The transcriptional inhibitor thiolutin blocks mRNA degradation.

Thiolutin is commonly used as a general inhibitor of transcription in yeast. It has been used to calculate mRNA decay rates by stopping the transcription and then determining the relative abundance of individual mRNAs at different times after inhibition. We report here that thiolutin is also an inhibitor of mRNA degradation, and thus its use can lead to miscalculations of mRNA half-lives. The inhibition of mRNA decay seems to affect the mRNA degradation pathway without impeding poly(A) shortening, given that the decay rate of total poly(A) amount is not reduced by thiolutin. Moreover, the thiolutin-dependent inhibition of mRNA degradation has variable effects on different functional groups of genes, suggesting that they use various degradation pathways for their mRNAs

A genomic study of the Inter-ORF distances in Saccharomyces cerevisiae

The genome of eukaryotic microbes is usually quite compacted. The yeast Saccharomyces cerevisiae is one of the best-known examples. Open reading frames (ORFs) occupy about 75% of the total DNA sequence. The existence of other, non-protein coding genes and other genetic elements leaves very little space for gene promoters and terminators. We have performed an in silico study of inter-ORF distances that shows that there is a minimum distance between two adjacent ORFs that depends on the relative orientation between them. Our analyses suggest that different kinds of promoters and terminators exist with regard to their length and ability to overlap each other. The experimental testing of some putative exceptions to the minimum length model in tandemly orientated ORF pairs suggests that, in those cases, defects in promoter or terminator functionality exist that provoke transcription of polycistronic mRNAs

Estudio genómico de la trasncripción y de la degradación de los mRNAs en Saccharomyces cerevisiae

RESUMEN En este trabajo se ha realizado un estudio exhaustivo sobre el recambio de los mRNAs a escala genómica en la levadura Saccharomyces cerevisiae. Se ha confirmado que la asunción de estado estacionario para la expresión génica en condiciones de crecimiento exponencial, y por lo tanto la validez del cálculo indirecto de valores de estabilidad de mRNAs a partir de datos de cantidad y tasa de transcripción. También se han caracterizado ligeras desviaciones del estado estacionario específicas de grupos funcionales y se ha calculado la contribución a estas variaciones de mRNA dependientes de cambios en la transcripción o en la estabilidad de mRNAs. Una vez comprobada la validez del estado estacionario para la expresión génica en las condiciones estudiadas, se ha realizado un cálculo alternativo de estabilidades de mRNAs usando un método directo. Concretamente se ha realizado una parada general de la transcripción usando tiolutina y se ha cuantificado la desaparición de los mRNAs. Durante este experimento se detectó un efecto inhibitorio de la tiolutina sobre la degradación de los mRNAs. Los datos obtenidos por cada procedimiento, directo e indirecto, se han comparado. Por otra parte, se ha desarrollado un método para medir la tasa de transcripción a escala genómica basado en la inmunoprecipitación de cromatina (RPCC). Este método ha permitido descubrir y corregir alguno de los sesgos técnicos presentes en el GRO contribuyendo a generar unos datos genómicos de transcripción en levadura más robustos y fiables. Además, la comparación de estas dos técnicas también ha permitido descubrir diferencias biológicas en la forma que tiene la célula de transcribir los genes pertenecientes a diferentes grupos funcionales. Se ha profundizado en el estudio de la regulación de estas diferencias y se ha descrito un posible mecanismo de acción para el caso de los genes de las proteínas ribosómicas. Finalmente se ha puesto a punto una variante del GRO basada en la purificación selectiva de mRNAs nacientes. Esta alternativa permitirá en un futuro el estudio de la transcripción a una mayor resolución usando chips de DNA de embaldosado u otras técnicas genómicas de nueva generación. __________________________________________________________________________________________________We have confirmed the assumption of a steady state for gene expression during exponential growth in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Therefore, we also have confirmed that it is possible to compute the mRNA stability for all yeast genes in an indirect way using mRNA amounts and transcription rates data. We also have studied minor gene group-specific deviations from the steady state, and have determined witch part of the mRNA amount variation is due to changes in the transcription rate or in the mRNA stability. The mRNA stabilities have also been studied genome wide by using a direct method: inhibition the mRNA transcription with thiolutin and measurement of the mRNA decay. During this study we have been able to characterize a secondary effect of the thiolutin inhibiting the mRNA degradation. We also have done a comparison between the different genomic methods used to study the mRNA decay. On the other hand, we have implemented a new method for measuring the transcription at genomic level using chromatin immunoprecipitation (RNA Pol ChIP-on-chip, RPCC). This method has allowed us to improve the quality of the transcription rate data obtained by GRO. Moreover, using the comparison between the GRO and RPCC methods we have been able to discover transcription elongation differences specific for gene groups. The case of the ribosomal proteins genes has been studied with more detail and we have postulated a model for its transcription based in the repressive effect of Rap1 protein. Finally, we have developed a new version of the GRO technique using a selective purification of the nascent mRNAs that allows fluorescent labeling. This variation will allow high resolution studies of the transcription using tiling arrays or massive parallel DNA sequencing

