Design and Structure-Guided Development of Novel Inhibitors of the Xeroderma Pigmentosum Group A (XPA) Protein–DNA Interaction

XPA is a unique and essential protein required for the nucleotide excision DNA repair pathway and represents a therapeutic target in oncology. Herein, we are the first to develop novel inhibitors of the XPA–DNA interaction through structure-guided drug design efforts. Ester derivatives of the compounds 1 (X80), 22, and 24 displayed excellent inhibitory activity (IC50 of 0.82 ± 0.18 μM and 1.3 ± 0.22 μM, respectively) but poor solubility. We have synthesized novel amide derivatives that retain potency and have much improved solubility. Furthermore, compound 1 analogs exhibited good specificity for XPA over RPA (replication protein A), another DNA-binding protein that participates in the nucleotide excision repair (NER) pathway. Importantly, there were no significant interactions observed by the X80 class of compounds directly with DNA. Molecular docking studies revealed a mechanistic model for the interaction, and these studies could serve as the basis for continued analysis of structure–activity relationships and drug development efforts of this novel target

Wpływ przechowywania nasion turówki leśnej i zabiegów przedsiewnych na ich kiełkowanie i początkowy rozwój siewek

Introduction: Southern sweet-grass (Hierochloë australis /Schrad./ Roem. et Schult., Poaceae) is a perennial tuft-grass occurring in North-Eastern part of Europe. Its leaves are collected from wild growing plants as an aromatic raw material used in alcohol industry. Due to overharvest, attempts to introduce the plant into cultivation have been undertaken. Objective: This work aims to assess the influence of southern sweetgrass seeds (spikelets) storage and pre-sowing treatment on their germination and the initial growth of seedlings. Methods: The seeds were assessed directly after harvest and after 6, 18 and 30 months of storage. The investigated parameters, i.e. 1000 seed weight, moisture content, germinability and viability of seeds (tetrazoline test) were determined according to ISTA. Results: After 30 months of storage, the germinability of seeds decreased from 42.6 (after harvest) to 4.6% but their viability remained high (70.9%). Stratification, short rinse of stratified seed in H2SO4 and application of KNO3 or GA3 had increased the seeds germination (over 70%). Conclusion: Southern sweetgrass seeds become dormant shortly after maturing. The improvement of germination requires the application of combined treatments, i.e. stratification, scarification and growth-promoting substances.Wstęp: Turówka leśna (Hierochloë australis /Schrad./ Roem. et Schult., Poaceae) jest wieloletnią trawą kępkową występującą w północno-wschodniej Europie. Jej liście zbierane są z roślin dziko rosnących jako surowiec aromatyczny wykorzystywany w przemyśle alkoholowym. W związku z nadmiernym zbiorem tej rośliny podjęto próby wprowadzenia jej do uprawy. Cel: Celem pracy było określenie wpływu przechowywania nasion (kłosków) turówki leśnej oraz zabiegów przedsiewnych na ich kiełkowanie i początkowy rozwój siewek. Metody: Nasiona zostały ocenione bezpośrednio po ich zbiorze oraz po 6, 18 i 30 miesiącach przechowywania. Masa 1000 nasion, wilgotność nasion, zdolność kiełkowania i żywotność nasion (test tetrazolinowy) zostały określone wg przepisów ISTA. Stratyfikacja, skaryfikacja, uwodnienie oraz substancje wzrostowe (KNO3 and GA3 ) zostały zastosowane w celu poprawy kiełkowania nasion. Wyniki: Po 30 miesiącach przechowywania zdolność kiełkowania nasion zmalała z 42,6 (po zbiorze) do 4,6%, z tym, że ich żywotność pozostała na wysokim poziomie (70,9%). Stratyfikacja, krótkie płukanie nasion w roztworze H2 SO4 oraz zastosowanie KNO3 lub GA3 zwiększało istotnie zdolność kiełkowania nasion (do ponad 70%). Wnioski: Nasiona turówki leśnej po dojrzeniu szybko wchodzą w okres spoczynku. Poprawa ich kiełkowania wymaga zastosowania zabiegów łączonych tj. stratyfikacji, skaryfikacji oraz substancji wzrostowych

Rozmnażanie miodownika melisowatego (Melittis melissophyllum L.) w kulturach in vitro

