NGS compatible streamlined DNA recovery from 3D cell cultures in GrowDex®

Here, we describe a streamlined workflow for constructing an NGS whole exome sequencing (WES) from a low amount of PDCs grown as spheroids in GrowDex.Non peer reviewe

Introduction and Rapid Spread of SARS-CoV-2 Omicron Variant and Dynamics of BA.1 and BA.1.1 Sublineages, Finland, December 2021

Multiple introductions of SARS-COV-2 Omicron variant BA.1 and BA.1.1. lineages to Finland were detected in early December 2021. Within 3 weeks, Omicron overtook Delta as the most common variant in the capital region. Sequence analysis demonstrated the emergence and spread through community transmission of a large cluster of BA.1.1 virus.Peer reviewe

DNA:n eristysmenetelmien vertailu elintarvikenäytteille erilaisilla näytematriiseilla

Tämä opinnäytetyö tehtiin Tullilaboratorion Biokemian jaoston GMO-työryhmälle, joka valvoo elintarvikenäytteissä esiintyviä geneettisiä muunnoksia. Työn tarkoituksena oli ver-tailla DNA:n eristysmenetelmiä erilaisilla näytematriiseilla. Kaikki näytteet olivat Tullilabo-ratorion valvontaan kuuluvia elintarvikenäytteitä, joista osa oli pitkälle prosessoituja elin-tarvikkeita ja osa sisälsi suuria määriä rasvaa ja proteiinia. Jokaiselle näytetyypille pyrittiin löytämään sopivin menetelmä, jolla saadaan hyvälaatuista ja monistuskelpoista DNA:ta. Eristetyn DNA:n pitoisuus, menetelmän kustannukset, työturvallisuus, analyysin käytetty aika ja kontaminaatioriskit olivat myös valintakriteerejä. Kolmea erilaista menetelmää ver-rattiin laboratoriossa rutiinikäytössä olevaan eristysmenetelmään. Näytteet käsiteltiin kolmessa sarjassa: ensimmäinen sisälsi riisinäytteitä, toinen maissi-näytteitä ja kolmas soijaa sisältäviä elintarvikkeita. Jokaisesta näytteestä tehtiin rinnak-kaispunnitus tulosten luotettavuuden varmistamiseksi. Kaikki näytesarjat eristettiin valituil-la kolmella menetelmällä. Eristetyt DNA-näytteet analysoitiin kvantitatiivisella reaaliaikai-sella PCR:llä, jotta voitiin varmistua, että näytteestä saatiin eristettyä halutun organismin DNA. Jokaiselle näytetyypille löydettiin parhaiten soveltuva menetelmä. Kahdella valituista me-netelmistä saatiin parhaat tulokset jokaisen näytematriisin kohdalla. Myös näytteistä, joista ei saatu eristettyä referenssi-DNA:ta rutiinikäytössä olevalla menetelmällä, onnistuttiin eristämään haluttua DNA:ta yhdellä menetelmistä. Kokeilu onnistui hyvin ja tuloksia voi-daan hyödyntää valittaessa valvontanäytteille sopivia eristysmenetelmiä

Haplotype information of large neuromuscular disease genes provided by linked-read sequencing has a potential to increase diagnostic yield

Abstract Rare or novel missense variants in large genes such as TTN and NEB are frequent in the general population, which hampers the interpretation of putative disease-causing biallelic variants in patients with sporadic neuromuscular disorders. Often, when the first initial genetic analysis is performed, the reconstructed haplotype, i.e. phasing information of the variants is missing. Segregation analysis increases the diagnostic turnaround time and is not always possible if samples from family members are lacking. To overcome this difficulty, we investigated how well the linked-read technology succeeded to phase variants in these large genes, and whether it improved the identification of structural variants. Linked-read sequencing data of nemaline myopathy, distal myopathy, and proximal myopathy patients were analyzed for phasing, single nucleotide variants, and structural variants. Variant phasing was successful in the large muscle genes studied. The longest continuous phase blocks were gained using high-quality DNA samples with long DNA fragments. Homozygosity increased the number of phase blocks, especially in exome sequencing samples lacking intronic variation. In our cohort, linked-read sequencing added more information about the structural variation but did not lead to a molecular genetic diagnosis. The linked-read technology can support the clinical diagnosis of neuromuscular and other genetic disorders