Cross-species analysis of viral nucleic acid interacting proteins identifies TAOKs as innate immune regulators

The cell intrinsic antiviral response of multicellular organisms developed over millions of years and critically relies on the ability to sense and eliminate viral nucleic acids. Here we use an affinity proteomics approach in evolutionary distant species (human, mouse and fly) to identify proteins that are conserved in their ability to associate with diverse viral nucleic acids. This approach shows a core of orthologous proteins targeting viral genetic material and species-specific interactions. Functional characterization of the influence of 181 candidates on replication of 6 distinct viruses in human cells and flies identifies 128 nucleic acid binding proteins with an impact on virus growth. We identify the family of TAO kinases (TAOK1, -2 and -3) as dsRNA-interacting antiviral proteins and show their requirement for type-I interferon induction. Depletion of TAO kinases in mammals or flies leads to an impaired response to virus infection characterized by a reduced induction of interferon stimulated genes in mammals and impaired expression of srg1 and diedel in flies. Overall, our study shows a larger set of proteins able to mediate the interaction between viral genetic material and host factors than anticipated so far, attesting to the ancestral roots of innate immunity and to the lineage-specific pressures exerted by viruses. Whether there are conserved nucleic acid (NA) binding proteins across species is not fully known. Using data from human, mouse and fly, the authors identify common binders, implicate TAOKs and show that these kinases bind NAs across species and promote virus defence in mammalian cells.We further thank Korbinian Mayr, Igor Paron, and Gaby Sowa for maintaining mass spectrometers and the MPI-B core facility, especially Judith Scholz, Leopold Urich, Sabine Suppmann, and Stephan Uebel, for support..

Digitaalinen kuvankäsittely ja etiikka : Haastattelututkimus Helsingin Sanomien kuvatoimitusten eettisestä päätöksenteosta

Endast sammandrag. Inbundna avhandlingar kan sökas i Helka-databasen (http://www.helsinki.fi/helka). Elektroniska kopior av avhandlingar finns antingen öppet på nätet eller endast tillgängliga i bibliotekets avhandlingsterminaler.Only abstract. Paper copies of master’s theses are listed in the Helka database (http://www.helsinki.fi/helka). Electronic copies of master’s theses are either available as open access or only on thesis terminals in the Helsinki University Library.Vain tiivistelmä. Sidottujen gradujen saatavuuden voit tarkistaa Helka-tietokannasta (http://www.helsinki.fi/helka). Digitaaliset gradut voivat olla luettavissa avoimesti verkossa tai rajoitetusti kirjaston opinnäytekioskeilla.Digitaalisen kuvankäsittelyyn liittyvän etiikan tutkimus on Suomessa ollut melko olematonta. Tutkimukselle on kuitenkin tarvetta, sillä sekä tekninen kehitys että erilaiset muutokset ajattelutavoissa lisäävät eettisen pohdinnan tarvetta. Tämä tutkimus pyrkii osaltaan täyttämään tällä hetkellä kuvajournalismin tutkimuksessa vallitsevaa aukkoa. Tutkielmassa on tarkasteltu, millaisena digitaalisen kuvankäsittelyn etiikka näyttäytyy sanomalehdessä. Tut-kimuksen kohteena oli Helsingin Sanomien kuvatoimitusten henkilökunta ja tutkimusmenetelmänä käytettiin teemahaastattelua. Tutkimuksen tavoitteena oli etsiä vastauksia seuraaviin erillisiin tutkimuskysymyksiin: mihin etiikkakäsitykseen kuvajournalistien käsitykset pohjautuvat, kenelle tutkittavat ovat lojaaleja ja mitkä tilannetekijät he ottavat huomioon sekä mitkä eettiset arvot ohjaavat Helsingin Sanomien kuvankäsittelyä? Digitaalisen kuvankäsittelyn etiikan tutkiminen aloitettiin soveltamalla professori Ralph Potterin alunperin teologian puolelle kehittelemää eettisen päätöksenteon mallia kuvajournalismin tutkimukseen. Mallin pohjalta haastateltiin 13 Helsingin Sanomien kuvatoimituksen työntekijää. Vastaukset analysoitiin teemoittelemalla, käyttäen edelleen apuna Potterin mallia. Malli osoittautui hyväksi työkaluksi tutkia eettistä päätöksentekoa. Tulosten perusteella haastateltujen eettinen päätöksenteko ei näyttäisi olevan kovinkaan tietoista tai hyvin perusteltua. Digitaalisen kuvankäsittelyn etiikkaa ei enemmistön mielestä tarvinnut erityisesti pohtia, koska kuvamanipulaatioita ei Helsingin Sanomissa pääsääntöisesti tehdä. Tämän lisäksi suhtautuminen digitaalisen kuvankäsittelyn korjailutarkoitusta laajempaan käyttöön oli vastaajien keskuudessa melko kielteinen. Näiden tulosten pohjalta tutkimuksessa pohditaan myös sitä, olisiko digitaalista kuvankäsittelyä mahdollista käyttää nykyistä enemmän sanomalehtien sivuilla. Eettisesti pitävästi perusteltujen, manipuloitujen kuvien käyttö saattaisi uudistaa kuvajournalismia myönteisellä tavalla. Tämä edellyttää sitä, että pidetään huolta siitä, etteivät tällaiset kuvat harhauta lukijoita. Asiaa havainnollistetaan tutkimuksessa kuvaesimerkkien avulla. Teknistä kehitystä ei tutkimuksessa nähdä uhkana lehtikuvan uskottavuudelle vaan pikemminkin mahdollisuutena kehittää sanomalehtikuvien ilmaisukykyä

Theoretical and experimental characterization of a low-Reynolds number split-and-recombine mixer

A mixing device based on the split-and-recombine (SAR) principle is characterized using both theoretical and experimental methods. The theoretical model relies on solving a 1D diffusion equation in a frame of reference comoving with the flow, thus avoiding the usual numerical artefacts related to the prediction of high-Péclet number mixing. It accounts both for the hydrodynamic focusing of the flow inside the mixing channel and the nontrivial flow topology. The experimental technique used for quantifying the degree of mixing utilizes two initially transparent salt solutions that form a colored compound in a fast chemical reaction. The degree of mixing is derived from the average color saturation found at specific positions along the mixing channel. The data obtained from the theoretical model are in reasonable agreement with the experiments and underline the excellent performance of the SAR mixer, with a mixing length growing only logarithmically as a function of Péclet number

Oxeiptosis, a ROS-induced caspase-independent apoptosis-like cell-death pathway.

Reactive oxygen species (ROS) are generated by virus-infected cells; however, the physiological importance of ROS generated under these conditions is unclear. Here we found that the inflammation and cell death induced by exposure of mice or cells to sources of ROS were not altered in the absence of canonical ROS-sensing pathways or known cell-death pathways. ROS-induced cell-death signaling involved interactions among the cellular ROS sensor and antioxidant factor KEAP1, the phosphatase PGAM5 and the proapoptotic factor AIFM1. Pgam5(-/-) mice showed exacerbated lung inflammation and proinflammatory cytokines in an ozone-exposure model. Similarly, challenge with influenza A virus led to increased infiltration of the virus, lymphocytic bronchiolitis and reduced survival of Pgam5(-/-) mice. This pathway, which we have called 'oxeiptosis', was a ROS-sensitive, caspase independent, non-inflammatory cell-death pathway and was important for protection against inflammation induced by ROS or ROS-generating agents such as viral pathogens