A structure-based classification of class A β-lactamases and bioinformatics

Pour les biologistes, en particulier médicaux, il est devenu banal de séquencer un gène codant un mécanisme de résistance aux β-lactamines (β-lactamases). Par ailleurs, l’augmentation constante des génomes identifiés montre la large diffusion de tels gènes de résistance. Devant les insuffisances de dénomination de ces enzymes dans les banques de données généralistes, il est apparu nécessaire de redéfinir au plan moléculaire, la classe A, la plus importante des quatre classes connues (A-D) et de proposer des éléments de classification moléculaire plus précis à partir d’une comparaison d’une base de données de plusieurs centaines de séquences protéiques. Une telle analyse ne peut être obtenue qu’à l’aide des nombreux logiciels de bioinformatique mis à disposition sur divers sites nationaux ou institutionnels au cours de la dernière décennie. L’identification moléculaire précise est génératrice d’une thérapeutique beaucoup mieux adaptée.For medical biologists, protein sequencing has become a commonplace technique to support diagnosis. Rapid changes in this field have led to the generation of large amounts of data, which are not always correctly listed in databases. This is particularly true of class A β-lactamases, a main group of key antibiotic-resistance enzymes produced by bacteria. Many genomes have been reported to contain putative β-lactamase genes, which can be compared with representative types. We analyzed several hundred amino-acid sequences of class A β-lactamase enzymes for phylogenic relationships, the presence of specific residues, and cluster patterns. A such study was realized because a huge number of softwares in bioinformatics were freely offered on web

Predatory bacteria: rebirth ?

La notion de cannibalisme bactérien est relativement récente avec la découverte d’agents bactéricides de type vibrion (d-Proteobacteria) se développant dans des bactéries à Gram-négatif et suscitant beaucoup d’espoir comme alternative aux antibiotiques. Nombre de publications permettent d’en préciser les caractéristiques : ces bactéries appartiennent au genre Bdellovibrio dont l’espèce Bdellovibrio bacteriovorus, petit bacille à Gram-négatif, incurvé, mobile, aérobie strict ne pouvant croître en l’absence d’une bactérie-hôte. Leur spectre d’action est dirigé vis-à-vis des bacilles à Gram-négatif : entérobactéries, Pseudomonas dont P. aeruginosa, vibrions... Elles sont isolées du sol, d’eaux fluviales ou d’estuaire et du tube digestif des mammifères. Le cycle lytique d’une durée de 3-4 heures est individualisé avec les phases d’attachement, d’invasion dans l’espace périplasmique avec multiplication sans septation (bdelloplaste), puis de production de 3-6 cellules et enfin de libération (lyse du bdelloplaste). L’incapacité à se multiplier en cultures cellulaires, associée à un faible pouvoir inflammatoire, justifie des perspectives thérapeutiques. La découverte des antibiotiques à large spectre pendant la même période ralentira considérablement leurs recherches. L’émergence ultérieure de bactéries multirésistantes aux antibiotiques redonne un nouvel essor à leur étude avec la découverte de nouveaux genres (Bacteriolyticum, Bacteriovorax, Halobacteriovorax, Peredibacter, Variovorax), de leur génome (2,97-3,85 Md) avec l’individualisation de plusieurs milliers d’enzymes impliquées dans la respiration anaérobie, l’hydrolyse du peptidoglycane (glycanase, peptidases), celle des protéines (protéases) ou de l‘ADN (nucléases) et la faible virulence du LPS. Ces nouvelles connaissances justifient d’autres essais in vitro afin de caractériser leur spectre anti-bactérien lors d’infections cutanées, buccales, oculaires ou broncho-pulmonaires chez l’homme. Un moindre portage digestif de Salmonella, est démontré chez les volailles et les bovins. Des essais de biocontrôle sont entrepris avec succés dans la filière agro-alimentaire: conservation de graines de soja, de champignons, de crevettes ou d’huîtres. Néanmoins, des études cliniques restent nécessaires chez l’homme afin d’en préciser les éventuelles indications.The discovery of predatory bacteria is recent. These lytic bacteria, mainly incurved rods (d-proteobacteria) prey upon Gram-negative rods and justify some hope as alternative to antibiotics. A lot of publications has given details on the genus Bdellovibrio and the species, Bdellovibrio bacteriovorus, tiny and incurved Gram-negative rod, motile, aerobic and obligatory predation of a host. Its spectrum of action was directed among various Gram-negative rods pathogens for humans and animals: enterobacteria, various species of Pseudomonas, vibrios... Such bacteria were isolated from several ecosystems: soil, waters from rivers, estuaries and mammal stools. The lytic cycle (3-4 hours) was individualized including steps : attachment, penetration into periplasmic space with a burst size of 3-6 cells, and liberation (lysis). Finally the absence of multiplication on cell cultures combined to low inflammatory in animals conducted to use such bacteria as alternative. Nevertheless the discoveries of broad-spectrum antibiotics limited further research on cannibalism. Fortunately the emergence of multiresistant bacteria to antibiotics highlighted the rebirth of predatory bacteria. Other publications gave details on taxonomy of new genera (Bacteriolyticum, Bacteriovorax, Halobacteriovorax, Peredibacter, Variovorax), on genomes varying from 2.97 to 3.85 Md, equivalent between 3100 and 3800 genes coding for enzymes for anaerobic respiration, partial hydrolysis of peptidoglycan (glycanase, peptidases), and numerous proteases, nucleases, low toxicity of LPS. Such characteristics justified perspectives as agent of biocontrol by accurate individualization of in vitro spectrum in wound, ocular, gingival and broncho-pulmonary infections. The effects of B. bacteriovorus on well-being and Salmonella colonization were detailed in chickens and cattle. Bdellovibrio has various applications in food industry as control in blight for soybean, modulators of vibrios in seawater, oysters and shrimps. Finally Bdellovibrio and like organisms (BALOs) are effective at reducing through predation the population of harmful bacteria, support for its potential use as a probiotic. Nevertheless we need more investigations particularly in medical field

