiSight® 1 day. Objetivos – Avaliar a progressão da miopia em crianças que usaram lentes de contacto MiSight® 1 day. Métodos – Foi implementado um estudo observacional descritivo, retrospetivo e do tipo série de casos. Os dados foram recolhidos após consulta de registo clínico num estabelecimento comercial de ótica, local onde as lentes de contacto foram adaptadas. Foram incluídas crianças com miopia que iniciaram o tratamento com as lentes de contacto MiSight® 1 day para controlo da progressão da miopia. A eficácia do tratamento foi avaliada através da medição do erro refrativo (equivalente esférico) antes, durante e após o início do tratamento. Resultados – Foram incluídas cinco crianças, duas do género masculino e três do feminino, com idades entre os sete e quinze anos. A duração do tratamento variou entre 19 e 61 meses. A progressão da miopia durante o tratamento variou entre 0.00 e -1.75 D. Discussão – Todas as crianças que integraram o estudo demonstraram uma diminuição da progressão da miopia quando comparada com a progressão da miopia antes do tratamento (0.00 e -2.25 D), bem como com a progressão que seria expectável sem tratamento (-1.10 e -2.75 D). Conclusões – O uso da lente de contacto MiSight® 1 day proporcionou um maior controlo na progressão da miopia quando comparado com a progressão que seria expectável sem a utilização da mesma.ABSTRACT - Introduction – Myopia is a refractive error where parallel rays coming from infinity focus before the retinal plane. Globally the prevalence of myopia has increased, and its progression can be controlled by various methods, including peripheral defocusing lenses, such as the MiSight® 1-day contact lenses. Objectives – Evaluate the progression of myopia in children who wore MiSight® 1-day contact lenses. Methods – This was an observational, descriptive, retrospective, and case series study. Data was collected from clinical registries in an Optician’s office, where the contact lenses were fitted. Children with myopia who started treatment with MiSight® 1 day contact lenses to control myopia progression were included. Treatment efficacy was assessed by measuring refractive error (spherical equivalent) before, during, and after initiation of treatment. Results – Five children were included, two males and three females, aged between seven and fifteen years. The duration of treatment ranged from 19 to 61 months. Myopia progression during treatment ranged from 0.00 to -1.75 D. Discussion – All children in the study showed a decrease in myopia progression compared to myopia progression before treatment (0.00 and -2.25 D), as well as to what would be expected without treatment (-1.10 and -2.75 D). Conclusions – The use of MiSight® 1-day provided greater control over the progression of myopia when compared to the progression that would be expected without its use.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Hipertensão pulmonar tromboembólica crónica: experiência inicial de doentes submetidos a tromboendarterectomia pulmonar

© 2021 Published by Elsevier España, S.L.U. on behalf of Sociedade Portuguesa de Cardiologia. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).Introduction and objectives: Pulmonary endarterectomy (PEA) is a potentially curative procedure in patients with chronic thromboembolic pulmonary hypertension (CTEPH). This study reports the initial experience of a Portuguese PH center with patients undergoing PEA at an international surgical reference center. Methods: Prospective observational study of consecutive CTEPH patients followed at a national PH center, who underwent PEA at an international surgical reference center between October 2015 and March 2019. Clinical, functional, laboratory, imaging and hemodynamic parameters were obtained in the 12 months preceding the surgery and repeated between four and six months after PEA. Results: 27 consecutive patients (59% female) with a median age of 60 (49-71) years underwent PEA. During a median follow-up of 34 (21-48) months, there was an improvement in functional class in all patients, with only one cardiac death. From a hemodynamic perspective, there was a reduction in mean pulmonary artery pressure from 48 (42-59) mmHg to 26 (22-38) mmHg, an increase in cardiac output from 3.3 (2.9-4.0) L/min to 4.9 (4.2-5.5) L/min and a reduction in pulmonary vascular resistance from 12.1 (7.2-15.5) uW to 3.5 (2.6-5,2) uW. During the follow-up, 44% (n=12) of patients had no PH criteria, 44% (n=12) had residual PH and 11% (n=3) had PH recurrence. There was a reduction of N-terminal pro-B-type natriureticpeptide from 868 (212-1730) pg/mL to 171 (98-382) pg/mL. Rright ventricular systolic function parameters revealed an improvement in longitudinal systolic excursion