WDR5, BRCA1, and BARD1 Co-regulate the DNA Damage Response and Modulate the Mesenchymal-to-Epithelial Transition during Early Reprogramming.

Differentiated cells are epigenetically stable, but can be reprogrammed to pluripotency by expression of the OSKM transcription factors. Despite significant effort, relatively little is known about the cellular requirements for reprogramming and how they affect the properties of induced pluripotent stem cells. We have performed high-content screening with small interfering RNAs targeting 300 chromatin-associated factors and extracted colony-level quantitative features. This revealed five morphological phenotypes in early reprogramming, including one displaying large round colonies exhibiting an early block of reprogramming. Using RNA sequencing, we identified transcriptional changes associated with these phenotypes. Furthermore, double knockdown epistasis experiments revealed that BRCA1, BARD1, and WDR5 functionally interact and are required for the DNA damage response. In addition, the mesenchymal-to-epithelial transition is affected in Brca1, Bard1, and Wdr5 knockdowns. Our data provide a resource of chromatin-associated factors in early reprogramming and underline colony morphology as an important high-dimensional readout for reprogramming quality

CellProfiler iPS colony counting pipeline

With this script, iPS or other pluripotent colonies stained for up to two markers can be counted automatically with CellProfiler (v. 3.1.5) image analysis software

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The interplay of chromatin and transcription factors during cell fate transitions in development and reprogramming

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Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 43 Número 7-8

Suelos. Edafoclinas de la vertiente sur-suroeste de la Sierra Nevada, por R. Delgado Calvo-Flores y E. Ortega Bernaldo de Quiros.-- Estudio sobre muestras de suelo humectadas por imbibición. l. Evaporación y movimiento del agua, por F. lngelmo Sánchez y S. Cuadrado Sánchez.-- Estudios sobre muestras de suelos humectadas por imbibición. II. Evaporación y redistribución del agua, por F. Ingelmo Sanchez y S. Cuadrado Sánchez.-- Suelos de la zona húmeda española X. Suelos sobre sepertinas. X. Mineralogía, por M. l. López,F. Macías, C. Garcia Paz y F. Guitián Ojea.-- Aplicación del sistema Riquier-Fao a la cartografía de suelos de la zona de Linares (Hoja topográfica a escala 1 50000, 905), por G. Delgado CalvoFlores y J. Aguilar Ruiz.-- Aplicación de métodos paramétricos a la evaluación dé la aptitud para uso agrícola de los suelos, de la zona de Linares (Hoja topográfica a escala 1 50000, 905), por G. Delgado Calvo-Flores y J. Aguilar Ruiz.-- Características físico-Químicas de la turbera de Vivero (Lugo), por A. Molinero, A. Polo y E. Dorado.-- Nutrición y Fisiología Vegetal. Determinación de Boro en jugos de tejidos conductores, por A. Gárate, R. O. Carpena Ruiz y A. M. Ramón.-- Evaluación de calcio, magnesio, potasio y sodio en disoluciones nutritivas y plantas mediante electrodos selectivos de iones, por M. J. Sarro, C. Cadahia, A. Masaguer y J. Peñalosa,.--Aplicaciones de los electrodos sensibles a F-y Pb2+ en análisis agrícolas. Determinaciones directas e indirectas (Sulfatos y fosfatos), por M. J. Sarro; O. Carpena; C. Cadahia y M. L. García.-- Aceites esenciales en hojas de variedades de limonero (Citrus limon L. Burm. f.), por Melendreras, F. A., Laencina, J., Flores, J. y Guzman, G.-- Efecto de la interacción salinidad de sulfatos-fertilización nitrogenada en el cultivo de tomate (Lycopersicum Esculentum Mili), por Martínez, V.; A. Cerdá; F. G. Fernández y M. Caro.-- Efectividad de complejos orgánicos de hierro en la corrección de la clorosis férrica del limonero, por E. Hellín, R. Ureña, F. Sevilla y S. Llorente.-- Control fitosanitario de las poblaciones del acaro de las maravillas (Aceria sheldoni Ewing), por Ortuño, A., Abrisqueta, J. Mª; Gómez, J. y Hernánsaez, A.-- Efecto de la interacción salinidad del sulfato-fertilidad fosfarada en el cultivo de tomate (Lycopersicum Esculetum, Mili), por Martínez, V., Caro, M.; Cerdá, A. y Fernández, F. G. Fertilidad del Suelo. Characterization of the organic fraction of cattle slurry. II. Fundamental carbon-bearing compounds and distribution of nitrogen, by González Prieto, S. J., Carballas, M. and Carballas, T.-- Nota previa. First results on the effect of the number of stages on the hydrolytic analysis, of the distribution of nitrogenated organic compounds in cattle slurry, by González-Prieto, S. J.; Carballas, M. and Carballas, T.-- Bibliografía.-- NotasPeer reviewe