A genomic view of mRNA turnover in yeast

The steady-state mRNA level is the result of two opposing processes: transcription and degradation; both of which can provide important points to regulate gene expression. In the model organism yeast Saccharomyces cerevisiae, it is now possible to determine, at the genomic level, the transcription and degradation rates, as well as the mRNA amount, using DNA chip or parallel sequencing technologies. In this way, the contribution of both rates to individual and global gene expressions can be analysed. Here we review the techniques used for the genomic evaluation of the transcription and degradation rates developed for this yeast, and we discuss the integration of the data obtained to fully analyse the expression strategies used by yeast and other eukaryotic cells. Le taux de l"ARNm est maintenu à l"équilibre grâce à deux processus antagonistes : la transcription et la dégradation. Ces deux mécanismes sont cruciaux pour réguler l"expression des gènes. Dans l"organisme modèle Saccharomyces cerevisiae, il est maintenant possible de déterminer, au niveau génomique, les taux respectifs de transcription et de dégradation, ainsi que la quantité d"ARNm présente, en utilisant les puces à ADN ou le séquençage en parallèle. De cette manière, il est possible de connaître la contribution de chacun de ces processus en analysant le niveau d"expression des gènes individuellement et globalement. Nous présentons et comparons dans cet article les techniques utilisées pour évaluer les taux respectifs de transcription et de dégradation des transcrits de cette levure. Nous discutons la possibilité de l"utilisation des données obtenues pour analyser en profondeur les stratégies d"expression employées par la levure ainsi que par d"autres cellules eucaryotes. -------------------------------------------------------------------------------

The relative importance of transcription rate, cryptic transcription and mRNA stability on shaping stress responses in yeast

It has been recently stated that stress-responding genes in yeast are enriched in cryptic transcripts and that this is the cause of the differences observed between mRNA amount and RNA polymerase occupancy profiles. Other studies have shown that such differences are mainly due to modulation of mRNA stabilities. Here we analyze the relationship between the presence of cryptic transcripts in genes and their stress response profiles. Despite some of the stress-responding gene groups being indeed enriched in specific classes of cryptic transcripts, we found no statistically significant evidence that cryptic transcription is responsible for the differences observed between mRNA and transcription rate profiles

The cellular growth rate controls overall mRNA turnover, and modulates either transcription or degradation rates of particular gene regulons