and peak velocity of the plane of the tricuspid ring from 14 (13-14) mm and 9 (8-10) cm/s to 17 (16-18) mm and 13 (11-15) cm/s, respectively. Of the 26 patients with preoperative right ventricular dysfunction, 85% (n=22) recovered. The proportion of patients on specific vasodilator therapy decreased from 93% to 44% (p<0.001) and the proportion of those requiring oxygen therapy decreased from 52% to 26% (p=0.003). The six-minute walk test distance increased by about 25% compared to the baseline and only eight patients had significant desaturation during the test. Conclusion: Pulmonary endarterectomy performed at an experienced high-volume center is a safe procedure with a very favorable medium-term impact on functional, hemodynamic and right ventricular function parameters in CTEPH patients with operable disease. It is possible for PH centers without PEA differentiation to refer patients safely and effectively to an international surgical center in which air transport is necessary.Introdução e objetivos A tromboendarterectomia pulmonar (TP) é um procedimento potencialmente curativo em doentes com hipertensão pulmonar (HP) tromboembólica crónica (TEC). O objetivo deste trabalho é reportar a experiência inicial de um centro português de tratamento de HP em doentes submetidos a TP num centro de referência cirúrgico internacional. Métodos Estudo observacional prospetivo de doentes consecutivos com diagnóstico de CTEPH seguidos em centro nacional de tratamento de HP e submetidos a TP em centro de referência cirúrgico internacional entre outubro de 2015 e março de 2019. Parâmetros clínicos, funcionais, laboratoriais, imagiológicos e hemodinâmicos foram obtidos nos 12 meses precedentes à cirurgia e repetidos entre quatro a seis meses após a TP. Resultados Foram submetidos a TP 27 doentes consecutivos (59% do sexo feminino) com mediana de 60 (49-71) anos. Durante um seguimento mediano de 34 (21-48) meses, verificou‐se melhoria da classe funcional em todos os doentes, tendo ocorrido apenas um óbito de causa cardíaca. Do ponto de vista hemodinâmico, observou‐se redução da pressão média na artéria pulmonar de 48 (42-59) mmHg para 26 (22-38) mmHg, aumento do débito cardíaco de 3,3 (2,9-4,0) L/min para 4,9 (4,2-5,5) L/min e redução das resistências vasculares pulmonares de 12,1 (7,2-15,5) uW para 3,5 (2,6-5,2) uW. Tendo em conta os parâmetros hemodinâmicos avaliados pós‐TP e a sua evolução durante o seguimento clínico, 44% (n = 12) dos doentes deixaram de ter critérios de HP, 44% (n = 12) mantiveram HP e 11% (n = 3) evoluíram com recorrência de HP. Laboratorialmente, a salientar redução do NT‐proBNP de 868 (212–1730) pg/mL para 171 (98–382) pg/mL. Dos parâmetros de função sistólica ventricular direita, verificou‐se melhoria da excursão e velocidade de pico sistólicas longitudinais do plano do anel tricúspide de 14 (13-14) mm e 9 (8-10) cm/s para 17 (16-18) mm e 13 (11-15) cm/s, respetivamente. Dos 26 doentes com critérios de disfunção sistólica ventricular direita pré‐cirurgia, 85% (n = 22) apresentaram critérios de recuperação. A proporção de doentes sob terapêutica vasodilatadora específica diminuiu de 93% para 44% (p < 0,001) e a proporção daqueles requerendo OLD diminuiu de 52% para 26% (p = 0,003). A distância percorrida no teste dos seis minutos de marcha aumentou em cerca de 25% relativamente ao valor prévio à intervenção cirúrgica e apenas oito doentes mantiveram dessaturação significativa durante a prova. Conclusão A TP realizada em centro cirúrgico de elevado volume é um procedimento seguro e com impacto muito favorável em médio prazo nos parâmetros funcionais, hemodinâmicos e de função ventricular direita em doentes com HPTEC operável. É possível, para centros de tratamento de HP sem diferenciação em TP, a referenciação dos doentes com segurança e efetividade a um centro cirúrgico internacional em que para tal seja necessário aerotransporte.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Predictors of functional capacity in patients with pulmonary hypertension

© 2015 Plácido R, et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.Introduction: The 6-minute walk test (6 MWT) distance is frequently used in the prediction of pulmonary hypertension (PH) prognosis. However, potential surrogates of this measure have not been established. We aim to describe the clinical, echocardiographic, and laboratorial criteria determining the 6 MWT distance in patients with PH. Methods: In 22 consecutive PH patients, functional capacity was evaluated by the 6 MWT distance and compared with levels of neurohormonal activation biomarkers and echocardiographic parameters for right ventricular (RV) function. Results: A correlation between the 6 MWT distance and several clinical parameters