El blanco de los orígenes

Philippon, A. (1999). El blanco de los orígenes. Banda aparte. (13):17-17. http://hdl.handle.net/10251/42310.Importación Masiva17171

Staphylococus aureus ST398: a medical paradigm of the 21st century

The potential for nasal and pharyngeal colonization by the bacterial species, Staphylococcus aureus, has increased over the last decade, particularly among pigs. The frequency of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains varies, but they constitute a non-negligible risk for those involved in pig production, i.e. pig-keepers, veterinarians, and slaughterhouse workers. Molecular identification by MLST (Multi Locus Sequence Typing) of isolates originally non-typeable (NT) by Pulse Field Electrophoresis clearly showed the predominance in Europe, North America and Asia of the ST398 (CC398) type. So far, this strain does not appear to be highly resistant to antibiotics, with the exception of tetracyclines, and perhaps macrolides, nor does it produce the virulence factors generally associated with CA-MRSA, such as the Panton-Valentine leukocidin. Various types of human infection were reported in several European countries, producing skin and mucous membranes, lungs, endocardium and bacteremic infections. Some experts suggest that, despite their low riskL’espèce Staphylococcus aureus a montré, au cours de ces dernières années, un fort pouvoir de colonisation naso-pharyngée, en particulier chez le porc. Le pourcentage de souches résistantes intrinsèques ou SAMR est variable mais le risque de colonisation est non négligeable pour les professionnels de la filière de production porcine, tels que les porchers, vétérinaires, employés d’abattoir. L’identification moléculaire par la technique de Multi Locus Sequence Typing (MLST) de souches initialement non typables (NT) par l’électrophorèse en champ pulsé indique la prédominance, aussi bien en Europe, en Amérique du Nord qu’en Asie, du type ST398 (ou CC398). Cette souche est encore peu résistante aux antibiotiques, à l’exception des tétracyclines, voire des macrolides et ne produit pas les facteurs de virulence rapportés habituellement chez le CA-MRSA, tels que la leucocidine de Panton- Valentine. Divers types d’infection sont maintenant rapportés chez l’homme dans plusieurs pays européens : infections cutanéo-muqueuses, pulmonaires, bactériémiques et endocardites. Des spécialistes évoquent, pour ces souches d’origine animale (LA pour Lifestock-Associated), l’éventualité « d’une nouvelle zoonose » malgré leur faible diffusion chez l’homme

The Grid Observatory

International audienceThe goal of the Grid Observatory project (GO) is to contribute to an experimental theory of large grid systems by integrating the collection of data on the behaviour of the flagship European Grid Infrastructure (EGI) and its users, the development of models, and an ontology for the domain knowledge. The GO gives access to a database of grid usage traces available to the wider computer science community without the need of grid credentials. The paper presents the architecture of the digital curation process enacted by the GO and examples of their exploitation.L'objectif du projet Grid Observatoiry (GO) est de contribuer à une théorie expérimentale de systèmes globalisés à grande échelle en intégrant l'acquisition de données sur le comportement de l'infrastructure de la grille européenne phare (EGI) et de ses utilisateurs, avec le développement de modèles, et d'une ontologie du domaine. Le GO donne accès à une base de données des traces d'utilisation de la grille, mise à la disposition de la communauté scientifique. L'article présente l'architecture du processus de conservation numérique adoptée par le GO et des exemples de l'exploitation des traces collectées

Anne-Sophie Crassus, Les mammites salmonelliques de la brebis laitière : première description de cas spontanés. Thèse de doctorat vétérinaire, Toulouse, 2005

Philippon Alain. Anne-Sophie Crassus, Les mammites salmonelliques de la brebis laitière : première description de cas spontanés. Thèse de doctorat vétérinaire, Toulouse, 2005. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 159 n°5, 2006. Séances thématiques exceptionnelles : Les maladies infectieuses. pp. 412-413