We analyzed 80 different genomic experiments, and found a positive correlation between both RNA polymerase II transcription and mRNA degradation with growth rates in yeast. Thus, in spite of the marked variation in mRNA turnover, the total mRNA concentration remained approximately constant. Some genes, however, regulated their mRNA concentration by uncoupling mRNA stability from the transcription rate. Ribosome-related genes modulated their transcription rates to increase mRNA levels under fast growth. In contrast, mitochondria-related and stress-induced genes lowered mRNA levels by reducing mRNA stability or the transcription rate, respectively. We also detected these regulations within the heterogeneity of a wild-type cell population growing in optimal conditions. The transcriptomic analysis of sorted microcolonies confirmed that the growth rate dictates alternative expression programs by modulating transcription and mRNA decay. The regulation of overall mRNA turnover keeps a constant ratio between mRNA decay and the dilution of [mRNA] caused by cellular growth. This regulation minimizes the indiscriminate transmission of mRNAs from mother to daughter cells, and favors the response capacity of the latter to physiological signals and environmental changes. We also conclude that, by uncoupling mRNA synthesis from decay, cells control the mRNA abundance of those gene regulons that characterize fast and slow growth

The conserved foot domain of RNA pol II associates with proteins involved in transcriptional initiation and/or early elongation

RNA polymerase (pol) II establishes many protein-protein interactions with transcriptional regulators to coordinate different steps of transcription. Although some of these interactions have been well described, little is known about the existence of RNA pol II regions involved in contact with transcriptional regulators. We hypothesize that conserved regions on the surface of RNA pol II contact transcriptional regulators. We identified such an RNA pol II conserved region that includes the majority of the >foot> domain and identified interactions of this region with Mvp1, a protein required for sorting proteins to the vacuole, and Spo14, a phospholipase D. Deletion of MVP1 and SPO14 affects the transcription of their target genes and increases phosphorylation of Ser5 in the carboxyterminal domain (CTD). Genetic, phenotypic, and functional analyses point to a role for these proteins in transcriptional initiation and/ or early elongation, consistent with their genetic interactions with CEG1, a guanylyltransferase subunit of the Saccharomyces cerevisiae capping enzyme. © 2011 by the Genetics Society of America.This work was supported by grants of Spanish Ministry of Education and Science, Ministry of Sciencie and Innovation and FEDER (BFU2007-67575-C03-03/BMC, BFU2010-21975-C03-02 Spain) and Junta de Andalucía (BIO258, P08-CVI-03508) to F.N, BFU2007-67575-C03-01/BMC to J.E.P-O., and BFU 2009-07179 to O.C.. A.I. G-G. was recipient of predoctoral fellowships from Universidad de Jaén and currently from Ministry of Education and Culture. A.G. was supported by a fellowship from the Junta de Castilla y León.Peer Reviewe

Rpb4 and Puf3 imprint and post-transcriptionally control the stability of a common set of mRNAs in yeast

Gene expression involving RNA polymerase II is regulated by the concerted interplay between mRNA synthesis and degradation, crosstalk in which mRNA decay machinery and transcription machinery respectively impact transcription and mRNA stability. Rpb4, and likely dimer Rpb4/7, seem the central components of the RNA pol II governing these processes. In this work we unravel the molecular mechanisms participated by Rpb4 that mediate the posttranscriptional events regulating mRNA imprinting and stability. By RIP-Seq, we analysed genome-wide the association of Rpb4 with mRNAs and demonstrated that it targeted a large population of more than 1400 transcripts. A group of these mRNAs was also the target of the RNA binding protein, Puf3. We demonstrated that Rpb4 and Puf3 physically, genetically, and functionally interact and also affect mRNA stability, and likely the imprinting, of a common group of mRNAs. Furthermore, the Rpb4 and Puf3 association with mRNAs depends on one another. We also demonstrated, for the first time, that Puf3 associates with chromatin in an Rpb4-dependent manner. Our data also suggest that Rpb4 could be a key element of the RNA pol II that coordinates mRNA synthesis, imprinting and stability in cooperation with RBP