was found: Borg’s pre-test classification (R=-0.46; p=0.038); WHO functional class (p=0.029). Patients with higher levels of aldosterone (R=-0.46; p=0.030), renin (R=-0.43; p=0.046) and mid-regional pro-adrenomedullin (MR-proADM, R=-0.53; p=0.009) had worse 6 MWT performance. The opposite was true for natremia levels (R=0.55; p=0.006). There was a positive correlation between the 6 MWT distance and RV global longitudinal peak systolic strain rate and early diastolic strain rate (R=0.49; p=0.038 and R=-0.55; p=0.018, respectively). On multivariate analysis, only natremia and early diastolic strain rate were predictors of the 6 MWT distance. Conclusion: The 6 MWT distance correlated with renin-angiotensin-aldosterone system activation and parameters for RV myocardial deformation. The new biomarker MR-proADM proved to be useful in the prediction of the functional capacity.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Relationship between school hours and myopia in portuguese young adults

Introdução – A miopia é uma condição comum que geralmente começa em idade escolar, sendo uma anomalia refrativa multifatorial associada sobretudo ao crescimento excessivo do comprimento axial do globo ocular. Os fatores de risco ambientais relacionam-se com longos períodos de realização de tarefas de perto, número de anos de escolaridade e reduzida atividade ao ar livre. A idade de início da miopia é um fator de risco para uma progressão mais rápida, existindo um maior risco de progredir para alta miopia (≤-5,00 dioptrias, D) no futuro. Objetivos – Estudar a relação entre o horário escolar, as atividades extracurriculares e o tempo ao ar livre e a idade de aparecimento de miopia em jovens adultos portugueses. Métodos – Foi desenvolvido um estudo transversal descritivo. Foram recolhidos dados refrativos de sete óticas em Portugal. No estudo foram incluídos indivíduos entre os 25 anos e os 40 anos de idade. Através de um questionário foram recolhidos dados sobre fatores de risco (trabalhos de perto, tempo ao ar livre, aulas de apoio e anos de estudo) para análise da sua influência na idade de aparecimento da miopia e o equivalente esférico (EE). Modelos de regressão linear múltipla foram aplicados para avaliar os fatores associados à idade de aparecimento da miopia e ao EE. Resultados – Foram incluídos adultos míopes (n=54) com EE entre -0.50 e -18.50 D. A idade média foi de 32,63±4,37 anos e 51,85% eram do sexo feminino. O EE médio foi de -3,19±2,96 e a média da idade de aparecimento da miopia foi de 14,44±7,39 anos. Adultos com EE mais negativo apresentaram idade de aparecimento mais precoce (B=2,36; p<0,001). Adultos com mais anos de escolaridade (B=-0,20; p=0,030) e idade de aparecimento mais precoce apresentaram EE mais negativo (B=0,17; p<0,001). Conclusões – Este estudo mostrou que quanto mais cedo for a idade de aparecimento da miopia mais negativo será o valor do EE. Além disso, o EE mais negativo é influenciado por um maior número de anos de estudo.ABSTRACT - Introduction – Myopia is a common condition with onset at school age. It is a multifactorial refractive anomaly associated with excessive axial length growth. Environmental risk factors are related to near work, number of years of schooling, and reduced outdoor activity. The age of onset of myopia is a risk factor for faster progression and risk of high myopia (≤-5.00 diopters, D). Aims – To study the relationship between school hours, extracurricular activities, and time outdoors and the age of myopia onset in young Portuguese adults. Methods – A descriptive cross-sectional study was developed. Refractive data was collected from seven optical stores in Portugal. The study included individuals between 25 years of age and 40 years of age. Through a questionnaire, data on risk factors (near work, time outdoors, tutorial classes, and years of study) were collected to analyze their influence on the age of onset of myopia and spherical equivalent (SE). Multiple linear regression models were applied to evaluate factors associated with the age of onset of myopia and SE. Results – Myopic adults (n=54) with SE between -0.50 and -18.50 D were included. The average age was 32.63±4.37 years and 51.85% were female. The mean SE was -3.19±2.96 and the mean age of onset of myopia was 14.44±7.39 years. Adults with more negative SE had an earlier age of onset (B=2.36; p<0.001). Adults with more years of education (B=-0.20; p=0.030) and earlier age of onset had more negative SE (B=0.17; p<0.001). Conclusions – This study showed that the earlier the age at which myopia appears, the more negative the SE value was. Furthermore, the more negative SE was influenced by a greater number of years of study.info:eu-repo/semantics/publishedVersio