An efficient method for in vitro propagation of bastard balm by enhanced axillary shoot branching has been developed. The material to establish in vitro culture was shoot tips collected from three-year-old plants in May. The shoots obtained from initial explants were placed on MS/B5 medium containing 0.1, 0.5 or 1.0 mg/l BA with 0.01 mg/l NAA or without the auxin. The highest number of shoots per explant was obtained on the medium with 1.0 mg/l BA (3.9 shoots per explant). For the rooting of shoots ½ MS/B5 with IBA (0.25, 0.50 and 1.0 mg/l) medium was used. The medium without plant growth regulators served as a control. The best root regeneration was observed on the medium without IBA (87.1% of cuttings rooted). IBA used in the medium for shoot rooting affected the morphological traits of obtained microcuttings but not affected their weight. Irrespective of auxin concentration in this medium, obtained microcuttings acclimated in ex vitro conditions very well.Opracowano metodę szybkiego rozmnażania miodownika melisowatego w kulturach in vitro na drodze stymulacji tworzenia pędów bocznych. Materiałem do inicjacji kultury in vitro były wierzchołki pędów pobierane z roślin 3-letnich w maju i odkażane 0,2% roztworem sublimatu. Otrzymane z eksplantatów inicjalnych pędy wykładano na pożywkę MS/B5 zawierającą 0,1; 0,5 lub 1,0 mg/l BA z dodatkiem 0,01 mg/l NAA lub bez dodatku auksyny. Najwięcej pędów bocznych otrzymano na pożywce zawierającej 1,0 mg/l BA (3,9 pędów na eksplantat). Do ukorzeniania pędów zastosowano pożywkę ½ MS/B5 z dodatkiem IBA (0,25; 0,50 i 1,0 mg/l). Kontrolę stanowiła pożywka bez regulatorów wzrostu. Najwięcej ukorzenionych mikrosadzonek obserwowano na pożywce bez dodatku IBA (87,1%). IBA zastosowane w pożywce do ukorzeniania pędów wpłynęło na cechy morfologiczne uzyskanych mikrosadzonek, ale nie wpłynęło na ich masę. Niezależnie od stężenia IBA w tej pożywce mikrosadzonki dobrze adaptowały się do warunków ex vitro

Gromadzenie się związków fenolowych i steroli w wilczomleczu owłosionym (Euphorbia hirta L.)

Euphorbia hirta is an annual plant grownig commonly in the tropical and subtropical regions of Asia, Africa as well as Central and South America. Extracts from herb reveal diastolic, anti-inflammatory, diuretic and anthelminthic effects. Biologically active compounds of this plant are sterols, saponins, flavonoids and phenolic acids. The results of this study indicate that obtaining relatively high yield of herb and well germinating seeds which retain their germinability after two years of storage is possible in Poladn. Chemical analysis of the herb and callus obtained in vitro has shown that these raw materials accumulate phenolic compounds and sterols in high quantities.Wilczomlecz owłosiony jest jednoroczną rośliną dość powszechnie występującą w tropikalnej strefie Azji, Afryki oraz Ameryki Środkowej i Południowej. Wyciągi z ziela wykazują działanie rozkurczowe, przeciwzapalne i diuretyczne. Substancje biologicznie aktywne występujące w tej roślinie to sterole, saponiny, flawonoidy i kwasy fenolowe. Przedstawione w tej pracy wyniki wskazują na możliwość uprawy wilczomlecza owłosionego w Polsce i uzyskania względnie wysokiej masy surowca. Roślina ta wydaje w Polsce dobrze kiełkujące nasiona, które po dwóch latach przechowywania nie tracą zdolności kiełkowania. Analiza chemiczna ziela oraz uzyskanego in vitro kalusa wykazała, że w surowcach tych w istotnych ilościach gromadzą się zarówno związki fenolowe, jak i sterole

Porownanie wlasciwosci syntazy tymidylanowej oczyszczonej z tasiemca szczurzego, Hymenolepis diminuta, z wlasciwosciami enzymu zywiciela wyizolowanego z regenerujacej watraby szczura

Thymidylate synthases (TS) from the tapeworm, Hymenolepis diminuta, and regenerating rat liver have been purified by means of affinity chromatography on immobilized 10-formyl-5,8-dideazafolate and concentrated on immobilized p-aminophenyl-5-fluoro-2'-deoxyuridine monophosphate. Molecular weights of native TS from the tapeworm and regenerating rat liver were 62 kD and 81.5 kD, respectively, and molecular weights of the monomers were 34.4 kD and 34.9 kD, respectively, painting to dimeric structures of both enzymes. The dependence of TS activity on temperature (ARRHENIUS plot) was biphasic for the parasite enzyme, with lower activation energy above 32°C, and monophasic for the host enzyme. 2'-deoxyuridine-5'-monophosphate (dUMP) analogues, 5-fluoro-2'-deoxyuridine-5' -monophosphate (5-FdUMP), 2-tio-5-FdUMP, N⁴-hydroxy-2'-deoxycytidine-5'-monophosphate (N⁴-hydroxy-dCMP) and N⁴-hydroxy-5-FdCMP, were competitive with respect to dUMP, slow-binding inhibitors of TS from both sources, with K₁ values in 10⁻⁶ - 10⁻⁹ M range. 5-FdUMP was distinctly stronger inhibitor of the host than the tapeworm TS, whereas N⁴-hydroksy-5-FdCMP inhibited stronger the parasite enzyme. Interactions of 5,10-methylenetetrahydrofolate (CH₂H₄PteGlu) analogue, 10-propargyl-5,8-dideazafolate (pddPteGlu), and its di- and triglutamates with both enzymes were studied. Inhibition of the parasite and host enzymes by pddPteGlu was of mixed-type with respect to CH₂H₄PteGlu, with K₁ values in 10⁻⁸ M range. Introduction of additional glutamate residues changed inhibition type to noncompetitive with respect to CH₂H₄PteGlu and lowered K₁ values (pddPteGlu₃ < pddPteGlu₂ < pddPteGlu₁). The latter potentiation of inhibitory properties was distinctly stronger in case of the tapeworm than regenerating rat liver TS