Vacuolating cytotoxin (vacA) alleles of Helicobacter pylori comprise two geographically widespread types, m1 and m2, and have evolved through limited recombination

Vacuolating cytotoxin (vacA) alleles of Helicobacter pylori vary, particularly in their mid region (which may be type m1 or m2) and their signal peptide coding region (type s1 or s2). We investigated nucleotide diversity among vacA alleles in strains from several locales in Asia, South America, and the USA. Phylogenetic analysis of vacA mid region sequences from 18 strains validated the division into two main groups (m1 and m2) and showed further significant divisions within these groups. Informative site analysis demonstrated one example of recombination between m1 and m2 alleles, and several examples of recombination among alleles within these groups. Recombination was not sufficiently extensive to destroy phylogenetic structure entirely. Synonymous nucleotide substitution rates were markedly different between regions of vacA, suggesting different evolutionary divergence times and implying horizontal transfer of genetic elements within vacA. Non-synonymous/synonymous rate ratios were greater between m1 and m2 sequences than among m1 sequences, consistent with m1 and m2 alleles encoding functions fitting strains for slightly different ecological niches

Emissions of transboundary air pollutants in the Netherlands 1990-2012 : Informative Inventory Report 2014

Emissies Nederland blijven in 2012 onder nationale plafonds De uitstoot van stikstofoxiden (NOx), ammoniak, zwaveldioxide en niet-methaan vluchtige organische stoffen (NMVOS) is in 2012 in Nederland licht gedaald. Daarmee bleef de uitstoot onder de maxima die de Europese Unie daaraan sinds 2010 stelt. Nederland voldoet daardoor, net als in 2011, aan de vier 'nationale emissieplafonds' (NEC) voor deze stoffen. Dit blijkt uit de Nederlandse emissiecijfers van grootschalige luchtverontreinigende stoffen. Het RIVM verzamelt en analyseert deze cijfers. Behalve bovengenoemde stoffen gaat het om de uitstoot van koolmonoxide, fijn stof (PM10), zware metalen en persistente organische stoffen (POP's). De uitstoot van al deze stoffen is tussen 1990 en 2012 gedaald. Dit komt vooral door schonere auto's en brandstoffen en door emissiebeperkende maatregelen van industriële sectoren. Meer kilometers door bromfietsen Door de jaren heen zijn de methoden om de emissies te berekenen verbeterd, wat nu resulteert in nauwkeurigere cijfers. De emissies van bromfietsen en motorfietsen zijn afhankelijk van het aantal gereden kilometers per jaar en daar is nu beter inzicht in. Het totale aantal gereden kilometers door bromfietsen blijkt in de afgelopen jaren bijna twee keer zo hoog is als werd gedacht. Daarmee is de uitstoot van schadelijke stoffen navenant hoger. Ten opzichte van andere typ voertuigen blijven bromfietsen echter een relatief kleine emissiebron en dragen ze beperkt bij aan de totale nationale emissies. In steden zijn ze wel een relevante bron. Het aantal gereden kilometers door motorfietsen, en daarmee de uitstoot, blijft in lijn met eerdere inzichten. Vrachtauto's zwaarder beladen De uitstoot van schadelijke stoffen door vrachtauto's is voor het eerst berekend op basis van recente inzichten in het gewicht van vrachtauto's. Trekker-opleggers blijken zwaarder beladen dan tot nu toe werd verondersteld. Ook rijden vrachtauto's vaker met een aanhanger dan tot nu toe werd aangenomen, waardoor ze zwaarder zijn. Een hoger gewicht betekent een hoger brandstofverbruik, en veelal ook een hogere uitstoot per gereden kilometer. De uitstoot van PM10 door vrachtauto's is hierdoor circa 5 procent hoger dan in de vorige IIR-rapportage. Hogere emissies ammoniak De uitstoot van ammoniak blijkt hoger dan eerder werd verondersteld vanwege enkele nieuwe inzichten; de cijfers zijn hierdoor vanaf 1997 bijgesteld. Zo worden luchtwassers, die voornamelijk op varkensstallen zitten, niet altijd gebruikt. Ook is vanaf 2002 in melkveestallen het leefoppervlak per dier toegenomen. Door het grotere contactoppervlak van mest met lucht wordt meer ammoniak uitgestoten. Door de aangepaste aannames is het nationale totaal met 6,6 kiloton verhoogd ten opzichte van 2011.Emissions the Netherlands in 2012 remain under national ceilings Emissions of nitrogen oxides (NOx), ammonia, sulphur dioxide and non-methane volatile organic compounds (NMVOC) in the Netherlands have slightly decreased in 2012. Consequently, the emissions stayed below the caps the European Union has set from 2010. Herewith, the Netherlands comply with all four so-called emission ceilings (NEC). This has become apparent from the emission data on air pollutants from the Netherlands. RIVM collects and reports these data. Besides above-mentioned substances, emissions of carbon monoxide, particulate matter (PM10), heavy metals and persistent organic pollutants (POPs) have been reported. The emissions of all substances have decreased in the 1990 - 2012 period. The downward trend may in particular be attributed to cleaner fuels, cleaner car engines and to emission reductions in the industrial sectors. More kilometres by mopeds Over the years emission calculation methods have been improved, resulting in higher data accuracy. In 2012, the emissions from mopeds and motorcycles have been calculated, based on improved knowledge of the mileages. The total number of kilometres driven by mopeds appears to have been nearly twice as high in recent years. As a result, the emissions of pollutants are proportionally higher. In relation to the total number of vehicles, the number of mopeds however remains relatively low and their contribution to the total national emissions is limited. In cities, they are a relevant source. The mileages by motorcycles, and consequently their emissions remain in line with previous insights. Heavy-duty vehicles carry heavier loads Emissions of pollutants by heavy-duty trucks have for the first time been calculated on the basis of recent insights in truck loads. Tractor-trailer combinations appear to carry heavier loads and the fraction of trailers behind rigid trucks is larger than previously assumed. A heavier load means a higher fuel use and for most substances a higher emission per kilometre driven. PM10 emissions by heavy-duty trucks are about 5 percent higher than in the previous IIR report. Higher agricultural ammonia emissions Agricultural ammonia emissions appear to be higher than previously assumed because of new insights. Air scrubbers on animal housing (predominantly pigs) were not always in use or even employed. Since 2002, the living space per animal has increased for dairy cattle housing. This resulted in a higher contact surface manure-air and thus more ammonia emitted. The new insights have raised the national total of ammonia emissions by about 6 percent compared to 2011