Programa Comunitario de Educación Especial en Cantabria

Promover estrategias que comprometan a todas aquellas personas que están comprometidas con la deficiencia mental. Llevar a cabo un acercamiento contextual e interdisciplinar al mundo de la deficiencia mental referido a la población en edad escolarizable. El objeto del trabajo es conseguir un reciclaje de los profesionales y que los padres aprendan no solamente a resolver y aliviar los problemas actuales sino los principios generales de solución que les posibilite la solución de problemas futuros. Para los técnicos se han celebrado actividades en forma de cursos de contenido académico e impartidos usualmente por profesorado universitario. En el caso de seminarios realizados con padres se han seguido una serie de modelos gestados y desarrollados por el director del programa y llevados a cabo por colaboradores universitarios del mismo y posteriormente miembros del equipo técnico. Además para cada uno de los niveles se ofrece la posibilidad de contar con una asistencia individual. Cursos para técnicos. Cursos para profesores. Cursos para cuidadores y educadores. Cursos para padres. Cuestionario de evaluación de centros escolares. Cuestionario de motivación y ansiedad externa. Cuestionario de locus de control. Cuestionario de extraversión neuroticismo. Análisis factorial: lógica, características de una matriz de intercorrelaciones. Interpretación de la matriz factorial. Procedimientos de rotación. Puntos operativos de decisión: el número de factores, significación estadística de los factores, incorporación de comunalidades, varianza explicada, eficacia de la rotación. La familia de soluciones factoriales. Descripción y confirmación de factores, factores ortogonales y factores oblicuos. Método factorial dinámico: programación interactiva coloquial, los puntos lógicos de decisión, técnicas de correspondencia factorial. Existen tres tipos de resultados: En el primero se presentan los cursos realizados; reciclaje de personal, que ya está trabajando, y charlas de sensibilización a los padres. En el segundo se presentan los modos de actuación directa a base de seminarios de pequeño grupo y asistencia individualizada. En el tercero se recogen una serie de áreas de investigación ilustrativas del modo de hacer del equipo. A lo largo del primer año de trabajo la acción del grupo de trabajo ha insistido en los centros de Educación Especial. La diversificación de los servicios prestados y el régimen de voluntariedad propuesto en cuanto a participación, ha permitido que no se haya colapsado el modelo funcional. Se ha demostrado que el modelo es viable y puede ponerse en funcionamiento en Cantabria.CantabriaES

Programa Comunitario de Educación Especial en Cantabria : informe del tercer año de trabajos

Continuar con la labor asistencial con un incremento del 400 por 100 con relación al primer año, continuación de la tarea de reciclaje y formación, realización y resultados de una campaña de comarcalización. El objeto del trabajo durante el último año del equipo de Educación Especial en Cantabria han sido tareas asistenciales, tareas de reciclaje y formación y tareas de investigación. Este proyecto ha intentado llegar a las personas que necesitan ayuda, aportando soluciones a través de la investigación y el avance de los conocimientos en el tema. Se han realizado encuestas y cuestionarios en distintos colegios de la comarca sobre los siguientes temas: intervención en crisis y prevención secundaria, tareas de reciclaje y formación, personalidad, participación y éxito terapéutico en un modelo de mediadores y la integración de deficientes en la sociedad. Análisis estadístico de todos los datos recogidos, análisis factorial de factores principales con posterior petición de rotación Varimax de Kaiser para aquellos factores que posean un valor propio igual o mayor a 1,00. Análisis factorial de la escala F. Análisis factorial de la escala DO. Análisis factorial de la escala AA. Se deben tener en cuenta variables de personalidad y motivación, tanto para la implantación de programas de acción social como para la implementación de su eficacia. Se presentan los resultados factoriales de las dimensiones socio-actitudinales de la personalidad. La autoimplicación y aceptación de la integración y las dimensiones sociales de la personalidad y aceptación de la integración. El equipo de trabajo recomienda utilizar y explotar al máximo de sus posibilidades los modelos asistenciales de mediadores y la necesidad de ofrecer una pluralidad de servicios asistenciales con el fin de que puedan llegar al mayor volumen posible de ciudadanos los programas de ayuda que se gestan.CantabriaES