Methoderapport om Industriële emissies naar lucht te berekenen (actualisatie 2016) zoals gebruikt door de Emissieregistratie

In this technical report RIVM describes the updated methods that The Netherlands Pollutant Release and Transfer Register uses to calculate the emissions of contaminated substances into the air from the Industry, Energy Generating and Waste Processing sectors. Due to international treaties, such as the Kyoto protocol, the EU Emissions Ceiling (NEC Directive) and the Convention on Long-range Transboundary Air Pollution (CLRTAP), the Netherlands is obliged to always report in accordance with the most recent scientific insights regarding the emission of greenhouse gases, acidifying pollutants and substances related to large-scale air pollution. This description is used to substantiate the reported emissions. This report is targeted at the national and international reviewers that validate Dutch reports to the EU and UN.Het RIVM beschrijft in deze technische rapportage de geactualiseerde methoden waarmee de Nederlandse Emissieregistratie de uitstoot van verontreinigende stoffen naar de lucht berekent vanuit de sectoren Industrie, Energieopwekking en Afvalverwerking. Nederland is vanwege internationale verdragen, zoals het Kyoto-protocol, de EU-Emissieplafonds (NEC-Directive) en de Convention on Long-range Transboundary Air Pollution (CLRTAP), verplicht om steeds volgens de meest actuele wetenschappelijk inzichten te rapporteren over de uitstoot van broeikasgassen, verzurende stoffen en stoffen die gerelateerd zijn aan grootschalige luchtverontreiniging. Met deze beschrijving wordt de gerapporteerde uitstoot onderbouwd. Doelgroep voor deze rapportage zijn de (internationale) reviewers die de Nederlandse rapportages aan de EU en VN valideren.Ministerie van I&

Greenhouse gas emissions in The Netherlands 1990-2012 : National Inventory Report 2014

In 2012 is de totale uitstoot van broeikasgassen van Nederland, zoals CO2, methaan en lachgas, met ongeveer 1,7 procent gedaald ten opzichte van 2011. Deze daling komt vooral door een lager brandstofgebruik in de energie- en transportsector. Dit lijkt een gevolg van de economische recessie, waardoor emissies door elektriciteitsproductie en het wegtransport in Nederland zijn afgenomen. Cijfers De totale broeikasgasemissie wordt uitgedrukt in CO2-equivalenten en bedraagt in 2012 191,7 teragram (megaton of miljard kilogram) . Ten opzichte van de uitstoot in het Kyoto-basisjaar (213,2 Tg CO2-equivalenten) is dit een afname van ongeveer 10 procent. Het basisjaar, dat afhankelijk van het broeikasgas 1990 of 1995 is, dient voor het Kyoto-protocol als referentie voor de uitstoot van broeikasgassen. De uitstoot van de overige broeikasgassen zoals lachgas en methaan is sinds het basisjaar met 51 procent afgenomen. De CO2-uitstoot daarentegen is in deze periode met 4 procent gestegen. Landen zijn voor het Kyoto-protocol verplicht om de totale uitstoot van broeikasgassen op twee manieren te rapporteren: met en zonder het soort landgebruik en de verandering daarin. Dit is namelijk van invloed op de uitstoot van broeikasgassen. Voorbeelden zijn natuurontwikkeling (dat CO2 bindt) of ontbossing (waardoor CO2 wordt uitgestoten). In bovengenoemde getallen zijn deze zogeheten LULUCF-emissies (Land Use, Land Use Change and Forestry) niet meegenomen. Overige onderdelen inventarisatie Het RIVM stelt jaarlijks op verzoek van het Ministerie van Infrastructuur en Milieu (IenM) de inventarisatie van broeikasgasemissies op. De inventarisatie bevat trendanalyses om ontwikkelingen in de uitstoot van broeikasgassen tussen 1990 en 2012 te verklaren, en een analyse van de onzekerheid in deze getallen. Ook is aangegeven welke bronnen het meest aan deze onzekerheid bijdragen. Daarnaast biedt de inventarisatie documentatie van de gebruikte berekeningsmethoden, databronnen en toegepaste emissiefactoren. Met deze inventarisatie voldoet Nederland aan de nationale rapportageverplichtingen voor 2012 van het Klimaatverdrag van de Verenigde Naties (UNFCCC), van het Kyoto-Protocol en van het Bewakingsmechanisme Broeikasgassen van de Europese Unie.Total greenhouse gas emissions from the Netherlands in 2012 decreased by approximately 1.7 per cent, compared with 2011 emissions. This decrease is mainly the result of decreased fuel combustion in the Energy sector (increased electricity import) and in road transport. In 2012, total direct greenhouse gas emissions (excluding emissions from LULUCF - land use, land use change and forestry) in the Netherlands amounted to 191.7 Tg CO2 eq. This is approximately 10 per cent below the emissions in the base year (213.2 Tg CO2 eq.). The 51% reduction in the non-CO2 emissions in this period is counterbalanced by 4 per cent increase in CO2 emissions since 1990. This report documents the Netherlands' 2014 annual submission of its greenhouse gas emissions inventory in accordance with the guidelines provided by the United Nations Framework Convention on Climate Change (UNFCCC), the Kyoto Protocol and the European Union's Greenhouse Gas Monitoring Mechanism. The report comprises explanations of observed trends in emissions; a description of an assessment of key sources and their uncertainty; documentation of methods, data sources and emission factors applied; and a description of the quality assurance system and the verification activities performed on the data.Ministerie van I&

The Promise of Prevention: The Effects of Four Preventable Risk Factors on National Life Expectancy and Life Expectancy Disparities by Race and County in the United States

Majid Ezzati and colleagues examine the contribution of a set of risk factors (smoking, high blood pressure, elevated blood glucose, and adiposity) to socioeconomic disparities in life expectancy in the US population

Regulation of RKIP Function by Helicobacter pylori in Gastric Cancer

Helicobacter pylori (H. pylori) is a gram-negative, spiral-shaped bacterium that infects more than half of the world’s population and is a major cause of gastric adenocarcinoma. The mechanisms that link H. pylori infection to gastric carcinogenesis are not well understood. In the present study, we report that the Raf-kinase inhibitor protein (RKIP) has a role in the induction of apoptosis by H. pylori in gastric epithelial cells. Western blot and luciferase transcription reporter assays demonstrate that the pathogenicity island of H. pylori rapidly phosphorylates RKIP, which then localizes to the nucleus where it activates its own transcription and induces apoptosis. Forced overexpression of RKIP enhances apoptosis in H. pylori-infected cells, whereas RKIP RNA inhibition suppresses the induction of apoptosis by H. pylori infection. While inducing the phosphorylation of RKIP, H. pylori simultaneously targets non-phosphorylated RKIP for proteasome-mediated degradation. The increase in RKIP transcription and phosphorylation is abrogated by mutating RKIP serine 153 to valine, demonstrating that regulation of RKIP activity by H. pylori is dependent upon RKIP’s S153 residue. In addition, H. pylori infection increases the expression of Snail, a transcriptional repressor of RKIP. Our results suggest that H. pylori utilizes a tumor suppressor protein, RKIP, to promote apoptosis in gastric cancer cells